genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82596320--82596401	39	2.1	40	83	2	103	37	0	6	56	1.24
82596345--82596499	59	2.7	55	83	9	195	41	0	4	54	1.21
82597763--82597868	42	2.5	42	92	3	169	58	3	9	28	1.47
82597776--82597841	19	3.3	19	64	15	51	56	3	12	28	1.51
82604011--82604081	18	3.9	18	83	0	97	33	14	22	29	1.93
82604646--82604698	18	2.9	18	82	0	61	35	13	22	28	1.92
82603881--82605135	617	2.0	624	95	2	2263	34	19	17	28	1.95
82609132--82609169	17	2.2	17	86	9	51	71	2	0	26	1.00
82609627--82609690	30	2.2	30	83	8	78	40	14	10	34	1.80
82615054--82615154	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
82620815--82620853	21	1.9	21	89	5	62	66	20	2	10	1.33
82621512--82621599	2	45.5	2	87	6	128	48	1	48	1	1.16
82622241--82622286	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
82622346--82622452	9	13.0	8	69	14	58	17	2	2	76	1.03
82622349--82622452	14	6.9	14	69	17	66	17	2	2	76	1.02
82622289--82622390	38	2.8	36	76	5	98	16	5	3	73	1.18
82622399--82622449	16	3.1	16	74	23	52	19	3	0	76	0.94
82622402--82622441	21	2.0	20	90	5	62	17	5	0	77	0.94
82622399--82622464	32	2.0	32	82	8	80	16	6	3	74	1.15
82628767--82628864	51	1.9	51	95	0	178	33	8	28	29	1.86
82634191--82634308	44	2.7	44	85	0	155	29	17	21	31	1.96
82634187--82634778	184	3.2	184	86	3	609	32	18	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82634379--82634859	44	10.5	44	70	15	248	33	18	20	27	1.96
82634467--82634781	96	3.4	95	76	12	371	34	19	19	26	1.96
82634380--82634778	184	2.2	184	98	0	762	33	19	19	27	1.96
82636566--82636659	29	3.2	29	93	0	152	28	15	27	27	1.97
82636562--82636696	58	2.3	58	81	3	148	25	15	31	26	1.96
82644618--82644778	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
82647580--82647625	23	2.0	22	84	12	58	50	10	2	36	1.50
82647883--82651554	916	4.0	917	95	0	6571	31	21	11	34	1.90
82650651--82650675	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
82653624--82653660	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
82653674--82653751	35	2.2	35	81	4	86	17	5	3	73	1.18
82653697--82653810	12	8.9	13	72	18	62	17	3	5	73	1.16
82653690--82653813	27	4.6	27	69	17	89	17	4	4	73	1.17
82653765--82653817	21	2.5	21	87	6	72	18	3	0	77	0.92
82658508--82658532	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
82659314--82659378	30	2.2	28	79	15	69	41	10	9	38	1.72
82672473--82672542	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
82676419--82676488	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
82684387--82684460	27	2.7	27	75	10	78	31	24	16	28	1.96
82688495--82688546	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
82693496--82693625	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
82698968--82699018	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82702660--82702829	46	3.7	45	79	11	175	20	21	30	27	1.98
82702665--82702837	44	3.8	43	78	11	177	20	20	30	28	1.98
82705743--82705821	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
82705734--82705820	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
82708189--82708358	44	3.9	42	80	11	189	19	21	30	29	1.97
82708189--82708255	20	3.2	20	64	15	55	19	22	28	29	1.98
82710347--82710402	11	5.3	11	72	8	53	12	19	16	51	1.75
82710342--82710405	21	3.0	21	86	4	85	12	20	17	50	1.78
82720030--82720160	47	2.8	47	82	3	165	21	16	29	33	1.95
82720028--82720179	47	3.2	48	72	13	118	22	15	28	33	1.95
82726587--82726696	40	2.7	41	81	6	127	40	22	16	20	1.91
82727239--82727297	7	8.4	7	75	0	55	27	0	44	28	1.55
82727239--82727298	21	2.9	21	89	0	93	28	0	43	28	1.55
82729759--82729787	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
82730198--82730264	21	3.2	21	78	0	71	28	11	52	7	1.65
82730520--82730585	31	2.1	31	91	0	105	16	10	21	51	1.74
82734065--82734202	41	3.3	41	87	7	181	36	23	20	20	1.95
82736540--82736581	21	2.0	21	100	0	84	33	14	4	47	1.65
82738936--82739089	27	5.7	27	84	3	114	40	20	9	29	1.83
82738931--82739114	54	3.4	54	79	6	160	40	19	9	29	1.84
82738972--82739180	81	2.5	82	78	6	226	40	17	9	33	1.81
82738964--82739198	27	8.6	27	79	9	176	40	19	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82739233--82739295	27	2.3	27	80	0	72	38	17	22	22	1.93
82740105--82740174	25	2.8	25	86	0	95	27	25	21	25	1.99
82740105--82740201	25	4.0	23	78	10	77	28	23	21	25	1.99
82740322--82740413	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
82740437--82740582	31	4.7	31	87	4	215	27	17	25	30	1.97
82740437--82740582	62	2.4	62	91	1	240	27	17	25	30	1.97
82740759--82740904	31	4.7	31	91	0	240	27	17	26	28	1.98
82740395--82741041	322	2.0	322	98	0	1240	26	17	22	32	1.96
82743453--82743554	41	2.5	42	87	7	147	34	26	20	18	1.96
82746396--82746560	42	3.9	42	84	3	206	23	16	27	32	1.96
82746396--82746559	84	2.0	84	88	2	249	23	16	27	32	1.96
82747988--82748157	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
82752431--82752708	48	5.8	48	79	7	260	26	20	28	24	1.99
82752440--82752708	96	2.8	96	80	5	301	26	20	28	24	1.99
82752441--82752709	144	1.9	144	84	4	364	26	20	28	24	1.99
82756828--82756991	42	3.9	42	81	3	177	24	16	25	33	1.96
82756828--82756990	84	1.9	84	87	2	238	24	16	25	33	1.96
82757056--82757122	32	2.1	32	94	0	116	32	4	31	31	1.78
82760277--82760355	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
82763942--82764091	41	3.7	41	83	1	212	28	27	22	21	1.99
82767735--82767772	17	2.2	17	100	0	76	21	18	26	34	1.96
82772032--82772140	40	2.7	41	73	2	130	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82776414--82776600	6	30.8	6	74	16	163	48	13	17	20	1.80
82776393--82776600	30	7.1	30	81	11	225	48	13	17	20	1.80
82776414--82776600	85	2.2	85	96	0	347	48	13	17	20	1.80
82776718--82776799	27	3.1	26	87	5	101	36	23	23	17	1.94
82776956--82777014	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
82777102--82777184	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
82777382--82777496	27	4.3	27	81	0	131	26	20	18	35	1.95
82777386--82777488	54	1.9	53	88	2	152	26	22	16	34	1.95
82777501--82777908	27	15.2	27	81	5	450	40	9	21	28	1.84
82777506--82777906	107	3.7	106	86	5	504	40	8	21	28	1.84
82779917--82780042	40	3.2	40	83	6	157	22	26	30	21	1.99
82785823--82785983	6	26.8	6	77	16	165	49	14	16	19	1.80
82785823--82786008	85	2.2	85	97	0	347	48	14	17	19	1.81
82785836--82786008	24	7.1	24	75	14	110	47	14	17	20	1.82
82786126--82786207	27	3.1	27	79	11	89	36	24	23	15	1.94
82786365--82786422	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
82786513--82786592	27	3.0	26	90	3	115	35	21	23	20	1.96
82786790--82786905	27	4.3	27	83	4	144	25	19	18	36	1.95
82786790--82786906	54	2.2	55	85	4	166	24	20	18	35	1.95
82786909--82787640	27	27.2	27	83	4	890	40	9	22	27	1.85
82788533--82788822	40	7.2	40	82	0	319	44	24	15	14	1.84
82810171--82810332	41	4.0	41	89	0	243	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82815430--82815485	29	1.9	29	88	0	85	44	17	8	28	1.79
82816787--82816830	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
82819118--82819224	39	2.7	39	89	4	162	27	29	19	23	1.98
82827036--82827146	39	2.8	39	95	1	195	24	32	20	22	1.98
82835241--82835284	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
82839474--82839517	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
82843790--82843833	19	2.4	18	85	7	54	40	6	0	52	1.28
82849198--82849223	12	2.2	12	100	0	52	42	7	19	30	1.79
82852504--82852661	43	3.7	42	80	10	160	30	24	19	25	1.98
82855484--82855650	43	3.9	42	82	5	183	33	23	17	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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