genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60312189--60312256	20	3.4	20	84	8	77	19	4	0	76	0.95
60312188--60312251	5	12.4	5	78	18	69	18	4	0	76	0.95
60315161--60315193	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60316630--60316664	18	1.9	18	94	0	61	40	11	5	42	1.65
60318703--60318877	6	28.3	6	68	23	80	49	13	17	20	1.79
60318730--60318816	25	3.5	24	85	6	120	49	14	17	18	1.80
60318996--60319055	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
60319094--60319145	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
60319390--60319613	27	8.3	27	84	4	267	24	18	20	37	1.94
60319390--60319611	54	4.1	54	85	1	302	24	18	20	36	1.95
60319389--60319603	81	2.7	80	90	2	333	24	19	20	36	1.95
60319449--60319662	107	2.0	108	79	9	233	26	15	21	37	1.93
60319647--60320098	27	16.7	27	82	1	449	30	8	21	39	1.83
60319732--60320105	54	6.9	54	90	0	552	30	8	21	39	1.83
60319715--60320098	27	14.2	27	83	1	473	30	8	20	39	1.83
60322073--60322247	6	28.3	6	68	22	87	48	13	17	20	1.80
60322100--60322186	25	3.5	25	87	0	129	48	14	18	18	1.82
60322155--60322222	19	3.6	19	77	18	79	45	14	19	20	1.85
60322366--60322425	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
60322464--60322515	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
60322760--60322984	27	8.3	27	85	3	267	24	18	20	37	1.94
60322760--60322982	54	4.1	54	86	0	302	24	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60322759--60322982	81	2.8	81	90	1	342	24	18	20	37	1.94
60322855--60323469	27	22.8	26	79	6	385	30	9	20	39	1.85
60323103--60323476	54	6.9	54	90	0	552	30	8	21	39	1.83
60323086--60323469	27	14.2	27	83	1	473	30	8	20	39	1.83
60325445--60325619	6	28.3	6	68	22	87	48	13	17	20	1.80
60325472--60325558	25	3.5	25	87	0	129	48	14	18	18	1.82
60325527--60325594	19	3.6	19	77	18	79	45	14	19	20	1.85
60325738--60325797	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
60325836--60325887	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
60326132--60326515	27	14.3	27	78	10	344	25	19	18	36	1.94
60326132--60326513	54	7.1	53	80	7	389	25	19	18	36	1.94
60326136--60326513	81	4.7	80	84	4	442	25	19	17	36	1.94
60326116--60326494	186	2.0	187	95	1	690	26	20	17	35	1.95
60326563--60326627	27	2.4	27	81	0	76	33	9	16	40	1.81
60326607--60326942	27	12.6	27	88	1	471	30	8	21	39	1.83
60326607--60326942	80	4.2	80	85	3	417	30	8	21	39	1.83
60329068--60329192	46	2.7	46	94	0	223	20	22	28	28	1.99
60329417--60329454	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
60338185--60338228	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60339654--60339776	46	2.7	46	93	0	210	21	18	28	30	1.97
60340001--60340038	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
60341087--60341133	24	2.0	24	86	0	67	34	2	38	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60342528--60342639	27	4.1	27	83	7	129	15	25	23	35	1.94
60342528--60342639	54	2.1	54	86	3	154	15	25	23	35	1.94
60347499--60347544	17	2.7	17	83	10	58	19	17	21	41	1.90
60349398--60349434	17	2.2	17	100	0	74	43	24	5	27	1.76
60359493--60359522	13	2.3	13	94	0	51	16	30	33	20	1.94
60361176--60361300	29	4.3	29	87	1	180	26	12	30	30	1.93
60366723--60366780	19	3.0	20	82	7	66	5	44	0	50	1.24
60373478--60373543	29	2.3	29	97	0	123	30	16	27	25	1.97
60381786--60381895	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
60381786--60381935	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60389840--60389949	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
60389840--60389989	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60391785--60391848	29	2.2	29	97	0	119	29	17	28	25	1.97
60391948--60391980	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
60397938--60398212	48	5.7	48	79	1	246	27	16	29	26	1.97
60397932--60398212	96	2.9	96	86	4	352	27	16	29	27	1.97
60400139--60400298	49	3.3	49	74	3	180	28	25	18	28	1.98
60400081--60400339	49	5.5	47	72	8	177	28	26	18	26	1.98
60400072--60400339	96	2.8	96	86	3	373	27	26	19	26	1.98
60414386--60414656	48	5.7	47	75	8	167	26	30	16	25	1.97
60414762--60414810	25	2.0	25	100	0	98	28	20	12	38	1.89
60420505--60420818	50	6.6	48	75	12	172	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60420699--60420819	45	2.6	48	87	7	160	25	32	17	24	1.97
60420645--60420832	50	3.9	50	79	10	185	23	29	16	29	1.96
60432609--60432662	16	3.4	17	73	19	53	40	0	11	48	1.39
60434345--60434393	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60435216--60435382	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
60437522--60437650	50	2.6	50	80	3	136	22	31	20	25	1.98
60437470--60437650	99	1.9	96	83	5	238	22	30	20	27	1.98
60445370--60445427	29	2.0	29	93	0	98	18	15	20	44	1.86
60448799--60449009	43	4.9	43	95	0	368	11	24	34	29	1.91
60457721--60457757	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
60463364--60463493	47	2.7	49	79	10	135	27	26	18	26	1.98
60468838--60468879	17	2.5	17	76	7	50	7	11	7	73	1.23
60470419--60470479	30	2.0	30	100	0	122	32	9	34	22	1.87
60472886--60472944	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
60472995--60473113	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
60472995--60473113	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
60473304--60473367	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
60473321--60473428	38	2.8	38	92	1	180	38	14	23	23	1.92
60482097--60482278	39	4.6	40	82	4	172	28	22	25	23	1.99
60487326--60487455	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
60495696--60495758	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
60500763--60500924	42	3.9	42	75	6	141	30	14	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60502247--60502422	46	3.8	44	76	11	158	21	18	28	31	1.97
60502243--60502414	93	1.8	93	89	0	272	20	19	29	30	1.97
60506802--60506854	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
60508336--60508391	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
60514887--60514935	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
60516419--60516475	26	2.2	26	96	0	105	35	24	8	31	1.86
60517326--60517462	54	2.5	53	81	4	184	29	17	21	31	1.96
60519510--60519555	22	2.1	22	91	0	74	15	10	26	47	1.78
60520920--60520973	22	2.5	22	90	0	81	40	27	18	12	1.87
60521176--60521239	22	2.9	22	81	9	85	32	23	23	20	1.98
60521383--60521505	41	3.0	41	89	0	183	26	27	22	22	1.99
60521764--60522163	27	14.9	27	82	5	273	31	9	19	40	1.83
60521800--60522163	54	6.8	54	80	5	312	30	7	20	41	1.80
60521742--60522155	81	5.1	81	77	4	354	30	9	20	40	1.83
60522068--60522163	26	3.6	27	90	5	151	33	8	20	37	1.83
60522122--60522216	27	3.6	26	83	7	95	28	15	21	34	1.94
60522148--60522216	27	2.6	27	88	0	102	26	17	21	34	1.95
60522152--60522227	27	2.8	27	85	0	98	28	21	17	32	1.95
60525657--60525746	29	3.1	29	93	1	146	31	27	12	28	1.93
60528396--60528603	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
60528397--60528603	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
60536456--60536660	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60536454--60536660	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
60539980--60540106	46	2.8	46	95	0	218	22	32	10	34	1.88
60540113--60540229	47	2.5	47	90	2	155	27	28	9	35	1.88
60542143--60542170	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60543212--60543237	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60543583--60543637	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
60543801--60543919	40	3.0	40	93	2	195	25	31	24	19	1.98
60545399--60545567	46	3.7	46	91	0	266	24	32	8	34	1.86
60545595--60545741	47	3.1	47	98	0	276	25	27	10	35	1.90
60545645--60545720	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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