genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26805481--26805567	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
26806017--26806120	36	2.9	36	85	0	136	35	10	14	39	1.81
26806017--26806124	18	6.1	18	78	1	110	35	11	14	38	1.82
26809510--26809559	23	2.1	25	88	7	77	52	4	16	28	1.61
26810220--26810266	7	6.6	7	86	13	69	42	0	0	57	0.98
26810210--26810258	5	10.0	5	87	12	75	40	0	0	59	0.98
26810584--26810625	15	2.9	15	96	3	77	35	0	11	52	1.38
26810914--26811000	21	4.0	23	79	10	83	14	20	25	39	1.91
26810926--26810986	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
26811450--26811544	36	2.6	36	84	0	127	35	11	13	38	1.81
26811450--26811557	18	6.1	18	76	1	101	35	11	13	39	1.81
26818436--26818494	24	2.4	23	81	10	64	20	10	32	37	1.86
26832189--26832230	10	4.3	10	82	14	52	76	0	23	0	0.79
26832189--26832237	20	2.5	20	81	18	66	75	0	24	0	0.80
26837759--26837815	29	2.0	29	86	13	82	57	1	0	40	1.09
26837844--26837921	18	4.1	20	77	14	67	52	0	0	47	1.00
26837878--26837927	21	2.4	22	90	6	68	60	0	0	40	0.97
26839187--26839240	27	2.0	27	86	13	76	38	0	7	53	1.29
26839207--26839256	20	2.6	20	87	6	68	38	0	8	54	1.30
26840293--26840329	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
26843284--26843331	23	2.1	23	96	0	87	25	16	2	56	1.51
26845557--26845583	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26846917--26846944	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
26847117--26847186	29	2.4	30	81	11	90	21	2	30	45	1.66
26847147--26847278	29	4.6	28	71	11	88	18	3	25	52	1.62
26848165--26848208	23	1.9	23	81	9	54	40	9	9	40	1.68
26851725--26851773	24	2.0	24	100	0	98	51	20	16	12	1.76
26858359--26858672	158	2.0	158	82	3	380	39	15	13	32	1.86
26872144--26872202	31	1.9	31	85	0	82	44	13	8	33	1.74
26879379--26879454	35	2.1	36	87	4	118	40	26	9	23	1.84
26890016--26890081	26	2.6	26	92	2	107	40	3	16	39	1.64
26895762--26895804	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
26895833--26895862	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
26896507--26896754	96	2.6	96	90	1	399	30	29	15	25	1.96
26897660--26897793	26	5.2	26	89	0	196	33	5	22	38	1.79
26899026--26899081	5	11.4	5	78	17	64	78	0	1	19	0.84
26899052--26899083	6	5.7	6	92	7	50	81	0	0	18	0.70
26899026--26899083	22	2.7	21	84	13	73	77	0	1	20	0.86
26905405--26905447	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
26905476--26905505	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
26916850--26916934	42	2.1	42	80	6	95	23	20	22	34	1.97
26916865--26916970	42	2.5	42	86	4	135	23	18	24	33	1.97
26917943--26917968	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26929243--26929536	44	6.6	44	72	13	185	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26929243--26929530	88	3.3	86	80	8	280	29	19	22	28	1.98
26929622--26929726	44	2.4	44	79	9	124	28	19	26	25	1.98
26933461--26933492	15	2.1	15	94	0	55	18	9	6	65	1.42
26934998--26935132	69	2.0	69	88	1	200	41	2	5	50	1.40
26935229--26935279	25	2.0	26	84	3	68	39	9	11	39	1.75
26935740--26935769	15	2.0	15	100	0	60	13	6	6	73	1.24
26938689--26938796	37	3.1	35	73	18	100	41	1	2	53	1.26
26939386--26939410	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26939974--26940032	24	2.5	23	83	8	66	20	0	20	59	1.38
26947780--26947913	26	5.2	25	93	3	223	37	23	5	33	1.78
26947780--26947913	51	2.6	51	97	0	250	37	23	5	33	1.78
26953557--26953689	25	5.2	25	94	2	230	36	25	4	33	1.76
26953557--26953689	51	2.6	51	96	1	241	36	25	4	33	1.76
26958525--26958650	18	6.8	17	70	20	65	40	1	2	55	1.22
26958482--26958652	77	2.2	78	89	4	258	42	1	2	53	1.26
26958541--26958652	9	12.8	9	74	17	67	42	0	1	54	1.17
26958525--26958652	17	6.9	17	70	16	67	41	1	2	54	1.22
26958701--26958725	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
26959451--26959508	15	3.9	14	77	20	55	58	0	0	41	0.98
26959404--26959480	38	2.0	38	82	9	95	48	0	3	48	1.20
26963307--26963346	20	2.1	20	86	9	57	2	15	0	82	0.77
26964771--26964881	54	2.1	54	100	0	222	45	22	10	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26965888--26965940	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
26967422--26967583	26	6.2	26	89	4	238	36	23	5	34	1.78
26967422--26967583	78	2.1	78	92	2	272	36	23	5	34	1.78
26975110--26975155	23	2.1	21	88	8	65	78	4	6	10	1.08
26975110--26975167	24	2.5	23	80	2	62	75	6	6	10	1.17
26975570--26975626	21	2.7	21	83	2	69	45	8	24	21	1.80
26976189--26976225	17	2.2	17	95	0	65	16	0	18	64	1.29
26976516--26976540	11	2.3	11	100	0	50	36	20	16	28	1.93
26978468--26978521	22	2.4	24	79	17	71	53	0	1	44	1.11
26979071--26979127	14	4.3	13	76	10	53	29	1	8	59	1.38
26979072--26979130	26	2.2	28	88	8	88	30	1	8	59	1.37
26979087--26979130	14	3.3	14	84	12	65	29	2	6	61	1.34
26981429--26981540	44	2.5	44	81	2	136	44	10	13	31	1.78
26981467--26982320	429	2.0	429	88	1	1284	31	22	16	29	1.96
26985260--26985302	9	4.7	9	82	5	59	46	32	0	20	1.51
26986914--26986958	18	2.4	19	85	14	58	37	0	2	60	1.09
26989366--26989487	37	3.3	37	87	4	176	32	4	13	48	1.64
26989425--26989485	17	3.4	17	68	12	50	34	3	11	50	1.55
26989498--26989582	9	9.4	9	88	5	118	23	14	22	40	1.90
26993765--26993798	18	1.9	18	94	5	61	47	2	5	44	1.42
26995656--26995683	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
26997154--26997187	16	2.1	16	100	0	68	64	17	0	17	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26997444--26997589	73	2.0	73	100	0	292	35	12	15	36	1.84
26997637--26997675	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
27007410--27007441	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
27009048--27009094	13	3.8	13	80	8	53	38	2	19	40	1.63
27012680--27012713	13	2.7	13	90	4	52	55	5	2	35	1.39
27015266--27015323	31	1.9	29	86	6	80	56	3	0	39	1.16
27020586--27020632	22	2.1	22	100	0	94	17	51	10	21	1.75
27027379--27027601	44	5.0	44	76	8	227	33	6	12	47	1.68
27027379--27027601	92	2.5	86	80	5	232	33	6	12	47	1.68
27030676--27030718	5	8.8	5	94	5	79	60	0	0	39	0.97
27030679--27030716	19	2.0	19	100	0	76	63	0	0	36	0.95
27030680--27030738	19	3.1	19	87	2	73	54	1	1	42	1.20
27038080--27038118	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
27038292--27038358	23	3.0	22	75	14	75	35	22	20	20	1.96
27040053--27040102	25	2.0	25	84	0	64	38	14	10	38	1.79
27043711--27043817	41	2.7	40	89	4	153	33	27	15	23	1.95
27047450--27048027	291	2.0	291	89	0	879	32	14	22	30	1.94
27052528--27052575	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27052623--27052678	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
27052612--27052678	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
27052728--27052922	44	4.6	45	79	17	229	25	22	21	30	1.98
27052728--27052836	23	4.8	23	91	6	186	26	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27052844--27052922	22	3.6	23	86	8	119	26	22	17	32	1.96
27053136--27053198	30	2.1	30	93	0	108	36	15	23	23	1.94
27060691--27060738	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27060786--27060841	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
27060775--27060841	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
27060891--27061151	23	11.1	23	94	3	441	28	21	21	28	1.99
27060890--27061158	24	11.4	23	92	3	421	28	21	21	28	1.99
27060891--27061158	47	5.7	46	93	3	428	28	21	21	28	1.99
27061365--27061425	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
27063793--27063849	28	2.0	28	96	0	105	26	17	8	47	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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