genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81114081--81114344	60	4.4	60	87	0	341	35	17	14	32	1.90
81124054--81124092	17	2.3	17	86	0	51	71	10	2	15	1.23
81128535--81128569	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
81129114--81129234	42	2.9	41	80	7	125	31	26	17	24	1.97
81130169--81130258	18	5.0	18	88	0	117	17	21	40	21	1.92
81132603--81132632	14	2.1	14	93	0	51	43	33	6	16	1.74
81133847--81133887	17	2.3	19	84	12	52	46	17	2	34	1.61
81137646--81137725	28	2.8	29	86	1	99	27	23	25	23	2.00
81145973--81146016	20	2.0	22	87	12	65	47	0	0	52	1.00
81155240--81155304	19	3.7	18	75	10	62	43	0	4	52	1.22
81159541--81159609	25	2.7	25	72	2	66	52	1	0	46	1.09
81161889--81162252	47	7.8	46	76	11	287	21	29	20	27	1.98
81161889--81162249	94	3.9	93	80	8	385	22	29	20	27	1.98
81161889--81162255	141	2.6	137	80	9	393	22	29	20	27	1.98
81166363--81166392	9	3.3	9	90	0	51	76	0	0	23	0.78
81166363--81166397	18	1.9	18	94	0	61	77	0	0	22	0.78
81169526--81169603	8	10.0	8	73	13	65	38	1	2	57	1.20
81169571--81169610	5	8.2	5	94	5	73	40	0	0	60	0.97
81171161--81171440	45	6.1	45	86	6	375	18	19	20	41	1.91
81171161--81171400	88	2.7	89	87	2	356	19	20	20	40	1.92
81171616--81171801	54	3.4	54	79	6	171	35	11	13	38	1.82
81171666--81171814	55	2.8	54	79	7	149	36	12	14	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81171616--81171814	18	11.1	18	76	5	152	35	11	14	39	1.82
81176726--81177007	45	6.3	45	92	2	444	18	19	20	40	1.91
81176737--81176997	133	1.9	134	93	1	452	18	19	21	40	1.91
81177196--81177366	36	4.7	36	76	10	161	36	11	14	38	1.82
81177181--81177366	54	3.4	53	79	9	171	36	11	13	38	1.81
81177231--81177379	55	2.8	54	81	9	151	37	11	13	37	1.81
81177181--81177379	18	11.1	18	76	3	132	36	11	13	39	1.80
81179950--81180021	30	2.4	30	85	0	90	11	29	36	23	1.89
81180442--81180768	174	1.9	174	87	2	478	22	25	14	37	1.92
81180736--81180897	45	3.6	45	70	5	146	21	22	15	40	1.91
81180691--81180886	90	2.2	91	85	2	261	20	23	16	38	1.92
81181587--81181637	15	3.5	15	82	15	70	49	15	23	11	1.78
81185277--81185320	21	2.1	21	86	0	61	18	25	38	18	1.92
81187228--81187393	83	2.0	83	83	0	206	22	27	31	18	1.97
81189073--81189112	21	2.0	19	85	9	53	37	7	12	42	1.71
81205422--81205458	18	2.1	18	100	0	74	27	5	16	51	1.66
81209593--81209887	70	4.2	69	77	3	297	26	17	23	33	1.96
81209594--81209883	139	2.1	140	79	4	318	26	17	22	33	1.96
81221093--81221305	46	4.6	46	76	11	170	27	19	28	24	1.98
81221974--81222005	16	2.0	16	93	0	55	21	12	40	25	1.88
81227637--81227843	40	5.2	39	82	4	218	25	26	22	26	2.00
81235656--81235863	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81235656--81235861	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
81241210--81241237	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81242446--81242493	21	2.3	21	85	7	62	29	27	12	31	1.93
81247405--81247462	4	15.5	4	87	10	63	74	0	3	22	0.97
81247405--81247482	40	2.0	38	82	9	95	71	2	6	19	1.19
81248491--81248520	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81248959--81249721	89	8.4	88	76	8	455	29	20	16	33	1.94
81248958--81249815	44	18.9	44	72	8	459	29	20	17	33	1.95
81248960--81249488	133	4.0	133	77	4	485	30	20	16	32	1.95
81248946--81249441	266	1.9	265	83	2	645	30	20	16	32	1.95
81249447--81249632	51	3.8	49	75	9	175	29	19	17	33	1.95
81249393--81249721	96	3.5	96	83	3	359	30	17	16	35	1.92
81251138--81251300	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
81252593--81252836	94	2.6	93	86	3	346	26	19	20	34	1.96
81253677--81253718	14	2.9	14	80	16	50	0	16	2	80	0.81
81263717--81263881	42	4.1	42	74	12	143	36	18	20	24	1.94
81263717--81263876	41	3.9	42	67	18	106	35	18	20	25	1.95
81263970--81264234	73	3.6	73	79	6	284	20	37	2	39	1.67
81264433--81264469	17	2.3	17	86	9	51	16	5	0	78	0.93
81268112--81268173	17	3.5	17	78	6	61	43	1	1	53	1.20
81277617--81277649	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
81277648--81277685	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81277935--81277975	21	2.0	20	85	4	55	60	0	12	26	1.31
81277940--81277982	21	2.0	21	82	8	52	62	4	9	23	1.44
81277985--81278009	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
81279199--81279224	8	3.2	8	100	0	52	23	34	0	42	1.54
81280699--81280800	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
81288689--81288820	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
81291844--81291945	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
81294230--81294276	21	2.2	21	85	11	60	19	6	12	61	1.52
81294267--81294297	13	2.4	13	94	0	53	16	3	12	67	1.35
81295857--81295942	44	2.0	43	93	4	147	32	12	9	45	1.74
81296179--81296231	27	1.9	27	85	11	72	75	9	5	9	1.18
81296179--81296229	15	3.7	13	79	15	50	74	9	5	9	1.21
81296670--81296720	3	17.3	3	95	4	95	35	0	31	33	1.58
81296860--81296962	3	34.0	3	81	11	113	63	1	1	33	1.17
81296978--81297018	21	2.0	20	90	4	64	60	0	14	24	1.34
81296983--81297025	21	2.0	21	86	8	61	62	4	11	20	1.46
81300729--81300891	39	4.2	39	90	0	254	23	19	33	23	1.97
81300746--81300927	39	4.6	40	86	0	154	22	21	32	22	1.98
81308653--81308815	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
81308653--81308846	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
81320238--81320288	26	2.0	26	100	0	102	56	19	11	11	1.65
81326444--81326708	93	2.8	96	80	8	265	25	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81326443--81326757	48	6.7	47	75	11	211	25	27	18	28	1.98
81326491--81326757	93	2.8	95	79	8	246	25	28	18	27	1.98
81327423--81327461	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
81331125--81331169	18	2.6	18	85	3	56	22	28	33	15	1.95
81340619--81341050	223	1.9	222	93	1	740	35	14	15	34	1.88
81342814--81342851	18	2.1	18	100	0	76	23	10	18	47	1.79
81343538--81343595	30	1.9	30	82	6	73	22	29	27	20	1.99
81344740--81344777	19	2.1	19	85	9	53	21	5	2	71	1.19
81344927--81344995	34	2.0	34	100	0	138	37	26	23	13	1.91
81348194--81348243	14	3.6	14	78	10	57	28	32	4	36	1.76
81348184--81348243	28	2.1	28	93	0	102	30	31	3	35	1.74
81355156--81355215	28	2.1	28	90	0	93	30	33	3	33	1.74
81355156--81355215	14	4.3	14	79	8	68	30	33	3	33	1.74
81358347--81358517	93	1.8	93	91	2	281	29	29	19	21	1.98
81358338--81358513	46	3.8	46	76	16	184	30	28	19	21	1.97
81361547--81361730	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
81361587--81361775	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
81368851--81369034	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
81368891--81369079	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
81373659--81373832	45	3.8	44	79	6	186	28	29	20	21	1.98
81373667--81373839	93	1.9	93	91	1	285	27	29	20	21	1.98
81373709--81373852	46	3.1	46	72	14	134	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81391119--81391180	27	2.3	27	81	8	72	46	1	1	50	1.20
81392204--81392295	37	2.5	35	79	15	96	53	4	3	39	1.37
81401766--81401971	40	5.2	39	80	5	180	25	23	25	24	2.00
81401764--81401971	80	2.6	81	83	4	235	25	24	25	24	2.00
81405103--81405146	11	3.9	11	77	16	54	36	11	27	25	1.90
81405216--81405255	20	2.0	20	90	9	64	65	0	17	17	1.28
81405449--81405500	27	1.9	27	88	7	79	57	0	36	5	1.23
81405470--81405505	18	2.0	18	88	0	54	61	0	36	2	1.11
81406571--81406613	20	2.2	20	91	0	68	34	16	13	34	1.88
81412007--81412072	29	2.2	29	78	5	69	28	15	16	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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