genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64849345--64849388	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
64851344--64851494	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
64851344--64851494	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
64859331--64859442	40	2.8	40	84	0	134	23	26	22	27	1.99
64864084--64864232	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
64864125--64864232	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
64865960--64866125	45	3.6	45	75	13	167	22	20	28	28	1.98
64869018--64869093	15	5.2	15	76	9	77	11	15	15	56	1.67
64869018--64869103	29	3.0	29	76	11	77	10	16	16	56	1.66
64873321--64873422	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
64881177--64881278	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
64883986--64884143	27	5.8	27	80	0	145	25	14	18	41	1.88
64883986--64884138	54	2.8	54	83	1	189	25	14	18	41	1.88
64884422--64884472	18	2.8	18	93	0	84	19	17	13	49	1.80
64886972--64887154	27	6.8	27	75	11	160	40	19	8	31	1.82
64886962--64887122	54	3.0	53	82	5	191	39	19	8	31	1.82
64886972--64887153	81	2.2	82	88	1	260	40	19	8	30	1.82
64886972--64887154	54	3.4	53	77	8	183	40	19	8	31	1.82
64894606--64897394	714	3.9	713	84	3	3513	29	10	19	40	1.85
64898808--64898995	56	3.4	56	90	0	277	26	14	24	34	1.94
64899366--64899414	24	2.0	24	100	0	98	32	4	24	38	1.74
64901414--64901490	38	2.0	38	100	0	154	25	12	18	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64902054--64902158	27	3.9	26	83	5	111	35	20	24	20	1.96
64902262--64902337	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
64903782--64903889	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
64904300--64907071	713	3.9	710	85	3	3522	28	10	20	40	1.86
64907037--64907104	33	2.1	33	97	0	127	33	8	20	36	1.84
64907525--64907588	25	2.9	21	74	21	51	53	1	6	39	1.36
64907532--64907578	25	2.0	23	87	8	67	53	0	6	40	1.27
64911850--64911874	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
64912732--64912784	16	3.5	16	66	23	51	37	11	18	32	1.87
64912725--64912784	29	2.1	29	96	0	111	38	10	20	31	1.85
64914958--64915104	20	7.3	20	73	8	84	18	14	8	58	1.61
64915000--64915049	19	2.6	20	81	6	59	18	16	6	60	1.55
64915072--64915113	21	2.0	21	90	4	68	23	16	0	59	1.37
64915231--64915277	22	2.1	22	88	0	67	8	2	19	70	1.24
64915688--64915728	22	1.9	22	85	5	57	51	14	17	17	1.77
64915804--64915851	20	2.5	19	80	12	53	50	4	2	43	1.33
64919158--64919207	25	2.0	26	84	11	68	38	24	10	28	1.87
64921044--64921094	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
64925079--64925123	22	2.0	22	86	0	63	46	15	4	33	1.66
64926851--64926901	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
64930891--64930944	28	1.9	28	88	0	81	38	18	3	38	1.69
64931013--64931047	17	2.1	17	100	0	70	34	17	5	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64931122--64931217	18	5.3	18	84	0	75	36	13	10	39	1.79
64931122--64931217	36	2.7	36	80	0	102	36	13	10	39	1.79
64931334--64931451	51	2.2	52	86	7	159	40	22	20	16	1.91
64931560--64931596	18	2.1	18	85	14	51	24	16	5	54	1.63
64931731--64931768	19	2.0	19	85	10	51	50	26	0	23	1.50
64932004--64932032	11	2.6	11	100	0	58	0	31	0	68	0.89
64932055--64932084	15	2.0	15	93	0	51	3	20	0	76	0.92
64932050--64932090	19	2.1	20	86	13	59	2	19	2	75	1.03
64932134--64932172	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
64932197--64932235	15	2.6	14	84	11	51	28	2	0	69	1.02
64937014--64937127	18	6.3	18	90	0	138	33	13	13	40	1.83
64937244--64937361	51	2.2	52	83	7	141	40	20	20	18	1.91
64937643--64937680	19	2.0	19	85	10	51	50	26	0	23	1.50
64938053--64938091	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
64938116--64938154	15	2.6	14	84	11	51	28	2	0	69	1.02
64939929--64940113	40	4.7	40	87	8	254	25	27	22	24	2.00
64939929--64940113	79	2.3	82	86	9	258	25	27	22	24	2.00
64943456--64943534	40	2.0	41	94	2	142	12	24	7	55	1.62
64950648--64950801	18	8.6	18	77	1	130	36	14	12	36	1.84
64950648--64950794	54	2.7	54	81	2	188	35	13	13	37	1.84
64952291--64952323	13	2.3	15	90	10	52	54	0	0	45	0.99
64952448--64952493	15	3.1	15	81	15	51	56	2	0	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64952876--64952910	18	2.0	18	88	5	54	14	20	45	20	1.85
64958519--64958696	38	4.6	38	85	6	189	23	23	25	28	1.99
64958526--64958696	76	2.2	78	82	5	213	23	22	25	28	1.99
64960108--64960181	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
64960108--64960181	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
64960660--64960695	2	18.0	2	88	0	54	47	0	5	47	1.25
64968390--64968480	38	2.4	38	89	7	148	20	20	25	32	1.97
64969679--64969940	27	9.7	27	85	2	280	39	23	8	28	1.84
64969679--64969993	54	5.8	55	81	3	293	39	23	8	28	1.83
64969670--64969993	81	4.0	80	80	4	310	39	23	8	29	1.84
64969673--64969994	27	11.9	27	77	6	206	39	23	8	29	1.83
64969978--64970120	27	5.3	27	80	7	146	34	16	20	28	1.94
64969978--64970118	54	2.6	55	85	5	180	35	14	20	29	1.93
64970497--64970561	22	3.0	22	75	8	69	21	26	21	30	1.98
64970720--64970854	27	5.0	27	82	7	150	19	21	22	37	1.95
64970972--64971087	6	18.8	6	68	15	67	18	17	13	50	1.79
64970975--64971036	25	2.5	25	81	0	70	20	16	14	48	1.81
64970981--64971087	37	2.9	37	80	4	126	18	17	14	49	1.79
64979372--64979413	15	2.9	15	82	6	52	64	2	14	19	1.39
64983202--64983233	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
64983197--64983233	16	2.5	14	84	16	56	43	0	0	56	0.99
64985589--64985624	19	2.0	18	89	10	56	5	19	13	61	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64985766--64985808	20	2.1	21	86	4	61	58	4	0	37	1.19
64986997--64987025	12	2.4	12	100	0	58	37	17	13	31	1.89
64987927--64988123	43	4.6	43	84	3	227	28	24	16	29	1.96
64994128--64994216	9	10.1	9	78	7	76	31	0	20	48	1.50
64994252--64994688	160	2.7	160	91	3	691	51	7	9	31	1.62
64999251--64999333	42	2.0	43	85	2	114	30	3	30	36	1.75
64999454--64999662	114	1.8	114	85	2	294	35	23	12	28	1.91
64999740--64999778	20	2.0	20	84	0	51	23	12	5	58	1.54
64999899--65000048	7	20.9	7	73	13	99	46	35	1	17	1.57
64999957--65000048	44	2.1	44	83	4	114	50	31	1	17	1.53
65004946--65005043	46	2.1	46	92	0	160	35	9	8	46	1.65
65012528--65012625	40	2.5	39	85	5	133	24	22	27	25	2.00
65016662--65016884	40	5.6	40	86	4	297	24	23	26	25	2.00
65016666--65016884	82	2.7	79	87	6	282	23	23	27	25	2.00
65024795--65025017	40	5.6	40	85	4	279	24	22	26	26	2.00
65024799--65025017	82	2.7	79	86	6	264	24	23	26	25	2.00
65031260--65031358	46	2.2	46	92	0	162	35	9	9	46	1.67
65036895--65037120	40	5.7	40	87	4	255	25	25	21	26	2.00
65036929--65037120	80	2.4	80	87	6	282	25	26	21	27	1.99
65036888--65037120	120	1.9	120	82	10	289	25	25	21	27	1.99
65039817--65039923	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
65039902--65040000	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65039902--65040000	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
65046668--65046792	43	2.9	43	77	4	137	28	13	25	32	1.94
65050282--65050457	46	3.8	45	78	10	185	21	19	29	28	1.98
65050278--65050449	93	1.8	93	91	0	281	21	20	30	27	1.98
65053206--65053274	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
65053197--65053276	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
65055667--65055842	46	3.8	45	77	11	178	21	18	30	30	1.97
65055663--65055834	93	1.8	93	90	2	274	20	19	30	29	1.97
65058366--65058447	26	3.2	26	98	0	155	30	7	25	36	1.83
65060048--65060188	27	5.2	27	81	13	166	18	24	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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