genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22751380--22751568	91	2.1	90	89	3	281	38	9	17	33	1.83
22751396--22751614	91	2.4	91	83	3	273	35	8	16	38	1.80
22753715--22753748	15	2.3	15	89	0	50	85	11	0	2	0.71
22755192--22755235	3	14.7	3	95	0	61	25	0	6	68	1.14
22758326--22758358	15	2.2	15	100	0	66	30	6	0	63	1.18
22758834--22758871	19	2.0	19	94	0	67	26	34	10	28	1.90
22760528--22760638	18	6.2	18	84	6	118	30	19	15	34	1.93
22760528--22760638	36	3.1	36	79	5	134	30	19	15	34	1.93
22772349--22772395	23	2.0	23	84	8	60	59	0	2	38	1.09
22772457--22772501	22	2.0	22	100	0	90	44	4	17	33	1.69
22772681--22772709	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
22788999--22789069	20	3.6	20	76	14	76	35	0	5	59	1.21
22789004--22789063	19	2.9	22	80	12	81	36	0	5	58	1.20
22792079--22792188	44	2.4	45	84	3	141	34	14	21	29	1.93
22796189--22796250	29	2.2	29	97	2	117	32	17	16	33	1.92
22798989--22799015	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22804112--22804152	12	3.1	14	76	20	52	48	0	34	17	1.47
22804272--22804334	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
22809681--22809743	28	2.2	28	88	5	92	30	6	31	31	1.83
22823190--22823235	24	1.9	24	95	0	83	54	8	8	28	1.61
22831436--22831477	16	2.6	16	78	14	50	64	7	4	23	1.38
22834649--22835045	46	8.7	43	73	13	237	24	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834514--22834958	181	2.4	184	85	6	567	26	29	16	28	1.97
22834876--22835048	94	1.9	92	84	7	233	21	29	20	28	1.98
22837727--22837790	27	2.4	27	86	2	85	53	4	1	40	1.31
22838187--22838241	26	2.2	26	84	12	71	65	1	0	32	1.03
22843838--22843896	28	2.1	28	100	0	118	35	5	16	42	1.71
22856898--22856953	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
22865082--22865159	39	2.0	39	97	0	147	38	6	24	30	1.80
22865317--22865706	207	1.9	207	95	0	699	32	15	17	34	1.91
22865602--22865794	103	1.9	103	89	2	298	36	16	16	30	1.91
22870164--22870223	31	2.0	31	86	3	86	55	5	5	35	1.44
22870933--22871001	29	2.3	31	82	5	79	33	10	2	53	1.49
22871349--22871443	47	2.0	47	93	2	165	61	13	11	13	1.58
22873371--22873471	49	2.1	49	100	0	202	26	13	15	43	1.85
22874193--22874218	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
22874836--22874896	21	2.8	22	75	12	63	49	0	0	50	1.00
22880395--22880435	16	2.7	15	85	10	57	46	0	9	43	1.36
22892967--22892992	10	2.6	10	100	0	52	84	0	7	7	0.77
22895492--22895525	10	3.4	10	91	0	59	29	11	20	38	1.88
22900179--22900244	33	2.0	33	84	0	87	27	27	21	24	1.99
22900207--22900272	28	2.4	28	82	2	71	31	28	21	18	1.96
22900427--22900486	27	2.2	27	84	0	84	36	16	21	25	1.94
22900680--22900741	27	2.3	27	88	0	88	25	22	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22909523--22909586	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
22911579--22911634	14	4.0	14	90	0	85	35	19	7	37	1.79
22911590--22911641	14	3.7	14	87	10	63	38	17	5	38	1.74
22915155--22915204	25	2.0	25	96	0	91	24	26	4	46	1.70
22918649--22918729	4	19.8	4	74	14	67	66	3	24	4	1.28
22919492--22919602	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
22924460--22924520	26	2.3	26	86	5	79	27	24	18	29	1.98
22929331--22929373	22	2.0	22	100	0	86	32	18	16	32	1.93
22933603--22933795	43	4.5	43	85	0	224	24	14	27	33	1.94
22933847--22933909	21	3.0	21	95	0	117	19	15	23	41	1.90
22943562--22943782	3	73.3	3	68	16	82	57	2	8	32	1.42
22943676--22943784	36	2.9	37	82	9	116	55	0	8	34	1.36
22943782--22943813	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
22943917--22943959	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
22944052--22944105	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
22944201--22944236	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94
22944712--22944789	28	2.7	28	92	4	120	53	16	5	24	1.63
22944711--22944797	25	3.2	26	87	8	95	48	18	4	28	1.68
22945235--22945457	44	5.1	44	77	9	213	25	26	17	31	1.97
22945618--22946926	205	6.4	205	94	0	2129	29	21	18	31	1.96
22958752--22958812	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
22958904--22959017	3	37.7	3	71	15	65	57	1	7	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22958911--22959019	36	2.9	38	81	9	102	55	1	8	33	1.40
22959017--22959048	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
22959152--22959194	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
22959292--22959352	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
22959819--22959888	26	2.7	26	91	4	106	47	21	4	27	1.69
22960914--22960977	13	4.9	13	75	7	67	31	7	26	34	1.85
22962563--22962608	23	2.0	23	82	0	56	50	0	15	34	1.44
22966164--22966435	50	5.7	48	74	11	195	23	27	19	29	1.98
22966166--22966581	46	8.8	46	72	14	214	24	27	18	29	1.98
22966215--22966577	142	2.6	137	78	11	330	24	27	19	29	1.98
22966169--22966560	188	2.1	187	91	0	622	24	27	19	29	1.98
22967049--22967143	46	2.1	46	87	0	136	32	22	8	36	1.84
22971541--22971625	31	2.7	31	87	5	109	28	30	17	23	1.97
22971721--22972056	35	9.6	36	86	2	370	32	23	12	31	1.92
22971721--22972056	105	3.2	104	85	2	440	32	23	12	31	1.92
22976512--22976684	93	1.9	93	95	0	310	26	30	22	20	1.98
22976505--22976680	46	3.8	46	80	10	214	27	30	22	19	1.98
22976556--22976699	46	3.1	46	76	7	157	29	28	20	21	1.98
22979616--22980023	187	2.2	188	88	1	631	23	28	18	29	1.98
22979668--22980031	46	7.8	47	71	12	218	23	28	18	29	1.98
22985579--22985616	13	2.9	13	81	14	51	42	0	7	50	1.31
22988489--22988654	83	2.0	83	92	2	280	42	16	20	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22989665--22989705	19	2.1	20	86	4	57	56	2	2	39	1.26
22993572--22993606	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
23001829--23002076	88	2.8	85	71	13	225	46	5	5	42	1.49
23002242--23002286	17	2.6	18	79	10	58	57	15	0	26	1.38
23003656--23003703	19	2.5	19	86	6	62	47	0	0	52	1.00
23004443--23004496	23	2.3	23	84	6	65	57	1	0	40	1.09
23004447--23004505	21	2.7	22	80	10	77	57	1	0	40	1.09
23004910--23004982	27	2.7	27	89	0	101	21	27	26	24	2.00
23005035--23005076	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
23010517--23010795	62	4.5	62	91	0	434	38	5	7	48	1.55
23011947--23011973	14	1.9	14	100	0	54	37	3	22	37	1.72
23011948--23011981	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
23014046--23014111	3	22.3	3	90	3	107	0	36	0	63	0.95
23027276--23027397	38	3.2	38	89	2	174	34	15	23	26	1.95
23031809--23031842	6	5.3	6	86	13	50	64	5	0	29	1.17
23032800--23032837	20	1.9	20	94	0	67	15	31	31	21	1.94
23033364--23033399	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
23034954--23035000	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
23034957--23035011	6	8.6	7	95	4	59	67	0	1	30	1.01
23040768--23040803	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
23042398--23042483	3	28.7	3	100	0	172	67	0	0	32	0.91
23045416--23045453	17	2.2	18	90	9	62	47	13	21	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23063500--23063565	27	2.7	24	80	15	80	43	0	36	19	1.51
23064626--23064661	18	2.0	18	89	10	56	44	0	22	33	1.53
23073615--23073679	27	2.4	27	100	0	130	29	7	23	40	1.82
23074006--23074085	34	2.4	34	80	0	97	32	21	22	23	1.98
23083382--23083415	15	2.3	15	89	0	50	67	0	5	26	1.13
23086400--23086432	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
23089443--23089516	36	2.1	36	100	0	148	50	13	14	21	1.78
23104221--23104803	27	21.6	27	86	3	735	27	22	9	40	1.84
23104782--23104867	27	3.2	27	77	0	82	38	25	6	29	1.82
23106044--23106091	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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