genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78508292--78508329	19	2.0	19	85	10	51	26	2	0	71	1.00
78510222--78510262	18	2.2	19	86	4	57	58	0	4	36	1.20
78510223--78510284	19	3.3	19	76	13	56	58	0	4	37	1.20
78510529--78510602	10	7.8	9	72	14	51	29	1	2	66	1.14
78510524--78510608	37	2.2	38	81	8	93	29	2	2	65	1.17
78510524--78510608	19	4.5	18	75	11	73	29	2	2	65	1.17
78510540--78510617	38	2.1	37	81	11	88	28	1	2	67	1.11
78510689--78510971	90	3.2	85	84	11	367	32	9	20	37	1.85
78510689--78510975	86	3.3	87	85	8	377	33	9	20	37	1.85
78515724--78515767	13	3.5	13	75	12	56	40	0	4	54	1.21
78516733--78516770	19	2.0	19	100	0	76	36	5	31	26	1.79
78521540--78521566	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
78525192--78525243	26	2.0	26	100	0	104	26	11	0	61	1.30
78525199--78525261	26	2.5	26	80	10	60	31	4	1	61	1.26
78529793--78529850	26	2.2	25	82	11	64	22	5	3	68	1.24
78535333--78535381	23	2.0	26	84	11	68	38	14	6	40	1.71
78535488--78535536	16	3.1	16	81	0	62	51	0	0	48	1.00
78535580--78535687	20	5.8	18	70	20	62	52	3	2	40	1.33
78536039--78536093	27	2.0	27	92	0	92	25	23	20	30	1.98
78545890--78545923	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
78547908--78547986	38	2.1	38	82	0	95	35	26	18	18	1.95
78550547--78550585	15	2.5	15	83	8	51	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78551223--78551264	20	2.1	20	100	0	84	42	14	9	33	1.78
78551611--78551647	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
78553175--78553217	22	2.0	22	86	4	61	37	0	4	58	1.19
78559339--78559363	6	4.2	6	100	0	50	16	16	32	36	1.90
78559994--78560154	83	2.0	80	86	6	225	28	11	19	40	1.87
78560452--78560491	6	6.7	6	94	0	71	2	15	67	15	1.34
78571561--78571604	23	2.0	23	91	8	74	34	11	13	40	1.81
78572886--78572996	17	6.3	17	71	23	79	40	1	2	54	1.25
78572884--78572955	12	6.8	11	70	20	55	43	1	1	54	1.17
78574966--78575089	49	2.5	49	79	5	126	21	34	16	27	1.95
78587416--78587480	34	1.9	34	83	0	85	21	24	21	32	1.98
78590078--78590137	27	2.3	25	83	11	68	28	3	10	58	1.46
78592234--78592295	15	3.9	15	73	17	54	38	3	0	58	1.15
78596120--78596179	29	2.1	29	96	0	111	48	10	8	33	1.67
78596178--78596229	20	2.6	20	81	0	59	44	11	7	36	1.70
78608056--78608218	40	4.1	40	75	4	159	26	19	27	25	1.99
78616070--78616193	40	3.1	40	80	0	149	25	21	27	25	2.00
78629967--78630099	56	2.4	56	88	0	203	32	24	15	27	1.96
78639878--78639926	17	2.9	17	93	3	82	20	40	24	14	1.89
78642607--78642743	37	3.7	37	98	0	256	24	32	18	24	1.97
78642872--78644335	48	30.3	48	79	12	1264	31	27	7	33	1.85
78647277--78647337	27	2.3	27	94	0	104	36	18	14	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78651209--78651388	40	4.5	40	79	6	177	23	25	24	27	2.00
78659189--78659342	40	3.8	41	82	6	145	21	25	25	27	1.99
78659201--78659393	80	2.4	80	82	4	210	22	25	24	27	2.00
78659215--78659394	40	4.5	40	80	6	186	23	25	24	26	2.00
78661346--78661391	23	2.0	23	95	0	83	32	8	28	30	1.87
78664849--78664892	17	2.6	17	85	7	54	43	18	2	36	1.63
78667776--78667815	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
78667782--78667819	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
78667845--78667890	24	2.0	24	86	4	67	71	0	28	0	0.86
78669967--78670058	46	2.0	46	100	0	184	36	15	23	23	1.93
78669972--78670111	46	3.0	46	87	6	174	40	14	23	22	1.90
78673245--78673281	17	2.2	17	90	0	56	78	5	16	0	0.93
78676185--78676231	20	2.3	20	92	0	76	23	25	36	14	1.93
78676617--78676653	17	2.2	18	85	9	51	72	5	16	5	1.21
78678103--78678172	25	2.8	25	76	2	70	42	22	21	12	1.87
78678177--78678247	25	2.9	25	80	2	72	35	16	29	18	1.93
78680416--78680521	43	2.5	43	83	4	126	26	18	24	30	1.98
78688723--78688930	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
78688725--78688930	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
78695986--78696096	57	1.9	57	94	0	195	24	20	22	32	1.98
78703635--78703713	29	2.8	28	79	11	88	55	3	1	39	1.26
78704799--78704841	13	3.2	13	78	18	52	23	0	6	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78706107--78706151	20	2.2	20	80	7	56	62	2	0	35	1.08
78707531--78707580	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
78707551--78707609	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
78710075--78710172	26	3.7	27	86	6	121	20	16	26	36	1.93
78715790--78715890	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
78723702--78723802	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
78726628--78726812	86	2.1	87	86	2	248	34	12	9	43	1.75
78726761--78726867	55	1.9	55	90	0	169	37	9	6	46	1.62
78726816--78727085	87	3.2	87	81	6	304	31	11	11	46	1.75
78726937--78727085	82	1.8	79	85	7	210	31	12	11	44	1.77
78731031--78731088	26	2.1	28	81	12	68	36	1	1	60	1.17
78731051--78731093	20	2.1	21	86	4	61	27	0	4	67	1.10
78731382--78731643	20	13.0	20	74	4	195	43	7	14	34	1.73
78731379--78731682	81	3.8	80	78	6	283	42	8	14	34	1.76
78731384--78731727	101	3.4	101	75	10	274	41	8	15	34	1.78
78731379--78731649	40	6.7	40	82	1	272	43	7	13	35	1.73
78731424--78731675	20	12.4	20	68	15	108	41	7	14	36	1.75
78731379--78731662	121	2.3	121	82	0	307	43	8	14	34	1.75
78731626--78731705	41	1.9	42	85	7	110	35	8	18	37	1.82
78732302--78732360	21	2.8	21	71	19	59	40	1	3	54	1.27
78733832--78733887	30	1.9	29	85	7	78	25	5	7	62	1.42
78735414--78735515	18	5.6	17	73	13	55	72	0	21	4	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78735409--78735450	22	1.9	22	90	0	66	76	0	23	0	0.79
78735429--78735496	18	3.7	18	74	3	64	72	0	22	5	1.06
78737843--78737872	15	2.0	15	100	0	60	33	33	26	6	1.83
78739360--78739411	26	2.0	27	81	11	63	21	7	13	57	1.61
78742725--78742858	24	5.5	24	74	7	101	27	14	29	27	1.96
78755353--78755425	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
78757437--78757553	62	1.9	60	84	5	155	39	5	5	50	1.47
78761777--78761825	24	2.0	24	88	7	73	36	14	6	42	1.70
78765690--78765754	29	2.2	30	83	8	80	47	1	23	27	1.60
78770627--78770672	22	2.1	22	100	0	92	39	13	15	32	1.85
78771166--78771197	15	2.1	15	100	0	64	40	34	6	18	1.76
78772233--78772378	31	4.8	30	80	5	132	43	19	12	25	1.85
78775480--78775520	20	2.0	20	85	0	55	48	17	2	31	1.60
78775992--78776188	92	2.1	92	86	0	277	19	10	20	49	1.77
78776036--78776241	92	2.2	92	81	0	234	21	12	17	48	1.80
78780506--78780562	29	2.0	29	85	0	78	35	24	10	29	1.89
78792502--78792590	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
78792504--78792628	44	2.8	45	81	4	135	32	14	24	28	1.94
78796761--78796958	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78796827--78796944	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78796795--78796958	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78804331--78804528	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78804397--78804514	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78804365--78804528	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78808788--78808916	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
78812687--78812730	22	2.0	22	100	0	88	22	13	36	27	1.92
78813106--78813237	27	4.9	27	82	0	129	33	20	15	30	1.94
78813497--78813617	41	3.0	41	91	0	188	22	19	28	28	1.98
78816552--78816643	27	3.4	27	90	3	150	35	13	19	31	1.90
78816552--78816672	54	2.2	54	82	7	156	34	15	19	30	1.93
78816632--78816973	27	12.7	27	80	1	265	38	21	11	28	1.88
78817191--78817315	41	3.0	41	90	0	187	23	20	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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