genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67868297--67868550	49	5.1	49	95	1	463	32	8	27	31	1.86
67871255--67871421	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
67871271--67871419	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
67873116--67873245	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
67883916--67884224	49	6.4	49	95	2	502	29	9	31	29	1.88
67884326--67884446	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	21	1.97
67886537--67886725	29	6.6	29	97	0	344	26	15	32	25	1.95
67890239--67890457	49	4.5	49	92	3	336	29	9	31	29	1.88
67890553--67890637	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
67900276--67900328	24	2.2	24	77	12	56	30	24	24	20	1.99
67901498--67901529	14	2.3	14	100	0	64	21	0	28	50	1.49
67903606--67903679	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
67903663--67903738	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
67911486--67911559	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
67911543--67911617	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
67911486--67911617	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
67921944--67922063	46	2.6	46	81	7	127	26	27	15	30	1.95
67924456--67924519	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
67924710--67924875	24	7.0	24	91	4	248	26	21	22	29	1.99
67924710--67924875	70	2.3	72	88	4	246	26	21	22	29	1.99
67924933--67924985	9	5.4	9	75	16	52	37	20	9	32	1.85
67924925--67924991	20	3.3	20	89	0	107	34	20	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67925028--67925075	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
67926910--67926986	6	12.5	6	68	15	50	46	12	19	20	1.83
67926910--67926986	31	2.5	31	86	0	109	46	12	19	20	1.83
67927123--67927224	27	3.8	26	87	5	132	37	21	22	18	1.94
67927133--67927250	54	2.2	55	77	7	125	38	22	22	16	1.92
67927871--67928146	81	3.4	81	87	1	367	25	18	19	36	1.94
67927872--67928146	27	10.2	27	84	1	313	25	18	18	36	1.94
67928155--67928452	27	11.0	27	86	1	402	39	10	23	27	1.86
67928141--67928483	54	6.4	54	83	5	399	38	10	23	28	1.87
67928141--67928483	81	4.2	81	81	5	363	38	10	23	28	1.87
67930502--67930615	45	2.6	44	78	8	108	28	26	19	25	1.98
67945911--67945995	39	2.2	39	97	2	161	43	17	2	36	1.62
67949957--67949995	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
67950374--67950408	17	2.1	17	89	5	54	51	17	5	25	1.67
67954780--67954941	47	3.4	47	91	0	252	22	17	30	30	1.96
67957749--67957828	15	5.4	15	79	7	74	11	18	13	56	1.67
67957740--67957827	30	3.0	30	78	8	81	11	18	15	54	1.70
67960254--67960382	47	2.6	47	85	7	177	22	17	29	30	1.97
67966160--67966446	48	6.0	48	83	1	344	35	27	18	18	1.94
67966226--67966446	96	2.3	96	99	0	433	37	25	19	18	1.94
67967056--67967091	17	2.1	17	100	0	72	33	5	11	50	1.61
67975985--67976027	19	2.3	19	84	4	61	46	4	4	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67978432--67978466	17	2.0	18	88	5	54	25	25	28	20	1.99
67978803--67979107	27	11.4	27	75	8	266	39	18	10	31	1.84
67978802--67979095	134	2.2	134	100	0	588	39	18	10	31	1.84
67979103--67979207	54	2.0	53	90	1	165	34	21	19	24	1.96
67979105--67979207	27	3.8	27	86	0	143	34	22	18	24	1.96
67979385--67979435	26	1.9	26	88	4	75	23	21	21	33	1.97
67979358--67979443	27	3.2	27	79	11	79	23	19	19	37	1.94
67979598--67979714	33	3.8	30	80	9	94	23	23	26	26	2.00
67979626--67979713	33	2.7	33	89	0	122	26	22	26	25	2.00
67984377--67984556	27	6.7	26	73	8	121	41	18	10	30	1.83
67984383--67984569	80	2.3	81	83	7	229	41	18	9	31	1.82
67984385--67984556	54	3.2	53	80	7	170	41	17	9	30	1.82
67984412--67984582	27	6.3	27	77	6	150	42	16	8	32	1.79
67984576--67984663	27	3.3	27	88	0	131	37	18	18	26	1.93
67984829--67984884	27	2.1	26	83	3	67	23	21	21	33	1.97
67985074--67985164	33	2.8	33	86	0	119	25	20	26	27	1.99
67986232--67986399	24	7.0	24	87	2	230	28	20	21	29	1.98
67986448--67986514	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
67993113--67993222	27	4.1	27	72	6	89	40	22	9	28	1.84
67993289--67993373	27	3.2	26	77	9	91	35	17	21	25	1.95
67993292--67993374	26	3.2	25	79	8	85	34	18	20	26	1.95
67993514--67993620	27	4.1	26	76	10	101	20	21	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67996666--67996815	41	3.5	43	75	10	137	28	17	23	30	1.97
67997590--67997672	31	2.7	31	92	1	132	28	22	16	31	1.96
67997890--67998064	26	6.8	26	90	0	264	29	22	21	26	1.99
67998114--67998200	20	4.3	20	91	2	122	32	17	9	41	1.81
67998907--67998990	27	3.1	27	89	3	125	20	27	22	29	1.98
67999029--67999388	27	13.3	27	78	5	255	30	8	20	39	1.83
67999029--67999374	54	6.4	54	80	3	291	30	8	19	40	1.83
67999112--67999374	81	3.3	80	84	2	323	29	7	20	41	1.81
67999058--67999509	54	8.4	54	79	5	245	33	8	19	38	1.83
67999340--67999496	27	5.8	27	87	1	190	39	10	20	29	1.85
68003844--68004019	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68003840--68004011	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68006972--68007040	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
68006963--68007050	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
68009434--68009609	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68009430--68009601	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68014269--68014438	46	3.7	46	78	9	204	21	21	28	28	1.99
68014663--68014700	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68022252--68022416	40	4.2	39	79	6	165	23	27	23	26	2.00
68030995--68031125	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
68030995--68031125	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
68038413--68038593	46	3.9	46	80	9	224	20	21	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68038415--68038586	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68043240--68043277	17	2.2	17	100	0	76	10	39	26	23	1.87
68044728--68044755	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
68046083--68046525	51	9.1	50	86	6	556	31	12	28	27	1.92
68046083--68046525	98	4.5	98	89	3	660	31	12	28	27	1.92
68046499--68046589	46	2.0	46	88	0	137	32	7	31	27	1.85
68046733--68046914	37	4.9	37	95	0	319	23	18	32	25	1.97
68048182--68048453	40	6.8	40	89	1	402	25	21	27	25	1.99
68051958--68052108	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
68051995--68052124	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
68051957--68052124	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
68055392--68055830	47	9.1	47	84	6	574	30	12	30	26	1.92
68055392--68055830	98	4.5	98	92	1	690	30	12	30	26	1.92
68055688--68055765	25	3.2	25	65	17	74	29	10	30	29	1.90
68055804--68055894	46	2.0	46	88	0	137	32	7	31	27	1.85
68056042--68056223	37	4.9	37	95	0	310	24	18	31	26	1.97
68057468--68057580	46	2.5	44	76	15	106	26	31	16	24	1.96
68060971--68060995	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
68068419--68068596	37	4.8	37	91	0	275	26	31	17	24	1.97
68068744--68069021	48	5.8	48	82	7	284	30	28	7	33	1.85
68068990--68069061	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
68068899--68069090	47	4.1	47	87	2	235	28	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68068821--68069090	94	2.9	93	80	7	244	29	30	8	32	1.86
68073187--68073457	40	6.8	40	94	0	463	25	28	21	23	1.99
68073161--68073457	119	2.5	120	90	1	470	26	29	21	23	1.99
68074723--68074863	37	3.8	37	91	2	221	26	31	17	24	1.97
68075011--68075254	48	5.0	48	90	3	391	31	27	5	35	1.80
68075069--68075405	48	7.1	46	83	9	283	28	29	8	33	1.87
68075011--68075383	96	3.9	95	82	7	375	28	28	8	34	1.86
68075117--68075405	47	6.1	47	88	2	225	28	29	8	33	1.87
68082703--68082875	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
68082700--68082870	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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