genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87320573--87320643	35	2.0	35	94	0	124	16	32	30	19	1.95
87321505--87321619	55	2.1	56	82	8	137	35	21	23	19	1.96
87321519--87321619	28	3.6	27	82	4	112	32	21	24	20	1.98
87321725--87321820	28	3.4	28	97	0	174	32	7	26	34	1.84
87328115--87328292	80	2.2	79	89	3	259	27	26	21	24	1.99
87328125--87328280	40	3.9	40	92	0	251	28	26	21	23	1.99
87329583--87329625	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
87329583--87329621	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
87332542--87332585	20	2.3	19	88	11	63	43	2	6	47	1.42
87332542--87332585	19	2.2	20	84	11	56	43	2	6	47	1.42
87332447--87334131	512	3.3	508	90	2	2635	37	13	12	36	1.83
87342487--87342675	94	2.0	94	98	0	369	44	19	5	30	1.74
87342581--87354048	513	22.2	513	82	7	13235	36	14	13	35	1.86
87345148--87354048	507	17.2	508	80	8	8611	35	14	13	35	1.86
87348222--87348265	20	2.3	19	88	11	63	45	0	9	45	1.35
87347590--87354048	511	12.7	512	91	2	10344	36	14	13	35	1.85
87353321--87353364	20	2.3	19	88	4	61	47	0	4	47	1.22
87353321--87353364	19	2.2	20	84	11	56	47	0	4	47	1.22
87353832--87353875	20	2.3	19	88	11	63	45	0	9	45	1.35
87353922--87353959	19	2.0	19	85	10	51	55	0	7	36	1.29
87354329--87354367	18	2.2	18	86	9	53	46	25	10	17	1.80
87355678--87355709	10	3.2	10	100	0	64	50	9	9	31	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87355705--87355840	26	5.2	26	98	0	236	33	5	25	36	1.78
87357281--87357355	26	2.8	26	81	4	78	36	21	12	30	1.90
87357459--87357574	27	4.3	27	91	1	178	18	24	24	33	1.97
87357459--87357598	54	2.6	55	88	2	194	17	23	22	35	1.95
87357459--87357598	27	5.2	28	88	7	166	17	23	22	35	1.95
87357660--87357699	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
87358797--87358868	37	1.9	37	100	0	144	51	8	5	34	1.55
87358978--87359085	50	2.2	50	94	0	189	20	24	18	37	1.94
87360919--87361089	13	13.2	12	67	22	55	59	1	5	32	1.31
87360964--87361014	5	10.4	5	79	12	61	62	0	0	37	0.95
87360966--87361083	17	7.4	16	74	15	102	61	0	5	33	1.20
87362929--87363557	44	14.4	44	86	1	834	30	25	13	30	1.94
87362929--87363547	175	3.5	176	92	0	983	30	25	13	30	1.94
87362929--87363557	219	2.9	220	86	1	897	30	25	13	30	1.94
87368000--87368034	18	2.0	18	88	5	54	37	28	5	28	1.80
87375852--87375961	17	6.5	17	70	20	54	61	0	6	31	1.21
87375800--87375900	12	7.9	12	71	16	78	61	2	2	32	1.26
87375920--87375981	13	4.3	13	77	22	54	62	0	4	32	1.16
87378776--87378831	22	2.5	23	73	21	57	23	10	8	57	1.61
87380613--87380660	17	2.9	16	75	9	51	25	20	33	20	1.97
87381179--87381230	25	2.1	25	82	7	61	67	0	5	26	1.13
87381218--87381255	19	2.0	20	84	5	51	73	2	7	15	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87382796--87382827	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
87388209--87388243	18	1.9	18	94	0	61	45	0	25	28	1.54
87388304--87388489	43	4.3	42	79	2	156	25	19	15	39	1.91
87388378--87388647	43	6.3	43	82	1	254	26	16	16	40	1.89
87388378--87388647	86	3.1	86	80	5	285	26	16	16	40	1.89
87388422--87388663	129	1.9	129	84	0	331	27	14	16	40	1.88
87388421--87388666	43	5.7	43	85	1	269	26	15	17	40	1.89
87388422--87388743	129	2.5	128	79	5	319	27	13	17	41	1.88
87392199--87392278	29	2.7	29	84	5	99	27	31	15	26	1.95
87396046--87396145	17	5.6	17	70	18	55	33	3	1	63	1.17
87396046--87396145	10	10.1	10	66	25	61	33	3	1	63	1.17
87396050--87396122	21	3.4	20	80	16	76	31	2	1	64	1.16
87396163--87396198	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
87396163--87396204	15	2.9	14	82	10	57	30	2	2	64	1.19
87408671--87409203	44	12.1	44	89	0	789	28	14	29	27	1.96
87410782--87410922	17	8.4	16	69	15	72	31	5	1	60	1.28
87410794--87410841	24	2.0	23	84	11	62	33	2	2	62	1.18
87410880--87410915	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
87410880--87410921	15	2.9	14	82	10	57	30	2	2	64	1.19
87412681--87412808	47	2.7	47	86	0	157	32	28	16	23	1.96
87418373--87418425	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
87418382--87418480	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87418377--87418499	54	2.3	54	78	7	133	38	19	10	31	1.86
87418477--87418685	27	7.8	27	87	1	224	29	22	7	39	1.82
87418678--87418887	27	7.8	26	75	10	140	40	21	9	28	1.84
87418677--87418856	81	2.2	82	84	8	237	41	22	8	27	1.83
87418849--87418946	27	3.6	27	80	10	90	38	15	10	35	1.81
87418958--87419064	27	4.0	27	77	11	85	35	20	22	21	1.96
87420224--87420271	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87420405--87420524	23	5.1	23	87	4	177	29	21	20	28	1.98
87420404--87420546	24	6.0	23	83	7	180	29	21	21	27	1.99
87420403--87420546	47	3.0	47	88	4	209	29	21	21	27	1.99
87420739--87420802	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
87423513--87423565	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
87423522--87423620	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
87423517--87423639	54	2.3	54	78	7	133	39	20	9	30	1.85
87423617--87423853	27	8.8	27	88	0	233	29	24	6	39	1.81
87423617--87423846	81	2.9	81	84	1	275	29	24	6	39	1.81
87423617--87423855	54	4.4	54	86	0	282	30	23	6	39	1.81
87423846--87423965	27	4.5	27	77	3	91	42	18	10	29	1.82
87423882--87424138	27	9.4	27	73	7	142	38	19	11	31	1.87
87423846--87424054	54	3.9	54	75	10	169	40	20	10	28	1.86
87423832--87424027	81	2.4	82	83	6	249	38	21	10	29	1.86
87424169--87424260	27	3.4	27	87	0	121	34	19	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87425513--87425550	20	1.9	20	94	0	67	31	13	21	34	1.91
87425600--87425766	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
87425600--87425766	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
87425600--87425765	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
87425959--87426022	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
87428023--87429831	513	3.5	513	94	0	3198	35	14	13	36	1.85
87431175--87431284	12	8.8	12	69	13	71	34	3	0	60	1.20
87431177--87431268	26	3.4	26	79	5	103	35	4	0	59	1.17
87431175--87431283	38	2.9	37	77	10	112	34	3	0	60	1.21
87431158--87431291	38	3.5	38	72	19	109	32	3	2	61	1.25
87431276--87431317	19	2.2	20	86	4	59	30	0	4	64	1.14
87431562--87431594	16	2.1	16	88	5	50	27	0	6	66	1.15
87438312--87438652	47	7.3	47	93	0	576	27	29	8	34	1.86
87441591--87441636	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
87441598--87441642	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
87449546--87449608	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
87451169--87451276	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87457570--87457755	29	6.4	29	72	3	160	30	36	16	16	1.91
87457601--87457785	57	3.2	57	92	0	316	29	35	17	16	1.93
87457626--87457783	28	5.6	28	71	3	136	29	35	18	16	1.93
87459743--87459802	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
87459757--87459828	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87463891--87463991	43	2.3	43	96	0	184	10	25	33	29	1.90
87463967--87464007	16	2.6	16	96	0	73	9	31	29	29	1.89
87463924--87464050	59	2.2	59	95	0	227	11	27	31	29	1.91
87463979--87464071	43	2.2	43	96	1	170	10	25	33	30	1.90
87463891--87464191	102	3.0	101	87	5	450	10	25	32	30	1.90
87464058--87464088	14	2.2	14	100	0	62	6	19	29	45	1.75
87464015--87464127	56	2.0	57	92	1	192	9	23	30	35	1.87
87464072--87464573	43	11.6	43	87	3	638	13	23	32	30	1.94
87467805--87468062	133	2.0	131	87	4	376	31	18	23	27	1.97
87467986--87468257	44	6.2	44	89	0	411	30	13	27	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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