genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36527345--36527525	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
36535428--36535598	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
36537138--36537174	18	2.1	18	100	0	74	32	32	5	29	1.80
36541959--36542134	98	1.8	97	82	3	228	26	27	18	26	1.98
36542155--36542321	46	3.6	45	81	8	176	23	29	16	29	1.97
36548733--36548998	49	5.6	49	73	11	184	24	28	19	26	1.99
36559445--36559585	27	5.2	27	74	11	119	34	21	23	20	1.97
36559445--36559588	54	2.7	54	87	2	209	34	22	23	20	1.97
36561199--36561306	26	4.2	26	91	0	180	35	25	7	32	1.84
36563892--36563931	20	2.0	20	90	0	62	40	5	15	40	1.68
36566151--36566429	95	2.9	94	84	2	353	27	19	18	34	1.96
36569858--36569907	15	2.9	17	72	21	59	46	0	2	52	1.12
36575769--36575994	48	4.7	48	82	0	254	28	18	26	26	1.98
36575769--36575998	96	2.4	96	89	0	343	28	18	25	26	1.98
36582872--36583059	40	4.7	40	87	0	261	30	26	20	21	1.98
36591227--36591433	40	5.2	39	85	2	227	25	26	22	26	2.00
36591227--36591433	79	2.6	79	84	2	254	25	26	22	26	2.00
36599251--36599457	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
36599251--36599456	79	2.6	79	83	4	245	25	26	22	25	2.00
36602333--36602447	46	2.5	46	81	5	133	24	28	18	28	1.98
36602477--36602826	177	2.0	177	100	0	700	29	14	22	33	1.93
36603462--36603510	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36604332--36604498	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
36613321--36613449	48	2.6	50	83	2	154	22	32	17	27	1.97
36615446--36615506	21	2.5	24	77	22	74	40	0	4	54	1.22
36615459--36615557	20	4.9	19	71	16	67	39	2	1	57	1.17
36615504--36615557	21	2.6	21	88	5	74	37	3	0	59	1.15
36615570--36615641	23	3.3	22	84	11	94	45	0	1	52	1.09
36615559--36615643	44	1.9	44	85	4	118	48	0	2	49	1.14
36615588--36615659	14	4.9	15	75	10	60	45	0	1	52	1.09
36615914--36615964	19	2.6	19	81	9	59	49	0	0	50	1.00
36615942--36615980	13	2.9	13	88	3	60	56	0	0	43	0.99
36617392--36617424	16	2.2	15	89	10	50	39	0	3	57	1.14
36617421--36617640	43	5.3	43	70	12	131	23	17	26	32	1.97
36617521--36617585	34	1.9	34	87	0	94	24	16	32	26	1.96
36617481--36617633	77	2.0	77	82	0	189	26	18	28	27	1.98
36621523--36621565	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
36630845--36630889	3	14.7	3	86	4	63	28	2	2	66	1.15
36632343--36632382	21	1.9	21	84	0	53	20	2	2	75	1.04
36632352--36632427	26	3.0	24	81	12	82	18	10	2	68	1.30
36636532--36636574	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
36636549--36636609	30	2.0	30	96	0	113	42	4	18	34	1.71
36642054--36642114	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36645988--36646017	11	2.7	11	100	0	60	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36647148--36647416	46	5.7	48	72	15	177	28	18	30	22	1.98
36647237--36647416	99	1.9	94	83	8	236	28	19	30	22	1.98
36650649--36650885	69	3.4	68	77	2	222	32	23	18	25	1.97
36650652--36651183	70	7.6	70	74	2	325	33	24	16	25	1.96
36650652--36651198	140	3.9	139	80	2	497	33	23	16	26	1.96
36653336--36653444	43	2.6	42	81	8	123	29	27	21	22	1.99
36655678--36655710	14	2.4	14	90	10	50	78	0	18	3	0.87
36656314--36656357	19	2.2	20	88	4	63	40	11	22	25	1.87
36656725--36656878	81	1.9	80	81	7	188	48	12	5	33	1.66
36657330--36657358	14	2.1	14	100	0	58	20	6	20	51	1.70
36661461--36661568	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
36668838--36668945	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
36678428--36678571	49	2.9	49	85	2	180	26	19	24	29	1.98
36681350--36681394	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
36683408--36683557	51	3.0	51	85	1	196	24	19	24	31	1.98
36686745--36687005	40	6.6	40	89	1	400	25	25	24	24	2.00
36686745--36687005	120	2.2	120	95	0	461	25	25	24	24	2.00
36689793--36689836	5	8.6	5	83	14	54	15	0	0	84	0.63
36689781--36689835	26	2.2	25	83	3	65	14	1	5	78	1.02
36694264--36694295	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
36694264--36694294	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
36703613--36703858	49	5.0	49	81	3	285	30	28	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36708201--36708300	42	2.4	42	91	0	155	20	22	33	25	1.97
36711500--36711534	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
36712423--36712465	19	2.2	20	91	4	70	48	0	6	44	1.29
36712689--36712724	18	2.0	18	100	0	72	16	5	16	61	1.53
36715407--36715506	42	2.3	43	86	1	130	36	23	18	23	1.95
36715800--36715847	21	2.3	21	92	7	80	0	56	20	22	1.43
36720991--36721170	79	2.3	81	81	7	208	25	27	22	25	2.00
36720967--36721170	40	5.1	40	79	8	211	25	26	22	25	2.00
36724218--36724298	40	2.0	40	97	0	153	25	28	9	35	1.88
36724760--36724887	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
36724760--36724887	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
36725785--36726723	183	5.1	183	98	0	1761	42	15	15	26	1.86
36728086--36728246	40	4.0	40	80	1	171	26	27	21	24	1.99
36730234--36730531	149	2.0	148	96	0	542	35	16	14	33	1.88
36733349--36733405	21	2.7	21	83	0	78	45	42	0	12	1.41
36733437--36733472	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
36733664--36733742	14	5.9	14	72	14	58	45	24	1	29	1.61
36733901--36734003	41	2.5	41	90	1	163	23	24	19	33	1.97
36733901--36734036	40	3.4	40	85	3	139	21	21	19	37	1.94
36735893--36735935	22	2.0	22	90	0	68	30	4	11	53	1.57
36741665--36741703	18	2.2	18	95	0	69	38	0	12	48	1.42
36746158--36746267	44	2.5	44	81	7	118	34	24	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36754963--36755092	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
36762990--36763156	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
36773535--36773636	29	3.6	29	87	2	143	24	33	15	26	1.95
36773544--36773655	57	2.0	57	80	3	127	26	32	13	27	1.94
36788855--36789173	47	6.8	46	75	16	248	28	19	28	23	1.98
36790985--36791067	43	1.9	43	92	0	139	21	20	28	28	1.98
36793849--36793927	38	2.1	38	95	0	140	39	35	6	18	1.77
36795439--36795663	68	3.3	68	81	1	254	25	20	14	40	1.90
36795413--36795663	136	1.8	136	82	1	324	25	19	14	40	1.90
36800050--36800102	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
36801336--36801430	12	7.9	12	65	9	50	21	36	7	34	1.81
36801332--36801437	24	4.4	24	90	1	158	18	37	6	36	1.77
36808843--36808948	24	4.4	24	86	1	131	18	39	5	35	1.75
36814628--36814739	56	2.0	56	85	3	154	33	25	14	27	1.94
36823076--36823130	29	1.9	28	85	3	74	61	0	7	30	1.23
36823279--36823317	19	2.0	18	85	14	51	61	0	2	35	1.10
36825053--36825449	45	8.9	45	74	3	311	31	19	19	28	1.97
36825023--36825449	89	4.8	89	73	5	308	31	19	19	28	1.97
36825023--36825429	134	3.0	134	88	2	622	31	19	19	29	1.97
36825469--36825594	45	2.8	43	80	11	105	26	25	19	28	1.98
36825501--36825950	132	3.4	132	86	2	564	25	24	19	31	1.98
36827219--36827266	12	4.1	12	79	12	55	18	0	2	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36827212--36827277	9	7.8	9	77	16	70	19	0	3	77	0.90
36831963--36832022	22	2.6	22	89	5	84	60	3	6	30	1.39
36832401--36832468	26	2.6	27	83	6	77	60	2	7	29	1.39
36833764--36833813	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
36842331--36842379	20	2.4	21	83	10	66	57	0	0	42	0.99
36842336--36842393	26	2.4	24	74	25	59	62	0	0	37	0.96
36842608--36842658	21	2.6	19	84	9	59	66	0	5	27	1.14
36845183--36845223	21	2.0	20	85	4	55	43	2	7	46	1.44
36847680--36847725	2	23.0	2	79	16	51	43	0	6	50	1.28
36847680--36847732	16	3.2	16	89	5	79	43	0	7	49	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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