genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62633811--62633993	40	4.6	39	85	8	228	24	22	27	25	2.00
62642501--62642664	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
62642501--62642698	71	2.8	70	90	3	267	20	28	18	32	1.96
62645852--62646011	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
62645852--62646011	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
62657244--62657403	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
62657244--62657403	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
62664590--62664752	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
62664590--62664786	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
62666804--62666995	40	4.8	40	79	11	180	26	21	26	25	1.99
62666805--62667021	79	2.7	77	76	12	199	27	21	26	25	1.99
62675162--62675213	22	2.3	23	90	3	79	44	5	3	46	1.45
62676350--62676668	46	6.7	48	76	12	229	25	19	30	24	1.98
62676487--62676664	49	3.6	50	77	8	172	25	19	29	25	1.98
62676487--62676662	96	1.8	96	86	8	257	25	19	30	25	1.98
62678867--62679176	7	43.0	7	71	8	104	22	1	30	46	1.60
62679019--62679196	14	12.4	14	74	10	110	21	1	30	46	1.59
62678868--62679107	21	11.1	21	68	20	115	22	1	29	47	1.59
62679491--62679655	40	4.1	40	84	0	195	29	21	17	31	1.96
62681680--62681704	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
62687138--62687206	27	2.5	28	95	2	122	28	14	23	33	1.94
62687138--62687219	27	3.0	27	78	8	85	29	15	21	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62695279--62695400	43	2.9	42	84	7	174	29	24	14	31	1.95
62697884--62697932	23	2.1	23	100	0	98	34	8	8	48	1.62
62697879--62697936	23	2.3	27	74	22	79	34	6	6	51	1.55
62702028--62702172	70	2.1	70	97	0	272	32	13	4	50	1.60
62704108--62704224	43	2.8	42	78	7	119	35	12	23	29	1.92
62715796--62716026	27	8.5	26	69	16	130	24	22	16	35	1.94
62715830--62716026	54	3.6	54	85	6	240	23	21	17	37	1.94
62716050--62716175	29	4.4	29	78	5	114	24	23	16	35	1.95
62728033--62728065	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
62730702--62730768	34	1.9	35	84	3	91	41	14	13	29	1.85
62730907--62730938	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
62743716--62743740	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
62744305--62744340	11	3.3	11	100	0	72	8	41	0	50	1.33
62754844--62754879	2	17.5	2	88	5	54	47	0	2	50	1.15
62756658--62756903	122	2.0	123	88	5	370	29	15	9	45	1.77
62757300--62757341	19	2.2	20	83	8	52	57	2	0	40	1.12
62760834--62760933	31	3.0	31	85	14	146	50	6	6	38	1.52
62760837--62760915	37	2.1	37	100	0	158	51	5	5	37	1.46
62761018--62761066	23	2.2	22	85	3	62	34	0	20	44	1.52
62761240--62761266	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
62761680--62761803	43	2.9	43	88	5	146	50	8	9	31	1.64
62761713--62761803	43	2.1	43	97	2	175	51	6	8	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62762189--62762306	58	2.0	58	96	0	218	44	10	9	35	1.70
62766261--62766392	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
62774161--62774292	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
62777773--62777903	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
62777773--62777903	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
62781487--62781589	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62786573--62786742	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
62794666--62794835	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
62800797--62800899	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
62812041--62812077	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
62812041--62812077	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
62813354--62813483	40	3.2	40	82	4	147	23	24	27	23	2.00
62827458--62827511	27	2.0	27	92	0	90	31	18	18	31	1.95
62829189--62829214	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
62830050--62830178	43	3.0	44	84	6	192	31	28	17	23	1.97
62833550--62833625	40	1.9	40	91	0	125	18	17	31	32	1.94
62838171--62838285	31	3.7	31	96	1	205	26	26	17	28	1.98
62838310--62838400	42	2.2	42	85	0	119	37	20	12	29	1.89
62838533--62838667	25	5.3	26	84	5	172	28	22	20	28	1.99
62838538--62838666	51	2.6	50	87	6	183	28	21	20	28	1.98
62838702--62838782	20	4.1	20	91	3	128	30	18	9	40	1.83
62839583--62839736	27	5.7	27	83	4	161	29	8	22	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62839586--62839778	54	3.6	53	80	8	169	29	9	22	38	1.86
62839607--62839776	27	6.3	26	72	18	82	29	10	21	38	1.86
62839768--62839967	27	7.4	27	84	2	249	40	7	23	29	1.81
62839768--62839967	81	2.5	81	89	1	294	40	7	23	29	1.81
62841326--62841428	37	2.8	37	92	5	165	27	18	29	25	1.98
62841400--62841738	42	7.7	42	75	15	233	27	16	26	29	1.97
62841400--62841609	48	4.5	48	87	5	283	30	16	25	28	1.97
62841424--62841609	95	1.9	96	89	3	286	30	16	24	28	1.97
62845362--62845418	28	2.0	28	82	0	69	31	10	28	29	1.90
62847745--62847807	22	2.6	26	78	19	89	25	22	20	31	1.98
62847760--62847807	22	2.2	22	100	0	96	22	20	20	35	1.96
62848163--62848264	27	3.8	26	80	6	80	32	13	15	38	1.87
62848146--62848250	54	2.0	54	80	1	122	35	16	15	33	1.90
62848177--62848368	27	7.1	27	77	3	145	31	13	18	36	1.89
62848177--62848368	54	3.6	54	80	4	174	31	13	18	36	1.89
62848176--62848359	81	2.3	81	77	3	183	33	13	16	36	1.87
62858034--62858163	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
62866097--62866226	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
62872608--62872805	27	7.3	27	86	2	236	29	23	7	39	1.82
62872608--62872805	81	2.4	81	87	1	272	29	23	7	39	1.82
62872857--62872930	27	2.8	27	79	6	80	43	18	9	28	1.81
62872889--62872956	26	2.6	26	83	4	75	47	20	4	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62872836--62873033	106	1.9	107	80	3	238	42	17	7	31	1.77
62872909--62873010	27	3.8	26	81	8	107	47	14	4	33	1.66
62872889--62873018	27	4.9	27	71	10	79	44	17	5	32	1.72
62873059--62873136	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
62873965--62874036	25	3.0	23	82	10	81	29	20	22	27	1.99
62874155--62874289	42	3.2	42	95	1	234	30	14	20	34	1.93
62874312--62874424	30	3.7	31	84	4	151	30	15	24	30	1.95
62880646--62880749	26	4.0	26	86	6	131	34	24	2	38	1.70
62880646--62880749	53	2.0	52	85	9	140	34	24	2	38	1.70
62880729--62880794	19	3.2	19	68	24	53	24	27	7	40	1.82
62882185--62882314	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
62890243--62890372	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
62896750--62896947	27	7.3	27	86	2	236	29	23	7	39	1.82
62896750--62896947	81	2.4	81	87	1	272	29	23	7	39	1.82
62896998--62897173	27	6.7	26	73	11	108	43	17	7	31	1.77
62897199--62897276	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
62898111--62898182	25	3.0	23	82	10	81	29	20	22	27	1.99
62898303--62898436	42	3.2	42	96	0	241	30	14	20	33	1.93
62898460--62898574	31	3.7	31	92	1	178	29	15	25	29	1.96
62899809--62899890	34	2.4	34	81	0	92	24	21	24	29	1.99
62914870--62914937	28	2.5	28	92	2	111	20	10	25	44	1.83
62918511--62918576	32	2.0	33	94	2	116	28	24	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62918729--62918787	26	2.2	27	82	8	68	35	20	22	22	1.96
62926524--62926600	33	2.3	33	90	0	118	31	23	20	24	1.98
62929175--62929260	43	2.0	43	82	13	106	26	29	19	24	1.99
62930433--62930461	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
62938712--62938740	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
62941608--62941678	29	2.4	29	90	0	106	25	32	16	25	1.96
62941902--62941952	8	6.4	8	81	0	57	9	23	17	49	1.77
62944949--62945125	67	2.5	73	80	12	231	32	20	26	20	1.97
62945024--62945075	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62944986--62945161	67	2.6	67	95	0	307	29	22	29	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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