genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65292789--65292814	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65293521--65293699	40	4.6	40	82	6	197	24	24	27	23	2.00
65293521--65293699	80	2.3	79	85	4	229	24	24	27	23	2.00
65300818--65300843	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65301552--65301695	39	3.6	40	85	5	193	25	25	26	22	2.00
65305837--65306060	40	5.6	40	86	3	288	24	23	26	25	2.00
65305841--65306060	83	2.7	80	86	5	284	24	23	26	25	2.00
65311092--65311302	40	5.3	40	87	5	277	26	27	21	24	1.99
65314511--65314679	46	3.7	46	75	13	184	30	27	18	23	1.98
65314516--65314686	93	1.8	93	94	0	306	29	28	19	22	1.98
65315104--65315163	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65318850--65318991	70	2.0	70	95	0	257	30	26	11	30	1.92
65324123--65324165	8	5.4	8	94	0	68	53	18	23	4	1.63
65324123--65324165	16	2.7	16	92	0	77	53	18	23	4	1.63
65325459--65325528	28	2.5	29	90	4	108	20	10	27	42	1.83
65327027--65327128	31	3.1	31	84	9	114	23	21	15	39	1.92
65327004--65327111	38	2.8	38	91	1	171	23	22	14	39	1.91
65327320--65327438	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
65327320--65327438	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
65327489--65327548	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
65327591--65327638	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65328880--65329127	27	9.2	27	88	1	320	40	7	22	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65333581--65333649	28	2.5	28	90	2	104	21	10	26	42	1.84
65338643--65338701	20	3.0	20	100	0	118	15	33	35	15	1.89
65339884--65339914	15	2.1	15	93	0	53	54	29	3	12	1.53
65341982--65342070	24	3.7	24	85	7	110	28	16	30	24	1.97
65341982--65342092	49	2.3	47	83	12	127	29	15	29	25	1.96
65348698--65348734	15	2.3	17	86	9	51	70	13	8	8	1.34
65357072--65357109	20	1.9	20	84	10	51	13	26	5	55	1.59
65364089--65364152	30	2.2	29	94	2	110	26	17	23	32	1.96
65372083--65372264	40	4.6	39	79	6	179	23	27	24	24	2.00
65380130--65380276	78	1.9	80	84	5	201	23	27	23	25	2.00
65380095--65380276	40	4.6	39	79	6	179	23	27	24	24	2.00
65385095--65385251	39	4.0	39	91	1	235	23	30	19	26	1.98
65386982--65387030	21	2.3	21	92	0	80	36	20	16	26	1.93
65388647--65388703	30	1.9	30	92	0	96	28	17	21	33	1.96
65391481--65391542	30	2.1	30	100	0	124	48	16	3	32	1.62
65394820--65394876	18	3.2	18	84	0	78	42	14	5	38	1.68
65395007--65395127	53	2.3	53	85	0	161	44	22	14	18	1.86
65395309--65395342	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
65396200--65396239	19	2.2	18	86	8	55	2	27	0	70	1.01
65396302--65396336	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
65397525--65398724	399	3.0	399	92	0	1963	29	13	30	26	1.94
65399372--65399417	22	2.1	22	91	0	74	30	19	30	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65400058--65400167	27	4.1	27	90	1	159	22	21	20	34	1.97
65403686--65403734	2	24.5	2	87	8	73	46	2	2	48	1.25
65406880--65406983	29	3.6	28	84	5	136	27	25	16	29	1.97
65407657--65407684	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
65414919--65415022	29	3.6	28	84	5	136	27	25	16	29	1.97
65418679--65418788	43	2.5	42	84	8	132	30	25	17	27	1.97
65418722--65418808	44	2.0	43	80	10	97	31	24	16	28	1.96
65420402--65420427	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65434062--65434095	16	2.2	16	89	5	52	67	2	23	5	1.26
65439935--65440108	46	3.8	46	80	13	221	28	29	21	20	1.98
65439943--65440112	93	1.8	92	94	1	304	27	30	21	20	1.98
65441549--65441804	40	6.4	40	89	4	358	24	21	27	26	1.99
65443280--65443389	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
65451334--65451443	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
65455000--65455152	39	3.9	39	87	0	198	24	19	27	28	1.99
65455000--65455180	78	2.3	78	81	3	186	24	20	26	28	1.99
65463123--65463285	39	4.2	39	89	0	227	22	19	29	28	1.98
65463123--65463323	78	2.6	78	80	5	185	22	20	28	28	1.99
65470289--65470458	46	3.7	45	79	9	200	30	30	19	20	1.97
65470297--65470467	93	1.8	93	92	2	290	28	29	20	21	1.98
65470294--65470483	46	4.1	46	71	20	128	28	29	20	21	1.98
65475173--65475250	27	2.9	27	90	5	113	32	24	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65480604--65480724	39	3.1	39	93	0	197	20	24	30	23	1.99
65486264--65486384	39	3.1	39	97	0	224	19	25	32	22	1.98
65490102--65490261	55	2.9	56	80	9	202	32	19	25	23	1.97
65495076--65495280	55	3.8	54	80	4	234	32	18	24	24	1.97
65496921--65496979	27	2.2	26	84	3	73	40	16	8	33	1.79
65496921--65496994	27	2.8	27	81	6	71	37	20	9	32	1.85
65497097--65497207	54	2.1	53	87	1	159	18	24	20	36	1.94
65497097--65497207	27	4.2	26	85	5	132	18	24	20	36	1.94
65502950--65503026	24	3.2	24	90	0	127	33	3	42	19	1.69
65504434--65504544	27	4.2	26	86	5	141	15	23	22	38	1.92
65505697--65505727	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
65509892--65510062	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
65509884--65510064	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
65512435--65512523	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
65512435--65512514	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
65512446--65512523	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
65515472--65515643	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
65515464--65515639	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
65518027--65518164	56	2.4	56	86	4	170	32	21	15	31	1.94
65518044--65518164	56	2.2	56	90	0	188	33	22	14	29	1.93
65519309--65519346	19	2.0	19	94	0	67	39	0	13	47	1.42
65524964--65525068	54	2.0	53	94	1	183	39	17	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65527868--65527985	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
65527836--65527999	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
65542471--65542569	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
65544830--65545015	40	4.7	40	86	5	218	26	26	20	25	1.99
65550453--65550537	45	1.9	44	87	2	125	27	14	22	36	1.92
65551097--65551198	53	1.9	53	100	0	204	33	13	12	40	1.83
65553226--65553398	46	3.7	46	79	9	208	28	26	21	23	1.99
65557385--65557767	47	8.1	47	92	2	595	31	12	30	25	1.92
65557385--65557767	145	2.7	141	89	3	595	31	12	30	25	1.92
65557385--65557767	192	2.0	188	93	2	658	31	12	30	25	1.92
65557741--65557831	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
65557977--65558159	37	4.9	37	95	0	321	23	19	31	26	1.98
65560642--65561082	188	2.3	188	83	1	544	37	17	17	27	1.92
65560642--65561240	94	6.4	94	78	6	493	37	16	18	28	1.92
65564570--65564617	21	2.2	22	88	3	71	50	0	0	50	1.00
65570090--65570140	25	2.1	25	96	3	95	15	3	49	31	1.63
65582100--65582542	69	6.4	69	85	1	521	30	23	24	22	1.99
65582100--65582550	207	2.2	208	85	2	604	30	23	24	22	1.99
65593026--65593155	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
65593042--65593193	40	3.8	40	77	6	139	23	26	23	26	2.00
65599236--65599338	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
65607308--65607410	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65609702--65609812	27	4.1	27	88	5	154	37	22	24	15	1.93
65611215--65611286	23	3.0	24	89	4	110	19	38	4	37	1.71
65614821--65614947	40	3.2	39	85	3	173	24	21	26	27	1.99
65618811--65619022	40	5.3	40	81	2	203	25	26	22	26	2.00
65618818--65619022	80	2.6	80	80	1	232	24	26	22	26	2.00
65625998--65626124	40	3.2	39	85	3	173	24	21	26	27	1.99
65627652--65627818	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
65627652--65627818	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
65628643--65628688	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65635661--65635827	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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