genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5859612--5859717	42	2.5	43	82	3	142	35	25	22	16	1.94
5859635--5859707	21	3.4	21	96	3	128	32	28	26	12	1.92
5861155--5861190	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
5862229--5862259	12	2.6	12	94	0	53	29	9	0	61	1.28
5863783--5863817	17	2.1	17	94	0	61	37	22	5	34	1.78
5863790--5863827	17	2.2	17	86	9	51	42	21	5	31	1.75
5863838--5863918	38	2.1	38	97	0	153	34	23	11	30	1.90
5867297--5867339	23	1.9	22	81	13	52	32	13	4	48	1.63
5868599--5868647	21	2.3	20	76	10	53	4	26	0	69	1.06
5869871--5869895	11	2.3	11	100	0	50	68	8	16	8	1.38
5877169--5877199	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
5877412--5877450	20	2.0	20	90	10	62	33	0	5	61	1.18
5877421--5877524	48	2.1	47	81	12	111	35	5	2	55	1.39
5878505--5878580	39	1.9	39	100	0	152	25	23	13	38	1.91
5889228--5889253	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
5890135--5890570	80	5.8	72	79	10	430	28	16	23	30	1.97
5890130--5890499	151	2.4	151	97	1	688	28	16	23	31	1.96
5890589--5890740	50	2.9	53	79	14	181	31	15	18	34	1.92
5891808--5891838	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
5892051--5892089	20	2.0	20	90	10	62	33	0	5	61	1.18
5893152--5893226	38	1.9	39	97	2	143	25	24	13	37	1.91
5893542--5893707	53	3.1	53	87	6	212	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5896891--5896944	24	2.2	25	90	3	83	68	22	3	5	1.26
5899477--5899636	52	3.1	52	80	4	196	29	26	18	25	1.98
5901547--5901590	22	2.0	22	86	0	61	15	9	13	61	1.56
5901555--5901632	36	2.2	36	85	0	102	21	5	12	60	1.52
5902660--5902687	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
5904014--5904064	20	2.5	20	83	0	75	21	17	19	41	1.91
5908163--5908217	16	3.4	16	90	5	85	38	5	27	29	1.79
5908199--5908291	44	2.1	46	90	8	147	32	5	26	35	1.79
5908425--5908469	15	2.9	15	90	3	63	51	0	0	48	1.00
5910184--5910248	33	1.9	34	84	9	89	46	3	3	47	1.33
5910292--5910348	22	2.5	23	80	8	55	49	3	0	47	1.18
5910454--5910521	23	3.0	23	82	4	75	48	1	2	47	1.26
5915500--5915646	42	3.3	42	82	8	161	28	27	14	29	1.95
5915568--5915733	47	3.5	47	83	3	138	30	28	14	26	1.95
5915758--5915911	31	5.0	31	88	0	227	27	26	18	27	1.98
5915882--5916008	50	2.5	51	93	1	211	25	23	15	34	1.95
5922008--5922070	15	3.9	15	75	17	56	31	1	0	66	1.01
5924000--5924040	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
5924708--5924734	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5928605--5928654	23	2.3	23	83	13	61	62	0	2	36	1.07
5928615--5928661	15	3.5	13	82	11	51	65	0	4	29	1.11
5928661--5928737	15	4.9	15	67	17	50	67	3	27	1	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5934120--5934163	17	2.6	17	96	0	79	59	4	25	11	1.51
5935900--5935937	8	4.8	8	83	9	51	57	0	2	39	1.12
5935899--5935945	24	2.0	24	83	8	60	59	0	4	36	1.17
5935998--5936029	16	2.0	16	93	0	55	71	0	28	0	0.86
5935998--5936032	15	2.2	16	90	5	54	74	0	25	0	0.82
5937599--5937656	30	2.0	29	83	10	73	50	3	17	29	1.62
5940089--5940591	46	10.9	46	93	2	751	40	14	23	21	1.90
5941767--5941818	13	3.7	13	74	18	50	15	48	30	5	1.68
5943562--5943668	42	2.5	41	77	10	106	16	25	14	42	1.87
5945961--5946009	24	2.0	24	92	0	80	34	12	10	42	1.76
5949108--5949137	11	2.6	11	94	5	51	53	0	0	46	1.00
5958152--5958345	99	2.0	99	84	0	253	35	11	13	39	1.81
5975318--5975352	6	5.8	6	93	0	61	17	28	34	20	1.95
5977026--5977058	14	2.3	15	89	5	50	33	0	6	60	1.21
5979827--5979851	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
5982739--5983235	91	5.5	90	86	3	606	34	19	18	28	1.95
5983148--5984389	122	10.1	123	85	2	1651	33	17	18	31	1.94
5983148--5984389	611	2.0	612	87	2	1762	33	17	18	31	1.94
5990089--5990139	20	2.6	19	78	6	57	37	5	7	49	1.56
5990649--5990690	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
5990759--5990826	23	3.2	20	82	15	75	8	1	30	58	1.37
5990756--5990856	21	4.5	22	78	16	100	12	1	29	55	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5991162--5991244	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
5991162--5991244	18	4.4	18	79	13	87	30	3	1	65	1.17
5991161--5991248	27	3.3	26	73	12	81	30	3	1	64	1.17
6002807--6002863	17	3.6	17	71	22	61	29	50	0	19	1.47
6002853--6002939	43	2.0	43	100	0	174	40	22	16	20	1.91
6003294--6003457	3	54.3	3	74	11	104	31	4	2	61	1.28
6003408--6003437	14	2.1	14	93	0	51	26	0	0	73	0.84
6003409--6003457	20	2.5	20	89	0	71	30	0	0	69	0.89
6004050--6004283	126	1.9	126	92	0	396	26	16	17	39	1.91
6011749--6012050	127	2.3	128	83	4	358	38	10	14	36	1.81
6015282--6015322	21	2.0	21	90	0	64	58	7	0	34	1.26
6016659--6016720	30	2.0	29	84	9	79	48	8	14	29	1.72
6025219--6025270	26	1.9	28	84	7	72	38	7	9	44	1.66
6032127--6032257	65	2.0	65	95	0	235	29	7	36	25	1.84
6033429--6033498	31	2.3	30	83	7	97	35	1	10	52	1.44
6033440--6033497	31	1.9	30	92	3	98	31	1	12	55	1.47
6033703--6033861	73	2.2	72	94	2	275	45	5	4	44	1.47
6041046--6041110	33	2.0	33	82	11	80	49	1	3	46	1.27
6041273--6041321	21	2.3	22	85	7	73	44	4	8	42	1.53
6041715--6041780	32	2.1	32	94	0	114	27	13	13	45	1.81
6043881--6043934	27	2.0	27	85	0	72	31	27	20	20	1.97
6043930--6044034	40	2.6	40	87	0	138	33	22	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6044101--6044225	40	3.1	40	80	4	162	38	20	16	24	1.93
6043908--6044311	195	2.1	195	82	1	479	32	19	20	27	1.97
6045355--6045412	21	2.8	20	79	7	62	18	0	37	43	1.51
6045379--6045444	7	9.7	7	75	4	64	16	1	39	42	1.58
6045383--6045444	14	4.5	14	79	4	72	16	1	41	40	1.57
6045379--6045444	27	2.4	27	78	9	71	16	1	39	42	1.58
6047768--6047796	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
6048155--6048197	21	2.0	22	90	4	70	39	16	27	16	1.90
6048402--6048492	47	1.9	47	93	0	155	23	6	21	48	1.73
6048631--6048721	43	2.1	43	83	4	112	25	18	26	29	1.98
6050373--6050542	51	3.2	51	84	11	223	31	14	24	29	1.95
6050422--6050545	58	2.1	58	96	0	230	33	12	25	29	1.92
6063388--6063434	23	2.0	23	95	0	85	51	0	10	38	1.37
6068298--6068348	20	2.5	21	81	6	61	74	1	7	15	1.13
6070692--6070724	11	3.2	11	87	12	52	42	0	0	57	0.98
6070683--6070735	18	2.8	19	83	11	65	43	0	0	56	0.99
6070687--6070736	20	2.5	19	78	15	57	44	0	0	56	0.99
6083478--6083608	68	1.9	68	96	0	244	41	12	21	24	1.88
6083480--6083645	68	2.4	68	86	2	226	42	14	18	24	1.88
6087182--6087207	11	2.4	11	100	0	52	19	0	7	73	1.07
6089928--6089964	19	1.9	19	89	10	58	43	0	5	51	1.24
6090563--6090602	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6093733--6093762	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
6097295--6097421	28	4.6	27	82	7	141	29	15	27	27	1.96
6097296--6097421	54	2.3	57	81	9	145	29	15	26	27	1.96
6097270--6097419	82	1.8	81	89	1	237	30	17	25	27	1.97
6108914--6108970	25	2.3	25	78	6	62	35	21	24	19	1.96
6112079--6112104	13	2.0	13	100	0	52	0	0	15	84	0.62
6113915--6113971	24	2.4	24	90	0	96	45	7	7	40	1.58
6117094--6117140	9	5.1	9	79	10	51	34	2	0	63	1.06
6117096--6117129	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
6118221--6118258	19	2.0	19	94	0	67	28	10	13	47	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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