genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  229  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68705402--68705483	42	2.0	42	85	0	110	34	23	15	26	1.95
68708352--68708644	48	6.6	42	70	14	153	29	25	17	27	1.98
68708352--68708644	131	2.2	136	81	8	332	29	25	17	27	1.98
68713615--68713759	39	3.7	39	87	4	168	26	22	26	24	2.00
68721744--68721911	40	4.2	40	81	3	205	25	22	26	26	2.00
68723330--68723470	49	2.8	50	82	6	180	29	17	22	29	1.97
68723325--68723454	51	2.6	50	82	4	165	27	17	24	30	1.97
68731186--68731318	46	2.9	47	87	5	191	21	21	26	31	1.98
68733321--68733487	90	1.9	90	94	0	298	30	16	10	41	1.83
68736663--68736701	10	3.9	10	100	0	78	30	0	10	58	1.31
68736909--68736958	23	2.2	23	100	0	100	36	14	22	28	1.92
68743217--68743247	16	1.9	16	100	0	62	61	6	6	25	1.45
68750923--68750948	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68752343--68752669	47	7.0	47	91	0	510	31	11	29	26	1.92
68752370--68752445	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
68752483--68752562	25	3.3	25	66	22	71	31	10	28	30	1.89
68752558--68752633	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
68752832--68752983	37	4.1	37	94	0	250	21	20	32	25	1.97
68755079--68755137	29	2.0	29	100	0	118	49	16	3	30	1.63
68760733--68760813	40	2.0	40	100	0	162	24	9	22	43	1.83
68762016--68762599	123	4.8	123	97	0	1080	29	10	25	34	1.89
68762290--68762482	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68762602--68762851	40	6.2	40	91	2	362	24	20	26	28	1.99
68769935--68770519	123	4.8	123	98	0	1089	29	10	25	34	1.89
68770086--68770401	64	5.1	64	59	16	160	28	10	26	34	1.89
68770488--68770771	40	7.1	40	87	4	369	25	20	26	28	1.99
68776375--68776443	26	2.5	28	88	6	106	27	14	27	30	1.95
68784298--68784367	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
68784298--68784379	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
68790891--68790961	24	3.0	24	89	4	99	39	5	42	12	1.67
68791111--68791149	16	2.4	17	86	4	53	0	15	10	74	1.07
68791106--68791146	22	1.9	22	85	5	57	0	14	9	75	1.04
68792529--68792578	26	1.9	26	87	0	73	20	24	22	34	1.97
68793501--68793546	21	2.2	21	92	3	76	43	13	19	23	1.86
68798383--68798439	29	2.0	29	100	0	114	19	3	31	45	1.67
68800295--68800344	26	1.9	26	95	0	91	18	26	24	32	1.97
68802171--68802195	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
68802532--68802581	26	1.9	26	84	8	66	76	6	4	14	1.13
68805347--68805448	43	2.4	41	80	4	114	30	25	15	28	1.96
68807788--68807915	45	2.8	45	82	2	141	32	26	19	21	1.97
68811209--68811268	30	2.0	30	96	0	111	48	23	11	16	1.79
68817675--68817843	40	4.2	39	81	6	178	24	26	23	26	2.00
68817669--68817843	80	2.2	81	84	3	228	25	25	24	25	2.00
68817693--68817845	40	3.8	39	84	4	180	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68846948--68847208	39	6.7	39	87	3	307	27	24	21	26	1.99
68846932--68847208	116	2.4	117	82	8	325	28	24	21	25	1.99
68846948--68847174	76	2.9	77	88	3	280	28	24	21	25	1.99
68847177--68847768	123	4.8	125	91	6	938	35	24	9	30	1.88
68847177--68847768	252	2.4	245	92	4	949	35	24	9	30	1.88
68854733--68854818	36	2.5	36	85	10	110	22	25	17	34	1.95
68854757--68854818	31	2.1	29	90	6	97	24	22	16	37	1.94
68855010--68855128	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
68855010--68855128	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
68855179--68855238	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
68859094--68859172	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68860950--68861081	29	4.6	29	87	0	183	28	15	31	25	1.95
68860950--68861081	58	2.3	58	90	2	203	28	15	31	25	1.95
68860951--68861140	58	3.3	56	78	11	161	26	15	32	25	1.95
68870327--68870405	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68871045--68871078	2	17.0	2	87	0	50	44	2	2	50	1.32
68885718--68885938	40	5.6	40	80	2	241	25	25	23	25	2.00
68889995--68890283	27	10.8	26	81	5	310	38	19	17	25	1.93
68889996--68890287	54	5.4	53	85	4	361	38	18	17	26	1.93
68889996--68890283	81	3.6	81	84	2	366	38	19	17	25	1.92
68889996--68890301	108	2.8	107	87	2	425	37	18	17	25	1.93
68897706--68897877	27	6.4	27	81	5	186	38	20	16	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68897706--68897877	54	3.2	54	88	1	238	38	20	16	24	1.93
68897705--68897878	81	2.1	81	89	0	258	39	20	16	24	1.92
68898619--68898678	27	2.3	26	85	2	75	25	23	16	35	1.95
68900076--68900247	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
68900068--68900243	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
68902626--68902713	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
68902626--68902704	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
68902637--68902713	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
68905613--68905742	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
68905618--68905761	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
68914612--68914644	14	2.3	15	89	5	50	69	21	6	3	1.24
68914833--68914864	17	1.9	17	93	6	57	43	43	0	12	1.42
68922039--68922075	19	1.9	19	88	0	56	43	21	2	32	1.67
68924749--68924775	8	3.4	8	100	0	54	11	22	22	44	1.84
68927225--68927334	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
68927225--68927374	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
68935280--68935389	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
68935280--68935429	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
68938668--68938728	30	2.0	30	83	0	77	29	26	4	39	1.77
68942963--68943087	47	2.7	47	82	5	146	28	31	20	20	1.97
68942957--68943102	46	3.2	46	75	15	140	29	29	19	21	1.98
68945917--68945998	29	2.8	29	92	0	137	31	26	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68970664--68970723	27	2.2	27	85	5	77	40	16	8	35	1.79
68970675--68970874	81	2.5	81	87	1	267	31	24	6	38	1.81
68970675--68970874	27	7.4	27	86	2	240	31	24	6	38	1.81
68970873--68971029	27	5.8	27	84	4	201	39	21	8	29	1.84
68970906--68971142	27	8.7	27	81	6	187	40	19	8	31	1.82
68970810--68971142	54	6.1	54	72	10	178	37	21	9	32	1.84
68970878--68971055	81	2.2	81	81	9	211	41	20	8	29	1.82
68971164--68971215	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
68973459--68973625	40	4.2	40	77	2	149	23	26	22	26	2.00
68976253--68976316	19	3.4	19	70	12	60	18	7	25	48	1.75
68976272--68976297	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
68983599--68983624	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
68983580--68983642	18	3.4	19	70	14	60	19	7	25	47	1.76
68985479--68985548	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
68985478--68985561	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
68985696--68985787	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
68985811--68985925	31	3.8	31	90	2	180	29	15	25	29	1.96
68988105--68988171	24	2.8	25	86	8	86	26	20	17	34	1.96
68989617--68989680	19	3.3	19	72	12	67	35	26	1	35	1.66
68989602--68989680	39	2.0	39	97	0	149	36	26	2	34	1.70
68989602--68989663	20	3.2	20	73	13	74	37	25	3	33	1.72
68995870--68995968	41	2.4	41	83	8	121	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68995895--68996006	41	2.8	41	83	6	131	29	27	16	26	1.97
68998666--68998830	40	4.1	40	82	6	192	26	27	21	24	1.99
69014820--69014921	31	3.1	31	87	9	123	23	22	15	38	1.93
69014797--69014904	38	2.8	38	92	1	180	23	23	14	38	1.92
69015112--69015229	24	4.9	24	87	9	161	27	23	22	27	1.99
69015112--69015230	47	2.5	48	90	8	181	26	23	21	27	1.99
69015281--69015340	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
69026557--69026604	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
69026648--69026706	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
69026757--69026873	22	5.0	23	84	13	143	29	20	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328