genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29598330--29598470	27	5.2	27	81	10	155	36	24	21	17	1.94
29604764--29604833	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
29611730--29611754	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
29612625--29612694	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
29616213--29616317	27	3.9	27	86	7	142	35	21	22	20	1.96
29616213--29616317	54	2.0	53	88	5	158	35	21	22	20	1.96
29619662--29620001	27	12.6	27	85	2	414	28	22	8	39	1.84
29619693--29620045	81	4.3	80	81	5	228	29	22	8	39	1.84
29621329--29621405	9	7.9	9	70	16	55	35	10	20	33	1.87
29621327--29621409	20	4.2	20	96	0	148	36	13	19	31	1.90
29621464--29621653	24	8.0	24	89	3	278	28	23	22	25	1.99
29621464--29621632	47	3.6	47	91	1	275	29	23	21	25	1.99
29621463--29621653	71	2.7	71	88	5	278	29	23	21	25	1.99
29638317--29638370	17	2.9	19	89	10	94	38	11	14	35	1.82
29638332--29638379	19	2.5	19	75	25	55	41	8	16	33	1.78
29638317--29638393	17	3.8	22	83	13	71	37	9	15	37	1.79
29638659--29638694	17	2.1	17	90	10	56	33	0	0	66	0.92
29642319--29642363	18	2.5	19	82	10	58	17	13	28	40	1.88
29646739--29647263	78	6.8	78	87	2	743	32	18	23	25	1.97
29646739--29647263	155	3.4	155	89	1	775	32	18	23	25	1.97
29646759--29647263	233	2.2	234	89	3	784	33	18	23	24	1.97
29647425--29647715	78	3.7	77	86	4	404	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29647659--29647873	45	4.8	44	78	9	229	30	17	26	25	1.97
29647659--29647921	89	2.9	86	74	12	235	31	17	25	25	1.97
29648170--29648217	19	2.5	19	75	25	55	41	8	16	33	1.78
29648155--29648208	17	2.9	19	86	10	85	38	12	14	33	1.85
29648187--29648231	23	2.0	22	86	4	63	37	6	17	37	1.76
29648499--29648532	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
29651405--29651440	12	2.8	14	76	24	51	55	0	5	38	1.23
29652828--29652894	29	2.3	29	100	0	134	34	22	35	7	1.82
29667725--29667804	39	2.1	39	92	4	135	30	7	13	48	1.70
29675146--29675295	40	3.8	39	77	7	126	22	26	24	26	2.00
29679875--29680206	48	6.9	48	75	2	272	26	30	17	26	1.97
29686948--29687032	17	5.0	17	79	0	62	32	7	17	42	1.76
29686959--29687035	34	2.3	34	83	0	100	31	7	19	41	1.80
29687036--29687099	17	3.8	17	74	0	56	29	6	10	53	1.60
29687143--29687193	18	2.9	18	73	2	50	27	7	15	49	1.72
29690452--29690511	30	2.0	30	96	0	111	31	8	6	53	1.57
29692372--29692432	21	3.0	21	87	2	88	26	22	39	11	1.88
29693649--29693878	48	4.8	47	77	6	176	26	28	17	26	1.98
29696973--29697186	110	1.9	111	86	0	304	32	19	15	32	1.93
29697181--29697510	99	3.3	95	75	8	277	29	20	15	34	1.94
29697242--29697503	100	2.6	100	82	5	298	29	21	14	34	1.93
29701541--29701783	50	4.8	51	76	8	203	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29701553--29701734	101	1.8	99	87	7	269	30	23	18	28	1.98
29712087--29712170	26	3.2	26	94	3	143	38	25	3	33	1.73
29714578--29714622	20	2.1	22	84	8	58	71	6	0	22	1.09
29716457--29716574	58	2.0	58	96	0	218	27	20	14	37	1.91
29724500--29724528	10	2.9	10	100	0	58	31	17	0	51	1.45
29731980--29732019	17	2.2	19	86	8	57	27	0	2	70	1.01
29734457--29734519	31	2.0	31	84	0	81	28	25	7	38	1.84
29736816--29736992	40	4.4	40	95	0	309	28	30	19	21	1.97
29747694--29747743	26	1.9	26	95	0	91	30	28	20	22	1.98
29751005--29751071	29	2.3	29	92	0	107	17	29	29	22	1.97
29758877--29758916	21	1.9	21	90	10	64	55	2	2	40	1.27
29759034--29759200	86	1.9	86	95	0	298	41	4	16	37	1.67
29761869--29761908	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
29776594--29776637	3	14.7	3	90	0	52	34	9	0	56	1.31
29776959--29777264	154	2.0	153	88	9	464	42	4	11	41	1.61
29778915--29778974	17	3.6	16	77	18	61	61	0	1	36	1.06
29788677--29788769	39	2.4	39	87	0	132	29	19	27	23	1.98
29788987--29789040	2	27.0	2	100	0	108	0	0	50	50	1.00
29792175--29792242	35	1.9	35	84	0	91	25	22	11	41	1.87
29794705--29794830	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
29794644--29794830	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
29802790--29802915	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29802729--29802915	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
29805436--29805600	43	3.8	43	75	5	154	30	26	16	25	1.97
29805436--29805605	86	2.0	85	81	7	202	31	27	16	25	1.96
29807807--29807922	43	2.7	43	80	6	146	27	23	18	31	1.97
29810602--29810649	20	2.2	22	75	21	55	52	0	2	45	1.12
29810611--29810655	20	2.2	21	92	4	74	53	2	2	42	1.25
29810753--29810842	40	2.2	40	84	7	112	37	2	6	53	1.40
29814706--29814782	39	2.0	39	84	0	100	45	12	5	36	1.65
29814771--29814818	20	2.4	20	86	6	62	54	16	0	29	1.43
29814732--29814827	19	4.9	18	74	13	75	50	12	2	35	1.52
29814816--29814863	25	2.0	24	83	4	60	50	8	8	33	1.63
29815354--29815394	19	2.1	20	90	4	66	39	31	4	24	1.76
29815355--29815409	26	2.1	26	86	0	74	38	30	5	25	1.79
29815330--29815407	21	3.8	20	78	11	70	39	32	5	23	1.76
29819831--29820252	114	3.8	112	80	8	400	27	2	13	55	1.51
29823197--29823246	25	2.0	25	84	0	64	40	14	20	26	1.90
29827342--29827429	27	3.0	29	70	18	76	44	1	1	53	1.15
29835696--29835812	57	2.1	57	100	0	234	23	5	26	44	1.74
29837665--29837696	14	2.3	14	94	0	55	31	15	6	46	1.71
29840090--29840373	40	7.1	40	93	1	464	27	26	22	23	1.99
29841754--29841779	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
29844561--29844907	177	2.0	177	92	0	586	34	18	9	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29848493--29848533	20	2.0	20	100	0	82	24	9	21	43	1.83
29849352--29849441	42	2.1	42	89	0	144	15	36	25	22	1.93
29850184--29850359	47	3.7	47	79	8	205	22	27	18	30	1.98
29850184--29850405	94	2.4	93	83	3	248	23	27	18	30	1.98
29850235--29850408	47	3.7	44	77	13	134	23	28	17	29	1.97
29853021--29853061	13	3.2	12	83	10	55	78	0	21	0	0.76
29853388--29853435	22	2.1	22	85	11	62	45	0	25	29	1.53
29856068--29856148	27	3.0	27	83	8	76	39	16	9	34	1.81
29856077--29856166	27	3.3	28	84	9	107	40	16	10	33	1.82
29856172--29856383	27	7.9	27	84	5	250	27	23	9	39	1.86
29856280--29856584	27	11.2	27	77	8	120	37	19	8	35	1.82
29856361--29856614	54	4.7	53	76	11	201	38	19	8	33	1.82
29856376--29856530	81	1.9	81	82	5	197	40	19	7	32	1.80
29856338--29856586	27	9.1	27	76	8	148	38	18	8	34	1.81
29856631--29856703	26	2.7	27	77	8	78	36	20	20	21	1.95
29856644--29856707	27	2.4	26	84	2	83	35	18	25	20	1.95
29857627--29857674	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
29857718--29857801	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
29857722--29857796	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
29857848--29858041	25	8.0	24	89	5	261	27	21	23	27	1.99
29858233--29858296	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
29873773--29873815	18	2.4	18	88	7	61	37	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29878101--29878143	22	2.0	22	85	0	59	60	16	11	11	1.59
29879838--29879878	21	2.0	21	90	0	64	24	12	7	56	1.61
29880116--29880156	20	2.0	21	86	13	59	51	0	26	21	1.48
29891989--29892107	20	5.9	20	68	3	78	36	22	21	20	1.95
29892177--29892259	38	2.2	38	82	6	107	43	12	19	25	1.85
29898348--29898427	40	2.0	40	85	9	110	46	3	7	42	1.50
29898581--29898624	20	2.2	20	91	0	70	40	0	0	59	0.98
29900860--29901121	3	89.7	3	70	9	123	61	1	8	29	1.33
29900955--29901121	25	7.1	24	68	11	69	63	1	7	28	1.28
29902597--29902649	28	1.9	28	85	11	74	49	1	7	41	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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