genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59624068--59624183	26	4.7	26	86	7	152	34	19	19	25	1.96
59624068--59624183	50	2.3	46	84	10	133	34	19	19	25	1.96
59626341--59626471	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
59634148--59634307	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
59641636--59641803	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
59641636--59641803	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
59648501--59648573	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
59655763--59655870	29	3.8	29	85	3	139	27	29	14	27	1.95
59660628--59660675	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59660719--59660776	20	2.9	20	94	0	98	34	13	18	32	1.91
59660827--59660945	23	5.1	23	91	4	195	26	21	22	28	1.99
59661160--59661223	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
59663656--59663685	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59668715--59668819	29	3.6	29	88	0	138	28	25	15	30	1.96
59675107--59675138	9	3.6	9	91	0	55	25	43	18	12	1.85
59678966--59679073	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
59683854--59684038	41	4.6	41	84	1	230	35	17	28	18	1.94
59694772--59694917	27	5.4	27	84	0	157	34	18	21	26	1.96
59695569--59695622	27	2.0	26	85	3	72	16	22	25	35	1.95
59704073--59704140	28	2.4	29	85	2	93	57	7	5	29	1.50
59709687--59709711	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
59711199--59711233	17	2.1	17	100	0	70	34	25	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59713391--59713423	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
59716047--59716135	28	3.3	27	76	10	85	33	12	25	28	1.92
59716162--59716361	51	3.9	51	90	1	321	32	14	24	29	1.94
59720542--59720659	43	2.8	42	73	14	116	31	24	20	23	1.98
59725680--59725745	34	1.9	34	87	0	96	25	24	24	25	2.00
59727228--59727354	43	3.0	43	74	10	125	34	25	17	22	1.96
59733898--59734068	40	4.3	40	91	2	267	23	27	22	26	2.00
59734660--59734693	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
59737576--59737639	33	1.9	33	83	0	83	28	25	20	26	1.99
59740894--59740937	21	2.1	21	100	0	88	22	13	29	34	1.93
59743700--59743735	18	2.0	18	100	0	72	16	16	33	33	1.92
59744093--59744192	34	2.9	34	92	0	155	26	23	25	26	2.00
59746357--59746487	29	4.5	29	87	0	154	29	15	32	23	1.95
59755593--59755724	46	2.8	49	78	17	163	29	29	19	21	1.98
59755601--59755740	46	3.0	44	76	15	126	29	29	19	22	1.98
59760361--59760472	29	4.0	27	72	14	91	27	14	32	25	1.95
59763859--59763960	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
59766408--59766440	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
59767649--59767694	24	1.9	24	90	0	74	56	19	13	10	1.66
59767912--59768023	29	3.9	28	77	6	109	28	14	30	26	1.95
59775576--59775607	16	2.1	16	88	11	50	78	0	12	9	0.97
59776078--59776151	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59776135--59776209	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
59776078--59776209	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
59783282--59783355	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
59783339--59783414	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
59789413--59789625	40	5.3	40	86	3	245	26	20	26	26	1.99
59789401--59789644	40	6.1	40	82	8	128	26	20	27	25	1.99
59807075--59807100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59811535--59811702	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
59811535--59811702	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
59821211--59821252	17	2.5	17	76	7	50	7	11	7	73	1.23
59822788--59822848	30	2.0	30	100	0	122	32	9	34	22	1.87
59825159--59825206	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59825250--59825308	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
59825359--59825477	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
59825359--59825477	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
59825669--59825732	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
59825686--59825792	38	2.8	38	92	2	180	39	14	22	23	1.91
59833370--59833417	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59833461--59833519	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
59833570--59833688	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
59833570--59833688	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
59833879--59833942	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59833896--59834002	38	2.8	38	92	2	180	39	14	22	23	1.91
59844120--59844158	20	2.0	20	94	0	69	48	12	17	20	1.80
59844625--59844654	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59845490--59845531	14	2.7	15	79	17	50	42	9	0	47	1.36
59846106--59846236	56	2.3	56	84	5	158	29	32	17	19	1.95
59850169--59850216	24	2.0	24	100	0	96	50	0	20	29	1.49
59854966--59855007	21	2.2	19	87	12	59	19	4	50	26	1.67
59855296--59855344	15	3.3	15	80	2	55	32	0	0	67	0.91
59855289--59855337	7	7.0	7	90	0	53	30	0	0	69	0.89
59855290--59855337	14	3.4	14	88	0	60	31	0	0	68	0.90
59855297--59855366	21	3.3	21	72	8	61	32	0	2	64	1.08
59855304--59855343	7	5.6	7	93	3	62	37	0	0	62	0.95
59855274--59855370	8	11.9	8	77	14	65	32	0	3	63	1.10
59856158--59856199	18	2.6	16	81	11	50	47	4	0	47	1.23
59856261--59856330	7	9.9	7	77	9	61	42	38	1	17	1.58
59856617--59856667	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
59856620--59856683	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
59856781--59856913	48	2.8	46	81	16	164	19	0	29	50	1.53
59856937--59857086	41	3.7	41	91	1	239	23	24	16	36	1.94
59857471--59857515	20	2.3	20	88	3	65	11	17	4	66	1.38
59860372--59860441	28	2.5	28	88	0	113	57	10	5	27	1.54
59860372--59860456	28	3.0	28	81	6	109	56	8	5	29	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59862729--59862848	48	2.5	48	73	8	118	27	17	25	29	1.98
59865152--59865180	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
59865795--59865907	43	2.7	42	82	5	138	27	24	17	30	1.97
59868754--59868906	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
59868723--59868905	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
59876785--59876927	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
59876745--59876926	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
59883934--59884103	84	2.0	84	100	0	340	40	18	16	24	1.91
59888873--59889034	42	3.8	42	84	1	198	25	24	18	32	1.97
59896522--59896689	40	4.2	40	80	3	178	22	19	28	29	1.98
59896926--59896967	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
59898892--59898930	19	2.1	19	85	9	53	61	23	0	15	1.33
59899580--59899733	42	3.6	42	81	3	184	27	24	16	31	1.97
59902348--59902570	48	4.6	48	90	0	356	23	17	33	25	1.96
59905141--59905239	34	2.8	35	80	6	110	32	31	7	29	1.84
59906843--59906944	40	2.6	40	89	4	145	21	28	23	26	1.99
59920769--59920799	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
59920769--59920799	13	2.5	13	94	5	55	83	0	0	16	0.64
59924331--59924556	40	5.7	40	89	4	298	26	26	21	25	2.00
59932525--59932750	80	2.8	80	83	5	287	26	26	20	26	1.99
59932525--59932750	40	5.7	40	86	4	255	26	26	20	26	1.99
59937498--59937615	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59937466--59937629	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	19	1.94
59939426--59939452	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
59941523--59941672	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
59941547--59941730	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
59955555--59955585	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
59959212--59959303	29	3.2	29	95	3	161	30	16	26	27	1.97
59959208--59959340	56	2.4	57	82	6	155	27	15	30	26	1.96
59961641--59961829	53	3.5	53	77	3	171	35	19	24	21	1.96
59964883--59964975	33	3.0	32	80	12	113	30	26	19	23	1.98
59966539--59966700	29	5.6	29	90	0	252	29	22	15	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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