genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18169773--18169889	59	2.0	59	98	0	225	29	23	13	33	1.93
18169845--18169994	43	3.5	43	80	5	169	32	26	15	26	1.95
18181547--18181579	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
18182080--18182122	18	2.3	19	80	4	52	27	0	0	72	0.85
18182082--18182124	19	2.3	19	84	8	52	27	0	0	72	0.85
18182014--18182264	138	1.8	136	81	5	308	26	9	6	56	1.56
18202888--18202940	20	2.7	20	84	0	70	20	32	30	16	1.95
18204156--18204182	13	2.1	13	100	0	54	14	7	7	70	1.32
18205532--18205740	39	5.2	39	80	7	179	59	6	8	25	1.51
18209330--18209379	25	2.0	25	84	7	66	44	6	26	24	1.76
18209567--18209612	24	1.9	24	82	8	58	43	4	30	21	1.72
18209311--18209787	236	2.0	237	96	0	875	35	18	17	28	1.94
18210587--18210645	30	2.0	30	96	0	109	35	25	13	25	1.93
18218367--18218411	20	2.2	20	85	14	58	57	2	4	35	1.31
18218367--18218411	21	2.2	20	84	11	56	57	2	4	35	1.31
18218649--18218715	28	2.3	29	92	2	109	28	2	10	58	1.46
18221958--18222002	22	2.0	22	82	0	54	35	11	17	35	1.86
18227677--18227747	37	1.9	37	97	0	133	29	26	9	33	1.89
18228573--18229029	94	4.9	93	78	3	441	29	19	18	32	1.95
18228760--18229350	232	2.5	229	81	5	652	27	20	18	32	1.96
18228871--18229169	138	2.2	138	82	3	361	28	20	18	33	1.96
18229003--18229221	94	2.3	94	86	0	303	25	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18229011--18229263	94	2.7	94	83	2	249	26	20	19	33	1.96
18229767--18229814	24	2.0	24	100	0	96	33	8	8	50	1.63
18231896--18232096	108	1.8	110	87	4	300	22	25	17	34	1.96
18231849--18232103	55	4.8	52	79	10	211	21	25	17	36	1.95
18241413--18241481	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
18241404--18241491	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
18246560--18246618	27	2.2	27	100	0	118	18	20	32	28	1.96
18248155--18248189	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
18262630--18262776	43	3.4	43	80	5	163	28	17	24	29	1.97
18262630--18262792	86	1.9	85	81	3	193	28	16	25	29	1.97
18266223--18266288	30	2.2	30	86	0	87	24	10	31	33	1.89
18271101--18271139	18	2.2	18	100	0	78	17	23	20	38	1.93
18274194--18274235	19	2.2	20	82	4	50	26	7	0	66	1.17
18274705--18274758	23	2.3	24	78	9	58	53	3	0	42	1.18
18281875--18282078	46	4.5	45	82	11	197	23	30	20	25	1.98
18281918--18282134	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	25	1.98
18281918--18282126	46	4.6	44	79	11	190	22	31	19	26	1.98
18287158--18287334	96	1.8	97	85	6	252	42	2	14	40	1.60
18287444--18287980	126	4.3	126	92	0	878	33	18	21	26	1.96
18290995--18291606	116	5.3	116	94	1	1050	46	9	3	40	1.53
18291378--18291557	54	3.2	53	68	20	139	46	8	3	42	1.50
18292632--18292657	7	3.7	7	100	0	52	61	11	0	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18292624--18292657	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
18293761--18293792	15	2.1	15	94	0	55	71	0	6	21	1.07
18293805--18293867	20	3.0	22	83	6	67	42	0	28	28	1.56
18293818--18293868	20	2.5	20	90	6	75	41	0	29	29	1.57
18293818--18293881	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
18301731--18301763	16	2.1	16	94	0	57	27	24	30	18	1.98
18303701--18303742	21	2.0	21	90	4	68	16	0	2	80	0.81
18303708--18303754	20	2.3	21	88	3	69	23	0	0	76	0.78
18303708--18303754	21	2.3	21	88	3	69	23	0	0	76	0.78
18304280--18304337	30	1.9	31	85	3	82	12	5	3	79	1.02
18304782--18304813	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
18306803--18306883	28	2.9	28	79	3	83	19	17	19	43	1.89
18306820--18306900	28	2.9	28	80	7	67	19	19	19	40	1.91
18313614--18313671	24	2.3	25	77	20	66	41	3	31	24	1.71
18323330--18323461	40	3.3	40	86	0	183	23	26	17	32	1.97
18323386--18323452	20	3.3	20	68	14	57	20	34	14	29	1.93
18324136--18324170	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
18327986--18328049	31	2.1	31	100	0	128	32	31	9	26	1.88
18337268--18337320	22	2.4	23	84	9	67	16	0	33	49	1.47
18337291--18337329	14	2.6	16	88	12	64	12	0	38	48	1.42
18337426--18337494	19	3.8	19	83	14	92	30	1	23	44	1.62
18345710--18345749	7	5.7	7	90	0	62	55	12	0	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18346728--18346862	48	2.8	46	83	6	155	52	5	8	33	1.55
18346994--18347093	11	9.1	11	73	8	69	43	2	20	35	1.63
18347945--18347993	25	2.0	24	84	11	64	79	0	6	14	0.91
18350990--18351092	24	4.2	24	81	8	95	25	21	17	35	1.95
18350990--18351080	24	3.7	24	85	5	103	27	19	17	35	1.95
18351073--18351118	23	1.9	25	86	8	69	28	19	17	34	1.94
18365510--18365550	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
18368154--18368189	13	2.8	13	100	0	72	63	5	25	5	1.38
18368939--18368972	16	2.1	17	88	5	52	50	0	5	44	1.26
18369471--18369514	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
18369549--18369573	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18370042--18370145	20	5.2	20	73	0	82	40	16	5	37	1.72
18370039--18370145	40	2.7	40	85	2	135	41	15	5	37	1.71
18370212--18370409	20	9.9	20	72	4	132	41	16	4	37	1.68
18370212--18370373	40	4.1	39	77	12	170	41	16	4	37	1.68
18370238--18370407	80	2.1	79	80	5	189	42	16	4	36	1.69
18372230--18372322	45	2.0	47	83	6	118	35	29	13	21	1.92
18372892--18372947	24	2.2	26	78	15	64	53	5	19	21	1.65
18374936--18374988	23	2.2	26	83	10	67	50	7	18	22	1.72
18375003--18375090	40	2.2	40	86	8	117	42	14	6	36	1.73
18375003--18375090	20	4.4	20	72	0	68	42	14	6	36	1.73
18375018--18375151	20	6.7	20	73	1	92	39	14	5	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18375223--18375275	20	2.7	20	90	0	79	37	13	5	43	1.67
18375314--18375352	20	2.0	20	89	0	60	38	15	2	43	1.60
18375435--18375519	40	2.1	41	84	4	109	36	14	3	45	1.62
18375463--18375520	20	3.0	18	75	10	53	39	13	1	44	1.54
18376329--18376358	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
18389789--18389983	91	2.2	89	83	6	234	35	14	21	28	1.93
18390238--18390356	61	2.0	61	98	0	229	21	8	18	51	1.72
18393214--18393255	17	2.3	18	80	12	50	33	0	9	57	1.31
18393437--18393469	14	2.4	14	100	0	66	24	15	6	54	1.63
18397521--18397736	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
18397471--18397736	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
18401308--18401347	22	1.9	20	85	10	53	50	10	2	37	1.50
18402165--18402191	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18402178--18402216	19	2.1	19	85	0	51	46	0	2	51	1.14
18403547--18403605	29	2.0	30	83	9	77	32	5	11	50	1.61
18405424--18405488	30	2.1	31	82	2	78	47	12	12	27	1.77
18419943--18419975	17	1.9	17	100	0	66	21	18	6	54	1.64
18426038--18426164	55	2.3	55	81	0	137	15	28	27	28	1.96
18430749--18430876	40	3.2	40	81	0	148	46	23	14	16	1.83
18430712--18430876	80	2.1	80	82	0	195	46	23	14	16	1.83
18433538--18433618	26	3.2	25	70	25	62	55	2	2	39	1.26
18435246--18435276	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18435509--18435581	31	2.4	29	82	13	78	45	35	2	16	1.62
18435509--18435584	28	2.5	30	81	14	86	46	34	2	17	1.62
18436512--18436568	28	2.0	28	93	0	96	5	15	31	47	1.68
18436769--18436801	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
18440131--18440178	16	3.2	14	77	8	51	45	35	0	18	1.50
18440146--18440195	25	2.0	25	84	7	66	50	32	0	18	1.47
18440403--18440435	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
18440520--18440616	31	3.1	30	72	10	88	44	5	2	48	1.36
18440976--18441032	2	29.0	2	92	3	98	50	0	1	47	1.11
18441910--18441937	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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