genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92956151--92956219	27	2.5	28	86	4	88	34	21	24	18	1.96
92956378--92956442	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
92956868--92957008	27	5.2	27	85	0	183	26	21	17	34	1.95
92960910--92961418	255	2.0	253	92	1	849	37	12	13	35	1.84
92962064--92962124	30	2.0	30	100	0	122	36	13	16	34	1.87
92963144--92963184	12	3.4	12	86	0	55	39	17	26	17	1.91
92963137--92963184	18	2.6	18	80	3	51	39	16	25	18	1.91
92963168--92963274	45	2.4	45	83	0	142	41	16	19	22	1.90
92963170--92963289	45	2.5	51	74	16	135	40	17	20	21	1.92
92963643--92963752	26	4.2	26	90	0	166	32	5	24	37	1.78
92963708--92963748	13	3.1	14	74	25	52	26	4	26	41	1.76
92965537--92965819	137	2.1	136	97	0	530	24	18	25	32	1.97
92967081--92967108	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
92973150--92973256	45	2.4	45	80	3	126	42	17	16	22	1.88
92973613--92973651	14	2.8	14	96	0	69	43	23	2	30	1.67
92973903--92973940	5	8.0	5	88	11	62	60	0	0	39	0.97
92973903--92973940	13	2.7	14	88	12	60	60	0	0	39	0.97
92979939--92979976	18	2.1	18	100	0	76	55	13	10	21	1.67
92990739--92990902	71	2.3	71	96	0	301	19	28	17	34	1.95
92990739--92990936	71	2.8	70	89	3	240	21	28	17	32	1.96
92992829--92992886	20	2.9	20	81	0	71	15	29	36	18	1.92
92993681--92993841	58	3.0	54	86	11	231	31	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92996609--92996709	38	2.7	38	93	0	166	39	21	9	28	1.86
92999791--92999822	16	2.0	16	100	0	64	31	6	0	62	1.20
93010303--93010371	33	2.1	33	94	0	120	36	14	27	21	1.93
93012696--93012720	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
93013538--93013574	18	2.2	16	90	9	56	40	0	0	59	0.97
93014067--93014119	27	2.0	27	84	0	70	56	7	11	24	1.60
93015666--93016711	352	3.0	352	95	1	1860	34	18	15	31	1.93
93022593--93022625	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
93022591--93022625	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
93022676--93022712	9	4.1	9	85	0	56	45	16	8	29	1.76
93022907--93022944	20	1.9	20	94	0	67	42	26	0	31	1.56
93027063--93027094	14	2.1	16	88	11	50	56	3	6	34	1.40
93027181--93027225	21	2.1	21	84	8	56	66	6	4	22	1.33
93028438--93028476	20	2.0	19	85	5	51	12	2	7	76	1.09
93028725--93029720	177	5.6	177	85	3	1181	28	25	16	29	1.97
93028725--93029720	353	2.8	350	85	3	1268	28	25	16	29	1.97
93029836--93030027	64	3.0	64	89	0	312	37	14	16	31	1.89
93031156--93031191	14	2.6	14	90	0	54	16	2	2	77	1.00
93032180--93032210	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
93032738--93032763	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
93037160--93037189	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
93037738--93037817	34	2.5	30	80	11	88	55	2	6	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93037930--93037983	22	2.5	21	82	14	58	68	5	1	24	1.21
93039472--93039543	13	5.9	13	71	25	68	61	0	0	38	0.96
93039457--93039566	34	3.2	34	83	13	145	60	0	0	40	0.97
93039527--93039598	22	3.2	22	86	3	99	56	1	0	41	1.07
93039459--93039597	67	2.0	65	81	13	156	58	0	0	40	1.03
93039512--93039613	45	2.2	46	81	8	118	60	0	0	38	1.03
93040507--93040551	21	2.1	22	87	4	65	42	0	0	57	0.98
93040537--93040636	13	8.2	12	67	24	50	41	1	2	56	1.18
93040493--93040657	36	4.6	37	83	9	193	41	0	1	56	1.14
93040543--93040685	22	6.3	22	66	22	66	42	0	1	55	1.13
93040477--93040659	71	2.6	71	79	15	200	43	0	1	54	1.14
93040651--93040704	29	1.9	27	85	7	72	50	1	0	48	1.11
93040689--93040726	13	3.0	13	80	3	51	52	0	2	44	1.14
93040768--93040794	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
93040781--93040839	31	1.9	31	86	6	84	40	3	1	54	1.27
93041042--93041076	13	2.7	13	91	8	54	48	0	0	51	1.00
93041083--93041151	20	3.1	21	76	19	70	59	1	0	39	1.06
93041109--93041212	36	3.0	35	83	5	140	55	1	0	41	1.17
93041128--93041165	13	2.8	14	80	8	51	60	2	0	36	1.11
93041150--93041237	23	3.8	22	71	20	56	53	3	1	42	1.25
93041252--93041312	13	4.4	14	84	12	65	73	1	1	22	1.01
93041259--93041299	9	4.6	9	88	11	66	78	2	0	19	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93041318--93041374	16	3.3	17	83	9	62	77	1	8	12	1.07
93046385--93046442	21	2.7	21	74	15	57	18	34	29	17	1.94
93053344--93053394	25	2.0	25	85	7	68	31	21	15	31	1.95
93054575--93054609	17	2.0	18	88	5	54	17	37	25	20	1.94
93056774--93056800	13	2.1	13	100	0	54	14	0	14	70	1.17
93066806--93066849	18	2.4	18	100	0	88	27	22	20	29	1.99
93069566--93069614	19	2.7	18	78	12	55	48	6	4	40	1.47
93072639--93072883	47	5.2	47	91	0	346	31	11	30	27	1.91
93072687--93072760	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
93072805--93072880	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
93072670--93072917	94	2.6	95	86	7	330	30	12	31	25	1.92
93072897--93072987	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
93074673--93074708	18	2.0	18	100	0	72	22	61	0	16	1.35
93075097--93075133	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
93074982--93075124	63	2.2	64	82	12	179	25	4	6	64	1.35
93075105--93075135	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
93075331--93075381	21	2.4	21	83	0	57	27	11	5	54	1.59
93075422--93075455	17	1.9	17	88	5	50	20	2	11	64	1.39
93082130--93082181	17	2.9	18	77	11	54	26	5	3	63	1.34
93087898--93087955	23	2.6	21	79	12	62	51	0	1	46	1.11
93087904--93087955	11	4.6	11	75	13	52	51	0	1	46	1.12
93093503--93093533	12	2.5	12	94	5	53	45	3	0	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93095858--93095904	18	2.6	18	82	3	58	6	2	25	65	1.27
93095894--93095925	13	2.4	14	94	5	57	0	6	3	90	0.53
93096815--93097137	74	4.5	72	86	6	320	29	21	17	31	1.96
93097163--93097296	71	1.9	71	90	0	214	29	23	16	30	1.96
93097006--93097455	158	2.8	159	93	3	730	30	22	17	29	1.96
93097321--93097526	71	2.9	70	86	7	272	28	23	16	30	1.97
93097164--93097616	230	2.0	233	96	1	840	30	22	17	29	1.96
93097321--93097526	72	2.9	69	85	7	270	28	23	16	30	1.97
93105651--93106318	71	8.8	74	74	14	342	30	22	17	29	1.97
93105651--93105928	74	3.8	73	85	7	332	28	22	18	30	1.97
93105811--93106248	159	2.7	159	91	2	684	30	22	17	29	1.96
93105955--93106407	232	2.0	231	93	1	782	30	22	16	30	1.96
93106113--93106318	73	2.9	71	83	6	256	28	23	16	31	1.96
93111963--93112000	20	1.9	20	84	10	51	65	7	0	26	1.19
93112599--93112639	20	2.0	21	90	4	66	58	2	0	39	1.11
93113439--93113476	16	2.3	17	81	4	51	7	0	31	60	1.25
93113472--93113506	15	2.3	15	90	9	54	0	8	2	88	0.61
93114440--93114717	73	3.8	74	88	3	368	28	21	18	31	1.97
93114395--93114717	73	4.5	71	86	6	343	29	21	17	31	1.96
93114743--93115107	71	4.9	71	71	15	286	30	22	16	30	1.96
93114585--93115036	159	2.8	159	92	2	721	30	22	17	29	1.96
93114744--93115197	231	2.0	233	96	0	840	30	22	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93127805--93127837	14	2.4	14	90	10	50	57	3	0	39	1.14
93128633--93128679	20	2.5	18	83	13	51	6	2	27	63	1.30
93128670--93128704	15	2.3	15	90	9	54	0	8	2	88	0.61
93129141--93129178	13	2.7	14	84	8	51	21	5	0	73	1.02
93133680--93133843	43	3.8	43	80	2	170	27	15	24	32	1.96
93134059--93134118	29	2.1	29	100	0	120	26	3	25	45	1.69
93135873--93135943	15	4.9	14	73	19	56	26	7	1	64	1.27
93135873--93135943	29	2.5	28	75	22	67	26	7	1	64	1.27
93135940--93135977	15	2.4	17	86	8	53	28	10	0	60	1.30
93136121--93136296	3	58.7	3	74	14	132	29	5	1	63	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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