genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  171  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50418152--50418338	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50418175--50418338	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50418175--50418372	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
50421358--50421425	30	2.3	30	97	0	127	25	38	22	14	1.92
50422068--50422182	58	2.0	58	96	0	212	40	15	8	34	1.78
50422399--50422583	48	3.9	48	89	1	264	26	23	24	25	2.00
50422399--50422583	96	1.9	96	90	2	291	26	23	24	25	2.00
50422896--50422955	29	2.1	29	100	0	120	45	16	6	31	1.74
50425507--50425586	41	2.0	41	94	0	142	25	25	30	20	1.99
50430615--50430664	15	3.3	15	85	0	73	56	14	18	12	1.68
50433963--50434123	40	4.1	40	79	4	182	26	27	21	24	1.99
50439413--50439557	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
50443021--50443114	31	3.0	31	96	0	170	23	23	15	37	1.93
50443308--50443404	25	4.0	24	78	9	108	26	22	21	28	1.99
50443453--50443519	20	3.3	20	89	0	107	32	20	11	34	1.90
50445572--50445779	40	5.2	40	83	2	240	25	21	26	26	1.99
50448085--50448247	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
50448085--50448278	39	4.9	39	87	0	244	22	21	32	23	1.98
50451072--50451109	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
50457566--50457597	16	2.0	16	93	0	55	43	28	18	9	1.81
50459575--50459709	29	4.7	29	90	3	209	32	15	22	29	1.95
50464041--50464372	27	12.3	27	83	1	324	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50464034--50464372	54	6.3	54	84	0	383	39	21	8	30	1.83
50464393--50464849	27	17.0	27	88	0	619	32	19	22	25	1.97
50464393--50465089	54	13.1	54	86	4	873	32	19	22	25	1.97
50464393--50465089	81	8.8	81	84	4	882	32	19	22	25	1.97
50464806--50464893	44	2.0	44	88	0	131	28	20	25	26	1.99
50464849--50465071	27	8.3	27	89	2	313	33	20	21	24	1.97
50464696--50465085	152	2.5	152	82	7	453	31	19	23	25	1.98
50465516--50465580	22	3.0	22	75	8	69	23	23	20	33	1.97
50465721--50465814	27	3.6	26	79	12	95	20	22	19	38	1.94
50465739--50465840	27	3.8	26	83	5	105	19	23	20	36	1.95
50465721--50465840	54	2.3	53	80	7	127	20	23	19	36	1.95
50465977--50466063	31	2.8	31	83	1	102	25	18	8	48	1.75
50465998--50466118	31	3.9	31	85	0	98	23	18	9	47	1.78
50466019--50466119	31	3.3	31	83	5	114	23	17	10	47	1.79
50468650--50468810	29	5.6	29	88	1	234	30	16	25	27	1.96
50468650--50468809	58	2.8	58	93	1	259	30	16	25	28	1.96
50468650--50468810	87	1.9	87	90	2	261	30	16	25	27	1.96
50477021--50477067	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
50482170--50482271	15	7.0	14	72	8	53	42	37	2	17	1.65
50482173--50482221	23	2.2	23	85	10	66	38	40	4	16	1.67
50482537--50482796	114	2.3	108	83	5	297	28	19	21	31	1.97
50482732--50482867	40	3.4	39	83	8	148	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50482774--50482897	40	3.1	39	84	3	149	25	20	18	35	1.95
50482743--50482897	80	1.9	80	80	5	179	26	20	19	33	1.96
50492265--50492366	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
50501140--50501240	28	3.5	29	83	6	116	30	26	12	29	1.93
50507731--50507908	89	2.0	89	94	0	311	34	5	21	38	1.77
50508186--50508298	43	2.7	42	77	14	133	22	18	26	32	1.97
50515288--50515410	40	3.1	40	82	2	149	28	24	25	21	1.99
50515253--50515440	80	2.3	80	78	12	197	26	23	26	22	2.00
50519518--50519583	15	4.3	15	84	3	87	34	13	9	42	1.76
50519518--50519583	30	2.2	31	91	2	107	34	13	9	42	1.76
50522724--50522759	18	1.9	19	88	5	56	72	5	11	11	1.28
50523015--50523078	28	2.3	28	100	0	128	39	3	20	37	1.68
50523677--50523779	37	2.7	38	75	6	100	30	16	21	32	1.95
50523677--50523811	40	3.4	38	75	7	119	28	17	22	32	1.96
50541106--50541419	159	2.0	159	97	0	592	26	14	22	36	1.92
50543711--50543861	43	3.5	43	78	6	153	32	23	15	28	1.95
50545249--50545426	45	4.1	43	75	6	155	23	15	28	33	1.95
50555417--50555675	120	2.2	120	82	7	305	27	20	26	25	1.99
50555417--50555642	40	5.7	40	88	4	289	26	21	26	26	1.99
50555417--50555675	40	6.5	40	84	5	251	27	20	26	25	1.99
50564658--50564823	27	6.1	27	76	6	131	36	21	10	30	1.88
50564658--50564824	81	2.1	80	81	8	187	36	22	10	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50564658--50564796	54	2.6	54	83	0	179	35	22	11	30	1.90
50564749--50564837	27	3.3	27	80	3	99	41	16	11	30	1.84
50565192--50565235	22	2.0	22	100	0	88	31	27	18	22	1.97
50573784--50573847	32	2.0	32	100	0	128	34	28	15	21	1.94
50580701--50580908	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
50580702--50580908	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
50587059--50587211	40	3.8	40	79	0	137	24	29	22	22	1.99
50594296--50594503	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
50594396--50594503	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
50596890--50597002	28	4.2	26	85	9	145	37	23	23	15	1.93
50596890--50597002	55	2.1	54	88	5	165	37	23	23	15	1.93
50598364--50598434	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
50604599--50604713	28	4.2	26	80	12	122	36	22	22	18	1.95
50604599--50604713	57	2.1	54	83	8	142	36	22	22	18	1.95
50604817--50604880	26	2.4	27	87	10	87	34	9	20	35	1.85
50606138--50606208	24	3.0	24	89	0	106	25	40	1	32	1.64
50607519--50607613	47	2.0	47	95	0	172	30	9	13	46	1.75
50607586--50607633	22	2.2	22	88	0	69	35	12	12	39	1.81
50607539--50607682	69	2.1	69	96	0	261	31	11	14	43	1.81
50608463--50608729	45	6.0	45	92	0	430	23	22	26	26	1.99
50609260--50609292	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
50615158--50615302	47	3.1	47	98	0	281	29	10	14	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50616082--50616207	45	2.8	45	89	2	175	24	23	26	25	2.00
50620196--50620401	40	5.2	39	81	3	187	26	25	21	27	1.99
50620196--50620403	80	2.6	82	80	3	217	26	25	21	27	1.99
50622885--50622913	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
50634300--50634333	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
50635982--50636076	28	3.4	28	83	1	129	33	20	26	20	1.96
50635967--50636077	55	2.0	55	85	3	152	35	17	25	22	1.95
50637159--50637191	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
50641103--50641212	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
50641103--50641251	40	3.8	39	79	7	124	26	22	26	24	2.00
50649143--50649251	40	2.8	40	84	1	139	26	23	25	23	2.00
50649180--50649290	40	2.8	39	82	9	120	26	23	27	23	2.00
50659174--50659287	28	4.2	28	87	3	153	35	21	24	18	1.96
50659206--50659285	27	3.0	24	85	8	79	32	22	26	18	1.97
50659174--50659288	55	2.1	55	87	4	162	35	21	24	18	1.95
50660370--50660402	17	1.9	17	100	0	66	69	0	24	6	1.10
50670572--50670682	27	4.1	27	84	7	129	36	20	22	20	1.96
50670592--50670681	28	3.3	28	89	4	130	35	23	22	18	1.96
50676850--50677003	68	2.3	64	81	6	166	26	29	16	27	1.97
50677672--50677732	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
50682650--50682696	20	2.3	20	100	0	94	36	14	21	27	1.93
50683578--50683685	42	2.5	44	78	11	109	28	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50685921--50685959	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
50709011--50709112	51	2.0	51	98	0	195	34	13	14	37	1.86
50709257--50709401	72	2.0	72	94	0	254	34	7	25	32	1.84
50716397--50716499	29	3.6	29	75	7	102	21	15	33	30	1.94
50723999--50724101	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
50726231--50726322	38	2.4	38	98	0	175	23	41	16	18	1.90
50731422--50731506	29	3.0	29	87	3	84	25	22	15	36	1.93
50731434--50731506	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93
50738580--50738664	29	3.0	29	87	3	84	25	22	15	36	1.93
50738592--50738664	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328