genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83501162--83501292	66	2.0	66	98	0	253	34	16	21	27	1.95
83507569--83507597	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
83507817--83507958	37	3.8	37	77	5	117	20	14	28	37	1.91
83508367--83508407	18	2.3	18	100	0	82	46	4	17	31	1.69
83512819--83512847	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
83513528--83513556	15	1.9	15	100	0	58	55	13	17	13	1.70
83519013--83519074	13	4.8	13	76	13	65	32	6	22	38	1.80
83521102--83521361	72	3.7	72	89	2	375	55	13	5	26	1.59
83521786--83521855	18	3.9	18	92	0	113	38	12	14	34	1.84
83523285--83523324	10	3.8	10	86	6	53	22	17	0	60	1.37
83527512--83527573	31	2.0	31	96	0	115	37	19	27	16	1.93
83532740--83532798	28	2.1	28	93	0	100	38	18	6	35	1.78
83533910--83534212	45	6.8	45	86	2	398	28	18	13	39	1.89
83533916--83534212	89	3.3	90	86	4	422	27	18	14	39	1.89
83533910--83534212	133	2.3	134	88	5	452	28	18	13	39	1.89
83533916--83534247	90	3.7	89	80	9	349	27	18	15	39	1.90
83535395--83535580	102	1.8	102	80	0	228	31	13	8	46	1.74
83544327--83544353	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
83544679--83544718	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
83548201--83548225	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
83552427--83552456	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
83553515--83553792	34	9.0	33	68	23	135	36	1	18	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83553544--83553615	22	3.0	24	82	10	85	34	1	18	45	1.58
83553637--83553693	25	2.3	26	90	6	91	33	1	22	42	1.64
83553607--83553791	59	3.1	59	85	7	262	35	1	20	43	1.61
83553687--83553785	30	3.2	31	77	20	116	36	2	19	42	1.63
83553587--83553809	64	3.5	63	82	9	276	34	1	21	43	1.63
83553584--83553845	64	4.1	63	82	9	266	34	1	20	43	1.62
83553901--83554356	126	3.6	126	90	0	671	38	16	17	27	1.91
83554348--83554385	18	2.1	18	100	0	76	55	5	13	26	1.59
83557869--83557911	18	2.4	18	88	0	59	39	9	30	20	1.84
83559491--83559557	19	3.6	18	71	16	64	62	4	1	31	1.24
83559482--83559563	38	2.2	38	95	0	146	63	6	2	28	1.31
83561196--83561241	23	2.0	23	86	0	65	45	6	13	34	1.69
83561297--83561411	54	2.1	54	83	3	142	36	11	18	33	1.86
83561324--83561503	94	1.9	93	80	6	211	40	14	16	29	1.88
83561429--83561833	54	7.5	54	76	2	366	41	15	16	26	1.88
83561442--83561832	162	2.4	162	80	1	453	41	14	16	27	1.87
83566829--83566999	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
83574826--83575010	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	23	1.99
83578111--83578258	40	3.8	39	81	10	153	27	21	26	24	1.99
83586131--83586301	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
83588703--83588750	21	2.2	21	82	10	53	64	4	4	27	1.30
83590347--83590400	21	2.5	21	84	3	72	46	22	0	31	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83591570--83591845	90	3.1	90	85	2	322	31	14	26	27	1.95
83591899--83591958	19	3.4	19	63	32	51	45	13	11	30	1.79
83598937--83598971	14	2.4	15	85	9	54	42	0	8	48	1.33
83599786--83599954	85	2.0	86	80	5	191	30	19	18	31	1.96
83599832--83600877	522	2.0	522	88	1	1531	35	19	13	31	1.90
83601712--83601755	21	2.1	21	83	8	54	38	18	11	31	1.86
83603569--83603602	17	2.0	17	100	0	68	47	17	11	23	1.81
83611038--83611084	24	2.0	24	95	0	85	34	17	19	29	1.94
83624387--83624490	53	2.0	53	96	0	190	36	18	13	31	1.89
83628035--83628106	36	2.0	36	83	0	90	47	12	13	26	1.79
83629134--83629193	24	2.5	24	89	5	86	50	1	30	18	1.57
83630670--83630935	46	6.0	45	85	8	339	22	23	14	39	1.91
83630848--83630923	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
83633072--83633123	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
83644937--83644973	13	2.8	13	100	0	74	0	16	51	32	1.45
83656553--83656711	29	5.6	29	84	3	178	25	15	32	25	1.96
83656553--83656662	56	1.9	58	90	3	179	28	14	30	27	1.95
83656553--83656710	85	1.9	85	83	0	208	25	15	32	25	1.96
83664372--83664561	29	6.6	29	85	1	211	25	16	32	25	1.96
83670779--83670836	24	2.4	24	94	5	100	53	0	31	15	1.42
83672422--83672631	39	5.4	39	92	0	330	24	31	20	23	1.98
83677055--83677116	30	2.1	30	100	0	124	29	22	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83682019--83682092	33	2.2	33	87	0	103	16	27	33	22	1.95
83695172--83695267	27	3.6	27	80	5	106	31	26	13	29	1.94
83695381--83695421	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
83701115--83701157	19	2.3	19	79	0	50	11	11	18	58	1.63
83701178--83701229	3	16.7	3	92	7	86	1	0	30	67	1.02
83701186--83701229	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
83701224--83701266	19	2.3	19	83	0	50	13	11	30	44	1.80
83702312--83702371	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
83703963--83704001	16	2.5	15	80	19	53	28	5	5	61	1.39
83703955--83703998	18	2.7	16	86	10	54	29	4	4	61	1.36
83704582--83704645	30	2.1	31	85	8	87	40	0	1	57	1.08
83704949--83704993	17	2.6	18	82	13	58	53	0	0	46	1.00
83704963--83704987	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
83714131--83714210	42	2.0	40	85	9	108	13	41	23	21	1.89
83714317--83714341	12	2.1	12	100	0	50	0	24	32	44	1.54
83715466--83715573	26	4.2	26	92	2	173	32	7	23	37	1.82
83718223--83718441	47	4.7	47	77	12	193	22	28	19	29	1.98
83718227--83718441	94	2.3	92	81	7	254	22	28	19	29	1.98
83720538--83720571	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
83722120--83722160	3	13.3	3	89	5	64	63	0	36	0	0.95
83725601--83725689	30	3.0	30	86	0	115	42	24	10	22	1.84
83725773--83725843	29	2.4	29	88	0	106	36	28	11	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83726052--83726157	54	1.9	54	84	7	142	26	26	12	34	1.92
83726259--83726294	16	2.3	16	90	4	56	30	22	19	27	1.98
83728382--83728415	17	2.0	17	100	0	68	64	5	5	23	1.38
83728462--83728526	31	2.0	31	85	11	87	50	0	4	44	1.22
83730779--83731058	9	29.6	9	69	17	76	60	5	2	31	1.33
83730889--83730923	10	3.5	10	100	0	70	62	8	0	28	1.24
83730879--83730923	20	2.2	20	88	7	65	62	11	0	26	1.29
83731479--83731706	9	24.6	9	66	21	89	33	1	3	61	1.21
83731610--83731653	22	2.0	22	91	8	72	29	0	6	63	1.20
83732147--83732177	9	3.4	9	100	0	62	51	0	0	48	1.00
83734900--83734942	22	2.0	22	100	0	86	39	32	13	13	1.85
83740993--83741021	12	2.3	13	94	5	51	17	20	0	62	1.33
83749634--83749717	31	2.6	33	81	7	109	14	20	17	47	1.82
83760564--83760656	46	2.0	46	97	0	177	27	21	16	34	1.95
83763101--83763133	18	1.9	17	88	11	50	21	15	9	54	1.68
83764703--83764814	43	2.6	42	81	2	143	30	16	22	31	1.95
83764693--83764821	42	3.0	42	80	2	150	30	14	23	31	1.94
83765531--83765564	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
83771849--83771956	26	4.2	26	92	0	171	34	7	22	36	1.82
83773545--83773685	27	5.2	26	85	6	183	17	23	23	36	1.95
83773545--83773685	54	2.6	53	94	2	237	17	23	23	36	1.95
83773557--83773700	27	5.3	26	77	14	78	20	24	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83775098--83775208	42	2.6	42	73	8	100	28	13	25	32	1.94
83775911--83775944	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
83785711--83786153	233	1.9	232	80	8	524	40	15	11	32	1.83
83787329--83787746	94	4.4	94	79	5	364	34	14	24	25	1.94
83787327--83787746	188	2.2	188	80	4	463	35	14	24	25	1.94
83792540--83792855	80	4.0	79	82	5	359	32	14	12	40	1.84
83799427--83799490	30	2.1	31	82	2	76	62	10	1	25	1.37
83799520--83799565	22	2.1	22	83	0	56	58	8	8	23	1.56
83807636--83807666	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
83807914--83807978	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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