genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  188  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56082762--56082864	54	1.9	54	86	4	145	40	13	12	33	1.82
56084116--56084271	78	2.0	78	92	0	258	30	14	12	42	1.82
56085887--56086071	40	4.7	40	89	4	259	25	28	21	23	1.99
56085871--56086071	78	2.5	80	86	6	284	27	28	20	22	1.99
56090362--56090581	40	5.6	40	82	4	250	25	26	23	24	2.00
56090362--56090581	80	2.8	79	86	4	284	25	26	23	24	2.00
56094732--56094925	40	4.9	39	87	1	253	24	31	20	23	1.98
56101720--56101939	40	5.6	40	80	4	232	25	25	23	25	2.00
56101720--56101939	80	2.8	79	85	4	275	25	25	23	25	2.00
56104540--56104610	34	2.1	33	86	2	97	29	18	22	29	1.97
56106271--56106303	12	2.7	13	86	13	52	24	42	0	33	1.55
56109993--56110159	43	3.9	43	83	3	194	31	25	14	27	1.95
56113518--56113668	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
56113558--56113684	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
56117700--56117866	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
56117716--56117866	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
56125692--56125858	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
56125708--56125858	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
56129218--56129393	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
56129214--56129385	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
56131264--56131426	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
56131264--56131456	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56139347--56139508	39	4.2	39	91	2	254	23	19	32	24	1.98
56139358--56139508	77	1.9	78	93	2	259	23	20	31	23	1.98
56139347--56139538	39	4.9	40	88	1	239	23	20	31	23	1.98
56143246--56143285	21	1.9	21	89	0	62	35	0	10	55	1.34
56145595--56145633	20	1.9	21	89	5	62	28	0	20	51	1.48
56147777--56147829	17	3.4	17	65	20	51	58	9	5	26	1.52
56147770--56147832	30	2.1	30	100	0	126	52	9	6	31	1.59
56149497--56149521	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
56154181--56154218	6	6.3	6	93	0	58	34	10	55	0	1.34
56155837--56158060	143	15.6	142	76	9	1641	39	14	8	36	1.77
56155950--56158093	427	5.0	427	82	5	2053	39	15	8	36	1.78
56157613--56157999	132	2.8	133	79	7	334	39	14	8	37	1.75
56160297--56162088	285	6.3	282	79	5	1827	39	15	8	36	1.79
56160297--56162088	143	12.6	141	80	3	1784	39	15	8	36	1.79
56163800--56163904	43	2.4	43	91	0	174	24	30	21	22	1.99
56164158--56164198	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
56171083--56171307	40	5.6	40	89	4	296	25	21	27	25	1.99
56171083--56171339	120	2.2	119	82	9	294	26	21	26	25	1.99
56174253--56174324	7	10.1	7	76	8	56	37	41	0	20	1.53
56174410--56174503	46	2.0	46	95	0	170	42	26	2	28	1.67
56174419--56174518	14	6.9	14	72	8	74	45	27	1	27	1.60
56174668--56174910	41	5.9	41	91	3	346	21	25	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56175172--56175205	13	2.9	11	87	12	50	85	0	14	0	0.60
56175568--56183749	142	57.8	141	78	6	7256	39	14	8	36	1.78
56175568--56183749	564	14.4	565	81	5	7280	39	14	8	36	1.78
56188167--56188260	40	2.4	40	80	3	111	35	37	13	13	1.85
56190668--56190749	6	13.5	6	74	7	58	76	3	6	13	1.10
56192325--56192397	34	2.1	37	82	7	89	67	6	2	23	1.28
56192357--56192398	16	2.7	16	82	14	52	73	2	0	23	0.94
56192540--56194500	980	2.0	981	95	0	3559	24	21	28	25	1.99
56195976--56196247	49	5.7	49	73	12	192	23	29	19	27	1.98
56195974--56196247	94	2.9	94	74	8	259	24	29	18	27	1.98
56200579--56200750	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
56200571--56200746	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
56203130--56203218	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
56203130--56203209	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
56203141--56203218	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
56206166--56206337	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
56206158--56206333	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
56212076--56212199	47	2.7	46	82	15	148	24	29	18	28	1.98
56218348--56218447	52	1.9	52	95	0	182	28	13	10	49	1.73
56234504--56234539	17	2.1	17	100	0	72	41	11	5	41	1.64
56234846--56234900	19	2.8	19	79	15	58	0	27	1	70	0.97
56234809--56234901	20	4.7	20	73	15	57	3	21	2	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56236690--56236715	12	2.2	12	100	0	52	30	30	11	26	1.92
56238996--56239038	19	2.4	19	84	7	54	39	13	13	32	1.85
56239004--56239040	19	1.9	19	94	0	65	40	10	18	29	1.85
56251974--56252086	39	2.9	39	91	1	172	23	20	31	24	1.98
56256978--56257251	78	3.5	78	91	2	433	32	18	24	24	1.97
56257191--56257464	45	6.1	45	77	6	268	31	15	27	26	1.96
56257282--56257446	89	1.9	89	92	2	278	29	13	29	27	1.95
56257292--56257499	89	2.3	89	83	4	233	30	15	28	25	1.96
56257807--56257849	19	2.4	19	84	7	54	37	13	13	34	1.85
56257815--56257851	19	1.9	19	94	0	65	37	10	18	32	1.86
56258141--56258177	19	2.0	18	89	5	56	29	0	0	70	0.88
56276982--56277020	11	3.5	11	89	3	60	38	30	0	30	1.58
56278013--56278052	19	2.0	20	85	4	55	50	20	0	30	1.49
56284294--56284405	54	2.1	54	84	3	145	16	22	22	38	1.93
56284294--56284405	27	4.2	26	82	11	127	16	22	22	38	1.93
56299606--56299706	28	3.5	29	85	6	116	29	27	14	27	1.96
56307741--56307805	34	1.9	33	87	3	94	29	21	23	26	1.99
56312441--56312617	64	2.8	64	78	5	180	30	18	36	14	1.91
56312917--56313011	9	10.4	9	68	17	54	16	4	3	75	1.09
56312966--56313006	21	2.0	21	85	0	55	17	7	4	70	1.28
56314137--56314174	16	2.4	17	86	8	53	81	0	10	7	0.87
56315595--56315672	39	2.0	39	100	0	156	28	12	12	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56318725--56318758	13	2.6	13	100	0	68	14	11	17	55	1.68
56320091--56320148	29	2.0	29	83	6	73	0	20	5	74	1.01
56320086--56320147	24	2.6	24	89	5	90	0	22	3	74	0.96
56324174--56324466	49	6.0	49	95	0	514	30	32	8	29	1.86
56330642--56330875	55	4.4	53	77	5	215	35	17	24	21	1.95
56330649--56330848	108	1.8	110	84	2	278	34	18	25	22	1.96
56331089--56331119	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56335199--56335237	8	4.8	8	83	3	51	2	28	17	51	1.59
56337938--56338097	29	5.5	30	86	8	204	26	25	14	33	1.94
56340381--56340533	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
56344303--56344453	40	3.8	39	82	3	133	23	25	23	27	2.00
56344303--56344454	80	1.9	80	82	5	191	23	25	23	28	2.00
56357652--56357742	40	2.3	40	86	3	130	25	19	19	35	1.96
56359604--56361009	142	9.9	142	79	4	1325	39	15	8	37	1.77
56359611--56360948	285	4.7	284	79	4	1364	39	15	8	37	1.78
56362346--56362374	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
56364453--56364488	18	2.0	18	94	0	63	36	11	8	44	1.70
56364688--56364758	35	2.0	35	97	0	133	43	8	9	38	1.68
56365622--56365843	27	8.2	27	87	0	309	40	19	8	31	1.82
56365622--56365873	54	4.7	53	88	2	306	39	20	8	31	1.83
56365648--56365870	27	8.3	27	85	3	153	39	19	8	31	1.82
56365622--56365873	81	3.1	80	85	4	317	39	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56365927--56366304	27	14.0	27	86	0	477	37	18	20	23	1.94
56366566--56366593	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56366586--56366709	27	4.6	26	85	6	149	16	21	21	39	1.92
56366586--56366709	54	2.3	54	87	1	169	16	21	21	39	1.92
56366828--56366927	6	16.3	6	74	15	89	17	16	16	51	1.78
56366828--56366927	43	2.3	43	87	3	139	17	16	16	51	1.78
56366915--56366948	18	1.9	17	88	5	50	17	11	14	55	1.68
56369182--56369261	5	15.8	5	73	20	60	17	5	2	75	1.10
56369301--56369333	15	2.1	16	94	5	59	6	15	12	66	1.42
56370864--56370910	6	7.7	6	87	2	67	14	2	4	78	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328