genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19409165--19409200	18	1.9	19	94	5	65	77	0	0	22	0.76
19409248--19409306	3	19.7	3	96	0	82	59	0	6	33	1.24
19413663--19413888	105	2.2	104	86	0	308	23	21	31	23	1.98
19417714--19417770	18	3.2	18	79	0	69	29	22	14	33	1.93
19421816--19421859	11	4.0	11	90	0	70	15	45	6	31	1.73
19422718--19422742	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
19422900--19422982	23	3.6	23	86	3	121	42	30	0	27	1.56
19424846--19425132	137	2.1	137	94	0	502	32	24	18	25	1.97
19425380--19425432	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
19426920--19427029	26	4.2	26	89	4	159	37	22	5	34	1.78
19426920--19427029	52	2.1	52	91	0	175	37	22	5	34	1.78
19427361--19427419	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
19427789--19427833	17	2.4	18	82	17	56	26	6	11	55	1.59
19427896--19427925	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19427952--19427998	24	2.0	24	83	8	60	27	6	0	65	1.16
19428776--19428811	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19430337--19430535	59	3.4	58	91	3	317	52	8	4	34	1.51
19431540--19431674	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
19431914--19431952	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
19433175--19433227	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
19433174--19433229	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
19435011--19435054	11	4.0	11	88	8	63	11	0	0	88	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19435011--19435054	17	2.8	17	90	10	67	11	0	0	88	0.51
19435012--19435054	6	7.3	6	92	5	61	11	0	0	88	0.52
19437792--19437840	11	4.5	11	87	7	73	12	0	0	87	0.54
19437795--19437838	6	7.8	6	85	14	67	13	0	0	86	0.57
19437795--19437840	17	2.8	16	93	6	83	13	0	0	86	0.56
19440514--19440554	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
19440675--19440809	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
19442308--19442356	5	9.0	5	79	16	53	57	0	0	42	0.99
19442307--19442358	23	2.3	23	90	6	79	55	0	0	44	0.99
19442307--19442358	11	4.5	11	83	13	61	55	0	0	44	0.99
19446995--19447056	23	2.7	24	69	25	60	50	1	1	46	1.20
19447247--19447341	31	3.2	30	79	8	88	37	12	8	41	1.74
19447691--19447755	32	2.0	31	82	11	76	49	9	3	38	1.51
19454777--19454823	20	2.3	20	85	3	58	31	0	0	68	0.90
19470844--19470887	22	2.0	22	86	8	63	70	4	0	25	1.06
19481506--19481655	61	2.5	61	81	9	168	41	14	14	30	1.85
19482836--19482866	14	2.2	14	100	0	62	35	16	6	41	1.74
19488569--19488601	16	2.1	16	94	0	57	21	0	9	69	1.15
19493526--19493587	29	2.1	29	81	0	70	14	17	20	46	1.83
19499145--19499185	18	2.3	19	83	12	59	41	2	7	48	1.44
19499316--19499434	60	2.0	60	89	0	184	44	6	3	45	1.46
19501148--19501207	30	2.0	30	93	0	102	56	11	1	30	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19509309--19509346	18	2.1	18	95	0	67	44	36	2	15	1.61
19515744--19515776	5	6.6	5	92	0	57	57	0	3	39	1.14
19519624--19519677	24	2.2	25	80	12	67	40	1	0	57	1.09
19519730--19519783	21	2.4	22	78	12	65	35	0	3	61	1.14
19520510--19520549	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
19523281--19523347	29	2.3	29	86	0	89	35	8	25	29	1.86
19523503--19523616	33	3.5	32	80	5	122	32	14	25	28	1.94
19527108--19527153	22	2.3	20	82	14	51	45	4	0	50	1.21
19527658--19527697	19	2.0	20	85	14	55	70	0	17	12	1.18
19532739--19532764	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
19533217--19533264	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
19533920--19533988	29	2.4	29	95	0	120	33	10	30	26	1.89
19533981--19534158	33	5.5	33	73	5	155	37	11	20	30	1.88
19534059--19534154	32	2.9	34	81	9	119	41	11	14	32	1.82
19534127--19534288	66	2.5	66	78	3	184	34	13	24	27	1.93
19534175--19534282	33	3.3	33	78	0	108	32	12	25	28	1.93
19537625--19537760	46	3.0	46	84	2	166	40	13	25	21	1.89
19538041--19538073	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
19540224--19540356	46	2.9	47	82	3	153	33	23	20	23	1.97
19543343--19543410	6	11.3	6	72	12	50	44	0	35	20	1.52
19543343--19543410	30	2.3	30	87	5	93	44	0	35	20	1.52
19543758--19543792	14	2.5	14	85	0	52	5	0	17	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19544011--19544048	13	3.0	13	80	7	51	65	0	0	34	0.93
19546654--19546714	30	2.0	30	81	12	72	44	0	1	54	1.10
19553347--19553382	19	1.9	19	94	5	65	38	5	5	50	1.49
19558911--19558953	21	2.0	21	90	0	68	53	11	11	23	1.69
19559622--19559686	19	3.3	19	76	22	62	63	6	0	30	1.19
19559681--19559718	10	3.7	11	93	6	55	71	5	0	23	1.07
19559621--19559718	20	4.9	19	70	18	74	65	6	0	28	1.16
19561595--19561802	70	3.0	70	81	2	231	28	23	15	32	1.95
19562071--19562116	23	2.0	23	91	0	74	36	6	19	36	1.78
19566933--19566967	17	2.1	17	88	0	52	45	14	20	20	1.85
19568182--19569311	563	2.0	563	92	1	1879	23	15	30	30	1.95
19571465--19571507	19	2.3	19	100	0	86	32	4	34	27	1.78
19576089--19576171	26	3.2	26	96	1	148	36	27	6	30	1.81
19578924--19579278	186	1.9	186	88	1	541	32	10	20	36	1.87
19582272--19582309	15	2.7	14	88	8	51	68	0	2	28	1.03
19582317--19582355	17	2.3	17	86	0	51	84	2	10	2	0.81
19583604--19583635	16	2.0	16	93	0	55	0	0	15	84	0.63
19583835--19584048	44	4.7	45	74	10	191	30	17	19	32	1.95
19583837--19584012	96	1.8	95	85	6	248	29	17	19	32	1.95
19584185--19584241	29	2.0	29	83	13	73	28	28	12	31	1.93
19584214--19584480	44	5.9	45	78	7	272	31	20	14	32	1.93
19584218--19584482	88	2.9	88	87	6	343	31	21	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19596406--19596458	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19597940--19598049	26	4.2	26	90	0	184	36	24	5	33	1.79
19602213--19602265	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19603746--19603854	26	4.2	26	90	2	184	36	24	4	33	1.76
19603746--19603854	51	2.1	52	93	1	184	36	24	4	33	1.76
19612571--19612652	33	2.5	33	85	0	101	21	26	18	32	1.97
19625169--19625328	75	2.1	75	79	2	187	52	1	5	40	1.33
19625819--19625862	21	2.1	21	83	8	54	61	2	0	36	1.09
19625813--19625863	20	2.5	21	72	15	52	58	3	0	37	1.16
19634384--19634474	43	2.1	44	87	2	130	50	1	12	36	1.47
19634445--19634488	18	2.3	18	84	7	52	56	0	6	36	1.26
19635624--19635654	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
19637077--19637362	81	3.3	89	75	11	277	33	15	24	27	1.95
19647186--19647215	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
19647285--19647327	5	8.6	5	100	0	86	58	0	0	41	0.98
19647344--19647382	19	2.1	19	85	9	53	38	0	2	58	1.12
19653902--19654022	43	2.8	43	78	3	118	23	19	23	32	1.98
19662248--19662288	19	2.2	20	86	8	59	75	21	2	0	0.92
19674752--19674802	21	2.4	21	93	0	93	29	17	29	23	1.97
19677115--19678597	743	2.0	744	87	2	2163	36	18	12	32	1.88
19681126--19681300	94	1.9	94	90	0	278	36	24	14	24	1.93
19681132--19681289	47	3.4	47	82	3	210	37	23	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19681983--19682058	20	3.8	20	84	3	91	34	25	32	7	1.85
19681983--19682079	40	2.4	40	80	11	108	32	24	32	9	1.87
19681983--19682079	20	4.8	20	81	6	90	32	24	32	9	1.87
19686601--19686643	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
19687159--19687218	29	2.0	30	90	3	95	31	10	16	41	1.81
19687791--19687829	3	13.3	3	89	5	62	71	0	28	0	0.86
19695087--19695128	13	3.2	13	89	3	66	33	0	2	64	1.07
19695391--19695457	23	3.2	21	76	13	68	49	0	0	50	1.00
19696197--19696259	31	2.0	31	96	0	117	36	12	15	34	1.86
19698514--19698713	100	2.0	100	96	0	364	32	6	20	42	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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