genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54236367--54236507	37	3.8	37	94	0	228	25	17	30	26	1.97
54239619--54239644	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
54241545--54241784	40	6.1	40	88	7	341	22	22	27	26	1.99
54241545--54241784	117	2.0	118	86	7	337	22	22	27	26	1.99
54241545--54241784	77	3.1	80	88	5	332	22	22	27	26	1.99
54249592--54249833	40	6.1	40	94	3	375	22	23	28	26	1.99
54257416--54257545	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
54257432--54257583	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
54257432--54257581	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
54261409--54261466	15	3.9	15	77	8	64	32	8	5	53	1.54
54261958--54262000	20	2.0	22	82	8	54	25	25	0	48	1.51
54261984--54262030	22	2.2	22	85	14	64	27	17	8	46	1.76
54262039--54262076	19	2.0	19	89	0	58	26	0	7	65	1.19
54264107--54264151	21	2.2	20	88	4	63	28	44	17	8	1.79
54267470--54267903	126	3.5	125	90	1	690	27	18	15	37	1.92
54267931--54268846	157	6.0	156	90	4	1169	43	19	1	35	1.61
54268489--54268561	24	3.0	25	74	23	84	50	28	0	20	1.48
54268489--54268561	23	3.0	25	70	20	66	50	28	0	20	1.48
54268361--54268797	142	3.1	142	93	0	739	43	18	2	35	1.62
54269664--54269696	16	2.1	16	88	11	50	33	0	6	60	1.21
54269694--54269746	26	2.0	28	85	7	74	35	0	11	52	1.37
54275380--54275471	46	2.0	46	95	0	166	40	7	11	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54278874--54278950	27	2.9	27	94	0	127	31	7	19	41	1.80
54280102--54280133	11	2.9	11	90	0	55	71	9	3	15	1.24
54282299--54282345	25	1.9	24	82	4	58	63	2	25	8	1.34
54283946--54284106	44	3.4	48	75	14	145	25	29	19	26	1.98
54283946--54284217	48	5.8	48	70	13	183	25	30	18	26	1.98
54285130--54285295	89	1.9	89	96	0	305	33	19	12	35	1.88
54291341--54291444	29	3.6	28	77	3	100	27	26	15	29	1.96
54294819--54295137	48	6.7	49	73	13	240	23	29	19	28	1.98
54294819--54295135	142	2.2	141	81	7	365	23	29	19	28	1.98
54296694--54296737	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
54296832--54296860	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
54299549--54299610	32	1.9	33	90	9	101	22	22	24	30	1.99
54307041--54307100	27	2.3	27	91	2	95	33	6	16	43	1.74
54309072--54309100	14	2.0	15	93	6	51	31	27	0	41	1.56
54310430--54310477	24	2.0	24	91	0	78	31	6	22	39	1.79
54316728--54316761	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
54325182--54325244	26	2.4	26	97	0	117	30	26	12	30	1.93
54332441--54332565	46	2.7	45	80	6	133	24	30	17	27	1.97
54340549--54340678	40	3.3	39	82	4	163	23	27	24	23	2.00
54348476--54348605	40	3.3	39	84	4	172	23	28	24	23	2.00
54350443--54350650	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
54350444--54350650	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54358449--54358655	40	5.2	40	81	5	213	26	22	26	25	2.00
54373844--54373931	44	2.0	44	97	0	167	32	15	9	42	1.79
54384822--54384889	27	2.5	27	92	0	109	27	23	25	23	2.00
54387237--54387469	48	4.9	48	96	0	421	36	6	27	30	1.82
54389513--54389615	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
54392336--54392532	40	4.9	40	92	1	299	21	23	30	24	1.99
54392542--54392641	28	3.6	27	80	8	110	22	17	30	31	1.96
54396178--54396458	48	5.9	48	94	0	481	36	5	26	31	1.80
54407523--54407560	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
54412659--54412836	24	7.4	24	90	0	266	28	21	23	27	1.99
54412887--54412952	20	3.3	20	91	0	105	31	22	10	34	1.88
54415241--54415314	29	2.6	29	84	4	87	24	16	32	27	1.96
54417531--54417695	40	4.1	40	80	8	160	25	26	21	26	2.00
54428635--54428818	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
54428675--54428863	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
54435666--54435768	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
54442643--54442745	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
54449498--54449599	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
54462226--54462295	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
54468134--54468194	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
54468134--54468194	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
54468231--54468279	25	2.0	25	87	0	71	26	14	22	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54473481--54473648	40	4.2	40	82	1	176	24	27	22	25	2.00
54473481--54473648	80	2.1	80	83	6	207	24	27	22	25	2.00
54492301--54492516	40	5.4	40	86	3	256	25	25	23	25	2.00
54493222--54493253	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
54499100--54499202	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
54506069--54506171	29	3.6	29	78	6	111	22	16	32	29	1.96
54509325--54509508	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
54509365--54509553	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
54511332--54511461	24	5.4	24	93	0	206	27	21	22	28	1.99
54511512--54511597	20	4.3	20	90	0	136	33	19	10	36	1.86
54511528--54511586	11	5.7	11	73	15	63	32	18	11	37	1.87
54517766--54517809	21	2.1	21	87	4	63	0	25	20	54	1.45
54520645--54520718	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
54520645--54520718	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
54544120--54544231	47	2.4	47	95	0	197	32	7	27	33	1.84
54544220--54544731	48	10.7	48	93	0	765	33	7	27	31	1.85
54544810--54544839	15	2.0	15	100	0	60	26	20	33	20	1.97
54544778--54544876	52	1.9	52	93	0	171	25	17	35	22	1.95
54551245--54551297	25	2.1	26	86	10	74	32	5	1	60	1.31
54554751--54554795	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
54557307--54557418	40	2.8	41	84	9	126	25	25	27	21	1.99
54564931--54564974	22	2.0	23	90	4	72	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54564931--54564981	20	2.5	20	83	6	57	37	0	5	56	1.23
54567146--54567263	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54567114--54567277	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54574724--54574841	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54574692--54574855	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54582294--54582411	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54582262--54582425	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54589868--54589985	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54589836--54589999	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54595564--54595645	40	2.0	40	97	0	155	24	8	17	50	1.73
54599406--54599446	21	1.9	22	85	5	57	12	21	26	39	1.89
54601067--54601183	57	2.0	58	86	1	164	29	20	6	42	1.78
54606207--54606309	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
54607454--54607523	35	2.0	35	100	0	140	28	8	14	48	1.73
54623261--54623317	23	2.3	23	82	14	62	33	19	24	22	1.97
54628298--54628374	40	1.9	40	83	0	100	24	19	23	32	1.97
54628312--54628388	40	1.9	40	83	0	100	24	20	22	32	1.98
54628381--54628444	28	2.3	28	83	0	74	28	12	26	32	1.93
54632922--54633027	29	3.7	29	89	0	158	29	21	16	33	1.95
54632923--54633054	58	2.3	58	81	2	149	28	26	15	29	1.96
54640909--54641014	29	3.7	29	92	0	167	29	22	16	32	1.95
54640910--54641041	58	2.3	58	84	2	158	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54647811--54647914	27	3.9	27	70	5	77	36	22	7	33	1.83
54647899--54648038	27	5.2	27	86	0	181	34	15	21	29	1.94
54647899--54648040	54	2.6	54	88	0	203	33	16	21	28	1.95
54648554--54648609	22	2.5	22	75	11	60	21	23	19	35	1.96
54648853--54648968	6	18.8	6	72	15	85	17	20	14	47	1.82
54648860--54648920	25	2.4	25	86	0	86	16	21	14	47	1.82
54648853--54648956	31	3.4	31	74	15	106	16	21	15	47	1.83
54648875--54648968	37	2.5	37	91	0	134	18	21	13	46	1.83
54650045--54650172	62	2.1	62	96	0	238	19	9	25	45	1.80
54651808--54651857	21	2.3	22	75	3	57	32	28	26	14	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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