genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81412025--81412087	29	2.2	29	85	0	81	33	14	17	34	1.90
81413000--81413119	63	1.9	62	91	1	195	43	22	10	23	1.84
81415802--81415867	20	3.2	22	79	10	68	65	0	3	31	1.08
81421604--81421720	54	2.2	54	89	3	173	26	18	21	33	1.97
81424461--81424602	40	3.6	40	87	2	189	25	21	25	28	1.99
81432475--81432696	40	5.6	40	91	1	340	23	22	26	27	2.00
81435668--81435696	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
81442593--81442759	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
81442593--81442759	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
81443584--81443629	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81450607--81450773	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
81450607--81450773	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
81451598--81451643	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
81452854--81453010	57	2.8	57	86	3	201	34	21	15	28	1.94
81453220--81453245	8	3.2	8	100	0	52	34	11	11	42	1.77
81458907--81458968	18	3.4	18	95	0	106	32	12	17	37	1.88
81458974--81459257	141	2.0	141	98	0	550	40	22	7	29	1.81
81477632--81477690	26	2.3	27	80	13	72	22	22	22	33	1.97
81477740--81477806	20	3.3	20	89	4	100	31	19	13	35	1.90
81477740--81477793	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
81484555--81484624	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
81488209--81488406	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81488275--81488392	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81488243--81488406	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81494605--81494802	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81494671--81494788	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81494639--81494802	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81501796--81501865	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
81505942--81506006	32	2.0	32	85	5	87	23	24	15	36	1.93
81506323--81506389	20	3.3	20	87	4	91	31	19	11	37	1.88
81524399--81524464	33	2.0	33	93	0	114	25	0	42	31	1.55
81525582--81525653	31	2.4	31	86	4	94	43	6	13	36	1.72
81527084--81527250	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
81528446--81528557	58	1.9	58	83	7	147	27	16	17	38	1.91
81530128--81530167	19	2.1	19	100	0	80	47	10	25	17	1.78
81532674--81532757	30	2.7	31	80	5	82	40	13	7	39	1.71
81532685--81532757	31	2.4	30	84	4	94	36	13	6	42	1.71
81533887--81533938	14	3.4	14	73	19	50	32	42	0	25	1.55
81533874--81533926	18	3.1	18	71	23	60	30	45	0	24	1.54
81533874--81533938	32	2.0	33	93	3	114	32	43	0	24	1.55
81537512--81537624	58	1.9	59	82	8	142	38	17	15	27	1.91
81538820--81538986	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
81540406--81540489	30	2.7	31	80	5	82	40	13	7	39	1.71
81540417--81540489	31	2.4	30	84	4	94	36	13	6	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81541606--81541671	33	2.0	33	93	0	114	31	42	0	25	1.55
81546416--81546524	29	3.8	28	80	10	96	21	32	16	30	1.95
81546434--81546524	29	3.2	28	84	6	103	21	28	16	32	1.95
81554463--81554593	29	4.6	29	78	7	106	23	33	16	26	1.95
81554501--81554593	29	3.2	28	84	3	114	23	27	16	32	1.96
81559832--81559874	21	2.0	21	86	4	59	37	0	4	58	1.19
81559860--81559920	28	2.4	25	81	10	70	55	0	3	40	1.16
81560551--81560607	24	2.4	22	82	11	60	21	5	7	66	1.36
81572260--81572386	59	2.2	59	83	4	170	59	10	7	22	1.56
81574107--81574285	89	2.0	89	88	0	268	35	24	14	25	1.94
81576029--81576126	46	2.1	46	96	0	178	33	25	18	22	1.96
81582403--81582491	44	2.0	44	100	0	178	29	11	17	41	1.84
81584257--81584297	11	3.9	11	81	9	50	29	26	0	43	1.55
81584324--81584354	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
81586092--81586134	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
81586517--81587126	116	5.3	116	95	1	1088	39	3	9	47	1.53
81590144--81590681	126	4.3	126	89	2	803	27	20	18	34	1.96
81590777--81590963	96	2.0	96	86	5	263	41	15	1	41	1.57
81596851--81596904	24	2.3	24	93	3	92	31	24	14	29	1.95
81606889--81606921	16	2.0	17	88	5	50	6	30	0	63	1.18
81607850--81607948	40	2.5	37	85	6	126	14	14	36	35	1.86
81607979--81608012	7	4.9	7	92	0	59	26	17	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81613261--81613303	22	2.0	22	95	0	77	25	20	18	34	1.96
81624795--81624961	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
81630022--81630132	57	2.0	54	83	11	136	37	18	16	27	1.92
81631326--81631492	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
81632831--81632941	29	3.8	29	85	1	114	30	16	31	21	1.95
81640898--81640989	29	3.2	29	85	1	114	33	16	27	22	1.95
81640898--81641007	29	3.8	29	84	2	105	30	16	30	21	1.95
81642979--81643018	16	2.3	16	87	12	53	22	0	0	77	0.77
81642989--81643027	17	2.3	17	86	8	53	23	2	2	71	1.10
81643034--81643058	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
81643324--81643361	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
81650128--81650163	16	2.2	16	90	9	56	22	11	8	58	1.59
81651029--81651128	51	2.0	51	84	4	130	43	13	4	40	1.62
81651197--81651245	25	2.0	24	92	4	80	61	2	0	36	1.08
81652069--81652121	26	2.0	26	96	0	97	18	16	3	60	1.51
81658178--81658231	25	2.2	24	83	6	72	57	3	0	38	1.17
81658789--81658881	49	1.9	47	82	8	116	35	3	2	59	1.26
81658859--81658898	19	2.2	19	86	4	55	27	0	5	67	1.11
81659932--81660050	59	2.0	59	95	0	211	31	14	10	44	1.78
81660612--81660636	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
81665191--81665229	16	2.4	16	82	0	51	23	20	30	25	1.98
81666139--81666185	23	2.0	23	100	0	94	34	12	21	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81672761--81672822	20	3.0	21	95	4	117	51	4	14	29	1.63
81675759--81675786	13	2.2	13	100	0	56	21	0	14	64	1.29
81677241--81677426	43	4.3	42	91	2	291	29	29	17	24	1.97
81677682--81677722	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
81677648--81677721	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
81678820--81678851	16	1.9	17	93	6	57	53	6	6	34	1.51
81681570--81681642	33	2.2	33	82	4	94	0	45	2	52	1.15
81681851--81681910	21	2.8	21	80	12	68	25	6	1	66	1.25
81682446--81682500	14	3.9	14	85	0	65	32	43	1	21	1.63
81682455--81682549	21	4.5	21	78	10	70	37	41	1	20	1.59
81683073--81683308	41	5.8	41	94	0	409	21	24	23	30	1.99
81683299--81683349	25	2.0	26	88	3	77	13	23	17	45	1.84
81683342--81683418	39	2.0	40	84	7	104	22	24	18	35	1.96
81683329--81683427	40	2.5	41	76	14	107	19	22	18	40	1.91
81693469--81693545	28	2.8	28	83	0	100	40	7	22	29	1.82
81693618--81693878	39	6.7	39	91	2	400	18	22	29	29	1.97
81697016--81697243	46	5.0	46	92	1	323	21	24	15	39	1.92
81699177--81699217	20	2.0	21	90	4	66	0	24	0	75	0.80
81704345--81704439	48	2.0	48	97	0	181	29	15	27	27	1.96
81709697--81709739	22	2.0	21	86	13	61	46	0	2	51	1.13
81717011--81717044	16	2.1	16	100	0	68	38	0	29	32	1.58
81718025--81718559	271	2.0	271	92	0	899	29	20	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81720577--81720624	21	2.3	21	85	0	60	18	29	33	18	1.95
81725553--81725605	23	2.3	24	83	6	74	45	16	7	30	1.75
81726246--81726276	5	6.2	5	92	0	53	19	0	3	77	0.90
81730696--81730737	20	2.1	20	86	0	57	0	16	2	80	0.81
81731688--81731749	29	2.1	29	87	0	88	19	25	32	22	1.97
81734793--81734962	33	5.3	33	76	11	183	34	10	23	31	1.89
81739735--81739759	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
81741453--81741546	40	2.3	40	81	3	109	28	21	32	17	1.95
81742879--81742942	25	2.9	22	80	17	78	37	10	15	35	1.83
81751774--81751816	13	3.2	13	76	3	50	23	4	11	60	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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