genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9530506--9530608	45	2.3	45	87	0	152	8	13	53	24	1.68
9530510--9530608	15	6.6	15	86	0	126	8	14	53	24	1.67
9530507--9530608	30	3.4	30	91	0	150	8	13	53	23	1.67
9538289--9538357	34	2.0	34	100	0	138	37	8	17	36	1.81
9541067--9541263	97	2.0	98	97	1	369	38	14	14	32	1.86
9543773--9543845	32	2.4	31	80	13	80	21	8	2	67	1.30
9545516--9545556	21	2.0	21	85	0	55	63	12	0	24	1.28
9559110--9559141	16	2.0	16	93	0	55	25	18	21	34	1.96
9560840--9560884	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
9562779--9562812	15	2.3	15	94	0	59	41	29	5	23	1.78
9565991--9566063	36	2.0	36	100	0	146	30	26	16	27	1.97
9568333--9568465	40	3.3	40	93	2	232	21	20	27	30	1.98
9576417--9576549	40	3.3	40	96	2	250	21	21	28	29	1.98
9578082--9578195	42	2.7	42	87	4	158	28	25	14	31	1.95
9578169--9578286	47	2.6	45	80	6	128	30	24	14	30	1.95
9578295--9578323	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
9578322--9578470	31	4.8	31	92	0	244	25	27	19	27	1.99
9578446--9578622	50	3.5	50	92	0	291	25	22	15	35	1.94
9581795--9581843	24	2.1	22	82	14	55	61	8	0	30	1.25
9581867--9581914	25	2.0	24	83	4	60	58	2	6	33	1.35
9582026--9582140	21	5.2	24	72	22	83	62	0	8	27	1.30
9582060--9582105	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9582054--9582140	44	2.0	44	82	13	108	65	1	8	25	1.27
9582052--9582138	15	6.0	14	75	13	61	65	1	8	25	1.27
9583012--9583123	58	2.0	56	82	3	134	31	9	7	51	1.62
9602349--9602509	42	3.7	42	85	7	189	29	26	14	29	1.95
9602416--9602598	49	3.8	48	84	5	194	30	26	14	29	1.95
9602431--9602598	47	3.6	46	85	3	192	29	26	15	28	1.96
9602390--9602598	95	2.3	94	81	8	234	29	26	15	29	1.96
9602621--9602738	31	3.8	31	89	4	184	24	28	19	27	1.99
9602714--9602890	50	3.5	50	93	2	284	25	22	15	36	1.93
9605939--9605986	20	2.4	19	78	18	53	43	2	16	37	1.60
9608073--9608105	16	2.1	16	88	11	50	18	6	0	75	1.00
9608095--9608145	21	2.3	23	74	22	54	37	1	0	60	1.08
9608110--9608157	21	2.3	21	86	10	64	43	2	0	54	1.12
9610209--9610242	9	3.8	9	84	0	50	44	2	32	20	1.67
9610785--9610832	22	2.1	22	84	7	60	41	8	0	50	1.33
9616583--9616636	22	2.5	22	84	9	74	14	25	18	40	1.89
9624440--9624478	2	19.5	2	83	0	51	0	41	2	56	1.13
9627775--9627813	14	2.7	15	84	11	55	25	0	2	71	0.98
9628771--9628811	14	3.2	13	83	12	50	43	0	0	56	0.99
9629411--9629459	21	2.6	18	77	20	55	61	2	0	36	1.08
9634426--9634472	21	2.2	22	88	3	69	29	19	31	19	1.96
9635896--9635931	15	2.4	15	100	0	72	19	22	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9652337--9652444	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
9653623--9653652	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
9654069--9654209	27	5.2	27	80	11	164	19	25	21	33	1.97
9654066--9654209	54	2.7	54	91	2	227	18	25	22	33	1.97
9654069--9654227	81	2.0	80	81	8	189	20	25	20	33	1.97
9657625--9657669	14	3.1	15	81	12	58	37	0	6	55	1.26
9657641--9657693	23	2.2	24	86	3	81	35	0	5	58	1.22
9657733--9657804	30	2.4	30	83	6	83	34	2	6	55	1.41
9657776--9657831	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
9657888--9657924	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
9657995--9658030	9	4.0	9	85	0	54	38	0	2	58	1.13
9657994--9658036	20	2.0	20	86	8	59	39	0	2	58	1.11
9658261--9658330	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
9662062--9662169	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
9669426--9669533	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
9679235--9679401	46	3.7	45	84	4	194	26	20	31	22	1.98
9679184--9679395	92	2.3	90	82	4	246	26	19	31	21	1.98
9679235--9679438	46	4.5	43	80	11	162	25	20	30	23	1.98
9689533--9689826	74	3.9	74	79	10	317	30	16	20	32	1.95
9689533--9689748	71	3.0	72	86	4	301	31	16	20	32	1.94
9689910--9689945	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
9689676--9689978	89	3.5	87	80	7	312	30	16	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9689676--9689978	85	3.5	89	82	6	309	30	16	18	34	1.93
9691962--9692036	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
9692008--9692063	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
9692120--9692156	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
9692224--9692275	2	27.0	2	86	7	72	44	0	1	53	1.11
9692227--9692275	13	3.8	13	84	10	66	42	0	2	55	1.11
9692327--9692372	24	1.9	24	86	0	65	41	8	4	45	1.55
9692668--9692718	18	2.7	19	75	22	54	43	5	1	49	1.38
9696766--9696873	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9698317--9698390	26	2.8	26	85	4	76	37	22	8	31	1.84
9698496--9698582	27	3.2	27	88	3	122	19	24	22	33	1.97
9710961--9710986	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
9712662--9712749	41	2.1	41	97	0	167	38	26	4	30	1.76
9714625--9714679	21	2.4	23	80	17	62	49	0	0	50	1.00
9720280--9720373	31	3.1	30	78	4	107	53	4	1	41	1.27
9732673--9732698	12	2.2	12	100	0	52	50	19	7	23	1.73
9734419--9734489	23	3.0	23	75	22	67	25	8	2	63	1.37
9734411--9734493	25	3.4	24	71	19	73	26	7	2	63	1.32
9742259--9742291	7	4.6	7	96	3	57	27	0	0	72	0.85
9747381--9747447	26	2.6	26	90	0	107	40	16	20	22	1.91
9749623--9749733	47	2.4	46	80	8	127	36	24	13	25	1.92
9752556--9752582	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9769500--9769627	35	3.5	38	82	11	160	30	8	26	34	1.86
9769504--9769663	75	2.2	72	82	9	184	31	10	24	33	1.89
9776985--9777151	35	4.6	38	79	12	165	31	10	22	35	1.88
9777007--9777155	75	2.0	74	83	6	185	32	11	21	34	1.89
9780988--9781290	44	6.9	44	77	4	272	30	19	23	25	1.98
9780994--9781190	86	2.3	88	83	3	256	28	21	23	25	1.99
9781081--9781280	89	2.3	87	82	4	222	29	18	25	27	1.98
9783093--9783217	28	4.7	24	72	14	61	30	8	3	58	1.43
9783104--9783175	27	2.7	27	75	14	76	26	8	1	63	1.30
9783343--9783393	15	3.3	16	78	10	61	29	3	0	66	1.09
9783555--9783601	22	2.1	22	84	0	58	29	4	6	59	1.41
9786201--9786244	22	2.0	22	86	0	61	38	0	0	61	0.96
9786240--9786276	17	2.2	17	90	9	58	48	5	0	45	1.25
9791493--9791567	37	2.0	37	86	0	105	38	29	18	13	1.89
9794193--9794244	25	2.1	25	85	0	68	38	7	15	38	1.76
9797737--9797780	21	2.1	21	95	0	79	36	4	25	34	1.76
9807046--9807101	29	1.9	29	96	0	103	32	5	5	57	1.44
9809702--9809728	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
9812515--9812551	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
9813220--9813248	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
9813538--9813593	22	2.4	24	73	8	62	51	0	14	33	1.42
9813898--9813931	16	2.1	17	94	5	61	41	0	26	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9814495--9814553	26	2.3	25	80	8	66	47	1	22	28	1.61
9816068--9816105	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
9818244--9818613	46	8.0	46	91	1	515	41	14	23	21	1.89
9825612--9826013	125	3.1	131	77	10	355	26	14	18	40	1.89
9827264--9827316	24	2.0	26	82	13	65	52	0	1	45	1.11
9830261--9830292	12	2.7	12	90	0	55	43	0	0	56	0.99
9830237--9830336	50	1.9	54	84	8	136	37	1	2	60	1.15
9830799--9830842	22	2.0	21	86	4	61	61	0	0	38	0.96
9835362--9835466	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
9835421--9835491	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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