genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71355135--71355395	79	3.2	79	83	10	305	21	16	14	47	1.81
71355135--71355400	85	3.2	85	90	3	400	21	16	13	48	1.81
71360839--71360990	67	2.2	68	80	10	177	31	17	29	21	1.96
71367487--71367534	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71367573--71367629	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
71367571--71367641	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
71367582--71367636	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
71367571--71367651	40	2.0	40	90	4	128	37	12	19	30	1.89
71367687--71367846	22	7.0	22	92	5	241	28	21	22	27	1.99
71368037--71368100	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
71374455--71374488	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
71375803--71375900	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71383725--71383758	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
71385074--71385171	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71390938--71390994	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
71390936--71391006	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
71390947--71391001	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
71391053--71391195	25	5.8	25	92	2	229	27	21	23	27	1.99
71391053--71391223	50	3.5	49	88	5	240	28	21	23	26	1.99
71391052--71391222	25	7.0	23	85	8	200	28	21	23	26	1.99
71391415--71391478	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
71395952--71396103	64	2.2	68	80	10	177	33	16	28	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71400165--71400294	43	3.0	43	77	10	149	23	16	28	31	1.96
71402977--71403158	46	4.0	46	88	3	251	26	30	7	34	1.85
71402992--71403205	92	2.3	91	81	7	254	26	30	8	34	1.86
71403133--71403510	47	8.1	47	93	0	598	26	28	10	33	1.90
71406815--71406875	26	2.3	26	85	0	77	27	19	13	39	1.89
71413387--71413468	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
71421288--71421369	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
71430244--71430451	40	5.2	40	88	1	285	23	20	28	27	1.99
71432894--71433010	23	5.0	24	86	9	161	28	22	21	28	1.99
71433068--71433144	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
71433064--71433146	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
71433064--71433135	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
71434390--71434473	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
71434390--71434483	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
71434512--71434791	27	10.3	27	76	5	161	32	8	20	38	1.83
71434540--71434728	54	3.5	54	82	2	182	32	8	19	40	1.81
71434617--71434791	81	2.2	81	78	6	192	33	7	20	38	1.81
71434743--71434966	27	7.9	27	77	11	162	42	8	20	28	1.81
71434787--71434914	65	2.0	65	82	0	157	42	7	22	27	1.81
71434751--71434943	92	2.1	92	86	0	260	43	8	21	26	1.80
71434851--71434982	27	4.9	27	82	7	135	40	8	23	27	1.83
71437741--71437804	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71437996--71438112	23	4.9	24	91	7	186	28	22	21	28	1.99
71437996--71438112	47	2.5	47	91	6	184	28	22	21	28	1.99
71438170--71438246	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
71438166--71438248	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
71438166--71438237	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
71438285--71438332	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
71439484--71439567	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
71439484--71439577	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
71439606--71439857	27	9.3	27	76	5	150	30	9	21	39	1.84
71439614--71439821	53	3.8	54	76	11	154	31	9	18	39	1.83
71439836--71440107	27	9.8	27	77	11	228	39	8	23	28	1.84
71439923--71440003	38	2.2	37	86	2	108	38	7	30	23	1.82
71439879--71440060	91	2.0	91	83	2	231	40	8	24	26	1.84
71441343--71441402	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71446064--71446155	27	3.4	27	89	0	130	27	21	8	42	1.82
71446053--71446155	54	1.9	54	81	0	125	30	21	8	39	1.83
71446147--71446286	27	5.2	27	80	5	140	39	22	10	28	1.86
71446154--71446286	54	2.5	54	83	4	162	40	20	9	29	1.84
71446187--71446312	54	2.3	54	87	5	175	42	21	5	30	1.75
71446187--71446290	27	3.9	27	90	0	163	42	21	5	30	1.76
71446187--71446324	27	5.1	27	85	6	145	42	21	5	30	1.76
71446414--71446491	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71447593--71447646	16	3.5	16	75	10	67	48	7	22	22	1.75
71447592--71447657	30	2.2	30	97	0	123	45	7	25	21	1.78
71450141--71450186	22	2.1	22	95	0	83	36	19	19	23	1.95
71450847--71450916	25	2.8	25	95	0	122	27	27	22	22	1.99
71450845--71450941	25	3.9	24	83	6	97	27	25	22	23	2.00
71450847--71450941	50	1.9	50	80	8	113	28	25	23	23	1.99
71451147--71451218	31	2.4	31	95	2	128	29	15	25	30	1.96
71453431--71453588	52	3.0	52	81	6	185	31	25	15	26	1.96
71459340--71459875	27	19.9	27	74	10	154	37	21	8	33	1.84
71459636--71459871	54	4.4	54	81	4	228	41	20	8	30	1.81
71459628--71459952	80	4.0	81	73	10	252	40	20	8	31	1.82
71459880--71459931	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
71459985--71460049	27	2.4	27	81	0	76	35	18	24	21	1.96
71460858--71460926	25	2.8	24	86	2	93	27	23	23	26	2.00
71460858--71460939	24	3.4	24	84	5	94	31	20	23	24	1.98
71461145--71461316	31	5.5	31	92	0	272	27	15	26	30	1.96
71463590--71464118	27	19.6	27	78	5	261	38	21	7	32	1.81
71463590--71464132	54	10.1	54	77	5	294	38	21	7	32	1.81
71463723--71464164	81	5.4	80	74	5	248	38	20	7	33	1.80
71463883--71464092	80	2.6	81	85	2	271	40	21	7	30	1.81
71464130--71464181	27	1.9	27	84	7	70	38	13	11	36	1.81
71464235--71464298	26	2.4	27	84	2	85	35	18	25	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71465105--71465186	25	3.4	24	88	5	103	29	21	23	25	1.99
71465393--71465749	31	11.5	31	90	0	543	28	14	24	32	1.95
71469603--71469671	25	2.7	25	84	6	77	56	2	1	39	1.23
71476144--71476252	33	3.3	33	71	14	107	31	14	22	31	1.94
71476144--71476278	66	2.0	66	91	0	216	31	15	22	30	1.95
71476175--71476278	33	3.2	32	73	10	102	32	16	23	27	1.96
71479237--71479498	54	4.9	54	85	3	321	22	24	17	35	1.95
71479477--71479642	47	3.6	47	87	4	248	25	24	13	36	1.93
71479646--71479766	45	2.6	45	79	5	109	23	23	19	33	1.97
71486703--71486804	28	3.5	27	70	19	71	24	27	20	27	1.99
71486704--71486840	60	2.3	59	82	8	152	25	24	21	29	1.99
71486845--71486887	19	2.2	20	83	4	52	34	27	16	20	1.94
71489036--71489079	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
71491152--71491222	35	2.0	35	97	0	133	25	9	32	32	1.89
71492135--71492161	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
71494615--71494644	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
71494809--71494925	43	2.8	42	79	7	130	29	24	17	29	1.97
71494809--71494935	42	3.0	42	74	13	118	29	24	16	29	1.97
71500048--71500085	19	2.0	20	89	5	60	39	7	13	39	1.73
71500506--71500574	34	2.0	34	81	10	79	42	1	21	34	1.62
71500113--71501095	490	2.0	489	98	0	1903	28	9	22	39	1.84
71500996--71501064	34	2.0	34	81	10	79	42	1	21	34	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71520283--71520483	40	5.1	40	88	3	275	27	29	20	22	1.99
71528081--71528257	40	4.4	40	91	1	266	25	28	21	24	1.99
71530579--71530609	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
71534928--71535053	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
71534867--71535053	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
71546140--71546177	20	1.9	20	94	0	67	34	18	13	34	1.89
71547435--71547501	26	2.5	27	82	7	82	28	20	17	32	1.96
71547449--71547501	26	2.0	26	92	0	88	30	20	16	32	1.95
71552525--71552618	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
71552487--71552618	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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