genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51711352--51711404	27	2.0	27	84	0	70	35	20	15	28	1.93
51711651--51711693	22	2.0	22	85	0	59	16	27	20	34	1.94
51711816--51711872	28	2.1	28	93	3	98	21	24	21	33	1.97
51722781--51723086	46	6.5	46	75	12	180	29	18	29	23	1.97
51722781--51723041	46	5.6	45	77	14	185	28	19	28	23	1.98
51726772--51726820	10	4.9	10	75	9	55	36	16	10	36	1.82
51726773--51726838	30	2.2	30	94	0	114	40	15	12	31	1.83
51728812--51729019	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	25	2.00
51728812--51729018	80	2.6	80	83	1	245	25	26	22	25	2.00
51733035--51733210	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
51733031--51733202	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
51739539--51739746	40	5.2	40	83	1	238	25	26	22	25	2.00
51748512--51748572	30	2.0	30	83	3	77	36	21	8	34	1.83
51765630--51765659	9	3.3	9	90	0	51	73	0	23	3	0.98
51768746--51768863	51	2.4	50	79	12	118	33	11	11	44	1.76
51772689--51772810	46	2.7	46	89	0	181	29	27	20	22	1.98
51772687--51772829	46	3.1	45	79	11	114	29	27	20	22	1.98
51782884--51782923	16	2.5	16	100	0	80	27	20	7	45	1.78
51796530--51796602	27	2.6	28	81	12	71	9	16	1	72	1.17
51798126--51798301	46	3.8	45	78	10	194	22	21	28	28	1.99
51798122--51798293	93	1.8	93	92	0	290	22	21	29	27	1.99
51803601--51803726	46	2.7	46	93	0	216	21	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51806307--51806499	47	4.1	45	76	15	146	34	8	28	27	1.87
51806328--51806499	45	3.7	47	81	9	165	34	9	28	26	1.88
51806422--51806605	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
51806421--51806605	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
51806751--51806859	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
51808123--51808354	40	5.8	40	92	0	365	23	21	28	25	1.99
51812329--51812475	47	3.1	47	86	0	195	32	10	29	27	1.90
51812358--51812431	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
51812446--51812727	98	2.9	98	95	2	489	36	6	25	30	1.81
51812445--51812727	48	5.8	48	87	6	417	36	6	25	31	1.81
51812873--51812985	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
51817966--51818043	15	5.2	15	84	0	93	11	17	15	55	1.69
51817970--51818054	45	1.9	44	87	2	125	9	17	16	56	1.66
51817966--51818053	30	3.0	30	80	8	90	10	18	15	55	1.68
51819597--51819654	27	2.2	26	81	3	62	36	22	20	20	1.95
51819657--51819832	67	2.6	67	90	0	271	31	21	27	20	1.98
51821398--51821575	40	4.5	40	89	2	252	25	28	20	25	1.99
51826919--51826951	17	1.9	17	100	0	66	24	36	9	30	1.86
51832017--51832198	39	4.6	40	82	4	181	28	22	25	23	1.99
51840110--51840258	39	3.8	40	84	6	171	28	22	26	22	1.99
51842031--51842141	27	4.1	27	87	5	154	36	21	24	17	1.94
51842031--51842141	54	2.1	53	93	1	186	36	21	24	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51842555--51842588	16	2.2	15	89	5	50	8	23	20	47	1.78
51843520--51843601	24	3.4	23	77	15	85	21	35	6	36	1.79
51849854--51849963	27	4.1	27	87	5	143	37	21	22	18	1.94
51851349--51851449	24	4.2	24	88	0	148	19	37	4	37	1.74
51864901--51865028	51	2.5	51	96	0	229	24	20	23	32	1.98
51872201--51872370	92	1.8	93	93	1	297	27	30	21	21	1.98
51872193--51872367	46	3.8	46	79	11	205	28	29	20	21	1.98
51880088--51880157	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51888144--51888213	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51891334--51891467	50	2.7	50	88	2	189	26	18	25	29	1.98
51895391--51895459	28	2.5	28	86	4	97	31	26	14	27	1.95
51903435--51903504	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51905431--51905494	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
51909404--51909613	40	5.3	40	81	5	205	25	28	21	24	1.99
51911462--51911593	25	5.4	24	91	3	194	29	21	18	29	1.97
51911462--51911593	49	2.7	48	88	5	194	29	21	18	29	1.97
51911650--51911702	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
51911642--51911708	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
51911654--51911697	15	2.9	15	81	18	56	34	20	9	36	1.84
51921405--51921435	16	1.9	16	93	0	53	51	12	3	32	1.56
51924223--51924374	39	3.9	39	92	0	241	23	21	31	23	1.98
51926240--51926282	22	2.0	22	86	9	61	69	6	6	16	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51931037--51931167	47	2.8	48	75	14	139	22	18	27	31	1.97
51939209--51939368	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
51939209--51939368	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
51947114--51947272	28	5.5	30	86	10	197	33	13	24	27	1.93
51947166--51947272	29	3.7	29	96	3	198	35	14	24	26	1.93
51947114--51947272	87	1.8	87	85	5	223	33	13	24	27	1.93
51950483--51950685	40	5.2	40	91	4	299	24	22	27	26	2.00
51952143--51952249	55	1.9	55	98	0	205	26	20	22	30	1.98
51958668--51958910	40	6.2	40	90	3	352	25	20	27	26	1.99
51963317--51963424	29	3.8	29	78	6	112	27	27	16	27	1.97
51963655--51963700	16	2.8	17	77	6	51	17	19	19	43	1.88
51967927--51968028	29	3.6	29	83	1	125	29	28	16	25	1.97
51968252--51968287	16	2.2	16	90	0	54	13	22	13	50	1.77
51969649--51969688	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
51976843--51977017	46	3.8	46	79	13	207	20	20	29	29	1.98
51976840--51977010	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
51984381--51984556	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
51984378--51984549	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
51988962--51989155	40	4.9	40	92	0	318	25	23	28	21	1.99
51988962--51989182	80	2.8	80	88	2	331	26	24	28	20	1.99
51991449--51991484	18	1.9	19	94	5	65	19	8	5	66	1.38
51993846--51993930	44	1.9	44	92	4	145	42	5	24	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51995312--51995347	18	2.0	18	100	0	72	55	11	22	11	1.66
51997394--51997569	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
51997391--51997562	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
52003271--52003439	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
52011251--52011419	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
52013510--52013572	26	2.4	26	84	7	74	34	25	9	30	1.88
52013681--52013784	27	3.8	28	84	2	97	24	21	17	37	1.94
52013676--52013789	55	2.1	52	80	9	122	21	21	18	38	1.93
52018870--52018949	39	2.1	39	97	0	151	18	13	33	33	1.90
52021297--52021355	26	2.2	26	91	8	93	35	23	6	33	1.82
52021463--52021569	55	2.0	54	85	5	144	23	25	16	34	1.95
52021464--52021571	27	4.0	28	85	2	132	23	25	17	34	1.96
52028558--52028588	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
52032721--52032800	38	2.1	38	88	0	115	22	21	21	35	1.96
52032797--52033007	43	4.9	43	91	2	343	11	22	34	31	1.90
52036621--52036868	40	6.2	40	88	2	331	25	28	22	24	1.99
52044882--52045129	40	6.2	40	87	2	313	26	28	21	24	1.99
52053163--52053293	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
52059970--52060141	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52059962--52060137	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52062521--52062609	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
52062521--52062600	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52062532--52062609	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
52065563--52065734	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52065555--52065730	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52068491--52068563	11	7.2	11	72	17	68	34	12	20	32	1.90
52068499--52068555	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
52068491--52068563	20	3.7	20	92	0	128	34	12	20	32	1.90
52068613--52068723	52	2.2	49	91	6	177	27	22	23	26	1.99
52068613--52068710	26	3.8	26	91	1	162	25	24	23	26	2.00
52068613--52068723	26	4.4	25	84	5	134	27	22	23	26	1.99
52085951--52085992	18	2.3	19	84	15	54	69	2	9	19	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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