genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69026757--69026873	46	2.5	46	83	15	152	29	20	23	26	1.99
69027064--69027165	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
69027081--69027188	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
69046717--69046914	50	4.0	48	74	7	171	41	17	9	31	1.82
69046717--69046914	100	2.0	99	85	4	265	41	17	9	31	1.82
69056149--69056289	40	3.5	40	85	2	187	25	30	20	23	1.98
69059254--69059306	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
69061249--69061274	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
69062630--69062938	48	6.4	48	95	0	528	35	8	26	29	1.85
69062630--69063258	96	6.3	96	81	10	753	35	8	26	29	1.85
69062630--69063258	144	4.2	144	79	12	753	35	8	26	29	1.85
69062872--69063009	71	1.9	71	97	0	258	34	10	26	28	1.89
69062943--69063258	48	6.6	48	95	0	551	35	7	27	29	1.85
69062824--69063057	119	2.0	119	94	0	414	35	8	26	29	1.87
69062776--69063105	167	2.0	167	93	0	570	35	8	26	29	1.86
69062728--69063153	215	2.0	215	93	0	726	34	8	26	29	1.86
69062680--69063201	263	2.0	263	94	0	918	35	8	26	29	1.85
69062632--69063249	311	2.0	311	94	0	1092	35	8	26	29	1.85
69063431--69063533	37	2.8	37	92	0	170	23	18	32	26	1.97
69068538--69068705	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
69068538--69068705	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
69076542--69076709	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69076542--69076709	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
69079952--69080043	46	2.0	47	82	8	116	20	16	28	34	1.94
69082074--69082245	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
69082079--69082249	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
69082672--69082731	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
69087610--69087653	23	1.9	23	81	9	54	34	0	27	38	1.57
69090022--69090176	58	2.7	59	79	2	161	27	19	23	29	1.98
69095401--69095579	37	4.9	37	92	0	279	26	31	17	24	1.97
69095725--69095918	48	4.0	48	93	0	334	31	28	6	33	1.82
69095727--69095987	48	5.6	45	84	9	267	29	29	8	32	1.87
69095734--69095987	96	2.7	95	84	6	295	29	30	8	31	1.87
69099523--69099696	40	4.3	40	89	0	231	28	29	19	22	1.98
69102250--69102402	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
69102251--69102433	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
69102257--69102471	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
69110278--69110431	39	3.9	39	90	1	227	24	20	31	23	1.98
69110279--69110461	78	2.3	78	85	3	242	25	22	29	22	1.99
69110279--69110449	39	4.4	39	87	2	218	25	21	29	23	1.99
69110288--69110485	78	2.5	78	82	4	193	25	21	29	23	1.99
69112220--69112399	37	4.9	37	92	0	288	26	31	18	23	1.97
69112545--69112788	48	5.0	48	90	3	391	31	27	6	35	1.81
69112603--69112939	48	7.1	46	83	9	292	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69112545--69112917	96	3.9	95	83	7	393	29	28	8	34	1.86
69112747--69112939	47	4.1	47	89	2	237	27	30	9	32	1.89
69112839--69112910	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
69114496--69114523	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
69117823--69117974	80	1.9	80	95	0	277	23	28	24	23	2.00
69117795--69117959	40	4.2	40	84	6	219	24	27	23	24	2.00
69119913--69120148	50	4.7	50	75	3	206	30	25	17	26	1.97
69119905--69120192	151	1.9	149	84	4	382	32	25	17	25	1.97
69121155--69121406	131	1.9	131	86	1	353	34	18	17	29	1.94
69122782--69122808	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
69124825--69125171	133	2.6	132	88	2	509	27	26	18	26	1.98
69136977--69137301	131	2.5	130	81	3	346	35	19	18	27	1.95
69137079--69137330	131	1.9	131	90	0	396	34	19	17	28	1.95
69144272--69144478	48	4.5	47	73	14	144	26	15	27	30	1.96
69155726--69155773	21	2.3	21	85	3	62	43	18	18	18	1.88
69162657--69162807	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
69162694--69162823	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
69164402--69164531	39	3.3	39	90	2	197	30	20	26	21	1.98
69164401--69164557	78	2.0	77	81	7	183	29	21	27	21	1.98
69178534--69178721	40	4.7	40	88	3	290	25	27	22	23	2.00
69178501--69178721	80	2.8	78	86	4	293	24	27	22	25	2.00
69187457--69187549	29	3.2	29	96	1	170	26	26	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69192511--69193033	40	13.1	40	95	0	902	25	25	21	26	2.00
69195329--69195460	65	2.0	65	100	0	264	24	31	10	34	1.89
69195340--69195441	32	3.2	32	66	18	93	25	29	8	36	1.86
69195444--69195659	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
69195444--69195685	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
69199112--69199179	26	2.5	27	80	7	84	38	20	11	29	1.88
69199119--69199296	27	6.7	27	75	9	159	40	19	10	30	1.84
69199282--69199583	27	11.2	27	87	2	383	35	18	20	26	1.95
69199278--69199556	134	2.1	134	86	2	380	35	17	19	26	1.94
69199808--69199890	27	3.1	26	82	5	85	19	20	21	38	1.93
69199941--69200130	97	2.0	97	89	2	292	18	18	28	33	1.95
69200189--69200260	27	2.7	26	80	6	81	19	26	19	34	1.96
69206051--69206096	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
69206063--69206106	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
69208706--69208819	40	2.8	40	81	11	108	28	12	25	34	1.92
69212544--69212644	44	2.3	44	92	0	175	28	20	18	31	1.97
69220101--69220231	27	4.9	27	85	3	165	29	19	8	42	1.80
69220182--69220294	27	4.2	27	81	0	109	38	26	5	29	1.78
69220209--69220321	54	2.1	54	83	0	136	39	26	7	26	1.82
69220088--69220269	81	2.2	81	76	0	193	34	20	7	37	1.82
69220223--69220431	27	7.8	27	76	6	104	38	21	11	28	1.88
69220366--69220579	27	7.9	27	86	0	311	36	19	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69220366--69220605	54	4.4	54	89	1	284	35	19	20	24	1.95
69220812--69220877	25	2.6	25	85	0	87	28	25	22	22	1.99
69221100--69221182	31	2.7	30	94	3	141	30	16	25	27	1.97
69227655--69227826	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
69227647--69227822	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
69230147--69230235	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
69230147--69230226	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
69230158--69230235	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
69233148--69233319	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
69233140--69233315	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
69234716--69234857	47	3.0	47	90	1	223	43	14	12	28	1.82
69239015--69239309	40	7.5	40	91	5	426	26	28	22	22	1.99
69239015--69239309	118	2.5	119	89	6	433	26	28	22	22	1.99
69247220--69247472	40	6.1	40	78	17	243	25	29	22	21	1.99
69247313--69247418	52	2.1	51	91	8	171	26	30	20	22	1.98
69247366--69247472	41	2.8	40	88	9	152	24	30	24	20	1.98
69252955--69253210	39	6.5	40	90	5	364	26	28	23	22	1.99
69252955--69253210	119	2.2	119	87	7	362	26	28	23	22	1.99
69258702--69258957	39	6.5	40	85	7	312	26	28	21	23	1.99
69258702--69258957	79	3.2	79	86	7	308	26	28	21	23	1.99
69264383--69264489	45	2.4	44	81	9	119	28	26	19	26	1.99
69267916--69268047	47	2.8	47	91	1	221	42	15	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69272932--69273010	29	2.8	29	86	1	106	34	29	18	17	1.95
69288583--69288617	16	2.2	16	89	0	52	51	20	14	14	1.76
69288836--69288950	29	4.0	29	80	2	117	26	15	27	29	1.96
69292073--69292257	79	2.3	81	81	9	211	23	28	24	24	2.00
69292066--69292257	40	4.8	40	77	7	142	22	28	23	24	1.99
69298434--69298464	16	1.9	16	93	0	53	51	12	16	19	1.76
69298695--69298771	29	2.7	29	79	0	91	25	15	27	31	1.96
69298695--69298796	29	3.6	28	74	11	82	26	13	28	31	1.94
69301702--69301865	42	3.7	43	86	8	215	28	26	14	29	1.95
69301789--69301961	47	3.7	47	81	3	150	31	26	13	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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