genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18994534--18994590	30	1.9	30	88	0	87	15	28	35	21	1.94
19009383--19009503	65	1.9	65	84	5	165	33	12	7	46	1.70
19009387--19009544	64	2.4	65	77	7	158	34	11	8	45	1.70
19011130--19011187	28	2.1	28	84	9	84	60	5	3	31	1.35
19011135--19011186	28	1.9	26	92	7	86	57	5	3	32	1.40
19012759--19013190	44	9.6	44	71	10	234	28	21	20	29	1.98
19012831--19013149	89	3.5	89	72	11	252	27	20	21	30	1.98
19013153--19013717	131	4.3	131	88	0	835	26	23	20	28	1.99
19013376--19013584	87	2.4	88	77	5	215	27	23	20	28	1.99
19013132--19013718	263	2.2	261	87	1	854	27	22	21	28	1.99
19015938--19016087	80	1.9	79	83	6	196	48	6	16	28	1.72
19023204--19023262	25	2.3	24	83	13	66	54	0	6	38	1.27
19025929--19025961	12	2.5	13	85	14	50	51	3	0	45	1.16
19031103--19031149	21	2.2	21	85	11	60	55	4	6	34	1.45
19031209--19031499	3	98.0	3	73	8	193	60	1	7	30	1.34
19031354--19031384	16	1.9	16	93	0	53	64	0	9	25	1.24
19033060--19033434	88	4.3	88	86	4	472	29	20	22	28	1.98
19033151--19033406	44	5.8	44	71	9	182	27	20	23	28	1.99
19033123--19033435	44	7.1	43	67	14	176	28	20	22	28	1.99
19033498--19033640	44	3.3	44	67	16	125	24	20	20	33	1.97
19033422--19033701	87	3.2	87	93	2	472	23	21	21	33	1.97
19037968--19038143	46	3.8	46	78	16	193	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19037965--19038136	93	1.8	93	92	2	292	22	20	28	28	1.99
19040859--19040987	44	3.2	44	63	28	120	33	20	15	30	1.94
19040860--19041016	78	2.0	78	100	0	314	35	21	14	28	1.93
19041110--19041169	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
19041124--19041186	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
19045249--19045295	21	2.2	21	85	11	60	55	4	6	34	1.45
19045366--19045716	3	118.0	3	72	7	225	61	3	5	29	1.35
19047958--19048118	87	1.9	86	82	3	207	26	11	21	40	1.87
19049411--19049455	21	2.2	20	84	4	54	15	4	11	68	1.34
19049906--19049949	17	2.6	18	82	17	58	31	2	0	65	1.05
19049917--19049974	27	2.1	27	90	0	89	36	1	0	62	1.06
19049917--19049980	15	4.4	14	71	16	51	37	1	0	60	1.06
19050680--19050713	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19050992--19051038	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
19051418--19051448	16	1.9	16	93	0	53	19	6	0	74	1.03
19052538--19052590	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19053369--19053420	27	1.9	27	100	0	104	38	15	9	36	1.80
19054065--19054129	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
19057455--19057525	35	2.0	35	100	0	142	25	25	16	32	1.96
19059710--19059759	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
19060533--19060583	26	1.9	27	96	4	95	39	15	7	37	1.77
19061219--19061283	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19066102--19066132	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
19066974--19067023	24	2.0	26	88	7	77	66	6	0	28	1.15
19066964--19067052	21	4.1	21	75	19	67	70	6	0	22	1.10
19068305--19068357	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
19069842--19069903	32	1.9	32	100	0	124	38	25	4	30	1.77
19071113--19071195	6	13.5	6	74	18	73	46	16	18	18	1.84
19071113--19071195	19	4.5	18	75	19	73	46	16	18	18	1.84
19071127--19071199	25	3.0	25	89	2	112	45	16	20	17	1.86
19071122--19071225	31	3.6	29	81	15	108	47	14	19	19	1.83
19071627--19071849	27	8.3	27	85	0	302	22	20	19	36	1.95
19071834--19071932	27	3.7	27	79	0	108	27	8	21	43	1.80
19071627--19071853	54	4.2	54	88	2	339	22	20	19	37	1.95
19071834--19071946	54	2.1	54	83	3	138	27	7	22	42	1.81
19071843--19072011	54	3.1	54	76	3	124	32	7	22	37	1.83
19071940--19072139	27	7.4	27	86	1	283	41	8	23	27	1.83
19071940--19072147	54	3.8	54	94	0	344	40	8	23	27	1.83
19072150--19072291	27	5.3	27	82	6	153	30	7	21	40	1.80
19072141--19072291	81	1.9	81	84	2	205	30	6	22	40	1.79
19073902--19074005	27	3.9	27	75	7	95	37	20	19	23	1.94
19075532--19075593	31	2.0	31	81	15	74	17	8	9	64	1.47
19075688--19075853	71	2.4	71	94	1	289	40	6	16	37	1.73
19078530--19078632	38	2.7	38	87	3	145	18	20	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19079643--19079685	15	2.8	16	79	13	54	27	0	25	46	1.53
19083618--19083666	19	2.5	20	83	12	66	32	22	0	44	1.53
19084362--19084395	17	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
19084825--19084865	22	2.0	20	90	9	64	4	9	12	73	1.24
19087201--19087236	18	1.9	19	88	5	56	36	0	5	58	1.22
19088429--19088458	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
19091050--19091087	20	1.9	20	84	10	51	68	5	0	26	1.11
19091050--19091088	21	1.9	20	84	5	51	69	5	0	25	1.09
19092099--19092128	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
19095770--19095990	96	2.3	96	83	9	274	43	1	16	38	1.59
19095815--19095989	95	1.9	90	84	10	217	44	2	16	37	1.60
19096044--19096444	126	3.2	126	90	1	635	32	18	21	27	1.96
19099475--19099849	116	3.2	116	95	0	644	48	8	2	40	1.47
19100246--19100283	18	2.1	18	90	0	58	42	15	23	18	1.89
19100900--19100926	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
19100892--19100925	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
19102029--19102059	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
19102086--19102135	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
19102086--19102137	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
19102086--19102149	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
19105150--19105257	11	9.9	11	69	27	63	42	1	1	53	1.22
19105169--19105256	31	2.8	31	79	8	90	44	2	1	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19112813--19112865	18	3.1	18	81	10	74	47	15	5	32	1.68
19112812--19112864	16	3.2	16	82	10	70	45	15	5	33	1.69
19128307--19128344	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
19128880--19128940	22	2.7	23	77	7	63	44	16	19	19	1.87
19128850--19128940	23	4.0	23	75	13	89	40	18	23	17	1.91
19129094--19129123	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
19141885--19141920	19	1.9	18	88	5	54	44	8	19	27	1.79
19144056--19144094	11	3.5	11	82	3	51	56	15	2	25	1.52
19145615--19145747	64	2.1	64	79	0	140	23	21	23	32	1.98
19150107--19150131	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
19153443--19153493	5	10.0	5	80	16	52	17	1	1	78	0.94
19154140--19154195	21	2.7	19	76	15	58	17	35	21	25	1.95
19156331--19156371	21	2.0	21	95	0	73	39	7	9	43	1.65
19159937--19160008	31	2.4	28	80	11	72	44	12	5	37	1.66
19160288--19160322	17	2.1	17	88	0	52	60	5	2	31	1.35
19180381--19180445	8	8.0	8	77	14	62	26	1	0	72	0.94
19180391--19180445	25	2.3	23	84	9	74	23	1	0	74	0.91
19180392--19180465	31	2.4	31	83	2	85	27	1	1	70	1.04
19180533--19180558	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
19184065--19184128	30	2.1	30	85	0	83	34	9	20	35	1.85
19196342--19196507	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
19196342--19196512	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197734--19197758	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19200923--19200956	17	2.0	17	94	0	59	41	17	2	38	1.65
19201452--19201488	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
19201738--19201780	21	2.0	21	81	0	50	9	51	13	25	1.71
19202632--19202670	19	2.1	19	85	0	51	48	2	5	43	1.38
19204959--19205143	43	4.3	43	89	0	271	32	29	17	20	1.95
19205866--19205894	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
19209188--19209213	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
19210946--19210973	5	5.6	5	100	0	56	39	0	17	42	1.50
19210985--19211070	9	9.6	9	87	0	127	32	1	22	44	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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