genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
469151--469707	272	2.0	273	98	1	1080	28	16	24	31	1.96
475387--475433	13	3.5	13	77	13	51	55	0	2	42	1.12
475395--475433	7	5.7	7	85	14	55	56	0	0	43	0.99
475396--475438	19	2.1	21	91	8	72	55	0	0	44	0.99
477425--477492	15	4.5	15	72	7	57	11	1	60	26	1.40
477452--477492	3	13.7	3	89	0	64	4	0	65	29	1.13
483928--484062	39	3.4	39	73	10	114	28	27	20	23	1.99
485581--485615	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
485645--485678	13	2.6	13	90	0	50	52	0	2	44	1.16
490644--490778	39	3.4	39	73	10	114	28	27	20	23	1.99
492295--492329	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
492359--492392	13	2.6	13	90	0	50	52	0	2	44	1.16
496855--496916	27	2.3	26	76	13	63	37	1	12	48	1.51
499075--499116	13	3.2	13	80	12	50	52	0	4	42	1.22
499074--499126	19	2.6	19	85	8	61	50	0	5	43	1.25
500013--500064	5	10.0	5	83	8	68	40	0	1	57	1.10
500013--500063	26	2.0	26	96	0	93	41	0	1	56	1.10
501658--501792	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
501915--501955	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
504203--504264	27	2.3	26	72	8	61	19	8	59	12	1.58
504117--504266	42	3.6	42	76	0	138	18	5	56	19	1.60
504197--504277	42	1.9	42	82	0	99	22	7	58	12	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
506941--506984	20	2.2	20	100	0	88	45	9	9	36	1.68
513923--513949	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
515661--515724	31	2.1	31	100	0	128	35	12	18	32	1.89
516866--516981	35	3.2	35	88	6	160	30	10	25	34	1.89
516866--516960	35	2.7	35	96	0	172	28	9	26	35	1.88
523794--523887	35	2.7	35	93	1	145	29	9	24	36	1.87
523816--523962	73	2.0	74	82	6	183	33	12	21	33	1.90
523892--523960	35	2.0	35	91	2	113	31	14	21	31	1.93
530443--530909	234	2.0	233	93	1	792	21	9	27	41	1.83
534652--534683	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
538285--538350	28	2.3	28	82	7	80	40	4	1	53	1.31
538326--538365	15	2.6	16	88	4	55	47	0	2	50	1.14
539545--539623	40	2.0	40	82	5	97	46	12	11	29	1.77
552934--552975	18	2.5	18	81	11	54	52	0	0	47	1.00
554036--554071	16	2.1	18	90	10	58	52	2	0	44	1.15
557633--557675	21	2.0	21	86	0	59	44	4	4	46	1.45
558605--558662	20	2.9	20	72	10	64	53	0	1	44	1.10
564705--564748	19	2.2	20	96	4	81	29	29	22	18	1.97
564724--564845	46	2.6	47	83	10	153	27	30	21	21	1.98
567421--567550	46	2.8	48	78	13	155	30	27	20	22	1.98
570662--570775	46	2.5	45	82	4	131	20	21	15	42	1.89
570746--570911	45	3.7	45	82	3	147	22	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
570790--571000	45	4.7	45	73	10	126	23	18	17	40	1.91
572176--572208	17	2.1	17	88	11	52	60	9	0	30	1.27
573347--573380	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
573372--573715	85	4.1	84	82	4	383	31	10	21	36	1.87
582759--582803	23	2.0	23	86	0	63	35	2	2	60	1.22
583964--584000	18	2.1	18	100	0	74	35	16	10	37	1.83
586731--586757	14	1.9	14	100	0	54	59	7	3	29	1.42
587275--587314	17	2.4	17	86	0	53	32	2	0	65	1.06
587402--587434	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
591170--591271	51	2.0	51	98	0	195	35	26	7	30	1.85
605406--605709	126	2.3	133	82	3	379	23	9	14	51	1.72
607443--607506	29	2.2	30	80	11	78	34	12	15	37	1.85
616849--616927	22	3.5	22	91	1	113	30	3	30	35	1.75
617531--617682	39	3.9	38	93	4	250	50	3	16	30	1.61
618681--618715	16	2.2	16	94	0	61	91	2	5	0	0.50
618711--618747	16	2.3	16	85	0	56	62	29	0	8	1.24
618740--618795	29	2.0	28	82	3	67	85	3	7	3	0.81
618742--618795	19	2.7	19	77	5	54	85	3	7	3	0.83
618825--618854	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
619291--619365	39	1.9	39	83	5	98	33	6	5	54	1.49
621671--621708	12	3.0	13	81	18	53	26	0	0	73	0.83
622764--622826	29	2.1	31	85	5	85	49	3	4	42	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626520--626681	31	5.2	29	71	15	92	50	8	3	38	1.48
626481--626684	95	2.2	95	89	2	313	46	7	4	41	1.53
626615--626683	29	2.4	28	83	9	86	52	7	1	39	1.38
628075--628122	18	2.4	21	80	13	57	50	2	2	45	1.25
628914--628958	19	2.3	20	78	21	51	40	2	0	57	1.11
632367--632411	22	2.0	22	86	8	63	46	6	0	46	1.29
634593--634643	2	25.5	2	95	0	93	49	0	0	50	1.00
637223--637308	3	28.3	3	73	19	65	65	1	3	30	1.17
637223--637305	12	6.8	12	76	16	73	65	1	3	30	1.17
637228--637308	18	4.4	18	79	13	76	65	1	3	29	1.17
637223--637309	27	3.4	27	71	19	78	65	1	3	29	1.16
637608--637715	21	4.7	22	78	18	89	56	30	1	11	1.45
638217--639029	44	18.5	44	77	8	690	25	22	19	31	1.97
638162--639089	176	5.3	176	80	7	979	25	22	19	32	1.97
638436--639091	132	5.0	132	96	0	1208	25	23	19	32	1.98
638159--639096	44	21.3	43	74	12	531	25	22	19	32	1.97
639144--639342	68	3.0	66	90	3	292	26	22	23	28	1.99
639414--639780	43	8.4	44	75	11	249	20	21	22	35	1.96
639360--639780	43	9.7	43	74	7	235	20	22	21	35	1.96
639447--639774	129	2.5	132	81	7	409	19	21	22	35	1.96
639844--639970	66	1.9	66	95	0	227	34	12	19	33	1.90
641101--641148	20	2.4	20	85	0	60	6	0	12	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643949--643995	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
646808--646893	3	28.3	3	73	19	65	65	1	3	30	1.17
646808--646890	12	6.8	12	76	16	73	65	1	3	30	1.17
646813--646893	18	4.4	18	79	13	76	65	1	3	29	1.17
646808--646894	27	3.4	27	71	19	78	65	1	3	29	1.16
647225--647302	21	3.5	22	83	15	83	60	30	1	7	1.33
650163--650207	3	15.0	3	95	0	81	35	33	0	31	1.58
659182--659407	116	1.9	116	86	1	319	38	17	14	29	1.89
661541--661565	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
668477--668625	74	2.0	74	93	0	253	24	19	17	38	1.92
671211--671898	375	1.8	378	84	5	942	30	13	17	38	1.89
676947--676998	24	2.2	24	92	0	86	38	1	3	55	1.29
679264--679305	16	2.6	16	84	0	57	23	11	42	21	1.86
683809--683872	29	2.2	30	88	2	94	39	20	7	32	1.81
686164--686220	25	2.3	26	78	9	64	28	0	3	68	1.06
690639--690707	32	2.2	32	81	5	77	66	0	7	26	1.17
695341--695682	125	2.7	124	83	4	371	42	11	14	31	1.82
699763--699835	30	2.5	28	81	14	85	41	2	0	56	1.14
699764--699835	37	1.9	37	83	5	92	41	2	0	55	1.14
700579--700621	22	1.9	23	85	4	61	39	2	0	58	1.11
703656--703682	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
713083--713126	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721261--721823	198	2.8	196	83	6	675	38	9	23	28	1.87
734170--734215	24	2.0	24	82	4	58	26	4	4	65	1.30
734339--734384	23	2.0	22	88	12	67	23	4	8	63	1.42
735159--735785	306	2.0	311	90	3	989	28	7	21	42	1.81
740270--740298	14	2.1	14	100	0	58	34	6	13	44	1.71
740315--740384	29	2.3	29	85	4	86	32	4	15	47	1.65
740315--740394	31	2.6	30	84	5	90	31	3	15	50	1.61
740336--740394	29	2.0	29	86	3	82	28	3	15	52	1.58
740565--740626	29	2.1	31	81	6	74	40	19	8	32	1.81
742263--742317	17	3.2	17	73	14	58	61	3	1	32	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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