genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13046181--13046268	46	1.9	46	90	0	140	35	11	19	34	1.87
13051211--13051249	14	2.8	14	92	0	60	43	10	15	30	1.80
13051716--13051767	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
13051800--13051836	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
13054465--13054606	71	2.0	71	100	0	284	35	18	16	29	1.93
13056839--13056921	41	2.0	41	88	0	121	31	25	21	21	1.98
13058059--13058094	18	1.9	19	88	5	56	33	0	8	58	1.28
13058744--13058781	12	3.2	12	96	0	67	36	0	0	63	0.95
13058787--13058822	9	4.0	9	96	0	63	69	0	0	30	0.89
13059942--13059988	6	7.8	6	79	9	51	76	2	19	2	0.99
13059942--13059988	24	2.0	24	87	8	69	76	2	19	2	0.99
13059941--13059992	9	5.4	9	80	13	59	73	1	23	1	1.04
13069903--13069957	21	3.0	17	73	19	56	60	9	1	29	1.38
13069903--13069979	38	2.0	39	82	14	97	58	7	5	28	1.48
13071199--13071239	6	6.5	6	89	10	64	14	19	0	65	1.26
13071233--13071280	21	2.3	21	92	7	80	39	10	12	37	1.77
13073740--13073899	85	1.9	85	86	0	230	40	16	15	28	1.88
13077667--13078024	46	8.0	46	87	5	500	37	15	24	22	1.92
13077677--13078024	130	2.6	131	89	5	502	37	15	24	22	1.93
13078285--13078331	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
13084102--13084135	8	4.2	8	92	0	59	85	0	14	0	0.60
13088092--13088153	31	2.0	31	84	6	81	40	6	14	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13090488--13090528	6	7.0	6	81	15	50	78	2	0	19	0.87
13090483--13090522	16	2.4	16	91	4	62	77	0	0	22	0.77
13090488--13090543	23	2.5	23	88	8	80	76	3	0	19	0.93
13090493--13090533	10	3.8	10	84	15	55	78	2	0	19	0.87
13091932--13092002	15	4.5	15	70	14	54	49	4	0	46	1.21
13092928--13092959	16	1.9	16	93	6	55	59	0	0	40	0.97
13093603--13093652	26	2.0	26	81	18	61	8	12	8	72	1.29
13110693--13110787	45	2.1	46	90	2	147	32	16	4	46	1.67
13130248--13130652	188	2.1	189	83	7	496	44	19	11	25	1.83
13134110--13134136	11	2.5	11	100	0	54	77	0	0	22	0.76
13141338--13141400	31	2.0	31	84	6	83	50	4	6	38	1.49
13154296--13154325	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13154358--13154397	18	2.2	18	100	0	80	30	20	7	42	1.79
13154538--13154613	31	2.5	31	89	4	109	51	10	3	34	1.55
13156702--13156740	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
13156816--13156871	25	2.2	25	78	15	62	48	0	1	50	1.11
13156857--13156899	19	2.4	18	85	11	61	34	0	6	58	1.25
13157238--13157269	16	2.0	16	100	0	64	37	25	12	25	1.91
13157448--13157495	20	2.4	20	79	6	53	50	0	0	50	1.00
13157440--13157518	31	2.5	30	82	15	90	49	0	0	50	1.00
13158542--13158608	31	2.1	31	84	13	84	47	1	0	50	1.10
13160340--13160399	31	1.9	31	86	0	84	50	11	5	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13160350--13160416	31	2.2	31	88	0	98	50	11	1	35	1.48
13164072--13164124	26	2.0	26	82	7	63	45	5	1	47	1.37
13166430--13166491	23	2.8	21	80	14	54	64	1	3	30	1.19
13166685--13166715	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
13166755--13166798	21	2.3	21	85	14	60	65	6	0	27	1.17
13167275--13167323	20	2.4	19	80	12	53	42	2	55	0	1.11
13168229--13168360	71	1.9	71	87	6	196	28	21	16	32	1.96
13168229--13168932	160	4.4	160	96	0	1268	31	20	17	29	1.96
13168548--13168680	71	1.9	71	85	0	185	28	22	18	30	1.97
13181302--13181363	23	2.8	21	80	14	54	64	1	3	30	1.19
13181557--13181587	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
13190491--13190560	31	2.3	30	80	7	79	37	10	8	44	1.69
13207218--13207257	17	2.3	18	86	4	55	60	2	5	32	1.32
13208278--13208329	20	2.5	20	82	14	70	51	9	13	25	1.71
13211646--13211738	47	2.0	47	97	0	177	47	8	4	39	1.54
13219817--13219862	24	1.9	24	95	0	83	17	28	4	50	1.65
13221212--13221299	29	3.0	29	100	0	176	55	0	30	13	1.39
13224502--13224535	14	2.4	14	100	0	68	17	20	0	61	1.34
13226944--13226976	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
13229490--13229524	18	1.9	18	88	11	54	40	0	2	57	1.14
13229555--13229595	20	2.0	20	95	0	73	60	7	9	21	1.52
13230885--13230926	20	2.0	21	90	4	68	71	0	4	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13231025--13231114	3	31.0	3	69	10	53	57	3	8	30	1.45
13235789--13235822	17	2.0	17	100	0	68	17	35	11	35	1.87
13237540--13237703	71	2.3	71	98	0	319	19	27	17	35	1.94
13237540--13237737	71	2.8	70	90	3	249	21	27	17	33	1.95
13245113--13245276	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
13245113--13245310	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
13247735--13247999	18	14.3	18	72	12	169	36	15	12	35	1.85
13248167--13248299	45	3.0	45	89	0	194	41	21	18	18	1.90
13249106--13249166	21	2.9	21	79	13	63	47	18	0	34	1.49
13250405--13250438	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13254253--13254287	16	2.2	16	94	0	61	51	14	5	28	1.65
13255805--13255881	24	3.3	24	66	20	72	31	0	14	54	1.40
13255799--13255890	46	2.0	46	100	0	184	28	0	15	56	1.39
13257208--13257338	42	3.1	42	86	2	201	29	41	15	14	1.86
13257370--13257572	69	2.9	69	91	2	298	27	36	16	19	1.93
13257358--13257578	36	6.3	36	86	4	256	27	38	15	18	1.91
13257497--13257843	168	2.1	168	97	0	660	27	41	14	15	1.86
13257664--13257740	36	2.1	37	97	2	147	25	40	18	15	1.90
13257853--13257911	24	2.5	24	80	0	73	25	44	11	18	1.84
13258865--13258904	18	2.2	18	86	0	53	25	2	2	70	1.13
13259135--13259226	46	2.0	46	95	0	166	23	13	15	47	1.80
13264898--13264949	20	2.4	22	78	21	65	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13264906--13264954	22	2.3	22	86	10	66	59	2	0	38	1.09
13269034--13269074	21	2.0	21	85	4	57	56	2	0	41	1.13
13270852--13270891	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
13271004--13271058	27	2.0	27	96	0	101	30	14	12	41	1.83
13276704--13276766	28	2.1	30	82	8	76	57	3	1	38	1.24
13278022--13278055	17	1.9	17	88	5	50	26	23	20	29	1.99
13285751--13285827	33	2.5	31	82	12	79	50	6	16	25	1.69
13285766--13285828	33	1.9	33	93	0	108	52	7	12	26	1.67
13286000--13286025	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
13286003--13286042	16	2.4	17	83	4	55	37	0	2	60	1.11
13286108--13286166	15	3.9	15	70	16	50	50	0	1	47	1.11
13288126--13288338	25	8.6	25	74	13	122	19	24	22	34	1.96
13291979--13292014	19	1.9	18	88	5	54	55	5	0	38	1.23
13296754--13296807	22	2.3	24	78	9	58	37	5	5	51	1.49
13301711--13301772	14	4.2	15	80	15	67	22	1	0	75	0.88
13301806--13301848	21	2.0	21	86	9	59	20	6	2	69	1.23
13301902--13301970	3	23.0	3	94	5	122	31	1	0	66	1.00
13309288--13309324	3	12.7	3	83	16	51	27	0	0	72	0.84
13310052--13310088	6	6.2	6	93	0	65	51	13	16	18	1.76
13311174--13311263	5	18.0	5	86	13	132	60	0	0	40	0.97
13316554--13316597	21	2.1	21	87	8	63	25	0	0	75	0.81
13316551--13316603	18	3.0	18	86	10	74	22	1	0	75	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13316553--13316598	14	3.5	14	77	22	55	23	0	0	76	0.79
13316552--13316607	26	2.2	25	80	20	64	21	1	0	76	0.87
13317324--13317358	6	5.8	6	93	0	61	51	14	17	17	1.77
13317395--13317431	6	6.2	6	100	0	74	51	16	16	16	1.77
13317454--13317478	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
13318553--13318617	5	12.6	5	95	4	112	60	0	0	40	0.97
13321649--13321677	9	3.0	10	90	10	51	20	20	6	51	1.70
13325437--13325484	25	2.0	25	84	8	64	60	0	2	37	1.09
13326389--13326439	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
13326387--13326429	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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