genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56622614--56622778	71	2.3	71	87	6	244	22	15	21	41	1.90
56622893--56623058	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
56623167--56623589	71	6.2	69	75	12	385	24	14	22	39	1.91
56622184--56623627	537	2.7	539	91	6	2373	25	14	22	37	1.93
56623309--56623555	122	2.0	124	89	3	383	23	13	23	39	1.90
56623430--56623595	72	2.3	71	87	4	235	21	15	21	41	1.89
56623820--56623964	74	1.9	76	88	5	224	31	18	22	28	1.97
56623660--56624141	165	2.9	166	88	4	677	30	18	20	31	1.96
56623998--56624505	72	6.5	73	75	12	399	29	16	19	34	1.94
56623997--56624715	88	9.0	76	72	14	420	28	16	19	35	1.93
56624356--56624391	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
56624487--56624548	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
56624137--56624716	255	2.3	249	85	6	757	27	16	18	36	1.93
56625358--56625397	15	2.7	15	81	14	55	85	5	10	0	0.75
56625393--56625426	15	2.3	15	94	0	59	61	32	0	5	1.20
56625388--56625427	16	2.5	15	84	8	53	65	27	2	5	1.27
56627527--56627641	41	2.8	42	84	5	146	26	24	12	36	1.91
56628443--56628489	21	2.2	21	92	0	76	44	34	4	17	1.68
56628852--56628892	14	2.9	14	85	0	64	53	24	2	19	1.57
56628831--56628970	7	19.0	7	70	15	50	41	37	0	20	1.57
56629012--56629056	14	3.2	14	83	0	54	48	28	0	22	1.50
56629323--56629441	40	3.0	40	79	0	139	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56629488--56629616	40	3.2	40	82	4	172	26	22	20	31	1.98
56630610--56630646	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
56631332--56631382	26	2.0	26	88	7	77	0	19	0	80	0.71
56631336--56631400	29	2.2	29	81	7	78	1	15	4	78	0.99
56632529--56632564	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
56633862--56633993	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
56633832--56633993	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
56633862--56633993	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
56640189--56640224	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
56641523--56641654	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
56641493--56641654	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
56641523--56641654	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
56645149--56645319	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
56645141--56645316	46	3.8	46	75	10	178	30	28	19	21	1.97
56647550--56647638	30	3.0	29	78	15	94	58	15	15	10	1.63
56647550--56647629	15	5.4	15	78	12	85	60	13	16	10	1.59
56647561--56647638	15	5.2	15	76	14	72	57	15	15	11	1.65
56650574--56650744	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
56650566--56650741	46	3.8	46	78	10	187	27	28	21	22	1.99
56650572--56650760	46	4.1	46	70	18	124	27	28	21	22	1.99
56653206--56653248	17	2.4	18	88	3	61	11	16	4	67	1.38
56653659--56653689	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56657899--56657967	27	2.5	27	90	2	102	30	30	14	24	1.95
56667234--56667375	40	3.6	39	89	3	205	24	21	27	26	1.99
56667234--56667438	39	5.2	40	83	5	231	25	21	26	26	1.99
56667234--56667447	79	2.7	79	81	6	229	25	21	26	26	1.99
56671275--56671422	43	3.5	42	85	1	190	32	22	14	31	1.93
56678394--56678423	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56682410--56682478	32	2.2	32	84	5	86	18	24	39	17	1.92
56685426--56685491	33	2.0	33	93	0	114	57	9	4	28	1.49
56685583--56685609	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
56686075--56686111	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
56685636--56688368	573	5.0	553	75	12	2059	36	15	11	37	1.83
56686808--56686835	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56692569--56692598	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56693750--56693811	29	2.1	29	85	5	81	14	20	38	25	1.91
56702369--56702677	46	6.7	45	79	10	329	21	20	29	28	1.98
56702409--56702577	47	3.6	47	76	10	202	21	20	29	28	1.98
56702359--56702677	93	3.4	93	90	2	455	21	21	29	27	1.99
56708777--56708952	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
56708774--56708944	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
56712002--56712217	46	4.7	47	74	17	197	21	19	30	27	1.98
56712006--56712270	45	5.8	45	75	14	249	21	20	30	28	1.98
56712002--56712262	92	2.8	93	94	2	458	21	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56719961--56719985	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
56721940--56721975	18	2.0	18	88	0	54	75	0	2	22	0.94
56722088--56722452	160	2.3	160	89	0	561	15	27	26	30	1.96
56730266--56730403	49	2.8	49	83	2	152	31	18	25	24	1.98
56730473--56730641	48	3.5	49	79	4	175	29	20	23	26	1.99
56730277--56730537	96	2.7	96	72	7	231	27	18	27	26	1.98
56730266--56730643	48	7.8	48	77	5	174	28	19	26	25	1.99
56732454--56734132	551	3.1	541	83	6	1932	36	14	11	37	1.83
56735523--56735649	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
56735539--56735689	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
56735539--56735688	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
56741897--56741970	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
56741838--56741970	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
56747403--56747476	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
56747344--56747476	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
56752200--56752326	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
56764474--56764498	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56764731--56764769	18	2.2	18	85	0	51	46	7	7	38	1.61
56764840--56764882	10	4.1	10	88	8	59	69	2	0	27	1.00
56764847--56764900	20	2.7	20	79	0	63	64	1	1	31	1.14
56764842--56764902	10	6.1	10	78	14	54	62	1	1	34	1.15
56770802--56770861	27	2.2	28	82	8	79	61	1	5	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56771360--56771392	16	2.1	16	94	0	57	33	27	18	21	1.96
56771578--56771639	11	5.9	11	73	21	53	29	27	0	43	1.55
56771578--56771639	20	3.0	21	81	15	67	29	27	0	43	1.55
56773422--56773467	18	2.6	18	85	0	65	17	30	10	41	1.84
56773901--56774198	55	5.2	54	68	18	174	41	2	7	47	1.45
56773852--56774237	116	3.3	116	92	0	619	40	3	8	48	1.48
56777247--56777792	251	2.2	251	89	2	837	27	20	18	33	1.96
56777266--56777784	126	4.1	126	90	2	819	26	21	18	33	1.96
56777872--56778068	96	2.0	98	83	9	253	42	15	1	41	1.56
56779075--56779117	22	1.9	23	90	4	70	65	2	0	32	1.06
56780498--56780546	25	2.0	25	100	0	98	75	4	12	8	1.16
56783034--56783141	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
56789359--56789530	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
56789364--56789530	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
56798583--56798807	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
56798802--56798931	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
56810972--56811196	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
56811191--56811320	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
56816008--56816172	40	4.2	40	81	2	190	26	27	21	25	1.99
56827645--56827763	47	2.5	47	86	2	148	28	31	8	31	1.87
56832267--56832581	46	6.8	46	79	12	349	20	20	29	28	1.98
56832264--56832434	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56832268--56832572	139	2.2	139	98	0	592	21	21	29	27	1.98
56835534--56835602	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
56835525--56835612	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
56837995--56838309	46	6.8	46	79	12	349	21	21	29	28	1.98
56837992--56838162	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
56837996--56838306	139	2.2	139	97	0	586	21	21	28	27	1.99
56841677--56841793	47	2.4	47	82	2	135	32	7	31	28	1.85
56843821--56844012	40	4.8	40	94	0	321	24	28	21	26	1.99
56848603--56848773	46	3.7	45	78	9	148	24	28	19	27	1.98
56848648--56848772	47	2.7	46	78	11	137	25	27	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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