genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58483409--58483623	46	4.6	48	76	8	192	25	27	19	27	1.98
58483409--58483623	94	2.3	94	83	1	261	25	27	19	27	1.98
58486007--58486149	39	3.6	39	92	0	232	26	20	30	22	1.99
58489194--58489364	46	3.7	46	78	10	204	21	21	28	28	1.99
58489189--58489360	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
58492336--58492415	15	5.4	15	76	7	74	11	18	12	57	1.64
58494505--58494680	46	3.8	44	78	11	185	21	19	28	29	1.98
58494501--58494672	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	28	1.98
58505025--58505234	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
58513162--58513371	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
58522617--58522649	7	4.7	7	100	0	66	30	0	54	15	1.41
58531570--58531712	40	3.6	38	81	5	133	25	22	27	23	1.99
58533285--58533727	27	16.3	27	80	6	218	34	21	10	34	1.87
58533254--58533429	54	3.3	53	78	5	185	37	21	10	31	1.86
58533261--58533454	108	1.8	107	81	3	246	37	20	10	31	1.86
58533583--58533655	28	2.6	28	93	2	121	41	20	8	30	1.81
58533407--58533770	27	13.4	27	82	4	266	31	21	9	36	1.87
58533775--58534210	27	16.3	27	87	2	594	35	20	19	24	1.96
58534432--58534483	27	2.0	26	84	3	68	19	25	19	36	1.95
58534428--58534633	67	3.1	67	97	0	376	19	27	21	31	1.98
58534499--58534550	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
58534736--58534882	6	23.8	6	72	15	113	18	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58534739--58534870	25	5.6	25	75	15	120	17	18	15	47	1.83
58534736--58534870	31	4.4	31	78	7	157	17	18	15	48	1.82
58534736--58534846	37	3.2	34	82	12	129	18	18	16	47	1.83
58534762--58534908	62	2.4	62	87	4	208	19	15	14	50	1.78
58549731--58549840	55	2.0	55	87	0	157	18	21	3	56	1.57
58560172--58560239	34	2.0	34	82	0	82	30	26	10	32	1.90
58564683--58564718	17	2.1	17	94	0	63	41	25	5	27	1.77
58569944--58570050	44	2.4	44	89	4	153	31	32	18	16	1.94
58572172--58572247	27	2.8	27	73	0	71	35	17	19	27	1.94
58572651--58572682	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
58577045--58577083	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
58585067--58585232	27	6.1	27	83	11	207	36	23	23	16	1.94
58585067--58585232	54	3.1	54	92	1	262	36	23	23	16	1.94
58586832--58586887	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
58586842--58586894	26	2.2	23	83	12	63	33	22	3	39	1.72
58589615--58589731	49	2.4	49	82	5	139	21	22	13	42	1.87
58589647--58589765	49	2.4	49	80	8	127	19	17	19	43	1.88
58594169--58594270	50	2.0	52	90	3	163	47	8	0	44	1.34
58594357--58594433	28	2.8	28	81	0	82	57	5	14	23	1.57
58594409--58594466	28	2.0	29	83	9	75	60	12	12	15	1.59
58596051--58596116	30	2.2	30	97	2	125	46	9	10	33	1.70
58597215--58597431	76	2.8	76	78	4	213	36	19	19	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58600363--58600453	40	2.3	41	86	5	132	34	17	21	26	1.96
58611983--58612024	17	2.4	18	80	4	50	57	2	2	38	1.25
58622559--58622629	27	2.6	27	80	8	72	39	0	0	60	0.97
58622584--58622628	9	4.9	9	82	12	56	40	0	0	60	0.97
58622620--58622644	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
58626257--58626366	43	2.6	42	82	5	141	30	17	24	27	1.97
58629528--58629576	21	2.3	21	96	0	89	12	24	42	20	1.86
58629528--58629599	21	3.5	20	81	16	67	16	25	38	19	1.92
58635024--58635050	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
58644231--58644267	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
58646575--58646608	17	2.0	17	100	0	68	29	17	23	29	1.97
58647186--58647362	84	2.1	84	97	1	336	41	18	12	27	1.87
58651145--58651177	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
58654255--58654369	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
58654255--58654388	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
58660207--58660321	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
58660207--58660340	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
58665885--58665973	40	2.2	40	82	4	99	14	24	16	43	1.86
58665894--58665972	20	4.0	20	70	6	70	12	26	17	43	1.85
58676950--58677121	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
58676943--58677118	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
58684177--58684203	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58691768--58691938	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
58691760--58691940	46	3.9	46	78	9	206	28	28	20	22	1.99
58695017--58695049	16	2.0	17	88	5	50	24	3	3	69	1.16
58700651--58700818	46	3.6	46	80	10	207	19	22	30	27	1.98
58700647--58700818	93	1.8	93	94	0	308	19	22	30	27	1.98
58703737--58703814	15	5.4	15	75	13	74	10	16	14	58	1.62
58706178--58706345	46	3.6	46	80	4	194	20	21	29	28	1.98
58706174--58706346	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
58709636--58709660	13	1.9	13	100	0	50	8	12	16	64	1.49
58714039--58714242	53	3.8	54	79	1	212	22	23	16	37	1.93
58714051--58714234	55	3.4	53	80	2	170	21	23	17	36	1.94
58714239--58714309	36	2.0	36	100	0	142	29	25	8	36	1.85
58725592--58725758	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58733586--58733752	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58737220--58737354	39	3.4	39	73	10	114	28	27	20	23	1.99
58738870--58738904	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
58738934--58738967	13	2.6	13	90	0	50	52	0	2	44	1.16
58745007--58745141	39	3.4	39	73	10	114	28	27	20	23	1.99
58746659--58746693	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
58746723--58746756	13	2.6	13	90	0	50	52	0	2	44	1.16
58753760--58754030	136	2.1	129	85	6	357	15	13	15	56	1.68
58753800--58754094	136	2.2	129	82	7	349	16	14	14	54	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58754351--58754447	30	3.2	30	89	2	149	29	6	30	32	1.82
58768211--58768241	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
58779821--58779944	61	2.0	62	95	1	223	29	26	9	33	1.88
58780310--58780358	23	2.1	23	100	0	98	40	12	22	24	1.88
58787550--58787727	40	4.5	40	88	6	240	24	28	23	23	2.00
58791054--58791204	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
58791090--58791220	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
58799616--58799650	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
58801167--58801301	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
58807343--58807376	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
58807406--58807440	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
58808959--58809093	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
58811347--58811383	17	2.1	18	90	5	58	43	2	2	51	1.30
58819887--58819945	23	2.5	24	77	2	66	52	18	8	20	1.71
58821186--58821242	18	3.4	17	69	16	55	21	21	8	49	1.76
58821182--58821255	33	2.2	33	87	0	112	18	20	8	52	1.70
58822373--58822443	17	4.2	17	77	13	67	22	0	5	71	1.06
58822384--58822443	4	14.2	4	78	13	50	21	0	5	73	1.02
58823230--58823270	21	2.0	21	85	9	57	12	21	34	31	1.91
58826767--58826925	43	3.7	43	78	7	171	23	18	26	30	1.98
58828423--58828475	23	2.3	23	93	0	88	41	30	15	13	1.85
58831668--58831756	29	3.1	29	100	0	178	26	11	13	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58833568--58833636	34	2.0	34	100	0	138	27	17	17	37	1.92
58838580--58838620	17	2.4	17	91	0	64	29	21	26	21	1.99
58839196--58839482	27	10.6	27	84	0	349	39	19	8	32	1.82
58839196--58839535	54	6.3	54	85	2	387	39	20	8	31	1.83
58839196--58839535	81	4.2	79	78	10	310	39	20	8	31	1.83
58839196--58839535	27	12.6	27	76	8	264	39	20	8	31	1.83
58839548--58839770	27	8.3	27	83	0	230	37	19	18	24	1.94
58839583--58839781	81	2.5	81	85	4	258	36	20	17	25	1.94
58840031--58840090	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
58840209--58840288	31	2.6	31	83	0	97	22	17	11	48	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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