genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61312556--61313430	331	2.8	328	83	9	1018	33	21	18	27	1.96
61312144--61313218	570	1.9	557	80	8	1267	33	20	17	28	1.95
61312994--61313448	72	6.3	72	71	12	319	37	21	16	24	1.94
61313448--61313711	70	3.7	71	83	4	347	37	22	14	25	1.92
61313448--61313711	71	3.7	69	83	4	330	37	22	14	25	1.92
61313286--61313878	257	2.3	257	94	2	1024	36	22	14	25	1.93
61318898--61318933	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
61320886--61320953	35	1.9	35	82	11	86	51	1	7	39	1.39
61321524--61321559	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
61321524--61321557	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
61330554--61330591	12	3.2	12	78	14	51	47	0	10	42	1.38
61332331--61332368	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
61336829--61336931	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
61344798--61344900	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
61350993--61351030	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
61351260--61351430	93	1.8	92	92	1	288	29	28	19	22	1.98
61351257--61351426	46	3.7	46	80	11	204	30	27	20	21	1.98
61351849--61351908	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
61358144--61358177	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
61358911--61359113	40	5.1	40	83	5	241	24	21	29	25	1.99
61358906--61359113	80	2.6	80	85	1	283	24	21	28	25	1.99
61360973--61361184	40	5.3	40	84	0	226	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61368164--61368371	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
61368165--61368371	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
61375487--61375655	48	3.5	47	88	3	257	26	19	28	25	1.99
61379472--61379601	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
61381514--61381617	29	3.6	29	83	5	129	30	16	24	28	1.96
61391725--61391835	45	2.6	42	75	13	100	27	17	21	33	1.96
61396859--61396899	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
61397405--61397474	27	2.5	28	90	2	106	31	14	25	28	1.95
61400478--61400607	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
61400494--61400644	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
61400494--61400642	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
61411783--61411932	39	3.8	39	83	4	158	23	26	22	27	2.00
61419767--61419943	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
61441646--61441760	31	3.7	31	90	1	187	28	25	16	29	1.97
61441784--61441875	42	2.2	42	94	0	157	30	21	16	31	1.95
61442023--61442092	25	2.8	25	91	4	106	27	24	24	24	2.00
61442902--61442968	27	2.5	26	76	11	64	22	22	19	35	1.96
61443024--61443127	27	3.8	28	77	11	90	32	7	16	43	1.76
61443055--61443144	27	3.3	27	81	9	92	32	6	17	43	1.75
61443083--61443152	27	2.6	27	81	4	88	28	5	21	44	1.75
61443184--61443381	81	2.4	81	88	1	281	37	7	25	29	1.82
61443184--61443364	27	6.7	27	85	2	247	38	6	24	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61447160--61447202	23	1.9	23	85	4	61	23	46	6	23	1.76
61450691--61450726	10	3.6	10	96	0	63	30	0	44	25	1.54
61451621--61451651	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
61455187--61455323	60	2.3	59	82	8	152	29	18	24	26	1.98
61459553--61459607	22	2.5	22	88	5	85	45	18	7	29	1.76
61461307--61461514	56	3.7	57	85	3	289	34	24	13	26	1.93
61461307--61461513	112	1.8	112	91	0	342	34	24	14	27	1.93
61466014--61466122	42	2.6	42	91	0	173	28	16	31	23	1.96
61466131--61466200	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
61473994--61474101	42	2.6	42	94	1	191	29	15	32	22	1.95
61474110--61474179	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
61482548--61482721	46	3.8	46	74	13	185	22	18	26	31	1.98
61482544--61482714	93	1.8	93	91	0	279	22	18	28	30	1.98
61483964--61484086	45	2.7	45	79	2	122	34	24	13	28	1.92
61487295--61487624	27	12.3	27	84	0	365	35	18	21	25	1.95
61487295--61487624	54	6.1	54	85	0	410	35	18	21	25	1.95
61487315--61487624	81	3.8	81	87	1	408	35	18	21	24	1.96
61488003--61488066	33	1.9	33	87	0	92	29	23	20	26	1.99
61490092--61490166	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
61490150--61490223	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
61497966--61498040	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
61498024--61498097	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61502558--61502616	29	2.0	29	86	0	82	35	6	27	30	1.83
61503038--61503206	46	3.7	46	77	12	184	24	18	27	29	1.98
61503035--61503206	93	1.8	93	92	2	292	24	19	27	29	1.98
61510390--61510553	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61510390--61510587	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
61520912--61521077	46	3.6	46	72	13	160	21	19	27	31	1.97
61530921--61531024	51	2.0	51	94	3	183	32	28	25	12	1.92
61531519--61531610	27	3.4	27	80	0	85	35	17	18	28	1.93
61539097--61539182	42	2.0	42	100	0	172	23	9	16	51	1.73
61543123--61543293	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
61543115--61543295	46	3.9	46	80	9	233	28	29	20	21	1.98
61546095--61546134	2	21.0	2	90	10	66	47	0	0	52	1.00
61547397--61547595	43	4.6	43	93	0	326	11	24	32	32	1.90
61548653--61548744	46	2.0	46	97	0	175	35	21	19	22	1.96
61554590--61554756	46	3.7	45	84	4	194	26	20	31	22	1.98
61554539--61554750	92	2.3	90	82	4	246	26	19	31	21	1.98
61554590--61554793	46	4.5	43	80	11	162	25	20	30	23	1.98
61562928--61563045	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61562896--61563059	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61570510--61570627	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61570478--61570641	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61573239--61573301	31	2.0	31	100	0	126	38	25	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61580395--61580620	46	4.9	44	77	11	179	29	18	29	22	1.97
61584897--61584926	13	2.4	12	94	5	51	83	0	10	6	0.81
61585773--61585829	30	1.9	30	89	7	89	21	33	31	14	1.92
61589323--61589354	15	2.1	15	100	0	64	50	12	6	31	1.65
61589516--61589605	44	2.0	44	97	0	171	31	8	20	40	1.83
61591189--61591251	31	2.0	31	96	0	117	38	7	11	42	1.70
61591379--61591515	61	2.2	62	90	2	213	35	22	7	34	1.82
61591379--61591515	62	2.2	62	90	2	213	35	22	7	34	1.82
61597942--61597966	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
61598805--61598854	21	2.4	21	80	6	57	30	16	34	20	1.94
61610404--61611257	452	1.9	451	89	2	1349	34	13	16	35	1.88
61618610--61618862	54	4.8	52	80	10	243	36	16	24	22	1.94
61618617--61618864	106	2.4	109	81	9	309	35	16	25	22	1.95
61618610--61618862	49	4.8	51	80	8	246	36	16	24	22	1.94
61619057--61619087	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61626187--61626441	55	4.8	53	80	9	222	36	16	25	21	1.94
61626196--61626394	107	1.8	110	86	5	289	35	16	25	23	1.95
61626254--61626441	49	3.6	50	84	7	166	36	18	24	21	1.95
61626637--61626667	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61634385--61634442	25	2.3	24	82	11	64	25	24	17	32	1.96
61634977--61635005	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
61637176--61637361	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61637176--61637384	80	2.6	80	81	9	241	26	21	26	25	2.00
61639235--61639266	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
61643649--61643716	30	2.3	29	87	2	100	33	25	16	25	1.95
61652374--61652598	40	5.6	40	82	2	272	24	27	23	25	2.00
61652338--61652598	80	3.3	80	83	3	294	24	26	23	25	2.00
61652338--61652598	120	2.2	120	81	6	307	24	26	23	25	2.00
61656190--61656282	28	3.3	28	84	11	118	24	31	12	31	1.93
61659909--61659984	11	6.8	11	70	24	52	53	2	1	42	1.23
61659915--61659984	37	1.9	36	85	8	97	54	2	1	41	1.24
61667714--61667819	29	3.7	29	94	0	185	31	15	23	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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