genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85570565--85570686	52	2.3	52	91	0	181	33	15	15	35	1.89
85571053--85571141	45	2.0	45	82	4	108	22	28	17	31	1.97
85570835--85572058	133	9.3	133	84	4	1450	25	26	19	29	1.99
85577966--85578258	15	20.3	15	66	19	108	61	2	8	27	1.36
85577986--85578077	22	4.6	20	70	17	66	61	1	8	28	1.32
85577966--85578182	3	73.3	3	68	9	88	63	2	7	26	1.34
85580463--85580596	60	2.2	62	82	9	168	27	19	24	28	1.99
85582322--85582429	26	4.2	26	91	2	164	32	8	23	36	1.84
85588251--85588296	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
85588385--85588437	28	1.9	27	88	3	79	26	15	26	32	1.95
85589327--85590103	387	2.0	390	92	1	1283	35	21	15	27	1.94
85590802--85590830	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
85591268--85591560	41	7.2	40	82	5	309	34	24	16	25	1.95
85591267--85591560	82	3.6	82	82	5	353	34	24	15	25	1.95
85591834--85591909	21	3.6	22	75	8	68	50	25	0	25	1.50
85591834--85591895	28	2.2	28	85	8	81	50	22	0	27	1.50
85593237--85593330	40	2.4	41	80	10	115	44	20	15	19	1.86
85593406--85593437	9	3.7	9	95	4	57	12	28	0	59	1.34
85594323--85594396	11	6.4	11	76	11	76	41	8	13	36	1.74
85594333--85594396	24	2.7	24	100	0	128	43	7	12	35	1.71
85594344--85594386	13	3.5	13	75	12	54	46	6	11	34	1.67
85598145--85598272	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85598162--85598239	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
85598158--85598270	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
85602587--85602628	21	2.0	21	95	0	75	30	9	7	52	1.61
85602636--85603073	239	1.8	239	94	3	760	34	18	14	33	1.91
85603201--85603301	9	10.9	9	78	10	105	45	22	0	30	1.59
85603206--85603283	38	2.0	40	92	5	133	46	21	0	32	1.52
85609040--85609106	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
85609181--85609295	43	2.7	43	94	0	203	25	33	18	22	1.96
85610638--85610670	12	2.8	12	100	0	66	66	0	9	24	1.20
85611547--85611594	20	2.5	20	86	3	62	62	0	8	29	1.24
85611581--85611624	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
85612198--85612230	8	4.0	8	92	7	57	0	12	0	87	0.53
85612199--85612231	9	3.8	9	96	4	59	0	9	0	90	0.44
85613210--85613257	15	3.1	15	83	13	62	77	0	2	20	0.88
85615964--85615993	12	2.5	12	100	0	60	66	6	10	16	1.41
85616861--85616908	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
85616895--85616938	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
85620492--85620530	19	2.0	20	85	5	53	51	2	12	33	1.54
85623940--85624049	26	4.2	26	91	0	175	35	24	6	33	1.81
85628848--85628878	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
85631985--85632094	26	4.2	26	91	0	175	36	23	5	34	1.78
85634842--85634874	4	8.8	4	87	12	52	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85634842--85634875	10	3.2	10	91	8	50	79	0	0	20	0.73
85634917--85634948	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
85635975--85636099	27	4.6	27	81	11	141	34	22	24	18	1.96
85635959--85636099	54	2.6	53	88	4	201	36	23	22	17	1.95
85637677--85637784	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
85638930--85639016	19	4.9	16	78	12	66	39	10	14	35	1.81
85638939--85638996	17	3.5	15	84	15	55	39	10	15	34	1.81
85638940--85639018	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
85638940--85639018	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
85638940--85639035	19	4.9	21	88	8	109	36	10	16	36	1.83
85640046--85640133	44	2.0	44	95	0	158	32	14	21	30	1.94
85640548--85640599	8	6.8	8	78	6	54	63	0	1	34	1.06
85640548--85640630	23	3.6	23	76	12	71	65	1	4	28	1.21
85640548--85640602	25	2.2	26	78	15	62	65	0	1	32	1.03
85640711--85640761	25	2.0	25	84	0	66	66	1	5	25	1.24
85642756--85642972	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
85642722--85643007	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
85643255--85643306	25	2.0	26	82	10	63	25	15	23	36	1.93
85644107--85644131	12	2.1	12	100	0	50	8	8	16	68	1.38
85644798--85644932	26	5.2	26	92	1	227	37	24	5	33	1.78
85645502--85645534	4	8.2	4	93	0	57	48	24	3	24	1.65
85648347--85648447	27	3.7	27	85	0	121	25	14	15	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85648705--85648749	23	1.9	24	90	4	74	22	6	51	20	1.70
85651937--85652038	27	3.8	27	90	0	141	26	12	17	43	1.85
85651962--85652059	27	3.6	27	83	5	126	24	12	21	41	1.87
85651954--85652059	54	2.0	54	90	0	167	24	13	20	41	1.88
85653939--85653964	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
85658396--85658430	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
85676471--85676505	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
85677075--85677198	45	2.6	48	81	10	121	33	20	18	26	1.96
85678262--85678305	13	3.4	13	80	0	52	38	25	0	36	1.56
85678388--85678662	46	6.0	46	88	1	345	21	21	14	41	1.89
85681044--85681079	19	1.9	19	88	5	56	0	22	2	75	0.94
85681307--85681356	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
85682012--85682049	19	2.0	19	89	0	58	42	26	10	21	1.85
85686067--85686152	30	2.9	30	92	0	145	17	51	6	24	1.70
85686428--85686518	40	2.2	41	96	3	166	26	12	2	59	1.44
85686699--85686781	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
85686703--85686785	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
85698806--85700014	86	14.0	87	84	6	1322	34	21	23	20	1.96
85698806--85700014	173	7.0	173	84	5	1350	34	21	23	20	1.96
85699691--85700004	78	3.8	79	82	8	292	38	21	21	18	1.93
85699805--85699964	43	3.7	43	73	14	148	38	21	20	20	1.94
85700535--85700619	30	2.8	30	94	0	143	17	49	7	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85700535--85700587	18	3.3	18	65	29	55	15	52	7	24	1.68
85701125--85701207	3	27.3	3	70	20	50	30	4	1	63	1.22
85701144--85701211	18	3.6	18	81	14	84	33	2	1	61	1.20
85701125--85701197	30	2.6	29	79	18	75	28	5	1	64	1.24
85701282--85701341	3	19.0	3	85	13	52	35	0	3	61	1.12
85701282--85701341	12	4.7	13	78	15	63	35	0	3	61	1.12
85735675--85736351	336	2.0	337	96	0	1248	39	17	15	27	1.90
85739298--85739338	15	2.8	15	81	3	57	46	2	7	43	1.44
85739490--85739628	67	2.1	67	100	0	278	37	10	26	25	1.88
85739958--85739982	12	2.1	12	100	0	50	68	16	8	8	1.38
85746755--85746786	4	7.8	4	93	6	55	50	0	3	46	1.17
85749859--85749968	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
85751577--85751714	26	5.2	26	86	7	170	17	23	23	35	1.95
85751577--85751714	52	2.6	55	88	5	194	17	23	23	35	1.95
85755602--85755684	26	3.2	25	94	3	139	34	4	24	36	1.77
85757301--85757440	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
85757301--85757440	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
85760709--85760857	37	4.1	37	80	4	158	16	15	28	40	1.88
85761002--85761107	26	4.1	26	89	3	162	37	23	4	33	1.76
85766755--85766862	25	4.2	26	92	3	175	37	24	5	33	1.79
85766755--85766862	51	2.1	51	93	3	182	37	24	5	33	1.79
85772458--85772565	26	4.2	25	92	2	171	37	23	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85780097--85780154	21	2.8	21	86	0	80	18	29	31	20	1.97
85782562--85782606	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
85782951--85783028	30	2.6	30	83	0	93	28	11	20	39	1.87
85793452--85793499	17	2.8	16	81	12	51	54	0	6	39	1.26
85793458--85793501	17	2.5	18	85	10	56	56	0	2	40	1.11
85794132--85794166	18	1.9	18	88	0	52	65	2	5	25	1.28
85798665--85798707	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
85799086--85799111	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
85800248--85800345	39	2.6	38	77	8	101	21	23	29	25	1.99
85803736--85803807	36	2.0	36	97	0	135	30	23	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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