genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76574186--76574256	8	8.9	8	72	20	51	30	0	2	66	1.06
76575463--76575655	41	4.7	41	90	0	280	23	24	21	30	1.99
76575463--76575679	41	5.3	40	89	0	272	22	23	20	33	1.97
76578167--76578298	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
76586043--76586116	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
76586100--76586175	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
76586043--76586175	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
76592165--76592237	28	2.6	28	89	6	114	27	13	31	27	1.94
76600039--76600112	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
76600096--76600170	28	2.6	29	78	4	89	22	20	34	22	1.96
76602860--76602986	45	2.9	45	82	10	131	26	27	21	24	1.99
76603312--76603466	43	3.6	43	91	0	256	29	31	26	12	1.92
76603459--76603566	38	2.8	38	83	5	139	30	26	22	20	1.98
76606810--76607031	47	4.8	46	83	8	229	28	15	30	25	1.96
76606809--76607032	93	2.4	95	84	5	287	28	15	30	25	1.96
76614427--76614470	20	2.2	20	88	8	63	25	13	9	52	1.70
76614523--76614569	24	1.9	25	95	4	87	40	21	14	23	1.90
76616498--76616664	27	6.2	27	86	5	196	43	20	17	19	1.89
76616655--76616867	27	7.9	27	75	4	151	27	14	19	38	1.91
76616630--76616799	81	2.1	80	80	6	182	32	16	15	35	1.91
76616654--76616844	81	2.4	81	81	0	220	29	15	18	37	1.91
76617729--76617760	16	2.0	16	93	0	55	46	25	6	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76618908--76618951	16	2.7	16	82	3	61	61	15	13	9	1.56
76619162--76619280	29	4.2	29	81	4	145	30	15	27	26	1.96
76622863--76622948	42	2.0	42	84	4	111	32	10	27	29	1.90
76626803--76626955	40	3.8	40	77	5	130	26	28	22	22	1.99
76633980--76634079	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99
76636176--76636225	16	3.2	15	83	8	55	54	16	20	10	1.70
76636450--76636552	29	3.6	29	75	8	104	27	15	32	25	1.96
76636440--76636551	57	2.0	57	84	10	149	28	14	30	26	1.95
76640073--76640266	27	7.2	27	83	2	221	42	22	14	19	1.88
76640073--76640266	54	3.6	53	86	3	255	42	22	14	19	1.88
76640229--76640498	27	10.0	27	81	6	262	26	15	20	38	1.91
76640269--76640471	80	2.5	81	80	5	250	25	15	18	40	1.90
76640268--76640498	107	2.1	108	84	3	304	23	15	20	40	1.91
76640258--76640498	54	4.5	54	84	3	297	24	15	19	39	1.91
76640828--76640876	18	2.7	18	83	0	62	24	24	10	40	1.86
76649748--76649967	40	5.5	39	85	5	257	26	26	21	25	2.00
76649748--76649972	79	2.8	79	80	8	269	26	26	22	25	2.00
76652920--76653041	43	2.9	42	72	11	122	28	20	17	33	1.95
76656381--76656431	16	3.2	16	80	0	57	49	19	19	11	1.79
76656655--76656729	28	2.7	29	77	10	75	24	13	34	28	1.93
76660675--76660752	29	2.8	28	80	7	95	23	14	33	29	1.93
76665531--76665584	20	2.7	20	94	0	90	14	31	37	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76666007--76666042	18	1.9	19	88	5	56	41	19	0	38	1.52
76666006--76666048	18	2.3	19	80	8	52	39	23	2	34	1.67
76667202--76667328	42	3.0	42	74	11	123	28	24	17	29	1.97
76669766--76669892	49	2.6	49	92	0	209	33	33	17	14	1.91
76678468--76678568	28	3.5	28	85	6	105	28	14	27	28	1.96
76682343--76682451	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
76683646--76683812	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
76690348--76690456	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
76691650--76691816	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
76697770--76697870	28	3.5	28	83	6	105	28	12	27	30	1.93
76697802--76697870	29	2.4	28	90	7	104	28	13	27	30	1.94
76700609--76700641	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
76701179--76701339	44	3.7	44	85	5	175	28	27	20	22	1.99
76712664--76712830	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76720664--76720830	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76722307--76722343	13	2.8	13	100	0	74	16	45	29	8	1.76
76724848--76724907	30	2.0	30	100	0	120	26	23	10	40	1.86
76726612--76726663	24	2.2	23	89	3	77	48	15	25	11	1.78
76726626--76726663	8	4.9	8	83	3	51	50	13	23	13	1.76
76726873--76726990	28	4.2	29	76	8	127	29	13	27	28	1.94
76728478--76728549	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
76731966--76732132	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76731982--76732132	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
76739971--76740137	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
76739987--76740137	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
76741332--76741439	56	1.9	56	83	7	139	28	16	18	36	1.93
76744151--76744208	30	1.9	31	85	3	82	22	20	13	43	1.87
76750952--76751078	52	2.5	49	80	9	130	26	13	27	32	1.94
76754847--76754916	28	2.5	28	86	4	97	28	12	25	32	1.93
76756616--76756674	30	2.0	29	90	9	93	59	8	10	22	1.56
76761047--76761177	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
76772262--76772391	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
76780328--76780457	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
76786612--76786711	49	2.0	49	86	0	137	26	14	21	39	1.91
76789586--76789633	20	2.5	19	83	6	53	39	16	10	33	1.83
76792177--76792227	16	3.1	17	75	8	52	54	17	17	9	1.69
76792336--76792380	17	2.5	18	82	7	56	22	24	35	17	1.95
76792336--76792371	18	1.9	19	88	5	56	25	22	36	16	1.94
76792835--76792888	27	2.1	26	86	6	74	48	22	14	14	1.81
76796836--76796950	29	4.0	29	81	2	126	26	14	29	29	1.95
76798646--76798817	46	3.7	46	76	13	181	28	27	21	22	1.99
76798651--76798821	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
76802920--76802945	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
76806103--76806205	29	3.6	28	78	5	107	21	15	33	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76813371--76813473	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76820429--76820476	24	2.0	24	100	0	96	20	25	4	50	1.66
76821642--76821847	40	5.2	40	97	0	378	26	28	22	22	1.99
76827602--76827666	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
76835399--76835492	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
76835395--76835529	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
76838215--76838308	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
76838211--76838345	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
76846044--76846137	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
76846040--76846174	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
76853184--76853386	40	5.1	40	92	0	336	27	27	22	23	1.99
76857659--76857698	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
76857820--76857947	38	3.3	39	83	4	145	36	26	16	20	1.93
76857858--76857960	38	2.7	38	85	5	138	33	25	20	21	1.97
76860905--76860958	26	2.1	26	89	0	81	29	33	16	20	1.95
76867400--76867571	47	3.7	47	79	13	219	22	19	29	27	1.98
76867450--76867625	46	3.8	46	77	1	199	20	19	30	29	1.97
76867403--76867617	93	2.3	93	94	0	367	21	20	30	28	1.98
76872678--76872725	20	2.4	18	83	16	60	29	20	2	47	1.61
76873372--76873412	15	2.7	15	88	0	64	53	12	0	34	1.38
76874088--76874148	27	2.3	27	83	5	72	1	29	3	65	1.18
76875932--76876062	47	2.8	46	74	16	135	30	19	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76876990--76877095	55	1.9	55	90	0	167	18	21	33	25	1.96
76881274--76881436	38	4.4	38	85	11	241	22	22	16	38	1.93
76881297--76881410	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
76881297--76881436	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
76881628--76881722	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
76881628--76881721	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
76881773--76881832	20	3.0	20	85	0	93	31	18	11	38	1.87
76881875--76881922	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76889596--76889758	38	4.4	38	85	11	241	22	22	16	38	1.93
76889619--76889732	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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