genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75852325--75852496	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75858785--75858817	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
75869871--75869906	19	1.9	20	88	11	58	36	11	0	52	1.37
75869864--75869918	20	2.7	20	81	13	60	36	9	5	49	1.58
75888094--75888315	124	1.8	122	81	3	275	32	11	22	33	1.90
75888316--75888423	40	2.7	40	81	11	123	23	25	29	22	1.99
75888354--75888455	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
75896222--75896405	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75896262--75896450	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75902128--75902352	121	1.9	121	88	3	346	28	18	11	41	1.85
75906438--75906604	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
75914198--75914365	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
75921972--75922031	12	5.3	11	75	20	61	15	3	3	78	1.01
75921972--75922029	22	2.6	21	82	17	64	15	3	3	77	1.04
75921972--75922031	6	10.3	6	74	13	54	15	3	3	78	1.01
75930282--75930306	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
75931880--75932242	46	7.6	48	75	11	261	23	30	19	26	1.98
75932915--75932939	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
75933707--75933735	14	2.0	15	93	6	51	48	3	13	34	1.60
75938468--75938556	23	4.0	22	72	7	63	38	19	16	25	1.92
75939940--75940055	61	1.9	59	84	10	155	43	4	3	49	1.39
75942214--75942278	24	2.9	22	79	11	69	35	3	0	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75942227--75942278	22	2.4	22	87	6	70	32	3	0	63	1.12
75942620--75942676	25	2.3	25	93	0	96	36	14	1	47	1.54
75943082--75943147	32	2.0	33	97	2	125	48	24	9	18	1.76
75951525--75951639	57	2.0	57	96	0	212	33	11	10	44	1.75
75962046--75962229	79	2.3	80	80	8	214	23	27	23	24	2.00
75962039--75962230	40	4.8	39	74	8	154	23	28	23	24	2.00
75965738--75965867	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
75965754--75965903	80	1.9	80	83	5	196	22	26	24	27	1.99
75971883--75971937	5	10.0	5	88	11	65	80	0	0	20	0.72
75971886--75971934	6	8.5	6	86	13	68	81	0	0	18	0.69
75971883--75971937	11	4.9	11	87	12	85	80	0	0	20	0.72
75971883--75971934	17	3.1	17	84	15	72	80	0	0	19	0.71
75971877--75971939	18	3.5	18	81	18	78	76	0	0	23	0.79
75972533--75972560	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
75972655--75972688	13	2.6	13	95	0	59	20	38	17	23	1.93
75981922--75982093	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75981915--75982090	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75989482--75989653	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75989475--75989650	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75993593--75993690	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
75997904--75998014	34	3.3	34	85	0	159	36	21	6	36	1.79
76005088--76005167	34	2.4	34	85	4	99	37	20	6	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76007644--76007688	6	7.5	6	90	9	74	82	0	0	17	0.68
76007635--76007688	18	2.9	18	86	13	83	77	0	0	22	0.76
76008773--76008799	14	1.9	14	100	0	54	51	0	14	33	1.43
76008790--76008827	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
76008908--76008947	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
76008933--76008990	29	2.0	29	96	0	107	34	1	3	60	1.24
76008927--76008981	16	3.6	15	72	18	51	40	1	1	56	1.21
76010254--76010319	21	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
76014766--76014803	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
76019224--76019261	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
76027351--76027432	40	2.1	40	84	6	105	24	24	17	34	1.96
76032662--76032694	15	2.1	17	88	11	52	24	27	6	42	1.78
76033614--76033733	45	2.7	44	80	2	150	38	26	13	21	1.90
76038498--76038713	42	5.2	42	93	2	355	25	20	21	31	1.98
76050593--76050887	42	7.2	42	91	2	442	24	18	22	33	1.97
76054635--76054661	14	1.9	14	100	0	54	37	11	22	29	1.89
76062794--76062892	42	2.3	42	76	11	103	31	25	18	25	1.97
76062816--76062939	42	2.9	41	81	8	124	32	27	19	20	1.97
76064305--76064336	16	2.0	17	88	11	50	43	18	15	21	1.87
76065094--76065219	39	3.2	38	88	2	180	27	28	21	22	1.99
76071100--76071271	49	3.5	49	86	3	254	27	26	20	25	1.99
76071087--76071279	100	1.9	100	93	0	332	27	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76074446--76074511	4	16.5	4	96	0	123	27	0	22	50	1.50
76077491--76077597	53	2.0	53	100	0	214	36	24	3	35	1.73
76077491--76077579	26	3.4	26	67	14	83	32	24	4	38	1.76
76078333--76078463	29	4.5	29	87	1	165	26	30	16	26	1.96
76082648--76082829	46	3.9	46	76	12	183	30	25	19	24	1.98
76085605--76085687	24	3.5	24	77	11	80	18	21	18	42	1.90
76090066--76090111	10	4.2	11	78	16	51	58	13	17	10	1.62
76090093--76090158	33	2.0	33	96	0	123	42	15	16	25	1.87
76090492--76090546	20	2.8	20	97	0	101	34	20	23	21	1.97
76092602--76092704	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76094525--76094557	12	2.6	13	90	4	50	81	0	0	18	0.68
76096397--76096563	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76101065--76101246	40	4.6	39	82	6	170	26	22	26	23	2.00
76104207--76104373	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76112145--76112311	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
76116695--76116732	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
76118614--76118665	24	2.2	23	86	6	77	48	15	23	13	1.80
76118887--76118993	29	3.7	29	74	1	99	27	16	29	26	1.97
76119986--76120034	21	2.5	20	80	6	55	22	4	16	57	1.56
76127867--76128011	37	3.9	37	96	0	254	26	32	18	22	1.97
76128144--76128341	48	4.1	48	87	7	310	32	26	6	35	1.81
76128137--76128341	98	2.1	97	91	4	331	32	26	5	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76128305--76128372	31	2.2	31	97	0	127	27	26	8	36	1.86
76128270--76128417	79	1.9	79	98	0	287	29	28	8	34	1.86
76132023--76132097	12	6.2	12	77	11	55	52	13	17	17	1.75
76132032--76132147	6	18.8	6	73	15	94	48	12	19	18	1.81
76132032--76132125	37	2.5	37	91	0	134	46	12	21	19	1.82
76132044--76132147	31	3.4	31	77	15	115	47	13	20	19	1.82
76132080--76132147	25	2.7	25	88	0	100	47	14	19	19	1.83
76132289--76132379	27	3.3	27	89	6	130	36	20	21	20	1.95
76132289--76132377	28	3.2	28	88	4	128	35	20	22	21	1.96
76132581--76132768	27	7.0	26	82	7	182	26	20	19	34	1.96
76132609--76132769	27	6.0	27	87	2	207	26	19	19	34	1.96
76133024--76133066	19	2.4	19	80	7	54	18	37	23	20	1.94
76134529--76134578	22	2.4	20	83	6	55	46	18	26	10	1.80
76135022--76135058	17	2.1	19	85	10	51	16	21	5	56	1.59
76142046--76142234	55	3.5	54	76	9	170	23	22	17	37	1.94
76142213--76142334	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
76145212--76145419	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
76145212--76145418	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
76153252--76153459	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
76153252--76153458	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
76157639--76158088	133	3.4	133	90	0	684	29	25	18	26	1.98
76157736--76158072	45	7.6	44	69	5	212	28	25	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76165287--76165409	40	3.1	40	81	5	133	24	21	26	27	1.99
76165646--76165687	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
76172170--76172310	40	3.6	40	91	3	225	24	22	26	26	2.00
76180140--76180279	40	3.6	39	90	5	212	24	22	27	25	2.00
76183958--76184259	129	2.4	127	81	7	294	34	16	19	29	1.94
76184019--76184259	128	1.9	128	86	6	346	34	17	19	28	1.95
76190080--76190106	10	2.7	10	100	0	54	14	22	33	29	1.94
76197746--76197794	24	2.1	23	88	3	71	51	18	24	6	1.69
76202001--76202171	93	1.8	93	87	0	252	29	26	20	22	1.98
76201994--76202166	46	3.8	44	73	15	145	30	27	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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