genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38666968--38667150	40	4.6	40	88	1	251	21	22	27	27	1.99
38669042--38669110	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
38669033--38669120	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
38669463--38669515	26	2.0	26	100	0	106	35	11	22	30	1.89
38671541--38671669	46	2.8	46	84	4	170	20	20	28	30	1.98
38676340--38676366	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
38677444--38677626	63	2.8	64	79	9	203	22	29	17	30	1.97
38681841--38682010	43	4.0	43	77	9	152	34	24	15	26	1.95
38686275--38686482	80	2.6	80	83	3	231	26	23	25	25	2.00
38686277--38686482	40	5.2	40	81	3	209	26	22	25	25	2.00
38689163--38689271	45	2.4	45	89	0	155	22	16	29	31	1.96
38697211--38697387	45	4.0	45	86	2	232	23	17	26	32	1.97
38697210--38697468	45	6.0	43	75	10	231	24	17	27	30	1.97
38697210--38697416	88	2.4	88	85	3	276	24	17	27	31	1.97
38700827--38700888	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
38700827--38700894	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
38702691--38702734	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38703488--38703559	33	2.2	33	92	2	119	36	22	16	25	1.94
38705840--38705891	26	2.0	26	92	0	86	42	15	3	38	1.65
38711509--38711578	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
38719434--38719503	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
38727054--38727189	24	5.7	24	81	0	137	34	27	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38727054--38727189	72	1.9	72	84	0	182	34	27	13	23	1.93
38727054--38727186	48	2.8	48	83	0	158	34	27	14	24	1.94
38728436--38728471	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
38728868--38728918	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
38729518--38729582	27	2.4	27	84	2	78	32	18	21	27	1.97
38729560--38729727	54	3.1	54	83	3	142	27	20	19	32	1.97
38729591--38729771	54	3.4	54	84	3	213	27	19	17	35	1.94
38729589--38729771	27	6.8	25	76	10	143	27	19	17	34	1.95
38736340--38736399	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
38736448--38736499	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
38737145--38737343	27	7.4	27	87	2	249	24	22	17	35	1.95
38737145--38737343	80	2.5	79	87	4	265	24	22	17	35	1.95
38737145--38737343	53	3.7	54	87	2	258	24	22	17	35	1.95
38737363--38737408	18	2.6	18	96	0	83	23	30	26	19	1.98
38740099--38740335	50	4.9	49	75	9	207	24	29	18	28	1.98
38746249--38746310	31	2.0	31	100	0	124	35	25	12	25	1.92
38751784--38751913	50	2.6	50	83	7	167	29	28	16	26	1.97
38751773--38751959	50	3.7	50	79	5	166	29	26	17	26	1.97
38755999--38756039	22	1.9	21	85	5	55	9	39	26	24	1.86
38758279--38758418	40	3.5	41	81	10	155	24	25	25	25	2.00
38759836--38759911	34	2.2	34	85	0	98	22	22	25	30	1.99
38767694--38767766	34	2.1	34	87	0	101	23	23	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38770051--38770121	29	2.4	29	95	0	124	26	32	15	25	1.95
38777068--38777093	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
38777217--38777462	50	5.0	50	76	6	216	23	30	17	28	1.97
38781281--38781468	39	4.8	39	87	0	214	24	30	21	23	1.99
38781317--38781469	39	3.9	39	90	0	234	24	31	20	24	1.98
38781286--38781468	78	2.3	79	87	1	251	23	30	21	24	1.99
38786886--38787104	80	2.7	79	81	5	246	23	26	22	28	1.99
38786896--38787066	40	4.3	40	90	1	236	23	27	21	26	1.99
38786913--38787104	40	4.8	40	88	3	210	23	26	22	28	1.99
38794887--38795038	80	1.9	80	82	2	189	23	29	24	22	1.99
38794928--38795038	40	2.8	39	85	9	136	22	28	25	23	1.99
38794931--38795078	40	3.8	38	78	6	129	22	27	23	27	1.99
38801671--38801886	27	8.0	27	80	3	211	39	19	14	25	1.90
38801698--38801886	80	2.3	81	87	0	263	40	18	13	27	1.88
38801877--38802181	27	11.4	27	86	3	357	20	17	20	41	1.90
38801876--38802181	80	3.8	80	85	2	391	20	17	20	41	1.90
38801877--38802182	107	2.9	104	83	7	355	20	17	20	41	1.90
38819684--38819856	46	3.8	45	80	10	206	21	20	30	28	1.98
38819677--38819848	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
38823522--38823692	87	2.0	87	96	0	315	34	18	21	25	1.96
38826794--38826869	34	2.2	34	95	0	134	44	15	5	34	1.69
38827799--38828015	43	5.0	43	84	4	267	28	27	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38828989--38829053	33	2.0	33	96	3	123	18	12	3	66	1.37
38829348--38829376	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
38844757--38844950	40	4.9	39	84	1	226	24	20	30	25	1.98
38844768--38844918	79	1.9	79	89	2	232	25	19	29	25	1.99
38857139--38857163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38858672--38859133	48	9.6	48	97	0	870	33	8	27	31	1.86
38859178--38859297	37	3.3	37	93	4	201	25	19	30	25	1.98
38860169--38860429	40	6.6	40	80	8	203	24	19	28	27	1.98
38864105--38864662	48	11.6	48	98	0	1053	32	8	27	31	1.86
38864707--38864829	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
38871579--38871754	45	3.9	45	90	1	237	23	22	26	27	1.99
38898130--38898278	43	3.5	43	77	12	153	26	15	26	30	1.96
38904842--38904973	29	4.5	29	92	4	221	24	23	14	37	1.92
38904842--38904973	59	2.3	59	93	4	223	24	23	14	37	1.92
38905451--38905479	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
38906324--38906359	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
38909174--38909282	43	2.5	44	80	5	116	22	18	27	31	1.97
38914657--38914697	22	2.0	20	85	9	55	31	24	0	43	1.54
38917021--38917227	27	7.7	27	83	1	254	25	21	18	34	1.96
38917021--38917234	54	4.0	54	86	1	295	26	20	18	34	1.95
38917028--38917234	107	1.9	108	87	1	281	27	19	18	34	1.95
38917256--38917414	54	3.0	55	75	11	159	28	8	24	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38917255--38917414	27	6.0	26	74	9	92	28	8	25	38	1.85
38917327--38917431	27	3.9	27	75	12	90	26	9	24	39	1.86
38922049--38922105	29	2.0	29	100	0	114	29	14	21	35	1.92
38924246--38924358	27	4.1	27	85	8	149	17	23	21	37	1.94
38924246--38924358	55	2.1	54	88	5	165	17	23	21	37	1.94
38929118--38929161	22	2.0	22	95	0	79	38	9	20	31	1.84
38932671--38932773	29	3.6	29	72	15	88	21	16	33	28	1.95
38943019--38943048	15	2.0	15	93	0	51	70	0	6	23	1.11
38944576--38944613	20	1.9	20	88	0	58	50	5	7	36	1.54
38950113--38950454	50	6.8	50	82	3	382	27	17	26	28	1.98
38950167--38950451	151	1.9	151	92	0	480	27	17	25	29	1.98
38951017--38951340	180	1.8	180	88	1	497	40	8	18	31	1.82
38954004--38954028	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38956786--38956832	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
38957184--38957322	50	2.7	50	83	2	161	27	15	23	33	1.95
38957283--38957418	69	2.0	69	86	0	191	22	19	25	32	1.97
38957405--38957546	50	2.8	50	90	0	212	28	17	26	28	1.98
38957746--38957777	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
38958803--38959043	43	5.6	42	87	2	311	31	29	16	23	1.96
38958801--38959043	85	2.8	85	86	1	315	31	29	16	23	1.96
38958803--38959043	128	1.9	128	85	1	340	31	29	16	23	1.96
38964397--38964582	7	26.4	7	75	9	74	45	31	0	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38964758--38965120	154	2.3	156	84	3	446	26	20	21	30	1.98
38965050--38965158	40	2.7	40	82	2	112	21	20	23	34	1.96
38967592--38967633	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
38967775--38967818	15	2.9	15	82	0	52	13	22	15	47	1.81
38970352--38970398	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
38970752--38971195	50	8.8	50	77	4	399	27	17	25	30	1.97
38970752--38971191	101	4.4	102	76	5	318	27	17	25	30	1.97
38970752--38971192	151	2.9	151	86	2	580	26	17	24	30	1.97
38971395--38971426	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
38971758--38972090	180	1.9	180	86	2	481	39	9	18	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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