genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51124053--51124220	40	4.2	40	80	3	187	25	21	28	25	1.99
51129583--51129707	64	1.9	65	86	1	180	28	18	17	36	1.94
51129779--51130195	133	3.1	132	87	4	586	29	19	19	31	1.97
51130047--51130420	177	2.1	177	90	2	581	29	18	20	30	1.97
51131812--51131881	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51139738--51139807	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51142846--51142915	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51150770--51150839	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
51152583--51152880	133	2.2	133	92	1	499	30	19	21	28	1.97
51154224--51154291	27	2.6	27	97	2	129	36	8	0	54	1.32
51154848--51155150	125	2.4	126	82	6	344	27	15	19	37	1.92
51165550--51165624	23	3.2	23	81	5	89	28	26	12	33	1.92
51169829--51169861	15	2.1	16	88	5	50	33	3	3	60	1.27
51171534--51171566	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
51172139--51172183	19	2.4	18	82	7	54	40	17	11	31	1.85
51180492--51180540	15	3.1	15	73	21	55	51	2	16	30	1.56
51181989--51182019	12	2.7	11	90	9	53	51	0	12	35	1.40
51183545--51183605	29	2.1	30	96	3	115	16	18	19	45	1.85
51185009--51185227	48	4.7	47	77	14	220	25	17	25	31	1.97
51185005--51185227	95	2.4	91	82	10	258	25	17	25	31	1.97
51187448--51187569	27	4.5	27	78	2	93	34	13	23	27	1.93
51189378--51189637	47	5.6	45	74	15	176	25	19	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51189378--51189683	94	3.3	93	78	9	311	26	19	29	24	1.98
51198584--51198738	40	3.9	40	83	4	188	23	20	30	25	1.98
51206538--51206649	40	2.8	39	85	2	143	25	19	29	25	1.99
51206527--51206680	39	3.9	39	81	2	164	24	19	30	25	1.98
51209238--51209289	27	1.9	27	84	7	70	42	1	0	55	1.10
51210206--51210253	14	3.7	14	73	21	59	70	14	0	14	1.16
51210204--51210254	24	2.1	24	96	0	93	72	13	0	13	1.12
51210250--51210294	6	7.7	6	97	2	83	68	17	0	13	1.20
51217911--51218986	540	2.0	540	83	1	1368	35	16	16	31	1.91
51218967--51219019	25	2.2	25	83	12	67	50	5	0	43	1.25
51218975--51219025	23	2.2	23	83	13	61	45	3	0	50	1.20
51219067--51219126	22	2.8	21	72	5	57	51	18	0	30	1.46
51219395--51219447	17	3.2	16	77	22	56	58	0	3	37	1.16
51221115--51221159	17	2.5	19	83	16	60	33	8	0	57	1.30
51223328--51223378	25	2.0	25	100	0	102	68	0	0	31	0.90
51224402--51224427	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
51224635--51224781	38	3.9	38	83	6	147	14	17	29	37	1.90
51224660--51224732	22	3.6	22	64	21	59	13	19	30	36	1.90
51227424--51227551	48	2.6	48	86	3	159	24	29	18	27	1.98
51228765--51228820	21	2.6	21	85	2	58	30	21	23	25	1.99
51228784--51228830	21	2.2	21	92	0	76	19	19	34	27	1.96
51231552--51231739	40	4.7	40	86	0	207	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51231524--51231739	80	2.7	80	79	5	224	25	26	22	25	2.00
51236066--51236112	21	2.3	20	82	17	53	61	2	2	34	1.20
51238380--51238414	17	2.0	17	88	5	52	74	2	11	11	1.18
51239152--51239203	27	1.9	27	84	7	70	36	0	26	36	1.57
51239509--51239559	24	2.0	26	82	14	63	49	1	19	29	1.60
51249744--51249927	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51249784--51249972	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51251828--51252220	45	8.7	45	87	5	528	48	14	16	21	1.81
51266580--51266624	22	2.0	22	83	8	56	42	4	0	53	1.21
51281328--51281380	27	1.9	28	92	3	90	16	26	22	33	1.96
51283835--51283893	30	2.0	30	89	0	91	16	25	32	25	1.97
51285455--51285536	28	3.0	28	89	5	132	21	23	20	34	1.97
51293436--51293487	26	2.0	26	100	0	104	34	11	19	34	1.88
51294281--51295033	49	15.4	49	95	0	1236	31	10	29	29	1.90
51295102--51295188	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
51297050--51297350	40	7.6	40	85	5	290	23	20	29	26	1.99
51300853--51301413	49	11.4	49	93	1	861	32	8	28	30	1.87
51301482--51301568	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
51304119--51304148	16	1.9	16	93	6	53	33	23	6	36	1.81
51311180--51311401	46	4.8	46	85	7	288	19	21	30	28	1.98
51311180--51311394	93	2.3	90	86	5	279	20	21	30	28	1.98
51320043--51320164	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51325543--51325720	46	3.8	46	78	8	200	29	28	20	22	1.98
51325550--51325722	93	1.9	93	91	2	285	28	28	20	22	1.98
51325594--51325724	47	2.8	45	75	11	131	29	29	19	21	1.98
51329338--51329402	21	3.0	21	88	6	85	63	6	12	18	1.49
51330860--51330898	20	2.0	20	100	0	78	30	0	33	35	1.58
51331540--51331567	8	3.5	8	100	0	56	0	0	25	75	0.81
51335552--51335714	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
51335552--51335745	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
51343542--51343704	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
51345468--51345572	47	2.2	47	94	0	183	33	7	31	27	1.85
51350136--51350242	42	2.5	42	95	0	187	29	14	32	22	1.94
51350250--51350319	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
51360402--51360584	39	4.7	39	92	0	303	27	21	28	22	1.99
51371154--51371282	26	5.0	26	88	0	186	38	8	27	24	1.85
51374023--51374194	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
51374015--51374190	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
51376575--51376663	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
51376575--51376654	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
51376586--51376663	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
51379575--51379746	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
51379567--51379742	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
51385086--51385235	42	3.5	42	81	3	167	30	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51387833--51387863	12	2.6	12	94	0	53	29	16	41	12	1.85
51396574--51396647	34	2.2	34	92	0	121	33	27	12	27	1.92
51396702--51396766	27	2.4	27	89	0	94	21	26	12	40	1.88
51396857--51396969	31	3.6	31	83	9	131	26	25	18	29	1.98
51396974--51397076	33	3.2	33	85	2	145	26	22	14	36	1.92
51397284--51397308	13	1.9	13	100	0	50	32	20	8	40	1.81
51401303--51401376	34	2.2	34	90	0	112	33	28	12	25	1.92
51401431--51401495	27	2.4	27	92	0	103	21	26	13	38	1.91
51401559--51401732	31	5.5	31	78	5	181	28	25	17	29	1.97
51401725--51401836	33	3.4	33	83	4	129	25	24	12	37	1.91
51403515--51403542	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
51403518--51403582	31	2.0	33	82	5	80	58	4	0	36	1.19
51405655--51405681	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
51415687--51415756	28	2.5	28	93	2	115	20	10	25	44	1.82
51417533--51417576	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51419970--51420038	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
51421813--51421856	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
51425913--51425945	12	2.8	12	95	0	57	42	6	0	51	1.26
51428148--51428185	16	2.3	17	86	4	51	28	13	0	57	1.36
51428463--51428537	29	2.6	29	85	4	98	62	0	1	36	1.04
51428505--51428549	21	2.1	21	91	0	72	60	0	2	37	1.09
51428504--51428557	21	2.7	19	78	13	63	59	1	1	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51428614--51428664	19	2.5	21	81	15	63	62	0	7	29	1.23
51428615--51428664	21	2.5	21	90	6	77	62	0	8	30	1.24
51429022--51429226	89	2.2	93	80	10	244	36	5	18	39	1.75
51431522--51431596	28	2.7	28	100	0	150	21	13	34	30	1.92
51435023--51435074	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
51435027--51435074	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
51435191--51435250	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
51435228--51435298	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
51435279--51435350	27	2.6	28	73	8	67	61	4	6	27	1.41
51435313--51435432	25	5.0	25	75	10	90	54	3	5	36	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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