genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77557416--77557459	19	2.3	19	88	0	61	22	15	36	25	1.94
77557799--77558212	27	15.4	27	81	4	369	38	17	9	34	1.82
77557778--77558224	107	4.2	108	82	4	474	38	19	9	32	1.83
77558773--77558841	27	2.6	27	75	6	70	24	17	27	30	1.97
77559732--77559772	22	1.9	22	90	5	66	12	39	26	21	1.89
77565963--77566136	46	3.8	45	78	14	185	28	19	29	22	1.98
77577458--77577578	28	4.2	29	85	5	149	24	33	13	28	1.93
77583425--77583527	29	3.6	28	77	5	98	30	33	15	21	1.94
77585422--77585521	28	3.6	28	86	2	130	28	36	10	26	1.88
77588819--77588996	52	3.5	52	87	6	233	28	30	12	28	1.93
77588820--77588996	51	3.5	49	81	9	203	28	30	12	28	1.93
77588990--77589042	23	2.3	23	96	0	97	28	22	20	28	1.99
77590071--77590117	13	3.7	13	91	5	78	36	6	14	42	1.72
77599050--77599214	42	3.9	40	74	14	136	30	26	14	28	1.95
77602688--77602785	29	3.4	29	90	2	153	29	28	14	27	1.95
77602664--77602785	28	4.3	28	85	3	163	29	29	13	27	1.95
77602664--77602785	57	2.1	57	89	0	181	29	29	13	27	1.95
77602846--77602879	18	1.9	18	88	5	52	23	44	23	8	1.81
77608588--77608621	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
77616942--77617085	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
77655316--77655400	43	2.0	43	84	13	113	23	17	30	28	1.97
77656754--77656841	6	14.3	6	71	17	56	48	13	15	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77656763--77656841	31	2.5	31	93	0	131	49	12	16	21	1.79
77656973--77657074	27	3.8	27	84	5	125	38	22	21	17	1.93
77657233--77657297	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
77657724--77657971	27	9.3	27	88	4	351	23	21	21	33	1.97
77657724--77657971	107	2.3	108	89	2	376	23	21	21	33	1.97
77657742--77657998	134	1.9	134	88	4	394	23	19	21	34	1.96
77657763--77658016	27	9.4	27	89	1	199	24	18	21	34	1.96
77657953--77658028	27	2.8	27	76	7	82	30	10	22	36	1.88
77658033--77658350	27	11.8	26	76	8	122	33	8	22	35	1.85
77658075--77658231	81	1.9	81	93	0	269	38	8	23	29	1.84
77658074--77658241	54	3.1	54	91	0	273	38	7	23	29	1.83
77658255--77658375	26	4.6	27	74	9	97	27	9	21	41	1.85
77658255--77658385	53	2.5	53	81	2	156	28	9	22	39	1.86
77660328--77660421	6	15.3	6	70	16	50	48	14	14	21	1.80
77660355--77660421	31	2.2	31	94	0	116	50	13	14	20	1.77
77660367--77660418	25	2.1	26	75	17	56	51	15	15	17	1.76
77660553--77660654	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
77660812--77660876	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
77661261--77661322	27	2.3	27	77	0	70	40	22	17	19	1.91
77661303--77661632	27	12.3	27	86	0	360	26	21	19	32	1.97
77661536--77661688	27	5.7	27	77	4	112	28	10	20	39	1.86
77661561--77662009	27	16.7	27	76	8	236	33	9	20	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77661835--77662009	53	3.3	53	83	4	219	30	10	18	40	1.85
77664529--77664564	15	2.4	15	95	0	63	47	13	22	16	1.82
77664972--77665004	17	1.9	17	100	0	66	18	12	12	57	1.64
77674570--77674720	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
77674574--77674760	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
77687761--77688014	40	6.4	40	87	2	309	25	27	23	22	2.00
77692961--77693027	34	2.0	34	96	0	125	37	13	13	35	1.84
77693599--77693845	122	2.0	122	100	0	494	23	8	24	42	1.83
77697342--77697367	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73
77698170--77698202	16	2.1	16	100	0	66	30	6	12	51	1.63
77700133--77700247	39	2.9	40	85	2	151	26	21	27	23	1.99
77700094--77700278	79	2.3	82	83	9	231	24	22	27	25	2.00
77700147--77700285	40	3.5	39	84	6	158	25	22	28	23	1.99
77700094--77700311	79	2.7	77	79	10	190	25	21	27	25	1.99
77703505--77703615	41	2.7	41	87	0	159	23	30	14	31	1.94
77709110--77709168	7	8.9	7	75	17	54	27	1	1	69	1.07
77709513--77709553	17	2.5	17	88	4	57	24	4	2	68	1.22
77709521--77709560	20	2.0	20	95	0	71	25	5	2	67	1.23
77717049--77717153	6	17.3	6	80	8	106	15	3	2	78	1.02
77718840--77718899	30	2.0	30	87	6	86	26	33	30	10	1.89
77720455--77720594	40	3.5	40	83	6	167	31	24	17	26	1.97
77723646--77723706	29	2.1	29	100	0	122	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77724379--77724473	41	2.3	41	83	0	118	22	24	20	33	1.97
77728781--77728839	25	2.4	25	88	0	82	25	23	16	33	1.96
77749432--77749596	71	2.3	71	97	0	312	18	28	16	35	1.93
77749432--77749629	71	2.8	70	90	2	238	20	28	16	34	1.94
77755282--77755424	40	3.5	40	83	5	162	35	25	14	24	1.93
77769515--77769566	22	2.3	22	83	9	61	40	5	0	53	1.25
77769611--77769644	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
77773494--77773751	50	4.8	53	77	6	216	37	17	22	22	1.94
77775752--77775950	27	7.4	27	80	6	206	35	16	21	26	1.94
77775752--77775951	54	3.7	53	84	2	256	35	17	21	26	1.95
77775752--77775951	81	2.5	81	86	4	278	35	17	21	26	1.95
77776302--77776370	28	2.5	28	90	0	102	23	23	21	31	1.98
77778417--77778467	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
77789030--77789064	16	2.1	17	89	5	54	17	5	42	34	1.73
77789595--77789767	27	6.4	27	82	0	211	35	17	22	24	1.96
77792442--77792622	40	4.5	40	81	4	195	26	22	25	24	2.00
77792444--77792622	80	2.2	81	84	3	227	26	22	26	24	2.00
77792478--77792662	80	2.3	80	77	4	176	29	22	24	23	1.99
77800997--77801255	40	6.5	40	93	2	391	27	26	22	22	1.99
77801011--77801255	120	2.1	119	94	3	431	28	26	22	22	1.99
77809186--77809405	40	5.5	40	93	0	361	27	26	22	23	1.99
77810892--77811070	40	4.5	40	83	8	188	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77812109--77812146	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
77812979--77813051	38	1.9	38	94	2	130	30	19	23	27	1.98
77813768--77813836	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
77819733--77819899	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77819733--77819899	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77820725--77820770	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77827743--77827909	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
77827743--77827909	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
77828735--77828780	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
77840570--77840608	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
77842202--77842230	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
77842510--77842546	18	2.1	19	85	10	51	16	37	27	18	1.92
77855375--77855582	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
77855375--77855580	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
77862730--77862763	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
77867020--77867088	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
77875022--77875091	28	2.5	29	93	4	117	20	10	27	42	1.83
77886523--77886594	34	2.1	34	84	5	92	25	20	22	31	1.98
77891359--77891760	194	2.1	194	99	0	795	22	31	22	23	1.99
77907234--77907305	28	2.6	28	82	4	83	33	23	11	31	1.90
77917745--77917925	46	3.9	46	80	9	224	20	21	30	27	1.98
77917747--77917918	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77931300--77931442	43	3.3	41	73	14	112	32	25	18	23	1.97
77933736--77933885	42	3.5	43	72	13	121	27	26	19	27	1.99
77933728--77933887	86	1.9	85	83	6	207	27	26	20	26	1.99
77942709--77942857	51	3.1	49	71	19	134	33	27	15	23	1.95
77942769--77942854	43	2.0	43	84	4	111	31	29	17	22	1.96
77945861--77945890	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
77952684--77952862	40	4.4	40	79	3	180	26	23	25	24	2.00
77952684--77952862	80	2.2	81	83	3	218	26	23	25	24	2.00
77959550--77959604	6	9.3	6	80	11	69	18	1	1	78	0.94
77959554--77959633	17	4.6	17	80	7	81	21	2	1	75	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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