genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16888233--16888275	22	2.0	22	81	9	52	39	0	0	60	0.97
16888211--16888280	26	2.5	27	79	13	79	38	0	0	61	0.96
16889583--16889679	40	2.5	40	78	8	103	28	24	16	29	1.97
16890443--16890498	28	2.0	28	96	0	103	48	17	5	28	1.69
16890715--16890775	28	2.2	28	80	19	74	47	3	1	47	1.28
16891744--16891780	15	2.6	15	87	8	51	21	0	0	78	0.75
16893107--16893235	49	2.6	51	83	2	163	27	19	25	27	1.99
16895856--16896027	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
16895849--16896024	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
16902919--16903091	93	1.9	93	90	0	274	28	29	19	21	1.98
16902912--16903081	46	3.7	46	75	13	168	30	29	18	21	1.97
16902963--16903106	46	3.1	46	68	21	111	30	27	18	23	1.97
16905487--16905542	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
16906683--16906738	30	1.9	28	89	7	85	10	14	16	58	1.62
16906687--16906738	15	3.6	14	80	12	61	9	13	17	59	1.60
16909133--16909306	46	3.8	46	75	13	167	21	18	30	29	1.97
16911979--16912319	172	2.0	171	94	0	592	30	11	19	38	1.87
16914699--16914801	2	51.5	2	100	0	206	50	0	49	0	1.00
16915889--16915996	38	2.8	39	72	12	96	22	22	25	29	1.99
16922596--16922694	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
16927463--16927530	34	2.0	34	85	5	93	23	26	20	29	1.99
16930039--16930087	23	2.1	23	85	7	64	42	0	12	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16930508--16930569	20	3.1	20	80	0	70	33	12	16	37	1.87
16930539--16930600	20	3.1	20	79	4	63	37	11	16	35	1.84
16930513--16930597	40	2.1	40	81	12	95	35	11	16	36	1.85
16933510--16933606	40	2.4	41	84	6	119	28	27	15	27	1.96
16936702--16936781	41	2.0	41	87	0	115	20	36	23	20	1.95
16938859--16938930	23	3.0	23	72	7	72	16	4	34	44	1.67
16939786--16939831	16	3.0	16	75	9	51	52	0	0	47	1.00
16943936--16943970	9	3.8	9	96	3	61	40	2	0	57	1.14
16946986--16947028	21	2.0	21	100	0	86	58	9	4	27	1.49
16952941--16952996	20	2.7	20	80	5	67	28	8	7	55	1.57
16953509--16953557	25	2.0	25	95	0	89	59	10	20	10	1.59
16956501--16956601	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
16961695--16961739	24	1.9	23	86	4	63	57	11	6	24	1.57
16961721--16961747	14	1.9	14	100	0	54	70	7	0	22	1.12
16968573--16968661	46	1.9	46	83	0	115	25	31	6	35	1.82
16968643--16968827	47	3.9	47	82	1	192	25	30	10	32	1.90
16971088--16971127	21	2.0	21	90	5	64	25	2	2	70	1.13
16971089--16971161	19	3.8	19	71	16	53	23	5	1	69	1.17
16974328--16974438	27	4.1	27	78	9	120	36	22	24	17	1.95
16975831--16975923	24	3.9	23	92	4	141	20	38	4	36	1.72
16975831--16975922	48	1.9	48	93	0	157	20	39	4	35	1.73
16979409--16979477	26	2.6	27	80	13	81	62	0	37	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16993365--16993611	54	4.6	54	81	1	181	34	23	7	34	1.83
16993390--16993547	81	2.0	81	90	0	253	29	22	7	39	1.82
16993390--16993548	27	5.9	27	88	0	228	30	22	7	39	1.82
16993525--16993770	27	9.1	27	77	9	155	41	21	8	29	1.82
16993377--16993575	81	2.5	81	80	0	245	33	22	7	36	1.82
16993539--16993746	80	2.6	80	83	3	247	41	20	8	29	1.81
16993539--16993747	54	3.9	53	84	5	240	41	20	8	29	1.82
16993525--16993855	54	6.1	52	76	9	236	41	20	8	30	1.81
16993701--16993826	27	4.6	27	74	11	94	45	17	6	30	1.73
16993887--16993979	27	3.5	26	81	11	98	35	20	24	19	1.96
16994679--16994743	5	13.4	5	72	18	57	35	7	18	38	1.80
16994696--16994751	11	5.5	11	79	16	66	35	12	17	33	1.88
16994696--16994751	20	2.8	20	91	0	85	35	12	17	33	1.88
16994801--16994938	26	5.3	26	86	4	183	30	19	21	28	1.97
16996066--16996180	42	2.7	43	82	6	126	28	13	21	35	1.92
16996044--16996200	43	3.7	42	72	16	135	27	15	23	33	1.95
16997276--16997320	23	2.0	22	83	16	56	22	6	26	44	1.77
17020744--17020922	33	5.4	33	73	8	139	28	24	14	32	1.94
17020744--17020954	33	6.3	33	73	13	135	29	25	13	31	1.94
17020742--17020954	101	2.1	101	87	3	304	29	25	13	31	1.94
17027532--17027703	38	4.5	38	90	1	254	20	19	25	33	1.97
17034947--17034985	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17037540--17037667	40	3.3	39	77	7	107	20	18	27	33	1.96
17038913--17039014	38	2.7	38	96	0	186	21	19	25	33	1.97
17041085--17041260	46	3.8	46	81	11	225	21	21	28	28	1.98
17041081--17041252	93	1.8	93	95	2	310	20	22	29	27	1.98
17045346--17045489	25	5.8	25	74	0	117	25	22	22	29	1.99
17045359--17045489	50	2.6	50	84	2	147	24	22	22	29	1.99
17047758--17047782	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17049416--17049450	18	1.9	18	88	0	52	28	5	14	51	1.65
17049719--17050516	177	4.5	177	87	2	1075	28	25	17	28	1.97
17049719--17050476	353	2.1	354	88	1	1126	29	25	17	28	1.97
17050772--17050895	64	1.9	64	86	0	176	37	13	16	32	1.87
17051995--17052029	15	2.3	15	90	5	52	8	5	0	85	0.73
17051995--17052029	16	2.2	16	90	5	54	8	5	0	85	0.73
17051995--17052059	19	3.4	19	74	14	62	10	6	0	83	0.82
17057300--17057336	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
17067599--17067773	40	4.4	40	81	7	169	26	26	21	25	1.99
17067627--17067776	79	1.9	80	84	6	207	27	26	20	26	1.99
17081025--17081059	19	1.9	17	88	11	52	74	0	5	20	1.02
17089243--17089376	56	2.4	56	91	0	223	31	23	17	27	1.97
17090528--17090556	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
17094190--17094265	27	2.8	27	89	0	116	31	19	7	40	1.80
17094267--17094321	27	2.0	27	85	0	74	27	23	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17094300--17094523	54	4.1	55	78	7	199	40	20	8	30	1.81
17094185--17094350	90	1.8	91	83	3	219	30	21	7	40	1.80
17094300--17094552	27	9.3	27	77	8	165	39	20	9	31	1.84
17094585--17094646	27	2.3	27	80	5	72	37	17	20	24	1.94
17095156--17095208	25	2.2	25	89	3	81	35	3	20	39	1.71
17095163--17095214	25	2.1	25	100	0	104	38	3	19	38	1.70
17095480--17095549	25	2.8	25	83	12	74	27	20	22	30	1.98
17095490--17095562	25	3.0	25	77	16	64	27	20	21	30	1.98
17097023--17097134	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
17097023--17097134	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
17098153--17098184	15	2.1	15	100	0	64	9	21	31	37	1.85
17104870--17104980	27	4.2	26	85	6	141	37	23	23	15	1.93
17111442--17111617	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
17111439--17111610	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
17113448--17113836	132	2.9	131	84	4	462	32	17	20	29	1.95
17117347--17117404	30	1.9	30	89	6	91	43	25	8	22	1.82
17117513--17118108	75	7.7	77	76	11	443	33	19	17	29	1.95
17117668--17117839	93	1.8	93	85	4	240	32	19	20	27	1.97
17117608--17118061	150	2.8	167	82	9	496	32	20	17	29	1.96
17117180--17118007	248	3.4	242	83	7	876	35	19	16	28	1.93
17117761--17118108	75	4.7	75	88	2	479	32	21	17	28	1.96
17118065--17118160	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17117993--17118232	121	2.0	121	94	0	426	33	18	16	31	1.93
17118117--17118254	72	1.9	72	100	0	276	31	17	16	34	1.92
17118266--17118362	49	1.9	50	85	8	135	32	21	17	27	1.96
17117918--17118511	202	3.0	201	91	3	918	33	19	16	30	1.94
17118316--17118540	72	3.0	72	81	10	274	33	18	16	31	1.94
17118504--17118609	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
17118600--17118765	72	2.3	71	88	3	242	42	21	14	22	1.88
17118640--17118886	122	2.0	124	91	3	401	39	22	13	24	1.90
17118765--17118939	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
17127135--17127206	12	6.0	12	98	0	135	41	6	25	26	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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