genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71830447--71830610	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71830447--71830644	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
71834825--71834894	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
71834826--71834934	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
71842899--71842968	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
71842900--71843008	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
71845421--71845521	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71852929--71853029	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71861613--71861712	28	3.5	28	84	5	112	28	13	28	31	1.93
71861613--71861712	27	3.5	28	86	5	112	28	13	28	31	1.93
71861644--71861752	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
71863720--71863841	43	2.9	42	79	7	147	30	24	14	30	1.95
71870574--71870642	30	2.3	30	90	2	104	43	7	5	43	1.56
71874204--71874285	6	13.3	6	73	14	69	50	13	18	18	1.79
71874206--71874285	31	2.6	31	87	0	106	50	13	18	17	1.79
71874461--71874500	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
71874534--71874584	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
71874829--71874971	27	5.3	27	84	5	148	25	20	17	35	1.95
71874830--71874968	54	2.6	53	82	2	170	26	21	17	34	1.95
71875018--71875244	27	8.4	28	88	1	146	32	9	19	38	1.85
71875007--71875264	81	3.2	80	85	4	315	30	9	21	38	1.85
71875061--71875264	27	7.6	27	89	1	304	31	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71877585--71877620	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
71882013--71882163	40	3.8	39	76	8	117	21	27	24	26	2.00
71890022--71890091	25	2.8	25	88	0	104	27	21	25	25	1.99
71895280--71895317	18	2.2	17	86	9	51	73	5	7	13	1.22
71896229--71896283	5	11.0	5	78	18	53	80	1	16	1	0.90
71896229--71896283	15	3.7	15	85	7	76	80	1	16	1	0.90
71896352--71896433	30	2.7	31	81	5	96	65	1	21	10	1.30
71896357--71896426	24	2.9	24	74	6	61	62	1	24	11	1.36
71898541--71898637	30	3.2	30	70	8	81	28	28	14	27	1.95
71900314--71900350	11	3.4	11	88	11	58	67	8	5	18	1.36
71901283--71901338	5	11.0	5	80	14	62	78	1	17	1	0.92
71901407--71901488	30	2.7	31	81	10	91	64	1	21	12	1.33
71909714--71909790	25	3.1	25	90	1	111	28	20	20	29	1.98
71909836--71909874	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
71909836--71909875	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
71912267--71912452	80	2.3	80	85	3	232	27	21	26	24	1.99
71912307--71912458	40	3.8	40	80	3	162	26	21	26	24	1.99
71912305--71912488	80	2.3	80	81	3	201	26	21	27	25	1.99
71918278--71918504	33	7.0	32	75	11	192	33	9	23	34	1.87
71918323--71918507	33	5.6	33	78	8	216	33	10	23	32	1.89
71918297--71918514	65	3.3	66	94	2	368	32	10	23	33	1.89
71923315--71923436	43	2.9	42	80	7	156	29	23	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71924982--71925054	38	1.9	38	85	0	101	52	4	13	30	1.59
71925179--71925224	23	2.0	22	83	4	56	47	4	4	43	1.42
71926692--71926764	38	1.9	38	85	0	101	30	13	4	52	1.59
71928655--71928717	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
71928923--71929051	47	2.7	48	89	3	188	28	21	20	28	1.98
71928923--71929051	24	5.4	24	91	2	197	28	21	20	28	1.98
71929101--71929167	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
71932982--71933295	46	6.7	46	74	11	212	27	16	30	25	1.97
71932982--71933297	94	3.4	93	78	9	290	27	16	30	25	1.97
71932982--71933291	47	6.6	48	74	15	188	27	16	30	25	1.97
71948535--71948592	27	2.1	29	87	6	84	27	1	18	51	1.56
71948689--71948809	41	2.9	42	88	3	174	20	19	25	34	1.96
71951990--71952090	30	3.2	30	65	26	82	22	16	17	42	1.89
71951973--71952103	65	2.0	65	100	0	262	24	15	18	41	1.88
71953672--71953800	47	2.8	46	82	13	165	27	19	30	23	1.98
71953672--71953828	46	3.4	46	82	6	192	28	18	29	23	1.98
71954989--71955054	33	2.0	33	100	0	132	45	6	18	30	1.73
71957643--71957745	29	3.6	29	87	0	143	24	32	15	28	1.95
71957614--71957745	58	2.3	58	77	2	131	24	34	15	25	1.95
71959546--71959657	40	2.8	39	82	8	127	23	23	28	25	1.99
71959546--71959697	40	3.8	40	77	8	123	23	23	27	25	2.00
71964876--71965037	71	2.3	71	100	0	324	19	27	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71964876--71965071	71	2.8	70	91	3	254	20	28	16	34	1.95
71969870--71970022	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
71980127--71980275	40	3.7	40	78	8	135	23	22	28	24	1.99
71982998--71983027	11	2.7	11	100	0	60	46	0	6	46	1.29
71984738--71984779	19	2.1	20	82	8	50	42	16	23	16	1.88
71988295--71988349	24	2.3	23	79	14	58	49	18	5	27	1.69
71995099--71995150	26	2.0	25	85	10	70	34	0	7	57	1.27
71997840--71997994	38	4.1	38	88	1	204	24	21	22	30	1.99
71997853--71998019	76	2.2	75	82	6	194	25	19	22	32	1.97
71997844--71998019	38	4.6	38	84	4	176	25	19	22	32	1.97
71997860--71998048	38	4.9	38	79	6	139	24	19	22	33	1.97
71999909--71999944	13	2.8	13	86	0	54	61	2	0	36	1.11
72000788--72000815	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72003997--72004032	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72004776--72004966	40	4.8	40	86	3	195	27	21	26	23	1.99
72004790--72004993	80	2.6	80	81	3	216	26	21	26	25	1.99
72004790--72004993	40	5.1	40	82	4	189	26	21	26	25	1.99
72008744--72008780	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
72010477--72010529	23	2.4	21	84	6	61	30	5	7	56	1.50
72013835--72013859	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
72017047--72017228	93	2.0	92	82	5	224	31	12	17	38	1.87
72017882--72017988	56	1.9	57	86	5	155	30	20	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72021584--72021613	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
72025240--72025285	17	2.7	17	82	0	56	17	4	4	73	1.15
72027185--72027254	28	2.5	28	88	4	97	27	15	28	28	1.96
72028971--72029001	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
72029976--72030158	75	2.4	74	90	3	276	21	22	25	29	1.99
72029976--72030158	38	4.8	38	91	4	282	21	22	25	29	1.99
72030151--72030305	43	3.6	43	95	1	267	12	26	30	30	1.93
72031685--72031740	3	19.0	3	89	10	89	67	0	0	32	0.91
72032822--72032894	27	2.7	27	87	4	85	35	19	24	20	1.95
72032935--72032991	20	2.8	19	73	7	51	40	33	15	10	1.82
72032916--72033121	98	2.1	98	91	0	340	34	28	18	17	1.94
72033127--72033208	27	3.0	27	82	5	94	40	20	19	19	1.92
72033433--72033611	27	6.6	27	90	0	268	26	22	17	34	1.96
72035691--72035772	27	3.1	27	82	8	87	36	20	23	19	1.95
72035985--72036039	27	2.1	26	93	3	92	36	21	23	18	1.95
72036264--72036648	27	14.3	27	85	2	432	25	18	18	36	1.94
72036265--72036648	81	4.7	81	85	2	477	25	19	18	36	1.94
72036630--72036890	27	9.8	27	81	7	311	29	10	21	39	1.86
72036282--72036755	81	5.9	80	81	5	415	26	17	18	37	1.93
72036292--72036835	54	10.1	52	81	8	354	27	15	18	37	1.92
72036630--72036890	80	3.3	80	90	3	377	29	10	21	39	1.86
72036630--72036896	53	5.0	54	81	7	278	29	10	20	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72038164--72038191	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72043272--72043465	48	4.0	48	95	0	343	35	6	27	29	1.83
72043606--72043677	37	1.9	37	86	5	101	23	19	29	27	1.98
72044957--72045216	40	6.5	40	90	0	405	23	23	29	24	1.99
72045392--72045442	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
72048526--72048719	48	4.0	48	97	0	352	35	6	27	30	1.81
72048860--72048931	37	1.9	37	88	5	110	23	18	30	27	1.97
72050182--72050298	20	5.9	20	76	2	110	41	19	27	11	1.87
72050175--72050296	39	3.1	39	77	4	138	39	19	27	13	1.90
72056097--72056193	48	2.1	46	86	7	133	38	14	21	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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