genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42082590--42082745	80	2.0	79	81	8	183	26	21	26	26	1.99
42085101--42085155	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
42085344--42085399	3	18.7	3	96	0	103	64	0	1	33	1.04
42085498--42085541	3	14.3	3	85	4	61	65	2	0	31	1.05
42087844--42087974	65	2.0	65	83	2	165	24	19	7	48	1.75
42088387--42088495	46	2.4	46	88	0	164	30	18	24	26	1.98
42088411--42088521	46	2.4	46	83	0	132	34	13	27	24	1.93
42088880--42089433	143	3.9	143	82	3	625	29	20	22	27	1.98
42088880--42089406	142	3.7	142	83	3	630	28	20	22	28	1.99
42088903--42089433	285	1.9	284	86	1	767	30	19	22	27	1.98
42089436--42089992	176	3.2	176	85	3	755	31	21	17	30	1.96
42089438--42089899	88	5.2	88	67	11	289	31	20	17	31	1.95
42089895--42090010	44	2.6	44	78	5	126	31	22	21	25	1.98
42091294--42091379	15	5.9	14	78	11	68	27	6	0	65	1.18
42091321--42091368	15	3.1	15	93	6	78	27	8	0	64	1.22
42091249--42091389	44	3.3	44	77	17	122	28	6	1	63	1.27
42091316--42091379	21	3.0	20	77	11	65	28	7	0	64	1.21
42091588--42091642	3	18.0	3	84	3	65	27	3	5	63	1.33
42091601--42091642	18	2.3	18	95	0	75	26	0	7	66	1.17
42091603--42091687	15	5.8	14	77	10	73	21	3	8	67	1.33
42092636--42095268	957	2.8	955	87	2	3737	35	13	20	30	1.91
42096823--42096982	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42096823--42096982	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
42098434--42098531	45	2.2	44	83	5	124	43	4	17	34	1.68
42108697--42108807	39	2.9	39	89	1	161	39	18	6	36	1.76
42108693--42108807	20	5.9	20	75	7	121	40	18	6	35	1.75
42108987--42109077	24	3.8	24	79	7	87	31	14	24	29	1.94
42113212--42113333	47	2.6	47	91	6	187	26	26	16	31	1.96
42113307--42113475	46	3.6	45	77	7	160	21	30	20	27	1.98
42113307--42113478	94	1.8	92	84	7	231	21	30	20	27	1.98
42116859--42117204	172	2.0	172	90	1	541	43	8	12	35	1.74
42129690--42129865	46	3.8	46	81	10	214	20	21	29	28	1.98
42129686--42129857	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	27	1.98
42132685--42132792	24	4.5	23	75	11	83	39	19	23	17	1.92
42132822--42132880	26	2.3	26	82	2	75	37	23	20	18	1.94
42133361--42133399	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
42137097--42137283	6	30.8	6	74	16	154	48	12	17	21	1.80
42137076--42137283	30	7.1	30	79	12	209	48	12	17	21	1.80
42137097--42137283	85	2.2	85	95	0	329	48	12	17	21	1.80
42137401--42137466	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
42137401--42137474	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
42137425--42137482	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
42137639--42137697	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
42137787--42137865	27	3.0	26	83	3	86	32	22	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42138022--42138085	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
42138065--42138260	27	7.3	27	86	0	248	25	19	19	35	1.95
42138265--42138539	27	10.2	27	84	4	358	40	10	22	26	1.87
42138265--42138539	81	3.4	81	86	5	396	40	10	22	26	1.87
42146510--42146595	26	3.3	26	85	1	111	36	22	22	19	1.96
42153489--42154033	272	2.0	272	98	0	1054	34	9	17	38	1.82
42154366--42154414	24	2.0	24	100	0	98	24	0	26	48	1.51
42154583--42154666	24	3.3	25	76	14	82	53	1	1	44	1.16
42154564--42154698	55	2.3	60	86	11	181	50	1	2	45	1.23
42154613--42154680	24	2.9	23	72	8	66	51	1	1	45	1.19
42156101--42156230	43	3.0	43	84	5	138	26	13	25	34	1.93
42156341--42159948	902	4.0	902	97	0	6770	31	8	19	40	1.82
42160990--42161086	24	4.0	24	93	4	151	24	21	23	29	1.99
42161143--42161195	9	5.4	9	75	16	52	37	20	5	35	1.77
42161135--42161201	20	3.3	20	89	0	107	34	20	8	35	1.84
42161135--42161191	11	5.5	11	74	16	59	35	19	8	36	1.83
42161238--42161285	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
42165584--42165638	20	2.7	21	86	11	78	49	16	9	25	1.75
42170634--42170696	31	2.1	31	96	3	119	47	6	19	26	1.73
42173108--42173209	52	2.0	52	100	0	204	25	17	27	29	1.98
42177957--42178057	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42185918--42186018	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42188964--42188997	10	3.3	10	88	8	50	50	0	0	50	1.00
42196113--42196270	53	2.9	53	80	1	172	21	24	15	38	1.92
42206984--42207022	21	1.9	21	89	5	62	53	10	0	35	1.35
42208529--42208577	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
42209400--42209566	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
42216529--42216577	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
42217399--42217564	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
42223785--42223936	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
42231771--42231922	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
42239371--42239395	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
42242538--42242576	19	2.1	19	100	0	78	46	20	0	33	1.51
42243931--42244109	89	2.0	89	92	4	299	53	12	11	22	1.70
42244691--42244734	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
42245803--42245842	16	2.5	17	80	19	50	40	2	0	57	1.12
42250799--42250823	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
42252208--42252278	28	2.4	29	77	11	74	50	2	0	46	1.16
42259762--42259788	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
42262979--42263151	9	18.3	9	65	21	61	63	1	2	31	1.19
42262979--42263086	19	5.7	18	67	14	56	64	0	3	30	1.17
42263060--42263114	19	2.9	18	77	17	58	65	1	1	30	1.13
42262928--42263113	9	20.1	9	68	15	69	62	2	3	31	1.23
42263073--42263150	28	2.8	27	76	16	70	62	2	2	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42263509--42263556	19	2.6	18	74	6	51	39	4	2	54	1.32
42263617--42263695	28	2.8	28	77	12	81	31	1	6	60	1.29
42263617--42263728	9	12.1	9	70	11	66	32	2	4	60	1.30
42263617--42263686	19	3.7	18	75	7	59	30	1	5	62	1.27
42264466--42264497	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
42273283--42273381	51	1.9	51	100	0	198	31	17	13	38	1.88
42276675--42276860	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
42276675--42276893	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
42284207--42284391	40	4.6	39	86	5	221	25	22	27	25	2.00
42284207--42284424	79	2.7	79	81	10	241	26	22	26	24	2.00
42288548--42288576	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
42288504--42288598	44	2.2	43	83	9	122	58	3	3	34	1.29
42288662--42288707	23	2.0	23	82	4	56	56	6	8	28	1.54
42288871--42288941	26	2.7	26	80	12	74	63	4	4	28	1.32
42289735--42289801	25	2.6	25	74	19	59	74	1	16	7	1.11
42294985--42295013	13	2.2	13	100	0	58	51	6	20	20	1.70
42299478--42299604	49	2.6	48	82	5	130	41	2	3	52	1.30
42318854--42318893	21	2.0	20	85	5	53	15	37	30	17	1.90
42320182--42320258	31	2.5	31	97	0	145	29	23	27	19	1.98
42320182--42320267	31	2.8	31	90	0	91	29	25	26	18	1.98
42324067--42324255	101	1.9	100	88	1	288	26	21	23	29	1.99
42324062--42324256	50	3.9	49	73	8	160	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42324077--42324258	100	1.8	101	87	1	231	28	20	23	28	1.99
42324458--42324487	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
42328037--42328353	46	6.7	48	76	13	250	26	18	30	24	1.98
42328134--42328353	99	2.3	92	84	9	259	26	19	30	24	1.98
42330379--42330413	11	3.3	11	88	4	54	0	22	17	60	1.37
42332259--42332288	14	2.1	14	100	0	60	86	0	0	13	0.57
42332234--42332275	18	2.3	19	83	4	59	80	0	7	11	0.88
42333697--42333749	28	1.9	27	88	3	79	56	13	5	24	1.58
42340550--42340589	6	6.7	6	94	0	62	80	0	2	17	0.83
42340537--42340589	18	2.9	18	86	8	63	79	0	3	16	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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