genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  254  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75566964--75567039	15	5.2	15	76	9	77	11	17	14	56	1.67
75566964--75567046	28	2.9	28	82	10	96	10	16	15	56	1.66
75569427--75569602	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
75569423--75569595	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
75571264--75571303	19	2.1	19	100	0	80	37	5	20	37	1.74
75574344--75574398	29	1.9	28	88	3	83	18	21	40	20	1.92
75577750--75577913	47	3.6	45	79	10	154	23	29	20	27	1.99
75577875--75577964	46	1.9	48	84	4	121	22	27	22	27	1.99
75577740--75577961	93	2.4	93	77	10	238	23	28	20	27	1.99
75578314--75578377	29	2.2	29	83	2	76	35	25	12	26	1.91
75594308--75594433	49	2.6	49	84	2	164	23	25	20	30	1.98
75594488--75594609	46	2.7	45	82	7	131	23	28	18	29	1.97
75596893--75597022	40	3.2	40	73	8	122	24	24	26	23	2.00
75601172--75601241	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
75602051--75602127	27	2.9	27	77	11	77	20	19	20	38	1.93
75602168--75602275	27	3.9	27	78	13	94	31	7	18	42	1.78
75602217--75602387	27	6.3	27	78	8	152	29	8	20	41	1.81
75602228--75602387	81	2.0	80	84	6	207	29	8	20	41	1.82
75602375--75602462	27	3.3	26	83	9	88	40	11	19	28	1.86
75602386--75602477	27	3.4	27	89	0	139	41	9	21	27	1.84
75606056--75606212	41	3.9	40	77	12	142	32	26	13	27	1.94
75619181--75619331	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75619217--75619347	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
75626123--75626273	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
75626159--75626289	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
75628820--75628990	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
75628815--75628987	46	3.8	45	75	13	172	28	27	20	22	1.99
75628913--75628998	46	1.9	45	85	4	120	30	30	18	20	1.97
75631388--75631450	15	4.1	16	80	12	78	58	12	15	12	1.63
75631927--75632137	49	4.3	49	96	0	395	30	25	9	34	1.87
75636375--75636502	38	3.3	38	85	2	166	20	19	26	33	1.96
75637836--75637955	42	2.9	42	75	0	123	33	11	25	29	1.91
75637876--75637986	42	2.6	41	75	2	105	31	17	24	27	1.97
75638165--75638219	27	2.0	27	85	0	74	36	10	10	41	1.75
75639686--75639795	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
75647738--75647847	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
75651560--75651703	40	3.6	40	89	2	202	24	24	28	22	2.00
75651933--75651961	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
75662961--75663039	22	3.6	22	77	0	95	40	25	17	16	1.90
75662956--75663065	44	2.5	44	92	0	193	39	22	17	20	1.93
75662956--75663070	22	5.2	22	70	8	90	39	21	17	21	1.93
75663416--75663529	27	4.2	27	79	8	108	31	12	14	41	1.83
75663430--75663668	54	4.4	52	77	7	203	33	10	17	38	1.84
75663458--75663687	27	8.5	27	79	1	212	32	10	19	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75663458--75663687	81	2.8	80	79	8	270	32	10	19	38	1.85
75663458--75663687	54	4.3	54	80	2	248	32	10	19	38	1.85
75666395--75666479	44	1.9	44	87	0	125	24	18	25	30	1.98
75669583--75669759	46	3.8	46	70	10	144	33	29	15	20	1.94
75669590--75669759	93	1.8	93	90	0	277	32	30	15	21	1.94
75673038--75673121	41	2.0	41	97	0	159	27	8	23	40	1.83
75673719--75673861	42	3.5	40	78	9	144	28	15	28	27	1.96
75673661--75673861	42	4.7	41	76	8	136	28	15	27	27	1.96
75677147--75677213	32	2.2	32	91	5	111	16	25	29	28	1.97
75679057--75679186	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
75679073--75679223	40	3.8	40	78	6	146	21	27	23	27	1.99
75685046--75685289	40	6.1	40	91	1	357	22	22	27	26	1.99
75697747--75697776	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
75702432--75702497	26	2.5	26	82	0	78	25	19	27	27	1.99
75704134--75704161	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75704178--75704434	39	6.5	39	91	0	379	21	21	27	29	1.98
75708857--75709033	39	4.5	39	88	2	248	18	21	28	31	1.97
75708824--75709050	78	2.9	76	81	7	244	18	21	29	30	1.97
75713778--75714034	39	6.5	39	92	0	388	21	20	28	29	1.98
75723836--75723978	68	2.1	71	82	6	177	49	4	3	41	1.41
75724372--75724396	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
75731459--75731562	39	2.7	39	82	5	117	39	6	5	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75731536--75731581	23	2.0	24	91	4	76	39	0	6	54	1.26
75732454--75732564	41	2.7	40	80	5	125	32	24	16	27	1.96
75736850--75736883	17	2.0	17	100	0	68	29	23	5	41	1.78
75739519--75739633	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
75739519--75739652	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
75750074--75750826	377	2.0	377	95	0	1364	33	9	22	34	1.87
75752285--75752348	28	2.3	28	88	0	101	18	14	37	29	1.90
75754553--75754613	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
75755937--75756296	27	13.4	27	81	2	357	38	20	10	30	1.86
75756261--75756339	27	2.9	27	88	3	106	37	16	17	27	1.91
75759112--75759188	28	2.7	28	84	6	93	28	15	32	23	1.95
75759496--75759852	27	13.2	27	82	2	387	38	20	11	30	1.87
75759488--75759823	136	2.5	133	83	7	419	38	19	11	30	1.87
75759819--75759899	27	3.0	27	85	0	90	35	18	18	27	1.94
75766037--75766133	48	2.0	48	100	0	194	35	14	24	25	1.94
75768971--75769082	46	2.4	49	83	5	133	35	17	19	26	1.94
75777674--75777711	3	12.3	3	88	5	58	28	2	0	68	1.03
75785622--75785783	84	1.9	84	83	5	211	29	26	17	25	1.98
75793660--75793873	43	5.0	43	81	6	258	28	27	18	24	1.98
75793660--75793859	84	2.3	86	83	5	255	27	28	19	25	1.98
75803353--75803506	66	2.4	65	79	5	157	20	27	27	23	1.99
75809823--75809925	29	3.6	29	90	2	127	25	32	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75811439--75811608	24	7.2	23	91	2	241	28	20	21	29	1.98
75811441--75811607	23	7.1	23	94	2	262	29	20	21	28	1.98
75811441--75811608	47	3.6	47	91	3	275	29	20	21	29	1.98
75811666--75811722	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
75811654--75811724	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
75811659--75811713	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
75812965--75813044	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
75813098--75813149	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
75813161--75813313	27	5.7	27	83	3	173	29	7	20	41	1.81
75813188--75813327	54	2.6	54	86	4	201	30	8	22	38	1.84
75813158--75813312	81	1.9	81	86	0	220	30	8	20	40	1.82
75813106--75813381	27	10.1	27	80	4	151	33	8	19	37	1.83
75813106--75813327	81	2.7	80	75	5	212	31	8	20	40	1.81
75813188--75813392	54	3.8	54	81	2	169	35	9	20	34	1.85
75813279--75813509	81	2.9	81	80	3	198	39	9	20	29	1.85
75813305--75813516	27	7.9	27	82	7	227	39	9	23	27	1.85
75813306--75813509	54	3.8	54	85	3	268	40	9	21	28	1.85
75813512--75813621	27	4.0	27	73	13	91	31	10	20	38	1.85
75820411--75820506	45	2.1	45	88	7	142	40	16	18	23	1.91
75821494--75821527	17	1.9	18	94	5	61	0	29	0	70	0.87
75821502--75821531	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
75830922--75831034	45	2.5	45	81	2	129	43	18	17	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75832034--75832063	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
75832560--75832584	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
75835635--75835673	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
75837038--75837062	13	1.9	13	100	0	50	24	24	28	24	2.00
75840403--75840465	24	2.6	24	97	0	117	33	26	19	20	1.96
75846772--75846947	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75846768--75846939	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75849872--75849950	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
75849863--75849949	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
75852329--75852504	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328