genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42992371--42992406	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
42992676--42992793	35	3.3	35	93	3	200	37	13	11	37	1.82
42992676--42992801	19	6.9	19	87	10	201	37	14	11	37	1.81
42993157--42993395	45	5.3	45	83	5	281	23	28	14	33	1.94
42993157--42993469	89	3.5	90	82	6	332	24	28	15	31	1.96
42993409--42993703	78	3.8	78	93	1	511	24	24	20	31	1.98
42993654--42994141	44	11.1	44	86	2	631	26	24	15	33	1.95
43004068--43004102	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
43004343--43004418	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
43004372--43004469	35	2.7	37	86	12	141	35	15	10	38	1.81
43004393--43004447	17	3.4	15	87	9	58	36	14	10	38	1.81
43004379--43004469	19	4.9	19	89	8	152	36	14	10	38	1.81
43004588--43004627	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
43008912--43008968	30	1.9	30	89	7	89	21	26	7	45	1.77
43011084--43011124	15	2.7	15	92	0	64	56	12	14	17	1.68
43021293--43021466	46	3.7	46	80	4	197	27	20	29	22	1.98
43027794--43027908	41	2.8	40	85	7	144	26	21	27	23	1.99
43035704--43035887	40	4.6	40	82	2	181	27	22	26	23	1.99
43035744--43035932	80	2.4	80	79	1	191	24	22	29	23	1.99
43040000--43040172	46	3.7	47	78	14	164	29	19	27	23	1.98
43042100--43043037	132	7.1	131	78	3	850	36	14	14	34	1.87
43042123--43043373	264	4.8	261	77	8	1013	36	14	14	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43043062--43043373	132	2.4	132	81	6	330	37	14	14	34	1.86
43048681--43048723	22	2.0	22	90	0	68	27	11	13	46	1.78
43048954--43049008	24	2.3	24	84	6	67	38	5	7	49	1.54
43048983--43049037	29	1.9	29	85	3	76	40	1	7	50	1.40
43049177--43049209	17	1.9	17	88	11	50	24	6	9	60	1.49
43056443--43056852	49	8.6	49	90	4	622	30	8	30	29	1.87
43056443--43056852	96	4.3	96	94	1	673	30	8	30	29	1.87
43058977--43059128	40	3.8	40	92	0	241	26	21	28	23	1.99
43062857--43063260	47	8.5	47	91	4	616	31	8	30	29	1.87
43062857--43063260	189	2.1	187	91	4	657	31	8	30	29	1.87
43065382--43065533	40	3.8	40	92	0	241	26	21	28	23	1.99
43069260--43069669	49	8.6	49	90	4	613	30	8	31	29	1.87
43069260--43069669	96	4.3	96	93	1	664	30	8	31	29	1.87
43080780--43080813	15	2.3	15	90	10	52	35	0	26	38	1.57
43082288--43082388	28	3.6	28	91	0	157	24	34	15	24	1.95
43084508--43084591	28	2.9	29	81	11	84	63	2	1	33	1.15
43084506--43084580	30	2.5	31	81	12	86	64	2	1	32	1.16
43084525--43084581	20	2.9	20	85	15	75	66	0	1	31	1.02
43084541--43084615	28	2.6	30	85	8	93	65	0	5	29	1.15
43086987--43087011	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
43088157--43088219	21	3.0	22	77	11	69	52	0	0	47	1.00
43092053--43092077	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43097710--43098035	143	2.3	140	83	3	420	31	18	20	29	1.97
43098129--43098241	46	2.5	46	79	1	120	31	18	16	32	1.94
43103877--43103920	22	2.0	22	100	0	88	27	13	18	40	1.88
43104833--43104954	63	1.9	63	93	0	208	36	6	8	48	1.59
43105402--43105436	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
43106421--43106460	21	1.9	21	94	0	71	42	0	10	47	1.37
43106443--43106613	68	2.5	68	83	4	218	40	5	19	34	1.74
43106879--43107040	68	2.4	69	80	8	186	41	7	16	35	1.76
43112263--43112433	48	3.6	46	79	7	164	19	16	26	36	1.94
43118523--43118636	29	4.0	28	84	7	133	28	28	15	27	1.96
43118518--43118623	29	3.7	29	86	3	135	28	27	16	27	1.97
43118852--43118889	16	2.4	16	90	0	58	10	21	18	50	1.76
43129144--43129184	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
43131765--43131849	28	3.0	28	87	3	125	27	29	16	27	1.97
43134409--43134703	160	1.8	162	86	2	425	40	7	14	37	1.73
43136045--43136119	24	3.1	24	77	7	89	6	9	57	26	1.55
43152315--43152340	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
43157934--43157983	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
43158027--43158085	20	3.0	20	92	0	100	37	10	22	30	1.87
43158136--43158302	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
43158136--43158303	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
43158494--43158557	31	2.1	31	93	0	110	39	15	20	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43162838--43162988	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
43162875--43163004	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
43170829--43170979	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
43170866--43170995	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
43177286--43177333	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
43177377--43177434	20	3.0	20	89	2	91	37	8	20	32	1.83
43177485--43177628	24	6.0	24	92	2	218	28	22	22	26	1.99
43177820--43177883	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
43179961--43180015	19	2.8	20	84	15	64	54	1	3	40	1.28
43179960--43180015	20	2.9	20	82	17	66	55	1	3	39	1.28
43194711--43194747	19	2.0	19	89	5	58	54	16	24	5	1.63
43201245--43201423	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
43201245--43201477	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
43201407--43201481	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
43201297--43201520	81	2.8	81	81	5	204	38	20	8	32	1.84
43201473--43201790	27	11.8	27	88	2	424	27	23	8	39	1.84
43203115--43203177	20	3.2	20	86	0	99	33	12	22	31	1.91
43203232--43203397	23	7.0	23	89	4	235	28	22	21	26	1.99
43203232--43203396	71	2.3	70	91	4	260	28	23	21	26	1.99
43203590--43203653	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
43206452--43206510	27	2.3	25	80	8	64	62	3	1	32	1.21
43206525--43206592	33	2.1	33	97	0	127	42	11	13	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43210221--43210251	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
43212524--43212565	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
43224822--43225085	116	2.2	118	93	4	446	24	22	27	25	2.00
43224822--43225085	40	6.7	40	92	6	441	24	22	27	25	2.00
43234146--43234389	40	6.1	40	88	0	303	24	18	27	28	1.98
43236370--43236582	118	1.8	118	90	4	349	25	22	25	26	2.00
43236374--43236628	39	6.5	40	86	4	324	25	22	25	25	2.00
43247170--43247338	40	4.2	39	81	4	151	26	26	21	25	1.99
43247166--43247373	80	2.6	78	81	6	220	26	26	21	25	1.99
43247230--43247383	40	3.8	40	89	2	202	26	25	20	26	1.99
43255351--43255435	44	2.0	43	92	2	143	37	21	11	29	1.89
43259213--43259478	93	2.9	93	95	0	469	28	31	19	21	1.97
43259204--43259472	46	5.8	46	77	11	262	28	30	18	21	1.97
43261870--43261910	15	2.7	15	88	0	55	58	12	17	12	1.63
43264823--43265086	93	2.8	93	92	0	438	29	30	18	21	1.97
43264868--43265036	47	3.6	46	75	10	191	28	29	18	22	1.98
43264814--43265082	46	5.8	45	74	14	226	30	30	17	21	1.97
43267826--43267860	17	2.1	17	94	0	61	40	17	8	34	1.80
43270043--43270173	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
43270043--43270173	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
43270499--43270603	53	2.0	53	87	8	155	26	8	23	40	1.83
43277696--43277824	29	4.5	30	87	6	160	31	13	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43277696--43277824	57	2.2	57	83	6	154	31	13	26	28	1.93
43287290--43287440	43	3.5	43	76	6	162	32	25	15	27	1.95
43291695--43291861	40	4.2	40	78	7	171	25	23	27	23	2.00
43291695--43291846	79	1.9	80	85	6	211	25	23	28	23	2.00
43293804--43293851	20	2.5	20	86	3	62	64	0	6	29	1.18
43300587--43300744	63	2.5	63	79	5	158	25	18	29	25	1.98
43302703--43302949	49	5.0	50	81	4	302	25	17	27	29	1.98
43303209--43303238	11	2.7	11	94	0	51	50	13	6	30	1.67
43303942--43303969	13	2.2	13	100	0	56	46	21	7	25	1.76
43306778--43306821	19	2.3	19	96	0	79	29	15	29	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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