genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21333148--21333208	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
21334378--21334416	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
21335746--21335809	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
21335833--21335924	42	2.2	42	88	0	130	41	21	9	27	1.84
21336046--21336326	23	12.0	23	86	5	352	25	20	23	29	1.99
21336045--21336324	47	6.0	47	89	5	408	26	21	23	28	1.99
21336045--21336326	24	12.0	24	87	6	393	26	20	23	29	1.99
21336375--21336441	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
21336375--21336430	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
21336478--21336525	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
21337684--21337748	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
21337799--21338015	27	8.0	27	76	8	172	32	9	17	40	1.82
21337892--21338015	26	4.7	27	84	6	137	30	8	19	41	1.82
21337892--21338015	53	2.3	53	88	2	187	30	8	19	41	1.82
21338008--21338296	27	10.8	27	86	5	365	39	8	24	27	1.85
21338008--21338296	81	3.6	81	89	3	417	39	8	24	27	1.85
21338293--21338391	27	3.7	26	77	8	92	30	9	20	40	1.83
21341710--21341827	24	4.9	23	79	9	112	34	19	22	23	1.96
21341710--21341802	24	3.9	24	87	1	116	36	19	21	22	1.95
21345380--21345490	39	2.8	39	94	1	186	23	20	31	24	1.98
21348229--21348261	14	2.4	14	94	0	57	39	6	18	36	1.75
21351112--21351157	17	2.9	17	78	12	53	41	21	0	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21352414--21352484	24	3.0	24	81	4	81	38	16	22	22	1.93
21352443--21352499	24	2.3	24	84	6	69	33	19	22	24	1.97
21355663--21355830	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
21357060--21357100	19	2.1	20	90	4	66	0	17	2	80	0.82
21359852--21359988	68	2.0	68	92	0	229	35	8	26	30	1.85
21359919--21360267	48	7.3	48	93	1	558	34	8	27	30	1.85
21360312--21360434	37	3.3	37	97	0	228	24	19	32	23	1.97
21362304--21362615	40	7.8	40	91	0	473	26	20	27	26	1.99
21366495--21366631	68	2.0	68	92	0	229	35	8	26	30	1.85
21366562--21366910	48	7.3	48	94	0	563	34	7	27	30	1.85
21366955--21367077	37	3.3	37	97	0	228	24	19	32	23	1.97
21374875--21375042	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
21376220--21376256	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
21382859--21383026	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
21400309--21400527	29	7.5	29	87	4	289	26	30	15	27	1.96
21400309--21400527	117	1.9	116	83	4	289	26	30	15	27	1.96
21411866--21411996	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
21414094--21414312	29	7.5	29	87	4	289	26	30	15	27	1.96
21414094--21414312	117	1.9	116	83	4	289	26	30	15	27	1.96
21418995--21419097	29	3.6	28	77	5	98	26	16	30	27	1.97
21421348--21421380	16	2.1	16	100	0	66	60	6	12	21	1.53
21426939--21427169	49	4.7	49	86	2	327	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21426939--21427169	100	2.3	98	91	2	372	29	25	18	26	1.98
21452711--21452753	21	2.1	20	83	12	52	18	16	30	34	1.93
21460321--21460346	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
21462494--21462655	43	3.8	43	76	9	154	25	17	25	30	1.98
21466590--21466683	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
21466552--21466683	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
21468843--21468885	21	2.0	21	100	0	86	48	9	18	23	1.76
21468874--21468964	44	2.1	44	100	0	182	51	15	8	24	1.71
21469193--21469270	34	2.3	34	86	4	104	30	21	20	26	1.98
21471289--21471437	76	2.0	76	95	0	271	42	26	4	27	1.73
21478451--21478654	40	5.1	39	83	4	221	27	26	21	24	1.99
21478623--21478960	123	2.8	122	94	0	577	34	25	10	30	1.90
21485930--21486053	43	2.9	43	90	0	185	33	25	13	27	1.93
21491124--21491197	32	2.3	32	92	0	121	50	18	5	25	1.69
21498882--21498987	27	3.9	27	81	10	117	36	20	23	18	1.95
21498875--21498987	55	2.1	54	86	5	156	37	21	23	18	1.94
21506724--21506829	27	3.9	27	84	10	126	35	19	24	19	1.95
21506736--21506829	27	3.4	28	85	11	131	35	22	24	18	1.96
21506717--21506829	55	2.1	54	86	5	156	36	20	23	19	1.95
21510145--21510346	40	5.1	40	90	4	284	21	23	28	25	1.99
21510145--21510335	79	2.4	80	88	3	278	21	23	29	25	1.99
21510145--21510361	79	2.7	79	86	4	242	23	23	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21514350--21514412	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
21522933--21523123	39	4.9	39	97	0	346	23	19	32	24	1.97
21522933--21523189	78	3.3	78	87	5	261	24	21	30	24	1.99
21530955--21531067	39	2.9	39	95	1	199	23	20	32	23	1.98
21530959--21531120	40	4.1	40	87	4	100	22	22	31	23	1.98
21530955--21531134	79	2.3	78	80	8	186	24	21	30	23	1.99
21533218--21533286	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
21535034--21535058	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
21535072--21535115	19	2.4	18	85	7	54	40	6	0	52	1.28
21536002--21536218	40	5.5	40	87	3	271	23	24	27	23	2.00
21540232--21540361	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
21548222--21548365	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
21548259--21548388	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
21551057--21551125	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
21552917--21552960	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
21555332--21555400	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
21557193--21557236	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
21559576--21559644	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
21561865--21562089	46	4.8	48	81	9	241	27	18	31	23	1.97
21571463--21571517	27	2.1	27	89	3	85	36	23	21	18	1.95
21577481--21577583	29	3.6	28	85	5	134	29	15	27	28	1.96
21585660--21585762	29	3.6	28	85	5	134	29	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21587427--21587509	27	3.1	27	82	5	89	33	22	21	21	1.97
21593504--21593678	46	3.8	46	76	15	198	29	29	20	21	1.98
21595895--21596193	27	11.1	27	83	6	347	27	21	10	40	1.85
21595895--21596188	54	5.4	54	86	5	407	27	22	9	40	1.85
21596198--21596365	27	6.3	27	83	0	176	37	17	17	26	1.93
21596196--21596361	54	3.1	54	83	2	201	37	16	18	26	1.92
21596564--21596646	27	3.1	26	84	5	103	19	20	22	37	1.94
21596741--21596792	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
21597148--21597407	6	42.8	6	74	19	202	21	16	13	48	1.80
21597148--21597407	85	3.2	85	92	6	427	21	16	13	48	1.80
21597324--21597372	19	2.7	18	87	9	64	22	18	12	46	1.82
21597148--21597335	30	6.4	30	82	13	239	21	16	13	48	1.81
21599518--21599622	33	3.1	33	83	2	129	26	17	25	30	1.97
21604247--21604419	46	3.7	46	77	13	174	28	27	20	23	1.99
21604255--21604425	93	1.8	93	89	0	270	28	26	21	23	1.99
21609542--21609571	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
21609819--21609910	28	3.3	28	92	4	143	34	27	6	31	1.82
21610026--21610105	27	2.9	28	83	5	108	20	25	22	32	1.98
21610026--21610116	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
21610026--21610130	55	1.9	56	82	5	133	19	24	20	35	1.96
21611457--21611515	30	2.0	30	89	0	91	81	0	8	10	0.88
21611457--21611513	6	9.5	6	94	0	78	82	0	7	10	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21614017--21614179	46	3.5	46	74	14	172	22	20	29	27	1.98
21614012--21614184	93	1.9	93	91	0	283	21	21	28	28	1.98
21614153--21614191	20	2.0	20	100	0	78	12	25	35	25	1.92
21615981--21616006	11	2.4	11	100	0	52	42	0	50	7	1.31
21631725--21631772	20	2.5	20	80	10	55	62	12	4	20	1.46
21633710--21633851	27	5.3	27	77	6	128	35	18	18	27	1.94
21633707--21633851	54	2.7	53	83	10	186	35	17	18	27	1.94
21636902--21636926	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
21653412--21653600	27	7.0	27	79	2	182	37	17	20	24	1.94
21653412--21653573	81	2.0	81	85	2	218	38	18	19	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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