genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67580180--67581047	48	18.0	48	93	0	1385	31	25	5	36	1.80
67594338--67594419	41	2.0	40	97	2	155	41	12	14	31	1.83
67596746--67596834	24	3.7	24	100	0	178	37	25	16	20	1.93
67596746--67596859	24	4.7	23	92	7	151	35	27	16	20	1.94
67596817--67596886	25	2.6	28	88	11	101	30	32	15	21	1.94
67596746--67596886	24	5.6	26	90	9	101	34	28	16	21	1.95
67604621--67604711	24	3.8	24	100	0	182	36	26	16	20	1.94
67604694--67604767	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
67606427--67606529	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
67608552--67608581	14	2.1	14	93	0	51	16	3	3	76	1.05
67612496--67612701	43	4.8	43	78	8	215	33	26	12	27	1.92
67612495--67612708	86	2.5	86	81	7	247	34	26	11	27	1.91
67616149--67616177	9	3.2	9	100	0	58	20	0	0	79	0.74
67619269--67619486	40	5.5	40	91	2	300	25	28	23	22	1.99
67627434--67627557	40	3.1	40	84	4	144	24	29	24	21	1.99
67629951--67630127	40	4.4	40	84	5	189	34	22	16	25	1.95
67629949--67630127	80	2.2	80	86	2	243	34	22	16	26	1.95
67651766--67651809	19	2.2	21	88	8	65	20	4	2	72	1.13
67673622--67673753	29	4.6	29	86	1	113	25	32	16	25	1.96
67676959--67677079	37	3.3	37	94	0	206	21	32	19	27	1.97
67677134--67677397	49	5.2	49	85	11	345	30	31	8	29	1.87
67677200--67677295	31	3.2	31	64	24	87	28	34	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67677146--67677355	108	2.0	106	97	1	393	29	32	8	30	1.86
67677254--67677396	47	3.0	47	91	4	216	30	30	9	30	1.88
67684677--67684808	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
67684676--67684808	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
67687918--67688089	46	3.7	46	75	14	174	22	19	27	29	1.98
67687911--67688083	93	1.9	93	91	2	285	22	20	28	28	1.98
67691124--67691194	35	2.0	35	97	0	133	19	29	15	35	1.93
67694014--67694219	53	3.8	53	76	3	180	20	23	17	37	1.94
67695695--67695749	27	2.0	27	100	0	110	34	25	10	29	1.90
67699731--67699910	40	4.5	40	80	7	195	24	26	23	25	2.00
67699731--67699909	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
67707798--67707977	40	4.5	40	80	7	195	24	26	23	25	2.00
67707798--67707976	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
67712394--67712600	53	3.8	53	76	3	189	21	23	17	37	1.94
67712406--67712600	55	3.6	53	75	3	156	20	23	18	37	1.94
67714032--67714066	12	2.9	12	91	0	52	11	25	40	22	1.88
67715260--67715351	27	3.4	27	86	0	121	33	17	22	26	1.96
67715994--67716044	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
67716094--67716145	27	1.9	27	88	0	77	23	19	21	36	1.95
67716282--67716314	15	2.2	15	100	0	66	21	24	18	36	1.95
67717985--67718085	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
67718014--67718089	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67725843--67725943	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
67725872--67725947	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
67732717--67732799	27	3.0	28	85	3	107	34	16	22	25	1.95
67732726--67732806	27	3.0	27	87	3	110	34	20	22	22	1.97
67737057--67737091	16	2.2	16	94	0	61	51	11	20	17	1.75
67737304--67737391	29	3.0	29	88	0	122	28	13	25	32	1.94
67739581--67740144	27	20.9	27	84	3	697	28	23	8	39	1.84
67740157--67740352	27	7.3	27	86	0	230	35	18	19	26	1.95
67740551--67740633	27	3.1	26	84	5	103	20	20	21	37	1.95
67740721--67740779	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
67740929--67741014	27	3.3	26	79	10	68	16	20	23	39	1.92
67740936--67740993	27	2.1	28	81	15	77	15	18	27	37	1.92
67740944--67741017	27	2.8	27	83	6	80	17	22	21	37	1.94
67741160--67741236	6	12.8	6	81	15	97	19	15	14	50	1.78
67741135--67741236	30	3.4	30	89	6	152	20	16	12	50	1.78
67746160--67746256	41	2.3	43	80	7	110	31	23	15	28	1.95
67749883--67749942	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
67749889--67749936	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
67750155--67750187	11	3.0	11	83	16	50	75	9	0	15	1.03
67750158--67750206	12	4.2	12	81	2	55	79	6	2	12	0.99
67750158--67750201	12	3.7	12	90	6	63	79	4	2	13	0.98
67750180--67750214	18	1.9	18	88	0	52	74	5	5	14	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67754522--67754581	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
67754528--67754575	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
67758569--67758629	28	2.2	28	84	0	77	21	13	37	27	1.90
67758948--67759288	27	12.7	27	82	8	367	38	19	10	31	1.86
67758948--67759288	81	4.2	81	83	4	422	38	19	10	31	1.86
67759253--67759332	27	3.0	27	87	3	99	38	18	13	28	1.89
67761079--67761333	55	4.8	54	80	7	247	36	17	24	21	1.95
67761086--67761286	108	1.8	110	89	4	318	33	18	24	22	1.96
67761402--67761446	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
67768324--67768575	54	4.8	53	80	10	245	36	17	24	21	1.94
67768331--67768529	107	1.9	108	89	5	314	34	18	24	22	1.96
67772974--67773039	24	2.8	24	97	0	123	28	22	15	33	1.94
67774331--67774388	30	1.9	30	89	0	89	29	22	6	41	1.80
67777540--67777573	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
67778211--67778284	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
67780093--67780310	40	5.5	40	88	2	280	22	24	28	24	1.99
67787283--67787485	40	5.1	40	90	2	284	21	23	29	25	1.99
67792895--67793007	30	3.8	30	80	9	117	26	23	18	31	1.97
67793278--67793389	26	4.3	26	91	0	179	26	23	20	29	1.99
67794188--67794271	27	3.1	27	86	3	107	19	26	22	32	1.97
67794318--67794668	27	13.0	27	77	5	255	30	9	19	40	1.83
67794423--67794668	81	3.1	80	85	2	287	29	8	21	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67794646--67794776	27	4.9	27	86	3	156	39	9	22	29	1.84
67794620--67794776	54	2.9	54	85	3	183	38	8	21	31	1.84
67796662--67796694	16	2.1	16	88	5	50	48	27	9	15	1.74
67796886--67796938	27	2.0	27	100	0	106	37	20	22	18	1.94
67798869--67799028	45	3.6	45	82	6	195	25	26	22	25	2.00
67798869--67799033	44	3.8	44	81	6	192	25	26	22	25	2.00
67805501--67805588	42	2.1	42	91	0	140	37	18	12	31	1.88
67805733--67805830	26	3.8	26	94	1	155	27	23	22	26	1.99
67805733--67805830	51	1.9	51	89	4	153	27	23	22	26	1.99
67806635--67806721	27	3.2	27	86	3	113	17	25	21	35	1.95
67806753--67807096	27	12.7	27	74	7	234	29	9	20	40	1.83
67806865--67807096	81	2.9	79	87	4	322	28	8	21	41	1.82
67807088--67807218	27	4.9	27	89	0	181	39	9	22	29	1.84
67807062--67807218	54	2.9	54	87	1	199	38	8	21	31	1.84
67807078--67807263	81	2.3	81	77	1	203	37	8	21	32	1.84
67807062--67807218	27	5.8	27	86	0	179	38	8	21	31	1.84
67809391--67809421	10	3.1	10	100	0	62	32	29	0	38	1.57
67809673--67809808	44	3.1	45	86	6	206	26	29	19	24	1.99
67813963--67813993	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
67813960--67813999	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
67814238--67814443	55	3.8	53	79	6	200	23	24	17	33	1.96
67814238--67814438	108	1.8	110	87	4	300	23	24	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67817856--67818022	40	4.2	39	78	9	160	26	22	26	25	2.00
67822596--67822698	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
67833376--67833507	29	4.6	29	93	1	203	26	16	31	25	1.96
67837047--67837110	30	2.2	29	91	2	101	26	18	20	34	1.96
67838572--67838609	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
67838835--67838969	45	3.0	44	72	19	127	29	28	19	22	1.98
67846361--67846496	46	3.0	43	75	13	132	30	28	19	22	1.98
67851665--67851970	25	12.2	25	94	0	522	28	12	11	47	1.77
67861983--67862149	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
67861999--67862149	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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