genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65635661--65635827	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
65636652--65636697	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65641721--65641871	40	3.8	40	81	4	162	26	23	27	23	2.00
65641759--65641887	40	3.3	39	77	12	138	24	23	27	25	2.00
65647355--65647521	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
65647371--65647521	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
65648347--65648392	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65655303--65655469	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
65655303--65655469	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
65656295--65656340	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65659370--65659578	45	4.8	45	70	14	141	27	17	25	29	1.98
65660957--65660982	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
65661842--65661925	21	3.8	23	68	16	61	42	22	16	17	1.88
65663068--65663127	23	2.6	23	82	14	79	36	11	5	46	1.62
65663340--65663402	27	2.3	27	86	0	81	55	11	1	31	1.44
65666222--65666299	41	1.9	41	97	0	147	44	21	6	26	1.76
65670030--65670135	40	2.7	40	81	0	131	24	26	22	26	2.00
65671883--65672026	27	5.3	27	85	3	164	28	25	8	38	1.85
65672058--65672207	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
65672186--65672263	29	2.8	28	75	19	81	43	16	7	32	1.76
65672028--65672293	27	9.8	27	77	5	187	40	19	9	30	1.83
65672323--65672389	27	2.5	26	80	7	80	38	17	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65673171--65673227	25	2.3	25	87	6	80	33	19	22	24	1.97
65682301--65682568	93	2.8	95	75	12	257	22	29	19	28	1.98
65683921--65683947	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
65692295--65692333	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
65715441--65715707	94	2.9	93	71	15	253	23	29	19	27	1.98
65723089--65723240	46	3.3	46	72	10	128	25	26	17	29	1.98
65723587--65723644	30	1.9	30	89	0	89	27	31	13	27	1.94
65734249--65734412	42	3.9	42	78	8	163	26	16	24	32	1.96
65746855--65747019	90	1.8	90	83	7	219	27	18	26	28	1.98
65748367--65748496	66	2.0	66	87	0	188	46	29	1	23	1.61
65748557--65748600	8	5.8	8	84	10	65	36	52	0	11	1.38
65748540--65748600	30	2.0	31	87	3	88	37	47	0	14	1.45
65748550--65748602	14	3.6	14	85	9	70	39	49	0	11	1.39
65748550--65748610	14	4.2	14	83	8	59	40	45	1	11	1.50
65748893--65749081	8	24.0	8	98	1	357	61	0	0	38	0.96
65751928--65752255	23	14.3	23	75	7	195	32	7	21	38	1.81
65751931--65752186	114	2.2	114	78	7	268	33	5	22	38	1.78
65752093--65752224	70	1.9	69	81	4	158	36	5	20	37	1.75
65752685--65752731	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
65752652--65752743	31	3.0	30	75	19	91	28	4	2	65	1.23
65757388--65757559	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
65757380--65757555	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65759924--65760006	15	5.7	15	76	9	73	57	15	16	9	1.63
65762936--65763109	93	1.9	93	92	0	294	27	28	21	22	1.99
65762928--65763103	46	3.8	46	79	10	196	28	28	21	22	1.99
65765003--65765054	20	2.6	20	78	0	50	44	13	3	38	1.62
65768436--65768738	39	7.6	39	84	5	360	26	27	21	24	1.99
65768436--65768738	79	3.8	79	86	4	389	26	27	21	24	1.99
65768436--65768738	118	2.6	118	89	4	448	26	27	21	24	1.99
65773199--65773376	24	7.4	24	92	0	284	26	21	22	29	1.99
65776195--65776450	40	6.4	40	87	4	333	26	28	21	22	1.99
65784648--65784815	24	7.0	24	86	2	221	26	22	22	28	1.99
65784865--65784921	20	2.9	21	87	10	77	31	19	8	40	1.82
65790270--65790396	43	3.0	42	81	6	150	29	26	19	23	1.98
65795992--65796061	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
65798956--65799035	28	2.8	28	81	7	99	27	35	13	23	1.93
65799261--65799297	16	2.2	17	95	4	67	16	18	10	54	1.71
65803296--65803473	40	4.5	40	86	3	218	24	28	24	23	2.00
65804732--65804765	10	3.4	10	88	11	52	0	17	0	82	0.67
65810164--65810222	20	3.0	20	89	0	91	35	10	20	33	1.86
65810273--65810390	23	5.0	24	88	7	170	28	22	22	26	1.99
65810273--65810391	24	5.0	23	88	8	161	29	21	22	26	1.99
65810273--65810390	47	2.5	47	89	6	168	28	22	22	26	1.99
65810582--65810645	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65814615--65814812	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
65814681--65814798	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
65814649--65814812	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
65822118--65822315	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
65822184--65822301	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
65822152--65822315	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
65823830--65823892	31	2.0	31	100	0	126	46	0	19	34	1.50
65824035--65824143	45	2.4	45	89	0	173	23	17	28	30	1.97
65825637--65825747	38	2.9	38	89	0	168	29	26	15	28	1.96
65828337--65828398	15	4.1	14	77	4	52	59	12	14	12	1.61
65831290--65831498	38	5.0	38	68	20	112	29	23	14	32	1.94
65835250--65835310	32	1.9	32	100	0	122	40	8	19	31	1.81
65837991--65838337	47	7.4	47	93	0	550	27	31	8	32	1.86
65841328--65841473	37	3.9	37	90	0	229	26	30	18	23	1.98
65841620--65842240	48	12.9	48	91	0	981	31	27	6	34	1.82
65841623--65842240	96	6.4	96	96	0	1119	31	27	6	34	1.82
65846199--65846509	40	7.8	40	90	1	491	25	30	21	21	1.99
65846199--65846511	159	2.0	159	93	1	538	25	30	21	22	1.99
65848362--65848942	47	12.4	47	93	0	930	28	30	8	32	1.87
65860477--65860579	28	3.7	28	84	5	136	26	14	32	27	1.95
65860534--65860599	28	2.3	28	84	2	78	37	12	28	21	1.89
65862142--65862372	24	9.6	24	94	0	354	35	24	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65869892--65870122	24	9.6	24	95	0	363	35	25	18	21	1.96
65873687--65873713	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
65873941--65874050	36	3.1	36	95	0	193	31	9	20	38	1.84
65875419--65875456	19	2.0	19	94	0	67	44	10	13	31	1.77
65885550--65885650	28	3.6	28	83	1	112	24	8	35	30	1.86
65890014--65890157	40	3.6	40	81	3	155	27	22	26	23	1.99
65890045--65890213	40	4.2	40	78	3	142	27	23	27	21	1.99
65893396--65893467	28	2.6	28	95	0	126	23	12	38	25	1.90
65894860--65895036	40	4.5	40	86	4	218	24	28	24	23	2.00
65900649--65900675	12	2.2	12	100	0	54	25	7	14	51	1.68
65907186--65907625	47	9.4	47	94	0	729	28	30	8	32	1.87
65907308--65907430	22	5.3	22	62	21	63	27	30	9	32	1.89
65907449--65907524	22	3.3	22	64	10	62	28	30	11	28	1.92
65912897--65912987	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
65913027--65913178	48	3.2	48	96	0	268	32	28	5	34	1.79
65913170--65913650	49	9.9	49	95	1	862	29	27	8	34	1.87
65929824--65930500	336	2.0	335	97	0	1275	23	21	16	37	1.94
65933219--65933263	13	3.5	13	84	0	63	17	28	31	22	1.97
65933197--65933263	26	2.6	26	85	0	89	17	28	31	22	1.97
65936237--65936432	29	6.9	29	80	8	206	25	33	15	26	1.95
65936232--65936432	57	3.5	57	81	8	203	24	32	14	27	1.95
65936203--65936432	86	2.7	85	88	0	334	26	32	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65940847--65941030	29	6.4	29	77	4	178	26	32	14	27	1.94
65940842--65941078	57	4.2	57	78	6	189	27	30	13	28	1.94
65940842--65941060	86	2.6	86	84	3	289	26	31	14	28	1.95
65951134--65951300	40	4.2	39	81	7	176	27	22	26	23	2.00
65958201--65958249	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65959072--65959238	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65962018--65962072	29	1.9	28	92	3	92	14	21	29	34	1.93
65969043--65969074	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
65970619--65970765	47	3.1	47	85	0	186	31	10	29	27	1.91
65970735--65970920	48	3.8	48	89	6	302	36	6	26	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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