genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  179  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53149920--53149992	23	3.0	24	76	11	78	30	10	4	54	1.54
53151705--53151744	20	2.0	20	95	0	71	50	15	7	27	1.70
53156747--53156837	49	1.9	47	80	8	105	29	13	7	49	1.69
53158764--53158794	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
53162388--53162495	26	4.2	26	91	0	180	31	5	25	37	1.79
53168438--53168468	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
53173658--53173699	2	21.0	2	95	0	75	2	0	47	50	1.14
53176890--53176963	36	2.1	36	94	0	130	36	2	18	41	1.65
53179676--53179815	43	3.3	41	75	12	113	28	26	19	25	1.99
53180389--53180420	15	2.1	15	100	0	64	46	25	0	28	1.53
53185979--53186007	15	1.9	15	100	0	58	48	20	0	31	1.50
53190220--53190256	14	2.7	14	95	4	67	35	21	21	21	1.96
53194340--53194418	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53195060--53195093	2	17.0	2	87	0	50	44	2	2	50	1.32
53199805--53199956	39	3.8	40	85	0	164	24	32	21	21	1.98
53199841--53199964	39	3.2	39	88	1	185	24	33	20	22	1.97
53207692--53207843	39	3.8	40	85	0	164	24	32	21	21	1.98
53207728--53207851	39	3.2	39	88	1	185	24	33	20	22	1.97
53217831--53217862	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
53221581--53221626	23	2.0	23	91	0	74	34	21	13	30	1.91
53221586--53221659	23	3.2	23	82	1	76	28	17	16	37	1.91
53221617--53221662	24	1.9	24	95	0	83	26	15	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53233083--53233428	27	12.8	27	91	0	494	29	23	8	39	1.83
53233272--53233574	27	11.2	27	82	4	146	36	22	6	33	1.80
53233353--53233630	54	5.1	54	79	6	222	40	21	6	31	1.79
53233421--53233629	81	2.5	83	75	7	214	44	19	6	29	1.76
53233416--53233633	27	8.0	27	79	8	165	42	19	7	30	1.78
53233681--53233732	27	1.9	27	84	7	70	36	23	23	17	1.95
53233689--53233749	27	2.3	27	85	5	79	36	18	24	21	1.95
53234565--53234634	25	2.8	24	86	4	86	24	25	25	24	2.00
53234783--53234872	42	2.1	42	87	0	126	28	15	21	34	1.94
53237862--53237986	40	3.2	39	76	13	123	21	24	24	28	1.99
53237801--53237986	80	2.3	79	77	14	186	23	26	24	25	2.00
53241289--53241322	15	2.3	15	94	0	59	32	0	0	67	0.91
53246829--53246880	25	2.1	25	100	0	104	30	15	19	34	1.93
53250753--53250911	85	1.9	85	80	5	187	27	22	24	25	2.00
53266023--53266265	50	4.8	50	85	2	315	25	17	26	30	1.97
53266078--53266159	26	3.2	26	62	25	66	25	15	26	31	1.96
53266023--53266272	101	2.5	101	89	0	365	24	18	26	30	1.97
53266081--53266300	101	2.2	101	86	1	280	25	18	27	28	1.98
53268954--53269082	40	3.2	40	83	5	165	22	24	29	24	1.99
53274390--53274519	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
53277420--53277995	47	12.3	47	91	0	938	27	30	8	32	1.87
53288424--53288471	17	2.8	18	81	9	55	39	4	0	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53294598--53294634	13	2.8	13	91	0	65	21	18	32	27	1.97
53295057--53295082	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
53297622--53297651	12	2.5	12	100	0	60	53	0	13	33	1.40
53297720--53297768	21	2.3	21	92	3	80	38	2	16	42	1.60
53300202--53300246	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
53302912--53303012	27	3.7	27	84	10	118	34	19	24	20	1.96
53304634--53304741	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
53309199--53309231	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
53316001--53316403	40	10.2	39	86	2	178	29	27	22	21	1.99
53316051--53316385	40	8.4	40	88	1	442	28	28	22	20	1.99
53316051--53316385	119	2.8	119	86	3	478	28	28	22	20	1.99
53316012--53316403	159	2.5	158	87	1	561	28	27	22	21	1.99
53325998--53326049	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
53328109--53328133	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
53328408--53328451	22	2.0	22	95	0	79	34	11	18	36	1.86
53334340--53334372	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
53334940--53335046	43	2.5	43	93	1	180	26	29	18	25	1.98
53341406--53341438	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
53345051--53345226	46	3.8	46	79	12	207	19	21	29	29	1.98
53345048--53345219	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
53356603--53356636	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
53356913--53356937	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53357161--53357193	15	2.2	15	89	10	50	63	0	3	33	1.10
53360442--53360481	6	6.7	6	94	0	71	32	0	32	35	1.58
53363751--53363776	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
53368490--53368551	12	5.0	12	76	18	56	61	3	0	35	1.12
53368486--53368554	9	7.3	9	71	20	52	60	2	0	36	1.11
53368472--53368675	14	14.4	14	67	20	88	61	1	5	30	1.31
53377954--53378083	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
53382184--53382226	15	2.7	16	85	7	52	65	16	0	18	1.28
53385711--53385764	9	5.8	9	75	16	56	14	5	0	79	0.90
53385710--53385764	10	5.7	10	73	16	53	14	5	0	80	0.89
53385708--53385754	20	2.3	21	85	3	69	12	4	0	82	0.80
53385709--53385754	10	4.6	10	77	0	56	13	4	0	82	0.81
53394506--53394544	20	2.0	20	94	0	69	35	0	12	51	1.40
53398134--53398170	19	1.9	19	100	0	74	48	10	16	24	1.77
53398883--53398982	50	2.0	50	100	0	200	44	18	16	22	1.87
53400045--53400085	15	2.7	15	88	0	64	21	7	24	46	1.77
53401878--53401922	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
53406445--53406489	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
53417226--53417304	38	2.1	38	97	0	149	26	20	21	31	1.98
53419824--53419867	19	2.3	18	81	11	52	22	27	11	38	1.88
53428183--53428431	87	2.9	86	76	2	246	31	18	22	27	1.97
53428182--53428477	132	2.2	130	80	9	330	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53428358--53428468	44	2.5	44	88	4	143	27	18	24	30	1.97
53429429--53429472	3	15.0	3	95	4	81	34	0	0	65	0.93
53440701--53440801	40	2.5	40	87	1	141	43	25	15	14	1.86
53441039--53441073	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
53443938--53444070	57	2.3	57	93	2	223	39	9	24	27	1.86
53448547--53448611	16	4.2	16	76	23	68	69	1	0	29	0.98
53448547--53448579	3	10.7	3	93	6	57	69	0	0	30	0.88
53455471--53455497	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
53456337--53456385	24	2.2	23	82	10	57	44	6	4	44	1.47
53459118--53459151	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
53460425--53460460	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
53460716--53460791	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
53460752--53460824	18	3.9	19	91	7	123	35	15	12	36	1.84
53460945--53460983	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
53461186--53461356	45	3.8	45	86	4	229	28	29	12	29	1.93
53461186--53461354	89	1.9	89	87	0	248	28	30	11	29	1.92
53461388--53461671	78	3.7	77	83	9	368	25	24	17	32	1.97
53470577--53470640	17	3.6	18	91	4	103	35	14	12	37	1.83
53476086--53476168	41	2.0	41	100	0	166	46	4	4	43	1.46
53476883--53476942	29	2.1	29	100	0	120	40	0	21	38	1.54
53478177--53478313	52	2.6	53	80	10	149	27	17	25	29	1.97
53479333--53479482	51	2.9	52	80	2	140	30	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53485889--53485940	20	2.6	20	90	0	77	7	28	40	23	1.82
53486733--53486886	52	2.9	53	79	12	174	30	24	16	27	1.97
53489858--53489882	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
53490202--53490259	30	1.9	30	96	0	107	29	15	29	25	1.96
53490641--53490860	47	4.7	46	80	9	209	27	18	29	24	1.98
53490599--53490860	47	5.6	46	76	10	207	28	19	29	23	1.98
53490599--53490857	140	1.8	141	82	10	334	28	18	28	23	1.98
53496476--53496526	18	2.7	19	84	9	59	70	3	1	23	1.14
53496397--53496627	119	1.9	122	82	6	292	47	11	5	35	1.63
53496716--53496773	25	2.3	26	88	8	86	65	6	0	27	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328