genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  34  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9840104--9840367	40	6.7	40	87	5	326	26	27	21	24	1.99
9840106--9840367	79	3.3	80	83	7	329	26	27	21	24	1.99
9848229--9848492	40	6.7	40	89	5	344	26	27	21	24	2.00
9848231--9848492	79	3.3	80	84	7	338	25	27	22	24	2.00
9853579--9853738	25	6.4	25	71	9	85	31	21	25	21	1.98
9853620--9853729	25	4.5	25	71	10	93	32	19	26	21	1.97
9853684--9853738	24	2.3	24	84	12	69	34	21	23	20	1.97
9856510--9856895	93	4.2	93	78	2	355	26	15	17	40	1.89
9856551--9856895	186	1.9	186	80	2	415	26	14	17	40	1.88
9858879--9859012	59	2.3	59	90	0	214	26	13	12	47	1.79
9858879--9858968	28	3.1	28	67	9	81	27	11	12	48	1.74
9858898--9859036	31	4.6	31	75	7	124	28	14	12	45	1.81
9862814--9862841	3	9.3	3	100	0	56	32	67	0	0	0.91
9863269--9863294	6	4.3	6	100	0	52	15	69	0	15	1.20
9863278--9863364	36	2.4	36	98	0	165	13	51	18	16	1.76
9871922--9871948	8	3.4	8	100	0	54	62	0	22	14	1.31
9875923--9875956	15	2.3	15	90	10	52	55	0	11	32	1.36
9876895--9876929	18	1.9	18	88	0	52	71	0	22	5	1.07
9877658--9878142	177	2.7	178	82	3	581	27	21	19	31	1.97
9877909--9878010	44	2.3	44	83	5	116	30	21	20	27	1.98
9877937--9878033	44	2.2	44	83	0	122	26	24	20	27	1.99
9877985--9878274	133	2.2	133	87	3	415	27	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9878086--9878423	177	1.9	176	82	3	419	27	21	20	31	1.98
9877985--9878320	133	2.5	133	82	4	340	27	21	19	30	1.98
9878312--9878813	132	3.8	130	86	3	632	26	22	20	30	1.98
9878465--9878806	44	7.8	45	68	15	187	26	23	19	30	1.98
9878356--9878806	88	5.1	89	69	10	214	26	23	19	30	1.98
9889144--9889172	12	2.4	12	100	0	58	72	0	27	0	0.85
9890516--9890569	23	2.3	25	81	9	69	44	0	0	55	0.99
9898802--9898836	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
9910272--9910356	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
9910518--9910593	22	3.3	22	69	16	64	27	31	9	31	1.88
9910531--9910606	25	3.2	25	68	24	81	27	31	7	32	1.85
9910427--9910627	93	2.2	92	86	5	271	27	30	8	33	1.87
9910438--9910628	47	4.1	47	87	4	273	27	30	8	32	1.86
9911793--9911821	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9921995--9922191	62	3.2	62	96	0	349	42	10	12	35	1.76
9922047--9922147	31	3.3	31	65	15	91	43	10	12	32	1.78
9922675--9922711	18	2.0	19	89	5	58	56	0	10	32	1.34
9922729--9922785	12	4.3	14	72	16	50	59	1	5	33	1.30
9924337--9924393	29	1.9	30	82	10	73	22	3	5	68	1.25
9925752--9925814	32	2.0	32	87	6	92	42	4	9	42	1.58
9929497--9929528	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
9936678--9936730	22	2.4	23	84	9	67	50	1	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9989765--9989836	21	3.5	21	68	11	67	29	15	19	36	1.92
9989752--9989834	41	2.0	41	97	0	157	30	16	18	34	1.93
9992306--9992452	73	2.0	73	93	0	249	39	10	19	30	1.86
9995768--9995800	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
9999173--9999230	20	2.8	21	74	12	57	12	12	5	70	1.31
10000464--10000629	35	4.6	35	77	8	154	33	22	11	32	1.90
10002127--10002169	14	3.1	14	80	9	52	67	2	0	30	1.03
10009200--10009256	28	2.0	28	100	0	114	14	17	10	57	1.64
10021859--10021945	30	2.9	31	83	6	108	34	20	14	29	1.93
10022304--10022339	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
10024979--10025200	114	1.9	114	92	1	374	40	21	9	28	1.85
10027991--10028023	17	2.0	17	88	5	50	27	12	12	48	1.76
10029298--10029473	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
10029295--10029465	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
10031378--10031413	18	1.9	18	88	5	54	38	19	11	30	1.86
10031369--10031454	19	4.5	19	75	7	66	40	20	8	30	1.82
10031637--10031713	24	3.3	23	87	3	73	36	16	23	23	1.94
10031647--10031713	24	2.8	24	93	0	98	35	16	22	25	1.94
10033037--10033069	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
10033037--10033082	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
10033445--10033492	24	2.0	24	95	0	87	27	45	4	22	1.70
10042553--10042579	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10044870--10044944	18	4.1	17	69	25	55	10	10	2	76	1.13
10044952--10044997	5	10.0	5	77	17	55	60	2	0	36	1.09
10044958--10044994	8	4.4	8	87	12	56	62	2	0	35	1.10
10044952--10044997	18	2.6	18	92	0	83	60	2	0	36	1.09
10044953--10044994	13	3.2	13	83	10	59	61	2	0	35	1.09
10051450--10051529	39	2.1	39	92	0	133	33	21	27	17	1.96
10054638--10054678	15	2.8	14	88	7	55	87	4	7	0	0.65
10060768--10060816	24	2.0	24	84	7	64	44	6	0	48	1.27
10061498--10061527	15	2.0	15	93	0	51	26	10	13	50	1.73
10071055--10071095	19	2.0	21	86	9	59	31	9	2	56	1.45
10079427--10079460	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
10079584--10079646	30	2.1	30	84	0	81	60	9	3	26	1.43
10082700--10083030	83	4.0	82	82	7	343	38	17	22	22	1.93
10082700--10083030	41	8.1	41	82	6	323	38	17	22	22	1.93
10082700--10083030	122	2.7	119	81	6	378	38	17	22	22	1.93
10083876--10083905	16	1.9	15	93	6	51	56	0	3	40	1.16
10083876--10083924	25	2.0	25	87	0	71	48	4	4	42	1.40
10086214--10086275	19	3.2	19	93	4	97	38	9	16	35	1.81
10092864--10092893	8	3.8	8	95	0	51	93	0	6	0	0.35
10092865--10092895	15	2.1	15	93	0	53	90	0	9	0	0.46
10094068--10094102	10	3.4	10	92	4	52	80	11	8	0	0.92
10094083--10094120	6	6.5	6	84	3	51	81	2	15	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10095110--10095629	89	5.8	89	72	15	389	33	19	19	27	1.96
10095111--10095531	176	2.4	179	89	4	618	34	19	18	27	1.95
10095111--10095628	176	2.9	173	84	6	544	33	19	19	27	1.96
10095833--10096107	44	6.2	46	68	13	146	31	17	22	27	1.97
10095833--10096107	134	2.1	134	92	2	455	31	17	22	27	1.97
10096603--10096662	17	3.2	19	86	13	88	38	10	16	35	1.82
10099349--10099571	39	5.7	38	91	3	304	30	28	21	19	1.98
10099644--10099725	28	2.9	28	85	0	101	29	23	10	36	1.89
10105803--10106041	39	6.1	38	86	5	216	30	29	21	17	1.96
10105832--10106041	78	2.7	78	90	1	323	30	29	21	18	1.97
10106114--10106178	28	2.3	28	86	0	94	29	21	7	41	1.81
10106114--10106195	28	2.9	27	80	7	83	29	23	9	37	1.87
10111929--10112000	23	3.1	23	80	4	83	31	4	1	62	1.23
10111888--10111965	35	2.2	35	80	8	88	33	6	0	60	1.22
10116268--10116407	53	2.6	53	87	2	192	30	27	17	25	1.97
10123774--10123939	53	3.1	53	89	4	228	30	27	16	25	1.97
10126215--10126267	22	2.4	23	84	12	76	28	5	22	43	1.76
10131177--10131217	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
10135390--10135478	44	2.0	44	100	0	178	51	6	8	32	1.59
10136986--10137023	17	2.3	17	90	4	60	60	0	0	39	0.97
10137403--10137445	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
10138038--10138080	22	1.9	22	85	4	59	65	0	13	20	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10142498--10142540	22	2.0	22	90	0	68	55	11	0	32	1.36
10150907--10150950	19	2.5	17	81	7	52	40	0	13	45	1.44
10151079--10151187	21	5.1	21	85	4	128	16	22	24	35	1.95
10153694--10153794	50	2.0	50	94	3	177	32	18	15	32	1.93
10154028--10154157	42	3.1	42	93	0	215	36	16	18	28	1.92
10159735--10159814	30	2.7	30	88	3	117	36	21	12	30	1.90
10161042--10161110	23	3.1	22	78	17	79	27	0	10	62	1.27
10161042--10161110	22	3.1	23	77	6	79	27	0	10	62	1.27
10163715--10163768	27	2.0	27	88	0	81	35	3	20	40	1.70
10163839--10163881	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328